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堆積物コアDNAを用いた海跡湖の近過去魚類群集と環境変遷との関係解明

研究課題

研究課題/領域番号 21H03649
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分64040:自然共生システム関連
研究機関島根大学

研究代表者

高原 輝彦  島根大学, 学術研究院農生命科学系, 教授 (10536048)

研究分担者 土居 秀幸  京都大学, 情報学研究科, 教授 (80608505)
研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2023年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2022年度: 5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)
2021年度: 7,410千円 (直接経費: 5,700千円、間接経費: 1,710千円)
キーワード環境DNA / 堆積物コア / 汽水湖 / 堆積物コアDNA / 環境DNAメタバーコーディング / 魚類相 / 古環境 / 神西湖 / 東郷湖 / 湖山池 / 海跡湖 / 魚類メタバーコーディング / 山陰 / 環境復元 / 種特異的検出 / 宍道湖 / 魚介類 / 水草 / メタバーコーディング / 魚類群集
研究開始時の研究の概要

海跡湖の湖底に堆積したコアには、自然変動や社会・経済的な影響による環境変遷の履歴が保存されている。この堆積物コアの情報を読み解くことで、過去の環境変遷に伴って海跡湖がどのような影響を受けてきたのかが明らかになる。本研究では、環境DNA分析(環境中のDNA断片から生物の生息情報を簡便に推定できる技術)を用いて、堆積物コアDNAから高次消費者及び水産有用種を含む魚類群集の復元を行い、復元された魚類群集と環境変遷の関係を解明する。その際、異なる地域性をもつ山陰の海跡湖5つをモデルケースにしてすることで、海跡湖の近過去魚類群集と環境変遷の関係の一般則と地域固有性の両側面を明らかにすることが期待できる。

研究成果の概要

山陰地域の宍道湖・中海・神西湖・東郷湖・湖山池をフィールドにした環境DNA(eDNA)メタバーコーディング(MB解析)の結果、水サンプルに比べて堆積物コアサンプルでは検出される魚類eDNAはかなり少ないことがわかった。また、宍道湖などと比べて、中海では比較的深い層のコアまで魚類eDNAが検出されたことから、各湖の塩分の高低が堆積物コアの魚類eDNAの保存状況に影響していると考えられた。加えて、種特異的eDNA分析の結果、魚類に比べて水草では深い層のコアまでeDNAが保存されている傾向がみられたことから、海跡湖の生物群集と環境変遷の関係を調べる際には水草eDNAも有用であると考えられた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

海跡湖の堆積物コアから検出できる魚類eDNAは微量であったため、湖の環境変遷を復元する際には水草eDNAも有用であることを明らかにできた学術的意義は大きいと考えている。さらに、水草種の塩分耐性の違いなどに着目することで近過去環境の大規模転換期(例えば、淡水化や汽水化等)などを解明できる可能性も見出すことができた。一方で、海跡湖5つの結果を比較することで、各湖の塩分の高さは堆積物コアにおける魚類eDNAの保存状況に影響している可能性も明らかになってきた。したがって今後は、宍道湖などの塩分が低い海跡湖において、堆積物コアから微量な魚類eDNAを効果的に検出できる手法の開発が必要であると考えられた。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 研究成果

    (34件)

すべて 2024 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (19件) (うち国際共著 1件、 査読あり 16件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (15件) (うち国際学会 1件)

  • [雑誌論文] 島根県飯南町来島湖における巨大なニホンウナギの発見報告2024

    • 著者名/発表者名
      高原輝彦・山岸聖
    • 雑誌名

      ホシザキグリーン財団研究報告

      巻: 27 ページ: 241-244

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] Comparing environmental DNA with whole pond survey to estimate the total biomass of fish species in ponds2023

    • 著者名/発表者名
      Souma Rio、Katano Izumi、Doi Hideyuki、Takahara Teruhiko、Minamoto Toshifumi
    • 雑誌名

      Freshwater Biology

      巻: 68 号: 5 ページ: 727-736

    • DOI

      10.1111/fwb.14059

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Species traits and ecosystem characteristics affect species detection by eDNA metabarcoding in lake fish communities2023

