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ヒトキノームの基質認識モチーフ探索

研究課題

研究課題/領域番号 21H02466
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分43060:システムゲノム科学関連
研究機関京都大学

研究代表者

杉山 直幸  京都大学, 薬学研究科, 准教授 (50545704)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
17,160千円 (直接経費: 13,200千円、間接経費: 3,960千円)
2023年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2022年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
2021年度: 6,110千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 1,410千円)
キーワードプロテオミクス / シグナル伝達 / タンパク質キナーゼ / 質量分析 / キナーゼ / LC/MS/MS
研究開始時の研究の概要

ヒトには500種類以上のプロテインキナーゼが存在し、選択的リン酸化により複雑なシグナル伝達ネットワークが形成されると考えられるが、大部分のキナーゼの機能はほとんど明らかになっていない。本研究課題では、機能未知のタンパク質リン酸化部位について責任キナーゼを予測、同定するために、in vitroキナーゼ試験に基づいた大規模なキナーゼ結合モチーフの探索と、その結合親和性の評価を行う。また、同定されたキナーゼ結合モチーフとキナーゼ選択的にリン酸化される基質配列を組み合わせることで、超高選択的人工基質ペプチドを創出し、細胞内のキナーゼ全体の活性を区別して、かつ同時に計測する手法を開発する。

研究成果の概要

細胞内での全プロテインキナーゼ(キノーム)の機能、役割を解明することを目指して、ヒトの全タンパク質(プロテオーム)内に存在するキナーゼ基質モチーフ、キナーゼ結合モチーフの網羅的探索を行い、生体内で起こるタンパク質リン酸化反応についてその責任キナーゼをキノームレベルで予測、同定した。また、同定されたモチーフ情報から、、各キナーゼに超高選択的にリン酸化される人工基質ペプチドを設計し、実験的に選択性、感度を評価した。得られたペプチドライブラリを用いて細胞内のキノーム活性を計測する手法を開発した。さらに基質配列とキナーゼ結合モチーフを連結された基質ペプチドを創出した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

各キナーゼの生理的条件下における基質選択性の予測、およびキナーゼ高選択的選択的基質ペプチドによるキナーゼ活性の一斉計測が可能になったことにより、大規模リン酸化プロテオームデータの有効活用と補間、シグナル伝達の詳細な制御機構や細胞内リン酸化ネットワークの全体像の解明につながることが期待できる。タンパク質のリン酸化異常が関与する多くの疾病のメカニズム解明や病気の診断や層別化、新規な分子標的薬の開発にも応用可能であると考える。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 研究成果

    (19件)

すべて 2024 2023 2022 2021 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 1件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 2件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Light-induced stomatal opening requires phosphorylation of the C-terminal autoinhibitory domain of plasma membrane H+-ATPase2024

    • 著者名/発表者名
      Fuji Saashia、Yamauchi Shota、Sugiyama Naoyuki、Kohchi Takayuki、Nishihama Ryuichi、Shimazaki Ken-ichiro、Takemiya Atsushi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 15 号: 1 ページ: 1195-1195

    • DOI

      10.1038/s41467-024-45236-9

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Validity of the cell‐extracted proteome as a substrate pool for exploring phosphorylation motifs of kinases2023

    • 著者名/発表者名
      Niinae Tomoya、Sugiyama Naoyuki、Ishihama Yasushi
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 28 号: 10 ページ: 727-735

    • DOI

      10.1111/gtc.13063

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Motif-Targeting Phosphoproteome Analysis of Cancer Cells for Profiling Kinase Inhibitors2022

    • 著者名/発表者名
      Ogata Kosuke、Takagi Shunsuke、Sugiyama Naoyuki、Ishihama Yasushi
    • 雑誌名

      Cancers

      巻: 15 号: 1 ページ: 78-78

    • DOI

      10.3390/cancers15010078

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Motif-centric phosphoproteomics to target kinase-mediated signaling pathways2022

    • 著者名/発表者名
      Chia-Feng Tsai, Kosuke Ogata, Naoyuki Sugiyama, Yasushi Ishihama
    • 雑誌名

