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スフィンゴ脂質病の新規治療法を指向した光キャプチャーによるSMS2阻害様式の解明

研究課題

研究課題/領域番号 21K05303
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分37030:ケミカルバイオロジー関連
研究機関北海道大学

研究代表者

村井 勇太  北海道大学, 農学研究院, 准教授 (20707038)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2023年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2022年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2021年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
キーワードスフィンゴミエリン合成酵素2 / 光アフィニティーラベル / スフィンゴ脂質 / 阻害剤 / 肥満 / 癌 / スフィンゴミエリン合成酵素2 / クリックケミストリー / 化学プローブ / スフィンゴミエリン合成酵素 / ノシル / ジアジリン / 光アフィニティーラベル法 / アルツハイマー病 / 白血病
研究開始時の研究の概要

細胞膜に存在するスフィンゴミエリン合成酵素2 (SMS2)はマイクロドメイン中のスフィンゴミエリン量を調節する役割を担うとされるが、より詳細な働きは未だ不明な点が多い。特にSMS2欠損マウスの表現系として『肥満抑制』や『悪性腫瘍に対する免疫の亢進』、『アミロイドβを神経細胞から除去する可能性が示唆されているエクソソームの増産』といったアンメットメディカルニーズ対象疾病への改善報告がなされている。本研究では独自のSMS2阻害剤を搭載したノシル型ジアジリン光アフィニティープローブを創成し、阻害剤-SMS2間の結合様式を解明することでSMS2リード開発へ貢献する。

研究成果の概要

未だ共結晶構造が解かれていないスフィンゴミエリン合成酵素2(SMS2)とリガンド間の結合様式を光アフィニティーラベル法(PAL)によって解明することとした。独自開発したSMS2阻害剤の骨格をベースに2種類の光アフィニティープローブを合成し、そのうちの一つがSMS2の分子量である43kDaに特異的なタンパク質を釣り上げていることをSDS-PAGEで確認した。このバンドをゲル内酵素消化を行い、質量分析を行った結果、目的のSMS2を釣り上げていることに成功した。今後はSMS2の発現量を増やすことで、結合部位解明が期待できる段階まで進めることができた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

現在までにX線結晶構造解析法やクライオ電子顕微鏡法によるSMS2単独およびリガンド間の結晶構造が解かれた例はない。本研究成果は光アフィニティーラベル法による結合部位解明まであと一歩のところまで迫ることができ、今後はタンパク質科学の専門家と共同で本研究を進めることでSMS2-阻害剤間の結合部位解明が期待できる。結合部位の解明がなされればin silico研究による生体分子に適切なSMS2阻害リード骨格を素早く提案可能になるとされ、肥満やガン、認知症などのアンメットメディカルニーズ対象疾病に対する新規改善アプローチを開拓できると期待される。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (34件)

すべて 2024 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (13件) (うち国際共著 1件、 査読あり 13件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (21件)

  • [雑誌論文] Racemization of the substrate and product by serine palmitoyltransferase from Sphingobacterium multivorum yields two enantiomers of the product from d-serine2024

    • 著者名/発表者名
      Ikushiro Hiroko、Honda Takumi、Murai Yuta、Murakami Taiki、Takahashi Aya、Sawai Taiki、Goto Haruna、Ikushiro Shin-ichi、Miyahara Ikuko、Hirabayashi Yoshio、Kamiya Nobuo、Monde Kenji、Yano Takato
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 300 号: 3 ページ: 105728-105728

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2024.105728

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Biocompatible and Water-Soluble Shortwave-Infrared (SWIR)-Emitting Cyanine-Based Fluorescent Probes for In Vivo Multiplexed Molecular Imaging2024

    • 著者名/発表者名
      Mahadeva M. M. Swamy, Yuta Murai, Kenji Monde, Setsuko Tsuboi, Aravind K. Swamy, Takashi Jin
    • 雑誌名

      ACS Applied Materials & Interfaces

      巻: 16 号: 14 ページ: 17253-17266

    • DOI

      10.1021/acsami.4c01000

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Stereochemistry of Sphingolipids in Ganglioside GM3 Enhances Recovery of Nervous Functionality2023