    • 著者名/発表者名
      Doi Hideyuki、以下20名
    • 雑誌名

      Freshwater Biology

      巻: 68 号: 8 ページ: 1346-1358

    • DOI

      10.1111/fwb.14107

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Environmental DNA extraction method from water for a high and consistent DNA yield2023

    • 著者名/発表者名
      Fukuzawa Takashi、Shirakura Hiromi、Nishizawa Naofumi、Nagata Hisao、Kameda Yuichi、Doi Hideyuki
    • 雑誌名

      Environmental DNA

      巻: 5 号: 4 ページ: 627-633

    • DOI

      10.1002/edn3.406

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Sedimentary DNA can reveal the past population dynamics of a pelagic copepod2023

    • 著者名/発表者名
      Kai Nakane, Xin Liu, Hideyuki Doi, Gael Dur, Michinobu Kuwae, Syuhei Ban, Narumi Tsugeki
    • 雑誌名

      Freshwater Biology

      巻: - 号: 11 ページ: 1917-1928

    • DOI

      10.1111/fwb.14096

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Discovery of unknown new ponds occupied by the endangered giant water bug Kirkaldyia deyrolli (Hemiptera: Heteroptera: Belostomatidae) by combining environmental DNA and capture surveys2023

    • 著者名/発表者名
      Ogata Shigeki、Nishiwaki Atsuhiro、Yamazoe Kanji、Sugai Kyoko、Takahara Teruhiko
    • 雑誌名

      Entomological Science

      巻: 26 号: 1

    • DOI

      10.1111/ens.12540

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 環境DNAとDNAバーコーディングを用いたニホンウナギの稚魚期に関する予備的調査2023

    • 著者名/発表者名
      山岸聖、吉田真明、福井克也、高原輝彦
    • 雑誌名

      ホシザキグリーン財団研究報告

      巻: 26 ページ: 215-228

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Effective environmental DNA collection for an endangered catfish species: testing for habitat and daily periodicity2022

    • 著者名/発表者名
      Takahara Teruhiko、Doi Hideyuki、Kosuge Toshihiro、Nomura Nanae、Maki Nobutaka、Minamoto Toshifumi、Watanabe Katsutoshi
    • 雑誌名

      Ichthyological Research

      巻: - 号: 4 ページ: 000-000

    • DOI

      10.1007/s10228-022-00900-2

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of primer?probe sets for environmental DNA-based monitoring of pond smelt Hypomesus nipponensis and Japanese icefish Salangichthys microdon2022

    • 著者名/発表者名
      Takahara Teruhiko、Fukui Katsuya、Hiramatsu Daisuke、Doi Hideyuki、Fujii Masato、Minamoto Toshifumi
    • 雑誌名

      Landscape and Ecological Engineering

      巻: 00 号: 1 ページ: 000-000

    • DOI

      10.1007/s11355-022-00507-9

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Environmental DNA methods for detecting two invasive alien species (American bullfrog and red swamp crayfish) in Japanese ponds2022

    • 著者名/発表者名
      Ogata Shigeki、Doi Hideyuki、Igawa Takeshi、Komaki Shohei、Takahara Teruhiko
    • 雑誌名

      Ecological Research

      巻: 37 号: 6 ページ: 701-710

    • DOI

      10.1111/1440-1703.12341

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Filtration extraction method using a microfluidic channel for measuring environmental DNA2022

    • 著者名/発表者名
      Fukuzawa Takashi、Kameda Yuichi、Nagata Hisao、Nishizawa Naofumi、Doi Hideyuki
    • 雑誌名

      Molecular Ecology Resources

      巻: 22 号: 7 ページ: 2651-2661

    • DOI

      10.1111/1755-0998.13657

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Reconstruction of 100-year dynamics in Daphnia spawning activity revealed by sedimentary DNA.2022

    • 著者名/発表者名
      Narumi Tsugeki, Kai Nakane, Hideyuki Doi, Natsuki Ochi and Michinobu Kuwae
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 12 号: 1 ページ: 1741-1741

