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非コードDNAをコアとする核内構造体による転写制御のライブ観察駆動型数理研究

研究課題

研究課題/領域番号 21K06124
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分43050:ゲノム生物学関連
研究機関広島大学

研究代表者

粟津 暁紀  広島大学, 統合生命科学研究科(理), 准教授 (00448234)

研究分担者 坂本 尚昭  広島大学, 統合生命科学研究科(理), 准教授 (00332338)
上野 勝  広島大学, 統合生命科学研究科(先), 准教授 (90293597)
研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2023年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2022年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2021年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
キーワードゲノム構造・動態 / エピゲノム / 核内構造体 / 遺伝子制御 / ウニ / イエネコ / 核スペックル / CTCF / X染色体対合形成 / 核小体 / DNA二本鎖切断修復 / 染色体動態 / ライブ観察 / 数理モデル
研究開始時の研究の概要

本研究では、機能性非コードDNAがコアとなり形成される核内構造体の未知の機能、特に「分裂酵母核のセントロメア集団と核小体の規則的な大振幅振動 」、「ウニ胚細胞核のセントロメアの核膜上偏在と核小体の核中央偏在」が転写活性領域形成へ及ぼす寄与を、蛍光ライブ観察とデータ駆動型物理モデルより考察し、「核機能におけるセントロメアや核小体の「局在・動態」の役割」、「多細胞生物の核内構造体の細胞分化に伴う「役割の変化」」
を明らかにする。分裂酵母とウニ胚両者の核内動態の研究は、核大域的な転写制御系の普遍的な時空間設計原理を浮き彫りにする。

研究成果の概要

本研究では真核生物の核内構造や動態の特徴とその発現機序について考察し、以下のことを明らかにした。(1) 核小体の構造維持と動態の制御機序、(2) DNA2本鎖切断時の酵母核内ゲノム構造変化の機序、(3) 雌マウスES細胞の細胞分化開始に伴うX染色体対合形成の機序、(4) 細胞内環境依存的な核スペックル構造の変化機序、(5) ウニCTCFの機能と動物におけるCTCFの機能の進化的側面、(6)白い被毛をもつイエネコ固有のゲノム配列の特徴と疾患への関与の可能性。

研究成果の学術的意義や社会的意義

上記は全体として、生物の活動の基盤となる転写翻訳の制御機序に関するさらなる研究の進展を促進する成果である。特に (1)(4) の解明は、近年注目されている細胞内液滴群の研究に対し、知見を提供する。 また (2)(3)の解明は、発癌とも関連するDNA損傷修復、及び遺伝子量補償による正常な発生に関連した成果であり、ゲノム構造動態に基づく医療研究を促進する将来がある。(5)の解明は、分子機能の進化のみならず、ウニという資源生物に対する深い知見を提供している。そして(6)の解明は、ネコの獣医学研究の進展を促すものである。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (20件)

すべて 2023 2022

すべて 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 1件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 9件) 学会発表 (10件) (うち国際学会 4件)

  • [雑誌論文] Possibilities of skin coat color‐dependent risks and risk factors of squamous cell carcinoma and deafness of domestic cats inferred via RNA‐seq data2023

    • 著者名/発表者名
      Awazu Akinori、Takemoto Daigo、Watanabe Kaichi、Sakamoto Naoaki
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 28 号: 12 ページ: 893-905

    • DOI

      10.1111/gtc.13076

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The crucial role of CTCF in mitotic progression during early development of sea urchin2023

    • 著者名/発表者名
      Watanabe Kaichi、Fujita Megumi、Okamoto Kazuko、Yoshioka Hajime、Moriwaki Miki、Tagashira Hideki、Awazu Akinori、Yamamoto Takashi、Sakamoto Naoaki
    • 雑誌名

      Development, Growth and Differentiation

      巻: 65 号: 7 ページ: 395-407

    • DOI

      10.1111/dgd.12875

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mathematical model of structural changes in nuclear speckle2023

    • 著者名/発表者名
      Wakao, S., Saitoh, N., Awazu, A.
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 20 号: 2 ページ: n/a

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v20.0020

    • ISSN
      2189-4779
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Formation of Small-World Network Containing Module Networks in Globally and Locally Coupled Map System with Changes in Global Connection with Time Delay Effects2023

    • 著者名/発表者名
      Nakanishi Taito、Awazu Akinori
    • 雑誌名

      Journal of the Physical Society of Japan

      巻: 92 号: 3 ページ: 034801-034801

    • DOI

      10.7566/jpsj.92.034801

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Identification of aberrant transcription termination at specific gene loci with DNA hypomethylated transcription termination sites caused by DNA methyltransferase deficiency2022

    • 著者名/発表者名
      Masaki Shirai, Takuya Nara, Haruko Takahashi, Kazuya Takayama, Yuan Chen, Yudai Hirose, Masashi Fujii, Akinori Awazu, Nobuyoshi Shimoda, and Yutaka Kikuchi
    • 雑誌名