      Cell Reports Methods

      巻: 2 号: 1 ページ: 100138-100138

    • DOI

      10.1016/j.crmeth.2021.100138

    • NAID

      120007187415

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Identification of Endogenous Kinase Substrates by Proximity Labeling Combined with Kinase Perturbation and Phosphorylation Motifs.2021

    • 著者名/発表者名
      Niinae T, Imami K, Sugiyama N, Ishihama Y.
    • 雑誌名

      Mol Cell Proteomics

      巻: 20 ページ: 100119-100119

    • DOI

      10.1016/j.mcpro.2021.100119

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] ボトムアップ法によるリン酸化プロテオフォーム解析と課題2023

    • 著者名/発表者名
      杉山直幸
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会 2023 年大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Enrichment of tyrosine-phosphorylated peptides using immobilized metal ion affinity chromatography2023

    • 著者名/発表者名
      Naoyuki Sugiyama, Shogo Furuya, Kana Nakata, Saki Nambu, Yasushi Ishihama
    • 学会等名
      11th AOHUPO and 7th AOAPO
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Kinase-specific substrate peptides for kinome activity profiling2023

    • 著者名/発表者名
      Junqi Liang, Mao Uehara, Junna Nakazono, Dai Sakamoto, Naoyuki Sugiyama, Yasushi Ishihama
    • 学会等名
      3rd International BMS Symposium 2023 in Kyoto
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Development and optimization of kinome activity profiling approaches based on kinase-specific substrate peptides2023

    • 著者名/発表者名
      Liang Junqi, 上原 茉緒, 中園 純菜, 坂本 大, 杉山 直幸, 石濱 泰
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会 2023 年大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 人工基質ペプチドを用いるキナーゼアイソフォーム特異的な活性計測2023

    • 著者名/発表者名
      戸井沙紀、Liang Junqi、花田毅己、中園純菜、坂本大、杉山直幸、石濱泰
    • 学会等名
      日本薬学会第144年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] リン酸化プロテオミクスを応用したキノーム活性評価法の開発2022

    • 著者名/発表者名
      杉山直幸、石濱泰
    • 学会等名
      第29回クロマトグラフィーシンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ヒトキノーム活性計測および予測法の開発2022

    • 著者名/発表者名
      杉山直幸、石濱泰
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2022年大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 配位子交換クロマトグラフィーによるチロシンリン酸化ペプチド濃縮プラットフォームの開発2022

    • 著者名/発表者名
      古屋翔梧、中田花菜、南部早紀、金尾英佑、小形公亮、杉山直幸、石濱泰
    • 学会等名
      日本薬学会第143年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] In vitroリン酸化タグを用いたタンパク質の構造変化検出法の開発2022

    • 著者名/発表者名
      前田朝登、小形公亮、杉山直幸、石濱泰
    • 学会等名
      日本薬学会第142年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] チロシンホスファターゼ網羅的解析に向けたリン酸化チロシンミミックペプチドプローブの開発2021

    • 著者名/発表者名
      新苗智也、 津曲和哉、 今見考志、 杉山直幸、 大石真也 、大野浩章、 大高章、 石濱泰
    • 学会等名
      BMAS2021 第33回バイオメディカル分析科学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] ナノLC/イオンモビリティスペクトロメトリー/MSを用いた新規プロテオーム解析手法の開発2021

    • 著者名/発表者名
      中井郁那、富岡亮太、杉山直幸、小形公亮、石濱泰
    • 学会等名
      BMAS2021 第33回バイオメディカル分析科学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] シグナル伝達経路解明に向けたキナーゼ基質モチーフ標的型リン酸化プロテオミクス2021

    • 著者名/発表者名
      小形公亮、Chia-Feng Tsai、杉山直幸、石濱泰
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [備考] 京都大学薬学研究科 石濱研究室

    • URL

      https://www.pharm.kyoto-u.ac.jp/seizai/

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
  • [備考] Database of in vitro human kinome profiling

    • URL

      http://seizai.pharm.kyoto-u.ac.jp/kinapple/

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-01-30  

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