    • DOI

      10.1038/s41598-021-03899-0

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Compilation of real-time PCR conditions toward the standardization of eDNA methods2021

    • 著者名/発表者名
      Doi H, Minamoto T, Takahara T, Tsuji S, Uchii K, Yamamoto S, Katano I, Yamanaka H
    • 雑誌名

      Ecological Research

      巻: online first 号: 3 ページ: 1-10

    • DOI

      10.1111/1440-1703.12217

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Utility of environmental DNA analysis for effective monitoring of invasive fish species in reservoirs.2021

    • 著者名/発表者名
      Jo T, Ikeda S, Fukuoka A, Inagawa T, Okitsu J, Katano I, Doi H, Nakai K, Ichiyanagi H, Minamoto T
    • 雑誌名

      Ecosphere

      巻: 12 号: 6 ページ: 0000-0000

    • DOI

      10.1002/ecs2.3643

    • NAID

      120007119350

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Simultaneous absolute quantification and sequencing of fish environmental DNA in a mesocosm by quantitative sequencing technique.2021

    • 著者名/発表者名
      Hoshino T, Nakao R, Doi H, Minamoto T
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 号: 1 ページ: 4372-4372

    • DOI

      10.1038/s41598-021-83318-6

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Degradation modeling of water environmental DNA: Experiments on multiple DNA sources in pond and seawater2021

    • 著者名/発表者名
      Saito Tatsuya、Doi Hideyuki
    • 雑誌名

      Environmental DNA

      巻: 3 号: 4 ページ: 850-860

    • DOI

      10.1002/edn3.192

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Estimation of biodiversity metrics by environmental DNA metabarcoding compared with visual and capture surveys of river fish communities2021

    • 著者名/発表者名
      Doi Hideyuki、Inui Ryutei、Matsuoka Shunsuke、Akamatsu Yoshihisa、Goto Masuji、Kono Takanori
    • 雑誌名

      Freshwater Biology

      巻: ‐ 号: 7 ページ: 1257-1266

    • DOI

      10.1111/fwb.13714

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] On‐site environmental DNA detection of species using ultrarapid mobile PCR2021

    • 著者名/発表者名
      Doi Hideyuki、Watanabe Takeshi、Nishizawa Naofumi、Saito Tatsuya、Nagata Hisao、Kameda Yuichi、Maki Nobutaka、Ikeda Kousuke、Fukuzawa Takashi
    • 雑誌名

      Molecular Ecology Resources

      巻: 21 号: 7 ページ: 2364-2368

    • DOI

      10.1111/1755-0998.13448

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Illumina iSeq 100 and MiSeq exhibit similar performance in freshwater fish environmental DNA metabarcoding2021

    • 著者名/発表者名
      Nakao Ryohei、Inui Ryutei、Akamatsu Yoshihisa、Goto Masuji、Doi Hideyuki、Matsuoka Shunsuke
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 号: 1 ページ: 15763-15763

    • DOI

      10.1038/s41598-021-95360-5

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 環境DNAを用いた宍道湖・中海におけるニホンウナギの中・長期的モニタリングから見えてきたこと2023

    • 著者名/発表者名
      永田晃弘・山岸聖・辻井彩花・稲岡悠樹・高原輝彦
    • 学会等名
      生物系三学会中国四国地区合同大会(2023年度 徳島大会)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Estimation of paleoenvironment in Lake Shinji through aquatic plant eDNA and CNS analyses using brackish lake sediment cores2023

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Yamagishi, Koji Seto, Yasuhide Nakamura, Teruhiko Takahara
    • 学会等名
      The eDNA Society International Meeting 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 宍道湖堆積物コアを用いた水草DNA解析とCNS元素分析による古環境の推定2023

    • 著者名/発表者名
      山岸聖・仲村康秀・瀬戸浩二・高原輝彦
    • 学会等名
      島根大学 エスチュアリー研究センター(EsReC) 第30回汽水域研究発表会 汽水域研究会第10回例会 汽水域合同研究発表会2023(ハイブリッド)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 中長期的な環境DNA観測が実現する水草2種の年変動や季節変動の推定2023

