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細胞培養のデータ駆動型最適化の基盤技術の開発

研究課題

研究課題/領域番号 21K19815
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分62:応用情報学およびその関連分野
研究機関筑波大学

研究代表者

イン ベイウェン  筑波大学, 生命環境系, 准教授 (90422401)

研究期間 (年度) 2021-07-09 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
2023年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2022年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
2021年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
キーワード細胞培養 / 機械学習 / 培地 / データサイエンス / ビッグデータ / 細胞増殖 / 増殖速度
研究開始時の研究の概要

本研究は経験則で行われている細胞培養に応用情報科学的研究手法を取り入れることにより、細胞の振る舞いに対する高度な制御に繋げ、細胞培養の諸問題を解決する。具体的には、網羅的実験により、培地成分と培養の良し悪しが繋ぐビッグデータを蓄積し、世界初となる「環境情報-細胞動態」のデータベースを構築する。実験データに機械学習を適用し、どの環境因子がどの程度に細胞増殖(培養)に寄与するのかを予測し、それらの相対重要度を明らかにする。実験と学習の繰り返しにより、予測精度を向上させ、目的に応じた細胞培養の合理化や至適化を実現する。

研究成果の概要

本研究は個人の感覚に頼る細胞培養技術に、データサイエンスのアプローチを取り入れることにより、細胞培養の再現性や生産性といった問題の解決を目指した。網羅的実験により、培養条件と培養の良し悪しが繋ぐビッグデータを蓄積し、世界初となる「環境情報-細胞動態」のデータベースを構築した。実験データに機械学習を適用し、どの環境因子がどの程度に細胞培養に寄与するのかを予測し、それらの相対重要度を明らかにした。アクティブラーニング(実験と学習の繰り返し)により、学習モデルの予測精度を向上させ、細胞培養の培地の最適化に成功した。本研究で確立されている培養実験と機械学習の方法が様々な細胞培養に活かせることになる。

研究成果の学術的意義や社会的意義

細胞培養は基礎研究においても、健康と医療のための産業応用においても、普遍的技術であるにも拘わらず、細胞培養の再現性、安定性、安全性の課題が長年に渡って未解決のままである。本研究はアナログ方式で行われている細胞培養に、デジタル方式である応用情報科学的研究手法を取り入れることにより、細胞増殖に対する高度な制御を実現し、細胞培養の諸問題を解決することに繋がる。本研究は、機械学習・人工知能が職人芸的な細胞培養にある根幹問題を解決する初めての挑戦であり、その成功が生命科学研究において抜本的なトレンドチェンジとなる。本研究で検証される方法論が細胞培養の不確実性を減らし、再生医療の産業化に寄与する。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 研究成果

    (33件)

すべて 2024 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 9件、 オープンアクセス 10件) 学会発表 (19件) (うち国際学会 4件、 招待講演 2件) 産業財産権 (3件)

  • [雑誌論文] Challenges in developing cell culture media using machine learning2024

    • 著者名/発表者名
      Hashizume Takamasa、Ying Bei-Wen
    • 雑誌名

      Biotechnology Advances

      巻: 70 ページ: 108293-108293

    • DOI

      10.1016/j.biotechadv.2023.108293

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Machine learning-assisted medium optimization revealed the discriminated strategies for improved production of the foreign and native metabolites2023

    • 著者名/発表者名
      Aida Honoka、Uchida Keisuke、Nagai Motoki、Hashizume Takamasa、Masuo Shunsuke、Takaya Naoki、Ying Bei-Wen
    • 雑誌名

      Computational and Structural Biotechnology Journal

      巻: 21 ページ: 2654-2663

    • DOI

      10.1016/j.csbj.2023.04.020

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Diversity for commonality in the evolutionary changes of the reduced genome to regain the growth fitness2023

    • 著者名/発表者名
      Hitomi Kenya、Ishii Yoichiro、Ying Bei-Wen
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 12 ページ: 93520-93520

    • DOI

      10.7554/elife.93520.1

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Efforts to Minimise the Bacterial Genome as a Free-Living Growing System2023

    • 著者名/発表者名
      Aida Honoka、Ying Bei-Wen
    • 雑誌名

      Biology

      巻: 12 号: 9 ページ: 1170-1170

    • DOI

      10.3390/biology12091170

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Employing Active Learning in Medium Optimization for Selective Bacterial Growth2023

    • 著者名/発表者名
      Zhang Shuyang、Aida Honoka、Ying Bei-Wen
    • 雑誌名

      Applied Microbiology

      巻: 3 号: 4 ページ: 1355-1369

    • DOI

      10.3390/applmicrobiol3040091

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Employing active learning in the optimization of culture medium for mammalian cells2023

    • 著者名/発表者名
      Hashizume Takamasa、Ozawa Yuki、Ying Bei-Wen
    • 雑誌名

      npj Systems Biology and Applications

      巻: 9 号: 1 ページ: 20-20

    • DOI

      10.1038/s41540-023-00284-7

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Machine learning-assisted discovery of growth decision elements by relating bacterial population dynamics to environmental diversity.2023

    • 著者名/発表者名
      H Aida, K Uchida, M Nagai, T Hashizume, S Masuo, N Takaya, BW Ying
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: -

    • DOI

      10.1101/2022.12.24.521878

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Machine learning-assisted discovery of growth decision elements by relating bacterial population dynamics to environmental diversity.2022

    • 著者名/発表者名
      H Aida, T Hashizume, K Ashino, BW Ying
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 11

    • DOI

      10.7554/elife.76846

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Contribution of the genomic and nutritional differentiation to the spatial distribution of bacterial colonies.2022

