情報基盤定量プロテオミクスによるヒトプロテオームの絶対定量

• 研究課題/領域番号: 22710186
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: ゲノム生物学
• 研究機関: 九州大学
• 研究代表者: 松本 雅記 九州大学, 生体防御医学研究所 (60380531)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2011
• 研究課題ステータス: 完了 (2011年度)
• 配分額: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円); 2011年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2010年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
• キーワード: プロテオーム / プロテオミクス / 絶対定量 / ネットワーク解析 / システム生物学

研究概要

従来の質量分析計を用いたプロテオミクスではタンパク質発現量の広大なダイナミックレンジのため、複雑な試料中の微量タンパク質の検出は困難であった。本研究では、この問題を解決するために、質量分析計による特定タンパク質検出法であるMRM法とヒトcDNAライブラリーを元にした組換えタンパク質を利用してあらゆるヒトタンパク質の絶対定量を可能とする新規タンパク質定量解析プラットフォームの構築に成功した。本システムを用いて、従来検出が困難であった低発現タンパク質を含む多種類のタンパク質絶対量情報を取得することが可能であった。

研究成果

• [雑誌論文] Proteome-wide identification of ubiquitylation sites by conjugation of engineered lysine-less ubiquitin (2012)
  • 著者名/発表者名: Oshikawa K, Matsumoto M, Oyamada K, Nakayama KI.
  • 雑誌名: J. Proteome Res 巻: 11 号: 2 ページ: 796-807
  • DOI: 10.1021/pr200668y
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genetic reevaluation of the role of F-box proteins in cyclin D1 degradation (2012)
  • 著者名/発表者名: Kanie T, et al
  • 雑誌名: Molecular and Cellular Biology 巻: 32 号: 3 ページ: 590-605
  • DOI: 10.1128/mcb.06570-11
  • 査読あり
• [雑誌論文] Chk1 phosphorylates the tumor suppressor Mig-6, regulating the activation of EGF signaling (2012)
  • 著者名/発表者名: Liu N., Matsumoto M., Kitagawa K., Kotake Y., Suzuki S., Shirasawa S., Nakayama KI, Nakanishi M., Niida H., Kitagawa M.
  • 雑誌名: EMBO Journal 巻: (In press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Protrudin serves as an adaptor molecule that connects KIF5 and its cargoes in vesicular transport during process formation (2011)
  • 著者名/発表者名: Matsuzaki, F., Shirane, M., Matsumoto, M., & Nakayama, K.I
  • 雑誌名: Mol. Biol. Cell 巻: 22 号: 23 ページ: 4602-4620
  • DOI: 10.1091/mbc.e11-01-0068
  • 査読あり
• [雑誌論文] Functional analyses of the activation loop of phototropin2 in Arabidopsis (2011)
  • 著者名/発表者名: Inoue S, Matsushita T, Tomokiyo Y, Matsumoto M, Nakayama KI, Kinoshita T, Shimazaki K.
  • 雑誌名: Plant Physiology 巻: 156 号: 1 ページ: 117-128
  • DOI: 10.1104/pp.111.175943
  • 査読あり
• [雑誌論文] TRIM8 regulates Nanog via Hsp90 beta-mediated nuclear translocation of STAT3 in embryonic stem cells (2011)
  • 著者名/発表者名: Okumura, F., Okumura, A.J., Matsumoto, M., Nakayama, K.I. and Hatakeyama, S.
  • 雑誌名: BBA-Mol. Cell Res. 巻: 1813 号: 10 ページ: 1784-1792
  • DOI: 10.1016/j.bbamcr.2011.05.013
  • 査読あり
• [雑誌論文] Proteome of ubiquitin/MVB pathway : possible involvement of iron-induced ubiquitylation of transferrin receptor in lysosomal degradation (2011)
  • 著者名/発表者名: Tachiyama R, Ishikawa D, Matsumoto M, Nakayama KI, Yoshimori T, Yokota S, Himeno M, Tanaka Y, Fujita H
  • 雑誌名: Genes Cells 巻: 16 号: 4 ページ: 448-66
  • DOI: 10.1111/j.1365-2443.2011.01499.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Proteome of ubiquitin/MVB pathway : possible involvement of iron-induced ubiquitylation of transferrin receptor in lysosomal degradation. (2011)
