農村生態系の遺伝的多様性をはかるＤＮＡマーカー単離手法の開発

• 研究課題/領域番号: 23580340
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 農業土木学・農村計画学
• 研究機関: 独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構
• 研究代表者: 小出水 規行 独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構, 農村工学研究所・資源循環工学研究領域, 主任研究員 (60301222)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2013
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円); 2013年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2012年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円); 2011年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
• キーワード: マイクロサテライトDNA / 遺伝子多様性 / 農村生態系 / 遺伝的多様性 / DNA

研究概要

農村地域に生息する生物の遺伝的多様性をはかるため，5つの工程からなるマイクロサテライトDNAマーカーの単離手法を開発した．魚類，トンボ類，アミ類の計7種に本手法を適用した結果，各種について19～40のマイクロサテライトDNAマーカーを開発することができた．さらに，開発したマーカーは遺伝的集団解析に利用できることを確認し，当単離手法を用いての更なるマーカー開発と解析事例の蓄積が期待された．

研究成果

• [雑誌論文] Characterization of twenty-four polymorphic microsatellite loci of Rasbora borapetensis (2013)
  • 著者名/発表者名: Koizumi, N., Morioka, S., Mori, A.(他5名)
  • 雑誌名: Conservation Genetics Resources 巻: 5 号: 3 ページ: 711-71
  • DOI: 10.1007/s12686-013-9888-6
  • 査読あり
• [雑誌論文] Development of nineteen novel polymorphic microsatellite loci of Clupeichthys aesarnensis (2013)
  • 著者名/発表者名: Koizumi, N., Morioka, S., Mori, A.(他5名)
  • 雑誌名: Conservation Genetics Resources 巻: 5 号: 3 ページ: 707-709
  • DOI: 10.1007/s12686-013-9887-7
  • 査読あり
• [雑誌論文] Thirty-two polymorphic microsatellite loci of the mysid crustacean Mesopodopsis tenuipes. (2013)
  • 著者名/発表者名: Koizumi N. et al.
  • 雑誌名: Conservation Genet Resour 巻: 4 号: 1 ページ: 55-58
  • DOI: 10.1007/s12686-011-9470-z
  • 査読あり
• [雑誌論文] Isolation and characterization of 40 polymorphic microsatellite markers from Parambassis siamensis (2012)
  • 著者名/発表者名: Koizumi, N., Morioka, S., Quinn, T. W.(他5名)
  • 雑誌名: Conservation Genetics Resources 巻: 4 号: 4 ページ: 1031-1035
  • DOI: 10.1007/s12686-012-9700-z
  • 査読あり
• [雑誌論文] Development and characterization of 29 polymorphic microsatellite loci for Esomus metallicus (2012)
  • 著者名/発表者名: Koizumi, N., Morioka, S., Quinn, T. W.(他5名)
  • 雑誌名: Conservation Genetics Resources 巻: 4 号: 4 ページ: 1027-1030
  • DOI: 10.1007/s12686-012-9699-1
  • 査読あり
• [雑誌論文] 農業水路における魚類とその保全・管理に関する研究の現状と課題 (2012)
  • 著者名/発表者名: 小出水規行・西田一也・水谷正一
  • 雑誌名: 応用生態工学 巻: 15 号: 2 ページ: 281-286
  • DOI: 10.3825/ece.15.281
  • NAID: 130004541667
  • ISSN: 1344-3755, 1882-5974
  • 査読あり
• [雑誌論文] Development and characterization of 23 polymorphic microsatellite markers for Sympetrum frequens (2012)
  • 著者名/発表者名: Koizumi, N., Quinn, T. W., Jinguji, H.(他4名)
  • 雑誌名: Conservation Genetics Resources 巻: 4 号: 1 ページ: 67-70
  • DOI: 10.1007/s12686-011-9476-6
  • 査読あり
• [雑誌論文] 農村生態系保全に向けてのドジョウとカラドジョウの簡易な種判別式 (2012)
  • 著者名/発表者名: 小出水規行・森淳・水谷正一(他3名)
  • 雑誌名: 農村工学研究所技報 巻: 212 ページ: 167-175
  • NAID: 40019326106
  • URL: http://www.naro.affrc.go.jp/publicity_report/publication/files/212_1-10.pdf
  • 査読あり
• [雑誌論文] Isolation and characterization of 21 polymorphic microsatellite loci in the Japanese dace (Tribolodon hakonensis) (2011)
  • 著者名/発表者名: Koizumi, N., Quinn, T. W., Park, M.(他5名)
  • 雑誌名: Conservation Genetics Resources 巻: 3 号: 3 ページ: 565-567
  • DOI: 10.1007/s12686-011-9405-8
  • 査読あり
• [雑誌論文] Origin of the two major distinct mtDNA clades of the Japanese population of the oriental weather loach Misgurnus anguillicaudatus (Teleostei : Cobitidae) (2011)
  • 著者名/発表者名: Kitagawa, T., Fujii, Y. and Koizumi, N.
  • 雑誌名: Folia Zoologica 巻: 60 ページ: 343-349
  • URL: http://www.ivb.cz/folia/60/4/11_114-2010.pdf
  • 査読あり
• [学会発表] Development of a simple method of discrimination between the Dojo and Kara-dojo loaches for the conservation of Japan's rural ecosystem (2013)
  • 著者名/発表者名: Koizumi, N., Nishida, K., Mori, A.(他2名)
  • 学会等名: Proceedings of PAWEES 2013 (12th) International Conference, 59-66
  • 発表場所: Cheongju, South Korea
  • 年月日: 2013-10-30
• [学会発表] Investigation of population genetic diversity of common small fish in the Mekong River Basin, Vientiane, Lao PDR, for conserving native fishes (2013)
  • 著者名/発表者名: Koizumi, N., Morioka, S., Mori, A.(他4名)
  • 学会等名: Abstract book of 26th International Congress for Conservation Biology, 111-112
  • 発表場所: Baltimore, Maryland, USA
  • 年月日: 2013-07-22
• [学会発表] Genetic diversity and population structure of small freshwater fish in Mekong River Basin (2012)
  • 著者名/発表者名: Koizumi, N., Morioka, S., Mori, A.(他4名)
  • 学会等名: Proceedings of PAWEES 2012 International Conference, 013KOI
  • 発表場所: Nonthaburi, Thailand
  • 年月日: 2012-11-28
• [学会発表] Genetic diversity and population structure of small freshwater fish in Mekong River Basin (2012)
  • 著者名/発表者名: N. Koizumi, S. Morioka, A. Mori, B. Vongvichith, K. Nishida, K. Watabe and T. Takemura
  • 学会等名: PAWEES 2012 Int. Con.
  • 発表場所: Bangkok, Thailand
• [学会発表] 生息場形成に求められる農業水路の生態機能 (2011)
  • 著者名/発表者名: 小出水規行
  • 学会等名: 応用生態工学会第15回研究発表会
  • 発表場所: 金沢学院大学
• [図書] Genetic diversity and population structure of the Hotoke loach, Lefua echigonia, a Japanese endangered loach. Ed by Baptista, G. R., An Integrated View of the Molecular Recognition and Toxinology - From Analytical Procedures to Biomedical Applications (2013)
  • 著者名/発表者名: Koizumi, N., Mizutani, M., Watabe, K(他3名)
  • 出版者: InTech