      Genes & Genetic Systems

      巻: 97 号: 3 ページ: 139-152

    • DOI

      10.1266/ggs.21-00092

    • ISSN
      1341-7568, 1880-5779
    • 年月日
      2022-06-01
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Epigenetic-structural changes in X chromosomes promote Xic pairing during early differentiation of mouse embryonic stem cells2022

    • 著者名/発表者名
      Komoto Tetsushi、Fujii Masashi、Awazu Akinori
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 19 号: 0 ページ: n/a

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v19.0018

    • ISSN
      2189-4779
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Mathematical model of chromosomal dynamics during DNA double strand break repair in budding yeast2022

    • 著者名/発表者名
      Nakahata Shinjiro、Komoto Tetsushi、Fujii Masashi、Awazu Akinori
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 19 号: 0 ページ: n/a

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v19.0012

    • ISSN
      2189-4779
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Partial exogastrulation due to apical-basal polarity of F‐actin distribution disruption in sea urchin embryo by omeprazole2022

    • 著者名/発表者名
      Watanabe Kaichi、Yasui Yuhei、Kurose Yuta、Fujii Masashi、Yamamoto Takashi、Sakamoto Naoaki、Awazu Akinori
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: - 号: 6 ページ: 1-17

    • DOI

      10.1111/gtc.12934

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Ribosomal protein L5 facilitates rDNA-bundled condensate and nucleolar assembly2022

    • 著者名/発表者名
      Matsumori Haruka、Watanabe Kenji、Tachiwana Hiroaki、Fujita Tomoko、Ito Yuma、Tokunaga Makio、Sakata-Sogawa Kumiko、Osakada Hiroko、Haraguchi Tokuko、Awazu Akinori、Ochiai Hiroshi、Sakata Yuka、Ochiai Koji、Toki Tsutomu、Ito Etsuro、Goldberg Ilya G、Tokunaga Kazuaki、Nakao Mitsuyoshi、Saitoh Noriko
    • 雑誌名

      Life Science Alliance

      巻: 5 号: 7 ページ: 1-18

    • DOI

      10.26508/lsa.202101045

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Self-Organization of Diverse Directional Hierarchical Networks in Simple Coupled Maps with Connection Changes2022

    • 著者名/発表者名
      Nakanishi Taito、Fujii Masashi、Awazu Akinori
    • 雑誌名

      Journal of the Physical Society of Japan

      巻: 91 号: 2 ページ: 023801-023801

    • DOI

      10.7566/jpsj.91.023801

    • NAID

      210000159588

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 培養細胞を用いた白いネコ特有のゲノムと疾患の解析2023

    • 著者名/発表者名
      渡邊 開智, 竹本 大悟, 坂本 尚昭, 粟津 暁紀
    • 学会等名
      日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] リピート DNA 配列から染色体内および染色体間の動態の法則を探る2023

    • 著者名/発表者名
      奈良 拓也, 高橋 治子, 粟津 暁紀, 菊池 裕
    • 学会等名
      日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 遅発性アルツハイマー病の状態の多様性とその関連遺伝子群の解析2023

    • 著者名/発表者名
      本田 晃誠, 粟津 暁紀
    • 学会等名
      日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] ウニFLVCR遺伝子機能解析とFLVCR遺伝子ノックアウト胚の表現型観察2023

    • 著者名/発表者名
      竹本 大悟, 三澤 祐太朗, 渡辺 開智, 坂本 尚昭, 粟津 暁紀
    • 学会等名
      日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] ウニのCTCFは初期発生において分裂期の進行に必須である2023

    • 著者名/発表者名
      坂本 尚昭, 渡辺 開智, 藤田 恵, 岡本 和子, 吉岡 一, 森脇 三貴, 田頭 英樹, 粟津 暁紀, 山本 卓,
    • 学会等名
      日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] ヒト染色体の細胞種普遍的・特異的な3次元構造を制御するゲノム領域の特徴2023

    • 著者名/発表者名
      原岡 郁弥, 粟津 暁紀
    • 学会等名
      日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] A model of communication between individual organisms using dynamic-plastic coupled dynamical systems2023

    • 著者名/発表者名
      Haruto Nakata, Akinori Awazu
    • 学会等名
      The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Exogastrulation due to cytoskeletal polarity distribution in sea urchin embryo2022

    • 著者名/発表者名
      Kaichi Watanabe, Yuhei Yasui, Yuta Kurose, Naoaki Sakamoto, Akinori Awazu
    • 学会等名
      The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Epigenetic-structural changes in X chromosomes promote Xic pairing during early differentiation process from embryonic stem cell of mouse2022

    • 著者名/発表者名
      Tetsushi Komoto, Masashi Fujii, Akinori Awazu
    • 学会等名
      The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Simulations of structural dynamics of nuclear speckle2022

    • 著者名/発表者名
      Shingo Wakao, Masashi Fuji, Akinori Awazu
    • 学会等名
      The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-01-30  

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