    • 著者名/発表者名
      高原輝彦・山岸聖 ・下田莉奈・永田晃弘
    • 学会等名
      島根大学 エスチュアリー研究センター(EsReC) 第30回汽水域研究発表会 汽水域研究会第10回例会 汽水域合同研究発表会2023(ハイブリッド)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 宍道湖における過去1000年の環境変化と水草の繁茂履歴2023

    • 著者名/発表者名
      瀬戸浩二・香月興太・仲村康秀・齋藤文紀・辻本彰・高原輝彦・橋口亜由未・安藤卓人・入月俊明
    • 学会等名
      島根大学 エスチュアリー研究センター(EsReC) 第30回汽水域研究発表会 汽水域研究会第10回例会 汽水域合同研究発表会2023(ハイブリッド)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 環境DNAおよびDNA標識を用いたモクズガニ種苗の放流後の追跡調査2022

    • 著者名/発表者名
      増成伸文・竹本浩之・草加耕司・野口大毅・山中裕樹・高原輝彦
    • 学会等名
      日本甲殻類学会第60回大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] DNAメタバーコーディング等を応用した生態系構造の長期的変遷解明2022

    • 著者名/発表者名
      仲村康秀・瀬戸浩二・安藤卓人・香月興太・齋藤文紀・小木曽映里・山岸聖・高原輝彦
    • 学会等名
      日本海洋学会(2022年度秋季大会)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 堆積物コアDNAを用いた宍道湖におけるマクロ生物の近過去生息状況の推定2022

    • 著者名/発表者名
      山岸聖・小室隆・神門利之・引野愛子・坂田雅之・源利文・下田莉奈・高原輝彦
    • 学会等名
      生物系三学会中国四国地区合同大会(2022年度島根大会)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 環境DNAを用いた宍道湖・中海におけるニホンウナギの5年間の長期モニタリング2022

    • 著者名/発表者名
      辻井彩花・永田晃弘・山岸聖・高原輝彦
    • 学会等名
      島根大学エスチュアリー研究センター(EsReC) 第29回汽水域研究発表会 汽水域研究会第10回例会 汽水域合同研究発表会2022
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 宍道湖における堆積物コアDNAを指標にした水生動植物の過去の時系列変動の解明2022

    • 著者名/発表者名
      山岸聖・下田莉奈・小室隆・神門利之・引野愛子・坂田雅之・源利文・高原輝彦
    • 学会等名
      島根大学エスチュアリー研究センター(EsReC) 第29回汽水域研究発表会 汽水域研究会第10回例会 汽水域合同研究発表会2022
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Seda DNAを用いた宍道湖における過去の車軸藻類の復元2022

    • 著者名/発表者名
      小室隆・神門利之・加藤季晋・引野愛子・山岸聖・高原輝彦・後藤益滋・坂田雅之・源利文
    • 学会等名
      2022年日本地理学会春季学術大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 中長期的な環境DNA観測からみえてきた宍道湖・中海の動植物個体群動態2022

    • 著者名/発表者名
      高原輝彦
    • 学会等名
      3大学連携キックオフシンポジウム(新潟大・金沢大・島根大 環境シンポジウム)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 環境DNAを用いた宍道湖のヤマトシジミとモクズガニの調査事例2021

    • 著者名/発表者名
      高原輝彦
    • 学会等名
      2021年日本ベントス学会・日本プランクトン学会合同大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 環境DNAを用いたヤマトシジミ資源量推定の試み2021

    • 著者名/発表者名
      楠田聡・山﨑哲也・安藤大成・真野修一・神戸崇・荒木仁志・高原輝彦
    • 学会等名
      第4回環境DNA学会オンライン大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 環境DNAを用いた宍道湖・中海の流出入河川8本における回遊魚4種の生息実態の推定2021

    • 著者名/発表者名
      山岸 聖・土居秀幸・高原輝彦
    • 学会等名
      第4回環境DNA学会オンライン大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-01-30  

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