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SARS-CoV2のタンパク質Nによる液滴とRNAタンパク質複合体の形成機構

研究課題

研究課題/領域番号 21H02438
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分43040:生物物理学関連
研究機関東北大学

研究代表者

高橋 聡  東北大学, 多元物質科学研究所, 教授 (30283641)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
17,550千円 (直接経費: 13,500千円、間接経費: 4,050千円)
2023年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2022年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2021年度: 7,410千円 (直接経費: 5,700千円、間接経費: 1,710千円)
キーワードSARS-Cov2 / Nタンパク質 / gRNA / 一分子蛍光分光法 / 蛍光相関分光法 / SARS-CoV2 / 新型コロナウイルス / ヌクレオカプシドタンパク質 / ヌクレオカプシッドタンパク質N / 蛍光顕微鏡観察 / ヌクレオカプシッドタンパク質
研究開始時の研究の概要

本計画では、SARS-Cov2のヌクレオカプシドタンパク質(N)が、ウイルスのゲノムRNAと液滴や複合体を作る分子機構の解明を目指す。Nは宿主内でゲノムRNAと集合して液滴を形成した後に、gRNAが一個ずつ選別されRNPが形成されるというウイルス複製機構が提案されている。本研究では、一分子蛍光分光法と一分子蛍光顕微鏡観察を駆使し、i)NとgRNAによる液液相分離機構の解明、ii)NとgRNAによるRNPのin vitro構成法の確立、iii)NとgRNAによるRNP形成過程の観察、などを実施する。さらに、iv)Nの小分子阻害剤がこれらの過程に与える影響を調べる。

研究成果の概要

Nタンパク質を高度に精製する方法を確立し、ステムループ構造と一本鎖構造を持つRNA断片とNタンパク質の相互作用を調べた。その結果、Nタンパク質はRNAの二次構造に関係なく強く結合し、ふたつのRNAフラグメントを引き寄せることが明らかになった。この結果は、Nタンパク質の機能は3万塩基ものgRNAの二箇所を手繰り寄せて架橋することで、gRNAをコンパクトに保つことであることを示唆する。長鎖RNAの構造を調べるために、蛍光相関分光法や一分子蛍光分光法を用いる実験手法を確立した。600塩基や800塩基の長鎖RNA試料が、Nタンパク質との結合でコンパクトに変化することを示した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究を実施することで、コロナウイルスの複製に必須の働きをもつNタンパク質の機能をより正確に理解することが可能となった。さらには、gRNAとNタンパク質が結合することで、gRNAがフォールディングを起こしてRNPを形成するgRNAのフォールディング仮説を提案した。この仮説を今後証明できれば、ウイルスの成熟過程を阻害するための効果的な方法を提案できる可能性がある。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 研究成果

    (21件)

すべて 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 3件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (14件) (うち国際学会 1件、 招待講演 3件)

  • [雑誌論文] Simple and Efficient Detection Scheme of Two-Color Fluorescence Correlation Spectroscopy for Protein Dynamics Investigation from Nanoseconds to Milliseconds2023

    • 著者名/発表者名
      Sano Yutaka、Itoh Yuji、Kamonprasertsuk Supawich、Suzuki Leo、Fukasawa Atsuhito、Oikawa Hiroyuki、Takahashi Satoshi
    • 雑誌名

      ACS Physical Chemistry Au

      巻: 4 号: 1 ページ: 85-93

    • DOI

      10.1021/acsphyschemau.3c00040

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Citrullinated fibrinogen-SAAs complex causes vascular metastagenesis2023

    • 著者名/発表者名
      Han Yibing、Tomita Takeshi、Kato Masayoshi、Ashihara Norihiro、Higuchi Yumiko、Matoba Hisanori、Wang Weiyi、Hayashi Hikaru、Itoh Yuji、Takahashi Satoshi、Kurita Hiroshi、Nakayama Jun、Okumura Nobuo、Hiratsuka Sachie
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 号: 1 ページ: 4960-4960

    • DOI

      10.1038/s41467-023-40371-1

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Flexible Target Recognition of the Intrinsically Disordered DNA-Binding Domain of CytR Monitored by Single-Molecule Fluorescence Spectroscopy2022

    • 著者名/発表者名
      Mitra Shrutarshi、Oikawa Hiroyuki、Rajendran Divya、Kowada Toshiyuki、Mizukami Shin、Naganathan Athi N.、Takahashi Satoshi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 126 号: 33 ページ: 6136-6147

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c02791

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Hyper-mobile Water and Raman 2900 cm<sup>?1</sup> Peak Band of Water Observed around Backbone Phosphates of Double Stranded DNA by High-Resolution Spectroscopies and MD Structural Feature Analysis of Water2022

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Makoto、Tsuchiko Akira、Tanaka Yoshiyuki、Matubayasi Nobuyuki、Mogami George、Uozumi Nobuyuki、Takahashi Satoshi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 127 号: 1 ページ: 285-299

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c06952

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Quantification of Entropic Excluded Volume Effects Driving Crowding-Induced Collapse and Folding of a Disordered Protein2022

