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PEG化修飾を用いたクライオ電子顕微鏡のための粒子性状の改善

研究課題

研究課題/領域番号 21K19207
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
研究機関東京大学

研究代表者

大戸 梅治  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 准教授 (90451856)

研究期間 (年度) 2021-07-09 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2022年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2021年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
キーワードクライオ電子顕微鏡 / 化学修飾 / PEG化修飾 / 構造生物学 / アモルファス / 気液界面 / グリッド
研究開始時の研究の概要

クライオ電顕は構造解析の主要な方法論となりつつあるが、電顕観察に供するグリッド作製に関しては困難を伴うことが多い。サンプル凍結の際のアグリゲーション、変性、粒子の分散性の悪化などである。グリッド上での粒子の挙動を改善するには多大な労力を要するのが一般的である。本研究課題において、PEG化手法をクライオ電子顕微鏡解析のグリッド作製に適用することで、上記の困難を画一的に克服する手法を提供する可能性がある。

研究成果の概要

近年、クライオ電子顕微鏡解析は構造解析の主要な方法論となりつつあるが、クライオ電顕観察に供するグリッド上での粒子の挙動を改善する段階が構造解析のボトルネックになることも多い。本研究では、タンパク質をPEG化修飾することで、クライオ電顕の凍結グリッド中の粒子の性状を改善することを目指した。試したモデルタンパク質ではいずれも、粒子の分散性の向上が認められた。本手法はクライオ電顕でのグリッド作製において、汎用性の高い有効な選択肢の1つとして広く用いられる可能性を有する。

研究成果の学術的意義や社会的意義

タンパク質の構造情報は、生命現象を理解しその制御方法を考えるうえで、近年ますます重要になってきている。タンパク質の構造情報を実験的に得る方法として、クライオ電子顕微鏡解析が盛んに行われているが、構造解析に適したグリッドを調製する段階がボトルネックになることが多い。本研究では、タンパク質をPEG化することでグリッド上での粒子の挙動が改善することを示した。本手法は、クライオ電子顕微鏡構造解析をさらにスピードアップさせるとともに、これまで構造解析できなかった試料についても新たな可能性を提供するものである。

報告書

(3件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (13件)

すべて 2023 2022 2021 その他

すべて 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 4件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (1件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Novel multivalent S100A8 inhibitory peptides attenuate tumor progression and metastasis by inhibiting the TLR4-dependent pathway2023

    • 著者名/発表者名
      Deguchi A, Watanabe-Takahashi M, Mishima T, Omori T, Ohto U, Arashiki N, Nakamura F, Nishikawa K, Maru Y.
    • 雑誌名

      Cancer Gene Ther

      巻: - 号: 7 ページ: 1-12

    • DOI

      10.1038/s41417-023-00604-3

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] TLR3 forms a laterally aligned multimeric complex along double-stranded RNA for efficient signal transduction2023

    • 著者名/発表者名
      Sakaniwa Kentaro、Fujimura Akiko、Shibata Takuma、Shigematsu Hideki、Ekimoto Toru、Yamamoto Masaki、Ikeguchi Mitsunori、Miyake Kensuke、Ohto Umeharu、Shimizu Toshiyuki
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 号: 1 ページ: 164-164

    • DOI

      10.1038/s41467-023-35844-2

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Activation and regulation mechanisms of NOD-like receptors based on structural biology2022

    • 著者名/発表者名
      Ohto Umeharu
    • 雑誌名

      Frontiers in Immunology

      巻: 13 ページ: 953530-953530

    • DOI

      10.3389/fimmu.2022.953530

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structure of SARS-CoV-2 membrane protein essential for virus assembly2022

    • 著者名/発表者名
      Zhang Zhikuan、Nomura Norimichi、Muramoto Yukiko、Ekimoto Toru、Uemura Tomoko、Liu Kehong、Yui Moeko、Kono Nozomu、Aoki Junken、Ikeguchi Mitsunori、Noda Takeshi、Iwata So、Ohto Umeharu、Shimizu Toshiyuki
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 4399-4399

    • DOI

      10.1038/s41467-022-32019-3

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Propofol directly binds to and inhibits <scp>TLR7</scp>2022

    • 著者名/発表者名
      Koutsogiannaki Sophia、Bu Weiming、Maisat Wiriya、Manzor Mariel、Zhang Zhikuan、Ohto Umeharu、Eckenhoff Roderic G.、Yuki Koichi
    • 雑誌名

      The FASEB Journal

      巻: 36 号: 8

    • DOI

      10.1096/fj.202200312r

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structure of the?bile acid transporter?and HBV receptor NTCP2022

    • 著者名/発表者名
      Asami Jinta、Kimura Kanako Terakado、Fujita-Fujiharu Yoko、Ishida Hanako、Zhang Zhikuan、Nomura Yayoi、Liu Kehong、Uemura Tomoko、Sato Yumi、Ono Masatsugu、Yamamoto Masaki、Noda Takeshi、Shigematsu Hideki、Drew David、Iwata So、Shimizu Toshiyuki、Nomura Norimichi、Ohto Umeharu
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 606 号: 7916 ページ: 1021-1026

    • DOI

      10.1038/s41586-022-04845-4

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural basis for the oligomerization-mediated regulation of NLRP3 inflammasome activation2022

    • 著者名/発表者名
      Ohto Umeharu、Kamitsukasa Yukie、Ishida Hanako、Zhang Zhikuan、Murakami Karin、Hirama Chie、Maekawa Sakiko、Shimizu Toshiyuki
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 119 号: 11

    • DOI

      10.1073/pnas.2121353119

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The structure of NLRP9 reveals a unique C‐terminal region with putative regulatory function2022

    • 著者名/発表者名
      Kamitsukasa Yukie、Nakano Kenji、Murakami Karin、Hirata Kunio、Yamamoto Masaki、Shimizu Toshiyuki、Ohto Umeharu
    • 雑誌名

      FEBS Letters

      巻: 596 号: 7 ページ: 876-885

    • DOI

      10.1002/1873-3468.14302

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Tetrasubstituted imidazoles as incognito Toll-like receptor 8 a(nta)gonists2021

    • 著者名/発表者名
      Yang Yi、Csakai Adam、Jiang Shuangshuang、Smith Christina、Tanji Hiromi、Huang Jian、Jones Torey、Sakaniwa Kentaro、Broadwell Lindsey、Shi Chengrui、Soti Subada、Ohto Umeharu、Fang Yaohui、Shen Shu、Deng Fei、Shimizu Toshiyuki、Yin Hang
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 号: 1 ページ: 4351-4351

    • DOI

      10.1038/s41467-021-24536-4

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Improving particle quality in cryo-EM analysis using a PEGylation method2021

    • 著者名/発表者名
      Zhang Zhikuan、Shigematsu Hideki、Shimizu Toshiyuki、Ohto Umeharu
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 29 号: 10 ページ: 1192-1199.e4

    • DOI

      10.1016/j.str.2021.05.004

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] B型肝炎ウイルスの受容体の立体構造とウイルス感染機構2023

    • 著者名/発表者名
      大戸梅治
    • 学会等名
      日本薬学会第143年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 研究室HP

    • URL

      https://kouzou.f.u-tokyo.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 研究室ホームページ

    • URL

      https://kouzou.f.u-tokyo.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

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公開日: 2021-07-13   更新日: 2024-01-30  

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