    • 著者名/発表者名
      Koolath Sajeer、Murai Yuta、Suzuki Tomoya、Swamy Mahadeva M. M.、Usuki Seigo、Monde Kenji
    • 雑誌名

      ACS Medicinal Chemistry Letters

      巻: 14 号: 9 ページ: 1237-1241

    • DOI

      10.1021/acsmedchemlett.3c00252

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Stereochemistry‐activity relationship of ceramide‐induced exosome production to clear amyloid‐β in Alzheimer's disease2023

    • 著者名/発表者名
      Abdelrasoul Mariam、Yuyama Kohei、Swamy Mahadeva M. M.、Murai Yuta、Monde Kenji
    • 雑誌名

      Chirality

      巻: 35 号: 9 ページ: 577-585

    • DOI

      10.1002/chir.23568

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural insights into the substrate recognition of serine palmitoyltransferase from Sphingobacterium multivorum2023

    • 著者名/発表者名
      Ikushiro Hiroko、Murakami Taiki、Takahashi Aya、Katayama Asuka、Sawai Taiki、Goto Haruna、Koolath Sajeer、Murai Yuta、Monde Kenji、Miyahara Ikuko、Kamiya Nobuo、Yano Takato
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 299 号: 5 ページ: 104684-104684

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2023.104684

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Accumulation of squalene in filamentous fungi <i>Trichoderma virens</i> PS1-7 in the presence of butenafine hydrochloride, squalene epoxidase inhibitor: biosynthesis of 13C-enriched squalene2023

    • 著者名/発表者名
      Zhang Wen、Sunami Kazu、Liu Shuo、Zhuang Zihan、Sakihama Yasuko、Zhou Da-Yang、Suzuki Takeyuki、Murai Yuta、Hashimoto Makoto、Hashidoko Yasuyuki
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      巻: 87 号: 10 ページ: 1129-1138

    • DOI

      10.1093/bbb/zbad102

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Heteroaromatic Diazirines Are Essential Building Blocks for Material and Medicinal Chemistry2023

    • 著者名/発表者名
      Murai Yuta、Hashimoto Makoto
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 28 号: 3 ページ: 1408-1408

    • DOI

      10.3390/molecules28031408

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Evaluation of Plant Ceramide Species-Induced Exosome Release from Neuronal Cells and Exosome Loading Using Deuterium Chemistry2022

    • 著者名/発表者名
      Murai Yuta、Honda Takumi、Yuyama Kohei、Mikami Daisuke、Eguchi Koichi、Ukawa Yuichi、Usuki Seigo、Igarashi Yasuyuki、Monde Kenji
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 23 号: 18 ページ: 10751-10751

    • DOI

      10.3390/ijms231810751

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A near-infrared fluorescent long-chain fatty acid toward optical imaging of cardiac metabolism in living mice2022

    • 著者名/発表者名
      Swamy Mahadeva M. M.、Zubir Mohamad Zarif Mohd、Mutmainah、Tsuboi Setsuko、Murai Yuta、Monde Kenji、Hirano Ken-ichi、Jin Takashi
    • 雑誌名

      The Analyst

      巻: 147 号: 19 ページ: 4206-4212

    • DOI

      10.1039/d2an00999d

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Shortwave-infrared (SWIR) emitting annexin V for high-contrast fluorescence molecular imaging of tumor apoptosis in living mice2022

    • 著者名/発表者名
      Swamy Mahadeva M. M.、Tsuboi Setsuko、Murai Yuta、Monde Kenji、Jin Takashi
    • 雑誌名

      RSC Advances

      巻: 12 号: 30 ページ: 19632-19639

    • DOI

      10.1039/d2ra03315a

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Design and Synthesis of 1,3-Bis(3-(trifluoromethyl)diazirin-3-yl)phenylalanine for Efficient Photo Cross-Linking2022

    • 著者名/発表者名
      Murai Yuta、Hashimoto Makoto、Yoshida Takuma、Puteri Tachrim Zetryana
    • 雑誌名