    • 著者名/発表者名
      Rajendran Divya、Mitra Shrutarshi、Oikawa Hiroyuki、Madhurima Kulkarni、Sekhar Ashok、Takahashi Satoshi、Naganathan Athi N.
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 13 号: 13 ページ: 3112-3120

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.2c00316

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Molecular principles of recruitment and dynamics of guest proteins in liquid droplets2021

    • 著者名/発表者名
      Kamagata Kiyoto、Iwaki Nanako、Hazra Milan Kumar、Kanbayashi Saori、Banerjee Trishit、Chiba Rika、Sakomoto Seiji、Gaudon Virginie、Castaing Bertrand、Takahashi Hiroto、Kimura Michiko、Oikawa Hiroyuki、Takahashi Satoshi、Levy Yaakov
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 号: 1 ページ: 19323-19323

    • DOI

      10.1038/s41598-021-98955-0

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Extracellular mRNA transported to the nucleus exerts translation-independent function2021

    • 著者名/発表者名
      Tomita Takeshi、Kato Masayoshi、Mishima Taishi、Matsunaga Yuta、Sanjo Hideki、Ito Ken-ichi、Minagawa Kentaro、Matsui Toshimitsu、Oikawa Hiroyuki、Takahashi Satoshi、Takao Toshifumi、Iwai Noriki、Mino Takashi、Takeuchi Osamu、Maru Yoshiro、Hiratsuka Sachie
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 号: 1 ページ: 3655-3655

    • DOI

      10.1038/s41467-021-23969-1

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Conformational elucidation of SARS-CoV2 genomic RNA elements by single-molecule FRET measurements2023

    • 著者名/発表者名
      Shrutarshi Mitra, Yuji Itoh, Takuya Katayama, Satoshi Takahashi
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] ウイルスRNA構造の理解のためのRNA構造の測定と推定2023

    • 著者名/発表者名
      伊藤 優志 , 片山 拓也 , 高橋 聡
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 全光子記録方式による二色蛍光相関分光法:ナノ秒からミリ秒領域におけるタンパク質ダイナミクスの観測2023

    • 著者名/発表者名
      佐野豊, 伊藤優志, 小井川浩之, 高橋聡
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] SARS-CoV-2スパイクタンパク質の二重蛍光ラベル化とラベル化試料の一分子蛍光分光法による構造ダイナミクスの解明2023

    • 著者名/発表者名
      森 大晟, 伊藤 優志, 鈴木 干城, 橋口 隆生, 高橋 聡
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 一分子蛍光測定を用いたSARS-CoV-2 Nタンパク質とRNAの結合様式の解明2023

    • 著者名/発表者名
      金田 直也, 遠藤 隼, 鈴木 怜和, 伊藤 優志, 小井川 浩之, 高橋 聡
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Single-molecule FRET and FCS investigation of the interaction between SARS-CoV2 N protein and RNA: Does the formation of ribonucleoprotein granule resemble protein folding?2023

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Takahashi
    • 学会等名
      8th Asian Spectroscopy Conference 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ポストAlphaFold時代のフォールディング研究2023

    • 著者名/発表者名
      髙橋 聡
    • 学会等名
      日本生物物理学会東北支部会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] タイムタグ光子測定方式によるナノ秒蛍光相関分光測定システムの開発2023

    • 著者名/発表者名
      佐野豊, 伊藤優志, 小井川浩之, 高橋聡
    • 学会等名
      日本生物物理学会東北支部会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] AlphaFold時代にこそ重要性を増すアンサンブルおよび一分子蛍光分光法の基礎2022

    • 著者名/発表者名
      髙橋 聡
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] タイムタグ光子測定方式によるナノ秒蛍光相関分光測定システムの開発2022

    • 著者名/発表者名
      佐野豊, 伊藤優志, 小井川浩之, 高橋聡
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 一分子蛍光測定を目指した SARS-CoV2 の N 蛋白質の精製及びラベル化2022

    • 著者名/発表者名
      遠藤隼, 伊藤優志, 小井川浩之, 高橋聡
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Single molecule fluorescence investigations on the structure transitions of LAF1- RGG upon the RNA binding and the droplet formation2021

    • 著者名/発表者名
      Kanna Fujita, Michiko Kimura, Hiroto Takahashi, Satoshi Takahashi, Hiroyuki Oikawa
    • 学会等名
      The 59th Annual Meeting of the Biophysical Society
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Structural Characterization of RNA upon the binding with SARS-CoV-2 N Protein by Single Molecule Fluorescence Measurements2021

    • 著者名/発表者名
      Leo Suzuki, Hiroyuki Oikawa, Satoshi Takahashi
    • 学会等名
      The 59th Annual Meeting of the Biophysical Society
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Conformational dynamics of E. coil Cytidine Repressor DNA Binding domain studied by Single-molecule Fluorescence Spectroscopy2021

    • 著者名/発表者名
      Shrutarshi Mitra, Hiroyuki Oikawa, Divya Rajendran, Athi N.Naganathan, Satoshi Takahashi
    • 学会等名
      The 59th Annual Meeting of the Biophysical Society
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-01-30  

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