    • 著者名/発表者名
      K Hitomi, J Weng, BW Ying
    • 雑誌名

      Front Microbial

      巻: 13

    • DOI

      10.3389/fmicb.2022.948657

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Experimental evolution expands the breadth of adaptation to an environmental gradient correlated with genome reduction.2022

    • 著者名/発表者名
      M Kurokawa, I Nishimura, BW Ying
    • 雑誌名

      Front Microbial

      巻: 13

    • DOI

      10.3389/fmicb.2022.826894

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Machine learning-assisted discovery of growth decision elements by relating bacterial population dynamics to environmental diversity.2022

    • 著者名/発表者名
      AIDA honoka; HASHIZUME Takamasa; ASHINO Kazuha; YING BEIWEN
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: -

    • DOI

      10.1101/2022.02.10.479953

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • オープンアクセス
  • [学会発表] 細菌の多剤耐性に影響を与える化学成分の網羅的探索2024

    • 著者名/発表者名
      荒木 駿平; 會田 穂乃香; イン ベイウェン
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度東京大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 機械学習による微生物の選択的増殖の培地開発2024

    • 著者名/発表者名
      張 抒楊; 會田 穂乃香; イン ベイウェン
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度東京大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 細菌の増殖を特徴づける化学成分の機械学習支援型探索2024

    • 著者名/発表者名
      會田 穂乃香; イン ベイウェン
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度東京大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Compensation of medium composition to genome reduction2023

    • 著者名/発表者名
      LU Zipeng; YING Bei-Wen
    • 学会等名
      日本ゲノム微生物学会第18回大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌増殖を特徴づける遺伝的要件と化学環境の横断的探索2023

    • 著者名/発表者名
      會田 穂乃香; イン ベイウェン
    • 学会等名
      日本ゲノム微生物学会第18回大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] A preliminary analysis of the growth curves of bacterial strains knocked out by a single gene2023

    • 著者名/発表者名
      LAO Zehui; YING Bei-Wen
    • 学会等名
      日本ゲノム微生物学会第18回大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Time-saving medium development for improved cell culture2023

    • 著者名/発表者名
      OZAWA Yuki; HASHIZUME Takamasa; YING Bei-Wen
    • 学会等名
      JAACT2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Medium optimization for mammalian cells using machine learning2023

    • 著者名/発表者名
      HASHIZUME Takamasa; OZAWA Yuki; YING Bei-Wen
    • 学会等名
      JAACT2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Machine learning-assisted discovery of the bacterial growth strategy of risk diversification2023

    • 著者名/発表者名
      AIDA Honoka; YING Bei-Wen
    • 学会等名
      Tsukuba Conference 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Active learning optimization of culture medium for mammalian cells2023

    • 著者名/発表者名
      HASHIZUME Takamasa; YING Bei-Wen
    • 学会等名
      Tsukuba Conference 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 機械学習による微生物選択培地の最適化2023

    • 著者名/発表者名
      張抒楊、會田穂乃香、イン ベイウェン
    • 学会等名
      日本農芸化学会2023年度広島大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 遺伝情報と化学環境が大腸菌増殖に与える影響の横断的探索2023

    • 著者名/発表者名
      會田穂乃香、イン ベイウェン
    • 学会等名
      日本ゲノム微生物学会第17回大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 細菌の増殖動態を決定する環境因子の機械学習支援型探索2023

    • 著者名/発表者名
      會田穂乃香、イン ベイウェン
    • 学会等名
      日本農芸化学会2023年度広島大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 細胞培養のデータ駆動式培地開発2022

    • 著者名/発表者名
      橋詰崇雅、イン ベイウェン
    • 学会等名
      日本動物細胞工学会JAACT2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] バイオマス生産最適化に向けたデータ駆動型システム微生物2022

    • 著者名/発表者名
      イン ベイウェン
    • 学会等名
      MiCSワークショップ
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 機械学習による細胞増殖の予測とその制御2022

    • 著者名/発表者名
      イン ベイウェン
    • 学会等名
      技術情報協会公開セミナー
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 機械学習による微生物増殖の予測2022

    • 著者名/発表者名
      橋詰 崇雅、會田 穂乃香、イン ベイウェン
    • 学会等名
      日本ゲノム微生物学会第16回大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 大腸菌増殖を決定する環境因子の網羅的探索2022

    • 著者名/発表者名
      會田 穂乃香、橋詰 崇雅、イン ベイウェン
    • 学会等名
      日本ゲノム微生物学会第16回大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 微生物集団増殖に優位的に影響する環境因子の探索2021

    • 著者名/発表者名
      會田 穂乃香、橋詰 崇雅、イン ベイウェン
    • 学会等名
      日本微生物生態学会第34回大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [産業財産権] 培養環境判定システム、培養装置、要求取得装置及びプログラム2022

    • 発明者名
      イン ベイウェン、會田 穂乃香、橋詰 崇雅
    • 権利者名
      イン ベイウェン、會田 穂乃香、橋詰 崇雅
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2022
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [産業財産権] 培養環境判定装置、培養システム、培養環境判定方法、培養方法、及びプログラム2022

    • 発明者名
      イン ベイウェン、天笠 俊之
    • 権利者名
      イン ベイウェン、天笠 俊之
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2022
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [産業財産権] 微生物培養用合成培地及び微生物の培養方法2021

    • 発明者名
      イン ベイウェン、會田 穂乃香
    • 権利者名
      イン ベイウェン、會田 穂乃香
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2021
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

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公開日: 2021-07-13   更新日: 2025-01-30  

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