      HETEROCYCLES

      巻: 104 号: 1 ページ: 167-167

    • DOI

      10.3987/com-21-14563

    • NAID

      40022781397

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Evaluation of Chiral N,N-Dimethyl-Sphingosine for the interaction between NGF and trkA2022

    • 著者名/発表者名
      Yuta Murai, Akihiro Sekiguchi, Taeko Hirakawa, Seigo Usukia, Yasuyuki Igarashi, Kenji Monde
    • 雑誌名

      Chirality

      巻: 24 号: 5 ページ: 807-812

    • DOI

      10.1002/chir.23433

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Penta-deuterium-labeled 4E, 8Z-sphingadienine for rapid analysis in sphingolipidomics study2022

    • 著者名/発表者名
      Yuta Murai, Kohei Yuyama, Daisuke Mikami, Yasuyuki Igarashi, Kenji Monde
    • 雑誌名

      Chem. Phys. Lipids

      巻: 245 ページ: 105202-105202

    • DOI

      10.1016/j.chemphyslip.2022.105202

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 精巣、精子に特異的に存在する極長鎖多価不飽和脂肪酸含有スフィンゴ脂質の合成2024

    • 著者名/発表者名
      大塚汐里、村井勇太、門出健次
    • 学会等名
      日本化学会第104春季年会(2024)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] SphingobacteriumSPT代謝産物 3-ケトジヒドロスフィンゴシンの立体解析2024

    • 著者名/発表者名
      村井 勇太、本田 拓巳、生城 浩子、矢野 貴人、門出 健次
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] スフィンゴミエリン合成酵素2の機能と阻害剤開発アプローチ2023

    • 著者名/発表者名
      村井勇太、阿部美良乃、佐藤 長緒、眞木 美帆、門出 健次
    • 学会等名
      日本ケミカルバイオロジー学会 第17回年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 代謝産物3-ケトジヒドロスフィンゴシンの立体解析法開発と応用2023

    • 著者名/発表者名
      村井勇太、本田拓巳、橋本 誠、門出健次
    • 学会等名
      2023年度 日本農芸化学会北海道支部/第53回 日本栄養・食糧学会 北海道支部 合同学術講演会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Accumulation of squalene in filamentous fungi Trichoderma virens PS1-7 in the presence of butenafine hydrochloride, squalene epoxidase inhibitor. -Biosynthesis of 13C-enriched squalene2023

    • 著者名/発表者名
      Wen Zhang, Kazu Sunami, Shuo Liu, Zihan Zhuang, Yasuko Sakihama, Yuta Murai, Makoto Hashimoto, Yasuyuki Hashidoko
    • 学会等名
      023年度 日本農芸化学会北海道支部/第53回 日本栄養・食糧学会 北海道支部 合同学術講演会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 精巣、精子中に特異的に存在する 多価不飽和極長鎖脂肪酸含有スフィンゴ脂質の合成2023

    • 著者名/発表者名
      大塚汐里、村井勇太、門出健次
    • 学会等名
      日本化学会北海道支部2023年夏季研究発表会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 3-ケトジヒドロスフィンゴシンの立体解析法開発と Sphingobacterium SPTによる代謝産物への応用2023

    • 著者名/発表者名
      村井 勇太、本田 拓巳、生城 浩子、矢野 貴人、門出 健次
    • 学会等名
      第16回セラミド研究会学術集会・第17回スフィンゴテラピィ研究会 合同年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 男性生殖機能に重要とされる多価不飽和極長鎖脂肪酸含有スフィンゴ脂質群の合成2023

    • 著者名/発表者名
      大塚汐里、村井勇太、門出健次
    • 学会等名
      第16回セラミド研究会学術集会・第17回スフィンゴテラピィ研究会 合同年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 光アフィニティーラベル用スフィンゴミエリン合成酵素2選択的阻害剤の創製と結合ドメイン解析の評価2023

    • 著者名/発表者名
      阿部 美良乃、村井 勇太、佐藤 長緒、眞木 美帆、光武 進、谷口 真、門出 健次
    • 学会等名
      日本化学会 第103春季年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 細菌由来セリンパルミトイル転移酵素の基質認識に関する構造学的考察2022

