遺伝子探索を効率化するデジタル遺伝子発現QTL解析法の確立

• 研究課題/領域番号: 22380009
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 育種学
• 研究機関: 信州大学
• 研究代表者: 松村 英生 信州大学, ヒト環境科学研究支援センター, 准教授 (40390885)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2012
• 研究課題ステータス: 完了 (2012年度)
• 配分額: 18,460千円 (直接経費: 14,200千円、間接経費: 4,260千円); 2012年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円); 2011年度: 6,110千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 1,410千円); 2010年度: 6,630千円 (直接経費: 5,100千円、間接経費: 1,530千円)
• キーワード: ゲノム育種 / 遺伝子発現解析 / DNA マーカー / ゲノム多型 / 遺伝子発現 / 次世代シークエンサー / 連関解析 / イネ / デジタル遺伝子発現解析 / 次世代DNAシークエンサー / 遺伝子発現QTL / Recombinant Inbred Line / 遺伝子型タイピング

研究概要

イネを材料として網羅的な遺伝子発現解析データを基にして量的な形質を支配する遺伝子(QTL 遺伝子)の同定を目指す技術開発の研究を行った。本研究では、品種間の交雑後代のような多数の試料について数千以上の遺伝子発現を定量的なデジタルデータとして解析する方法と、同じく多数の品種や個体間のゲノム DNA 配列の違い(多型)を多数(数百～千箇所)検出できる方法を確立した。これらの結果、遺伝子発現の変化を支配する遺伝子座(遺伝子を含む領域)の位置を見出すための技術基盤を整備することができた。

研究成果

• [雑誌論文] 次世代シーケンサーを利用したタグによる遺伝子発現解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 松村英生,寺内良平
  • 雑誌名: 生物科学 巻: 64巻 ページ: 151-158
• [雑誌論文] SuperSAGE: Powerful Serial Analysis of Gene Expression (2013)
  • 著者名/発表者名: Matsumura Hideo
  • 雑誌名: Methods in Molecular Biology 巻: 883 ページ: 1-17
  • DOI: 10.1007/978-1-61779-839-9_1
  • ISBN: 9781617798382, 9781617798399
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome sequencing reveals agronomically important loci in rice using MutMap (2013)
  • 著者名/発表者名: Abe Akira, Kosugi Shunichi, Yoshida Kentaro, Natsume Satoshi, Takagi Hiroki, Kanzaki Hiroyuki, Matsumura Hideo, (他 7 名 , 7 番 目)
  • 雑誌名: Nature Biotechnology 巻: 30 号: 2 ページ: 174-178
  • DOI: 10.1038/nbt.2095
  • 査読あり
• [雑誌論文] 次世代シーケンサーを利用したタグによる発現解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 松村英生
  • 雑誌名: 生物科学 巻: 64 ページ: 151-158
• [雑誌論文] SuperSAGE : Powerful Serial Analysis of Gene Expression (2012)
  • 著者名/発表者名: Hideo Matsumura, Naoya Urasaki, Kentaro Yoshida, Detlev H.Kruger, Gunter Kahl, Ryohei Terauchi
  • 雑誌名: Method in Molecular Biology 巻: (印刷中) ページ: 883-883
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cell division and cell elongation in the coleoptile of rice alcohol dehydrogenase 1-deficient mutant are reduced under complete submergence (2011)
  • 著者名/発表者名: Takahashi H., Saika H., Matsumura H, Nagamura Y., Tsutsumi N., Nishizawa N., Nakazono M.
  • 雑誌名: ANNALS OF BOTANY 巻: 108 号: 2 ページ: 253-261
  • DOI: 10.1093/aob/mcr137
  • 査読あり
• [雑誌論文] A multifaceted genomics approach allows the isolation of the rice Pia-blast resistance gene consisting of two adjacent NBS-LRR protein genes. (2011)
  • 著者名/発表者名: Okuyama Yudai, Kanzaki Hiroyuki, Abe Akira, Yoshida Kentaro, Tamiru Mlumei, Saitoh Hiromasa, Fujibe Takahiro, Matsumura Hideo,(他 6 名)
  • 雑誌名: Plant Journal 巻: 66 号: 3 ページ: 467-479
  • DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04502.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] High-Throughput SuperSAGE (2011)
  • 著者名/発表者名: Matsumura Hideo
  • 雑誌名: Method in Molecular Biology 巻: 687 ページ: 135-146
  • DOI: 10.1007/978-1-60761-944-4_9
  • ISBN: 9781607619437, 9781607619444
  • 査読あり
• [雑誌論文] High-throughput SuperSAGE for digital gene expression analysis of multiple samples using next generation sequencing (2010)
  • 著者名/発表者名: Matsumura Hideo
  • 雑誌名: PLoS ONE 5 巻: e12010 号: 8 ページ: e12010-e12010
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0012010
  • NAID: 120007104165
  • 査読あり
• [雑誌論文] High-throughput SuperSAGE for digital gene expression analysis of mul tiple samples using next generation sequencing. (2010)
  • 著者名/発表者名: 松村英生
  • 雑誌名: Plos ONE 巻: 5
  • NAID: 120007104165
  • 査読あり
• [雑誌論文] High-Throughput SuperSAGE (2010)
  • 著者名/発表者名: 松村英生
  • 雑誌名: Method in Molecular Biology 巻: 687 ページ: 135-146
• [学会発表] RAD-tag 解析法によるイネRecombinant Inbred Lines (RILs) のゲノムワイドな多型解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 音川俊太郎, 阿部陽, 寺内良平, 松村英生
  • 学会等名: 第122回日本育種学会
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2012-09-14
• [学会発表] RAD-tag解析法によるイネRecombinant Inbred Lines (RILs) のゲノムワイドな多型解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 音川俊太郎
  • 学会等名: 日本育種学会第122回講演会
  • 発表場所: 京都産業大学
• [学会発表] タグ配列による網羅的なゲノム多型の解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 松村英生,阿部陽, 浦崎直也, 宮城徳道, 安藤裕教, 寺内良平
  • 学会等名: 第119回日本育種学会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2011-03-29
• [学会発表] タグ配列による網羅的なゲノム多型の解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 松村英生
  • 学会等名: 日本育種学会平成23年春季大会
  • 発表場所: 横浜市立大学
• [図書] Tag-based Next Generation Sequencing (2012)
  • 著者名/発表者名: Matsumura Hideo, Carlos Monina, Detlev H. Kruger, Ryohei Terauchi, Gunter Kahl
  • 出版者: Wiley-Blackwell
• [図書] Tag-based Nex Generation Sequencing (2012)
  • 著者名/発表者名: Hideo Matsumura
  • 総ページ数: 581
  • 出版者: Wiley-Blackwell
• [図書] DeepSuperSAGE : High-Throughput Transcriptome Sequencing with Now- and Next-Generation Sequencing Technologies (Tag-based Nex Generation Sequencing) (2011)
  • 著者名/発表者名: Hideo Matsumura, Carlos Monina, Detlev H. Kruger, Ryohei Terauchi, Gunter Kahl
  • 出版者: Wiley-VCH