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細胞分化スイッチ機構を担うSOX-パートナー因子複合体のゲノム標的認識

研究課題

研究課題/領域番号 23657007
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 遺伝・ゲノム動態
研究機関京都産業大学 (2014)
大阪大学 (2011-2013)

研究代表者

近藤 寿人  京都産業大学, 総合生命科学部, 教授 (70127083)

研究分担者 蒲池 雄介  大阪大学, 生命機能研究科, 准教授 (90263334)
研究期間 (年度) 2011-04-28 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2013年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2012年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2011年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
キーワード発現制御 / 遺伝子 / ゲノム / 細胞分化 / 転写制御因子 / 転写因子
研究成果の概要

細胞分化は、複数の転写制御因子が互いにパートナー因子として作る複合体がスイッチ機能を果たすことによって進行する。これらの複合体が結合するDNA配列は固有のもので、個々の因子の結合配列の和ではない。本研究では、Sox2とパートナー因子複合体のDNA結合配列をin vitroおよびin vivoの2つの条件で体系的に研究した。(1) Sox2とPax6の複合体がin vitroで結合する配列群を、EMSAを用いたSELEX法を開発して決定した。(2)ビオチン化された転写因子を用いたChIP-seq法を改良して、エピブラスト幹細胞においてSox2とPou5f1が結合するゲノム領域を網羅的に解析した。

報告書

(5件)
  • 2014 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2013 実施状況報告書
  • 2012 実施状況報告書
  • 2011 実施状況報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2015 2014 2013 2012 2011

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (8件) (うち招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Sox proteins: regulators of cell fate specification and differentiation2013

    • 著者名/発表者名
      Kamachi Y, Kondoh H
    • 雑誌名

      Development

      巻: 140 号: 20 ページ: 4129-4144

    • DOI

      10.1242/dev.091793

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nano-analysis of DNA conformation changes induced by transcription factor complex binding using plasmonic nanodimers2013

    • 著者名/発表者名
      Morimura H, Tanaka S, Ishitobi H, Mikami T, Kamachi Y, Kondoh H, Inouye Y.
    • 雑誌名

      ACS Nano

      巻: 7 号: 12 ページ: 10733-10740

    • DOI

      10.1021/nn403625s

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Regional specification of the neural primordial starting from the epiblast2015

    • 著者名/発表者名
      H. Kondoh
    • 学会等名
      The Workshop "Development and Adult Neurogenesis in the Central Nervous System"
    • 発表場所
      Baeza, Spain
    • 年月日
      2015-10-05 – 2015-10-07
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Dynamic changes in gene regulatory network during early stages of embryogenesis, as indicated by an efficient ChIP-seq analysis2014

    • 著者名/発表者名
      H. Kondoh, K. Matsuda, T. Mikami, M. Andrabi, S. Oki, K. Yamaguchi, S. Shigenobu
    • 学会等名
      第37回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜、横浜市
    • 年月日
      2014-11-25 – 2014-11-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Regionally specific mechanisms of neural plate development2014

    • 著者名/発表者名
      H. Kondoh
    • 学会等名
      18th International Conference of the International Society of Differentiation
    • 発表場所
      London, UK
    • 年月日
      2014-11-02 – 2014-11-05
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] An ensemble of Sox-partner interactions determines genomic targets and specify cell states2014

    • 著者名/発表者名
      H. Kondoh
    • 学会等名
      4th International SOX Research Conference
    • 発表場所
      Cleveland, Ohio, USA
    • 年月日
      2014-09-08 – 2014-09-12
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Functional Target Sequence of the Sox2-Pax6 Transcription Factor Complex2012

    • 著者名/発表者名
      Tomoyuki Mikami, Andrabi Munazah, Yusuke Kamachi, Hisato Kondoh
    • 学会等名
      The 35th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan
    • 発表場所
      Fukuoka, Japan
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] Funtional targets of Sox2-Pax complexes2011

    • 著者名/発表者名
      Hisato Kondoh
    • 学会等名
      Third International Sox Meeting(招待講演)
    • 発表場所
      Grainau, Germany
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] Functional target sequence of the SOX2-PAX6 transcription factor complex2011

    • 著者名/発表者名
      Mikami Tomoyuki, Munazah Andrabi, Yusuke Kamachi and Hisato Kondoh
    • 学会等名
      第34回 日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜, 日本
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] Genome-wide prediction of POU/SOX factor dependent regulatory modules involved in the developmental processes2011

    • 著者名/発表者名
      Munazah Andrabi, Hisato Kondoh
    • 学会等名
      第34回 日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜, 日本
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書

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公開日: 2011-08-05   更新日: 2019-07-29  

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