    • 著者名/発表者名
      生城浩子、村上大毅、高橋亜弥、竪山あすか、澤井大樹、後藤春菜、サジール クーラス、本田拓巳、村井勇太、門出健次、宮原郁子、神谷信夫、矢野貴人
    • 学会等名
      日本生化学会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] スフィンゴミエリン合成酵素2と阻害剤間の結合様式解明を指向した新規光キャプチャー創製の研究2022

    • 著者名/発表者名
      阿部 美良乃、村井 勇太、佐藤 長緒、眞木 美帆、門出 健次
    • 学会等名
      第15回セラミド研究会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 植物型スフィンガジエニンによる皮膚バリア改善効果の機序解明研究2022

    • 著者名/発表者名
      奥川 真奈美、村井 勇太、湯山 耕平、門出 健次
    • 学会等名
      第15回セラミド研究会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 精巣、精子活性に関わる多価不飽和極長鎖脂肪酸含有スフィンゴ脂質の合成2022

    • 著者名/発表者名
      大塚 汐里、村井 勇太、門出 健次
    • 学会等名
      第15回セラミド研究会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 植物セラミドによるエクソソーム放出増進と動的メカニズムの研究2022

    • 著者名/発表者名
      村井 勇太、本田 拓巳、湯山 耕平、五十嵐 靖之、門出 健次
    • 学会等名
      日本化学会 第102春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] スフィンゴ脂質病の治療法を指向した新規光キャプチャー創製の研究2022

    • 著者名/発表者名
      阿部 美良乃、村井 勇太、佐藤 長緒、眞木 美帆、門出 健次
    • 学会等名
      日本化学会 第102春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Malabaricone C as a novel SARS-CoV-2 inhibitor from spices2022

    • 著者名/発表者名
      Mutmainah, Yuta Murai, Sajeer Koolath, Seigo Usuki, Kohei Yuyama, Shinji Nakaoka, Michihito Sasaki, Yasuko Orba, Akihiko Sato, Yasuyuki Igarashi, Hirofumi Sawa, Kenji Monde
    • 学会等名
      日本化学会 第102春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] キラルHPLCによる生合成3-ケトジヒドロスフィンゴシンの立体解析法の開発と代謝産物解析2021

    • 著者名/発表者名
      本田 拓巳、村井 勇太、生城 浩子、矢野 貴人、門出 健次
    • 学会等名
      日本脂質生化学会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] スフィンゴ脂質病の治療法を指向した新規光キャプチャー創製の研究2021

    • 著者名/発表者名
      阿部 美良乃、村井 勇太、門出 健次
    • 学会等名
      第15回日本ケミカルバイオロジー学会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 食品由来の天然有機化合物によるコロナウイルス感染抑制効果2021

    • 著者名/発表者名
      村井 勇太、ムトマイナー、クーラス サジール、臼杵 靖剛、湯山 耕平、中岡 慎治、佐々木 道仁、大場 靖子、佐藤 彰彦、五十嵐 靖之、澤 洋文、門出 健次
    • 学会等名
      第63回天然有機化合物討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 食品成分およびその誘導体群によるコロナウイルス感染抑制効果2021

    • 著者名/発表者名
      村井 勇太、ムトマイナー、クーラス サジール、臼杵 靖剛、湯山 耕平、中岡 慎治、佐々木 道仁、大場 靖子、佐藤 彰彦、五十嵐 靖之、澤 洋文、門出 健次
    • 学会等名
      2021 日本生化学学会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] A novel SARS-CoV-2 inhibitor found in the spice of Myristica fragrans2021

    • 著者名/発表者名
      Mutmainah, Yuta Murai, Sajeer Koolath, Seigo Usuki, Kohei Yuyama, Shinji Nakaoka, Michihito Sasaki, Yasuko Orba, Akihiko Sato, Yasuyuki Igarashi, Hirofumi Sawa, Kenji Monde
    • 学会等名
      第15回スフィンゴテラピー研究会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-01-30  

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