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RNAプローブと網羅的単一分子分光による新規合成途上光合成色素タンパク質の解析

研究課題

研究課題/領域番号 21K19200
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
研究機関東北大学

研究代表者

柴田 穣  東北大学, 理学研究科, 准教授 (20300832)

研究期間 (年度) 2021-07-09 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2022年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
2021年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
キーワード単一分子分光 / RNAプローブ / 光化学系修復 / 励起スペクトル / 過渡的中間体 / 蛍光寿命
研究開始時の研究の概要

分子量数10万を超える光合成タンパク質が新規合成される際に、100を超える色素分子がどのように所定の部位に挿入されるのか、その機構は謎に包まれてきた。合成直後の光合成タンパク質複合体は過渡的に存在する不安定な分子種であることが、その解析を極めて困難にしてきた。本研究では、光合成タンパク質のmRNAの相補鎖に蛍光色素を結合したRNAプローブを用いて、リボソームを介してmRNAとの結合を維持している合成途上複合体を検出し、そのクロロフィル蛍光寿命や励起スペクトル測定により色素の機能解析を行い、これまで手付かずであった光合成タンパク質の合成途上複合体の解明を飛躍的に推進し、新たな学術を切り拓く。

研究成果の概要

強光により損傷と修復を繰り返すことが知られる光化学系II(PSII)について、そのAssembly中間体をRNAプローブを用いて検出することを試みた。モデル生物である緑藻クラミドモナスを研究材料とした。PSIIで修復過程の対象となるのは、D1と呼ばれる複合体中心部のサブユニットであり、そのmRNAの相補鎖となるRNA断片にAlexa555を蛍光標識したRNAプローブを作成した。強光に晒した後弱光で30分インキュベートしてD1修復を活性化させたクラミドモナスからチラコイド膜を単離しRNAプローブを添加した。その結果、Alexa555の蛍光が検出されたことから、本手法の有効性が確認された。

研究成果の学術的意義や社会的意義

光合成タンパク質のAssembly過程の解明は、光合成研究において未だ解明されていない難問の一つである。水から電子を引き抜く過程は、分子に大きな酸化力の実現を要求し、同時に大量の酸素分子を発生させる。高い酸化力が内在することや、反応性の高い酸素分子が大量発生することは、どちらもタンパク質の損傷の原因となる。こうした困難な状況をやり繰りするため、生物は壊れないタンパク質を進化させるのではなく、壊れても迅速に修復が可能となるシステムを進化させた。人工の新規タンパク質を設計し合成することが可能となりつつある現代において、光合成系の修復機構解明は人工光合成を実現させる上でも示唆に富むものとなる。

報告書

(3件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (24件)

すべて 2023 2022 2021 その他

すべて 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 1件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (15件) (うち国際学会 5件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Uphill energy transfer mechanism for photosynthesis in an Antarctic alga2023

    • 著者名/発表者名
      Kosugi Makiko、Kawasaki Masato、Shibata Yutaka、Hara Kojiro、Takaichi Shinichi、Moriya Toshio、Adachi Naruhiko、Kamei Yasuhiro、Kashino Yasuhiro、Kudoh Sakae、Koike Hiroyuki、Senda Toshiya
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 号: 1 ページ: 730-730

    • DOI

      10.1038/s41467-023-36245-1

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Development of Line-Detected UV?Vis Absorption Microscope and Its Application to Quantitative Evaluation of Lithium Surface Reactivity2023

    • 著者名/発表者名
      Inoue Ken-ichi、Mao Jianxin、Okamoto Rika、Shibata Yutaka、Song Wenbo、Ye Shen
    • 雑誌名

      Analytical Chemistry

      巻: 95 号: 9 ページ: 4550-4555

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.2c05759

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Exciton quenching by oxidized chlorophyll Z across the two adjacent monomers in a photosystem II core dimer.2022

    • 著者名/発表者名
      Ahmed Mohamed, Shunsuke Nishi, Keisuke Kawakami, Jian-Ren Shen, Shigeru Itoh, Hiroshi Fukumura, Yutaka Shibata
    • 雑誌名

      Photosynthesis Research

      巻: 154 号: 3 ページ: 277-289

    • DOI

      10.1007/s11120-022-00948-1

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] State transition is quiet around pyrenoid and LHCII phosphorylation is not essential for thylakoid deformation in Chlamydomonas 137c2022

    • 著者名/発表者名
      Zhang XJ, FujitaY, Kaneda N, Tokutsu R, Ye S, Minagawa J, Shibata Y
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

      巻: 119 号: 37

    • DOI

      10.1073/pnas.2122032119

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Accumulation of quenched LHCII around PSI in Chlamydomonas cells in state2 revealed by cryo-fluorescence lifetime imaging2022

    • 著者名/発表者名
      Fujita Yuki、Zhang XianJun、Mohamed Ahmed、Ye Shen、Shibata Yutaka
    • 雑誌名

      Journal of Photochemistry and Photobiology B: Biology

      巻: 236 ページ: 112584-112584

    • DOI

      10.1016/j.jphotobiol.2022.112584

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Recent advances in single-molecule spectroscopy studies on light-harvesting processes in oxygenic photosynthesis2022

    • 著者名/発表者名
      Kondo Toru、Shibata Yutaka
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 19 号: 0 ページ: n/a

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v19.0013

    • ISSN
      2189-4779
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] High-speed excitation-spectral microscopy uncovers in-situ rearrangement of light-harvesting apparatus in Chlamydomonas during state transitions at submicron precision2021