  • 著者名/発表者名: Tachiyama R, Ishikawa D, Matsumoto M, Nakayama KI, Yoshimori T, Yokota S, Himeno M, Tanaka Y, Fujita H.
  • 雑誌名: Genes Cells 巻: 16 ページ: 448-466
  • 査読あり
• [雑誌論文] Human proteins that specifically bind to 8-oxoguanine-containing RNA and their responses to oxidative stress (2010)
  • 著者名/発表者名: Hayakawa H, Fujikane A, Ito R, Matsumoto M, Nakayama KI, Sekiguchi M.
  • 雑誌名: Biochem Biophys Res. Commun 巻: 403 号: 2 ページ: 220-224
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2010.11.011
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comparative analysis of human SRC-family kinase substrate specificity in vitro (2010)
  • 著者名/発表者名: Takeda H, Kawamura Y, Miura A, Mori M, Wakamatsu A, Yamamoto J., Isogai T., Matsumoto M, Nakayama KI., Natsume T., Nomura N., Goshima N.
  • 雑誌名: J. Proteome Res 巻: 9 号: 11 ページ: 5982-5993
  • DOI: 10.1021/pr100773t
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phosphorylation of the chromodomain changes the binding specificity of Cbx2 for methylated histone H3 (2010)
  • 著者名/発表者名: Hatano A, Matsumoto M, Higashinakagawa T, Nakayama KI.
  • 雑誌名: Biochem Biophys Res. Commun 巻: 397 号: 1 ページ: 93-99
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2010.05.074
  • 査読あり
• [雑誌論文] Human proteins that specifically bind to 8-oxoguanine-containing RNA and their responses to oxidative stress. (2010)
  • 著者名/発表者名: Hayakawa H, Fujikane A, Ito R, Matsumoto M, Nakayama KI, Sekiguchi M
  • 雑誌名: Biochem Biophys Res Commun 巻: 403 ページ: 220-224
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comparative analysis of human SRC-family kinase substrate specificity in vitro (2010)
  • 著者名/発表者名: Takeda H., Kawamura Y., Miura A., Mori M., Wakamatsu A., Yamamoto J., Isogai T., Matsumoto M., Nakayama KI., Natsume T., Nomura N., Goshim N.
  • 雑誌名: J Proteome Res 巻: 9 ページ: 5982-93
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phosphorylation of the chromodomain changes the binding specificity of Cbx2 for methylated histone H3. (2010)
  • 著者名/発表者名: Hatano A, Matsumoto M, Higashinakagawa T, Nakayama KI
  • 雑誌名: Biochem Biophys Res Commun. 巻: 397 ページ: 93-99
  • 査読あり
• [学会発表] MS定量解析および大規模データ解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 松本雅記
  • 学会等名: 日本生化学会
  • 発表場所: 京都・国立国際会館
  • 年月日: 2011-09-13
• [学会発表] MS定量解析および大規模データ解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 松本雅記
  • 学会等名: 日本生化学会
  • 発表場所: 京都・国立国際会館(招待講演)
  • 年月日: 2011-09-13
• [学会発表] 定量プロテオミクスによる生命科学研究の新展開 (2011)
  • 著者名/発表者名: 松本雅記、中山敬一
  • 学会等名: 日本ヒトプロテオーム学会
  • 発表場所: 新潟・朱鷺メッセ
  • 年月日: 2011-07-19
• [学会発表] 定量プロテオミクスによる生命科学研究の新展開 (2011)
  • 著者名/発表者名: 松本雅記、中山敬一
  • 学会等名: 日本ヒトプロテオーム学会
  • 発表場所: 新潟・朱鷺メッセ(招待講演)
  • 年月日: 2011-07-19
• [学会発表] 定量プロテオミクスが拓く生命科学研究の新展開 (2010)
  • 著者名/発表者名: 松本雅記
  • 学会等名: 第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド
  • 年月日: 2010-12-08
• [学会発表] 情報基盤ターゲット・プロテオミクスを用いたヒト・プロテオームの絶対定量 (2010)
  • 著者名/発表者名: 松本雅記、五島直樹、夏目徹、中山敬一
  • 学会等名: 日本プロテオーム学会
  • 発表場所: 東京ベイホテル東急
  • 年月日: 2010-07-27
• [備考]
  • URL: http://www.bioreg.kyushu-u.ac.jp/saibou/index.html
• [備考]
  • URL: http://www.bioreg.kyushu-u.ac.jp/saibou/index.html