    • 著者名/発表者名
      Zhang XianJun、Fujita Yuki、Tokutsu Ryutaro、Minagawa Jun、Ye Shen、Shibata Yutaka
    • 雑誌名

      Plant and Cell Physiology

      巻: 未定 号: 5 ページ: 872-882

    • DOI

      10.1093/pcp/pcab047

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 単一分子蛍光分光で見える光合成アンテナ系の揺らぐエネルギー移動経路2021

    • 著者名/発表者名
      SHIBATA Yutaka
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 61 号: 1 ページ: 023-026

    • DOI

      10.2142/biophys.61.023

    • NAID

      130007976661

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Quenched LHCII Accumulation around PSI in Chlamydomonas Cells in State2 Revealed by Cryo-Fluorescence Lifetime and Spectral Microscopy2022

    • 著者名/発表者名
      Yuki Fujita, XianJun Zhang, Ahmed Mohamed Ali, Shen Ye, Yutaka Shibata
    • 学会等名
      18th International Congress on Photosynthesis Research
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Site-Dependent State Transition and Ultrastructural Changes of Thylakoid in Chlamydomonas2022

    • 著者名/発表者名
      XianJun Zhang, Yuki Fujita, Naoya Kaneda, Ryutaro Tokutsu, Jun Minagawa, Shen Ye, Yutaka Shibata
    • 学会等名
      18th International Congress on Photosynthesis Research
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Assignment of fluorescence bands of chlorophyll-f containing photosystem I by single-molecule spectroscopy2022

    • 著者名/発表者名
      Rin Taniguchi, Toshiyuki Shinoda, Tatsuya Tomo, Shen Ye, Yutaka Shibata
    • 学会等名
      18th International Congress on Photosynthesis Research
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Site-Dependent State Transition and Ultrastructural Changes of Thylakoid in Chlamydomonas2022

    • 著者名/発表者名
      XianJun Zhang, Yuki Fujita, Naoya Kaneda, Ryutaro Tokutsu, Shen Ye, Jun Minagawa, Yutaka Shibata
    • 学会等名
      International Symposium On Photosynthesis And Chloroplast Regulation
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Microspectroscopic study on artificial thylakoid membranes supported by polymerized lipid bilayers2022

    • 著者名/発表者名
      酒井 颯太, 楠 祐佳, 森垣 憲一, 叶 深, 柴田 穣
    • 学会等名
      2022年度 化学系学協会東北大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Study on light-harvesting regulation mechanism in algal cells by space-wavelength-time-resolved analysis by cryogenic microscope2022

    • 著者名/発表者名
      Yuki Fujita, XianJun Zhang, Shen Ye, Yutaka Shibata
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Assignment of fluorescence bands of chlorophyll-f containing photosystem I to elucidate its reaction mechanism by near-infrared light2022

    • 著者名/発表者名
      Rin Taniguchi, Toshiyuki Shinoda, Tatsuya Tomo, Shen Ye, Yutaka Shibata
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Excitation-spectral microscopy uncovers in-situ rearrangement of LHCII in Chlamydomonas during state transitions2021

    • 著者名/発表者名
      張 先駿, 藤田 祐輝, 得津 隆太郎, 皆川 純, 叶 深, 柴田 穣
    • 学会等名
      第11回日本光合成学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Excitation-spectral microscopy uncovers in-situ rearrangement of LHCII in Chlamydomonas during state transition2021

    • 著者名/発表者名
      張 先駿, 藤田 祐輝, 得津 隆太郎, 皆川 純, 叶 深, 柴田 穣
    • 学会等名
      第28回光合成セミナー2021: 反応中心と色素系の多様性
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 光化学系Iassembly中間体の時間分解蛍光および単一分子分光解析2021

    • 著者名/発表者名
      金田直也, Sreedhar Nellaepalli, 高橋裕一郎, 柴田穣
    • 学会等名
      第28回光合成セミナー2021: 反応中心と色素系の多様性
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 二次元蛍光寿命相関分光による光化学系Iタンパク質の単一分子電子移動速度の測定2021

    • 著者名/発表者名
      谷口凜,篠田稔行,鞆達也,叶深,近藤徹,柴田穣
    • 学会等名
      第15回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 光化学系I assembly中間体の単粒子分光と時間分解蛍光解析2021

    • 著者名/発表者名
      金田直也, Sreedhar Nellaepalli, 高橋裕一郎, 叶深, 柴田穣
    • 学会等名
      2021年度 化学系学協会東北大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] ストリークカメラを検出器とした細胞内局所での時間分解顕微蛍光分光2021

    • 著者名/発表者名
      藤田 祐輝,張 先駿, 金田 直也,柴田 穣
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 励起スペクトル顕微鏡と超解像イメージングで明らかになったステート遷移におけるチラコイ ド膜の不規則な構造変化2021

    • 著者名/発表者名
      張 先駿, 藤田 祐輝, 金田 直也, 得津 隆太郎, 皆川 純, 叶 深, 柴田 穣
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Uphill energy transfer mechanism for photosynthesis in the Antarctic alga2021

    • 著者名/発表者名
      Makiko Kosugi, Masato Kawasaki, Yutaka Shibata, Kojiro Hara, Shinichi Takaichi, Toshio Moriya, Naruhiko Adachi, Yasuhiro Kamei, Yasuhiro Kashino, Sakae Kudoh, Hiroyuki Koike, Toshiya Senda
    • 学会等名
      The 12th Symposium on Polar Science
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [備考] 光で単一分子の挙動を測る

    • URL

      http://sub.web.tohoku.ac.jp/orgphys/content/files/research_Shibata.pdf

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2021-07-13   更新日: 2024-01-30  

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