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Comparing and Combining Trees

研究課題

研究課題/領域番号 23700011
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 情報学基礎
研究機関京都大学 (2012-2013)
お茶の水女子大学 (2011)

研究代表者

ジャンソン ジェスパー  京都大学, 白眉センター, 特定准教授 (60536100)

研究期間 (年度) 2011 – 2013
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
2013年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2012年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2011年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワードアルゴリズム / 計算複雑さ / 系統樹 / algorithm / computational complexity / phylogenetic tree / consensus tree / rooted triplet distance / 計算複雑性 / 順序木 / 超系統樹 / 合意樹 / 類似度
研究概要

この研究プロジェクトの目的は、巨大なデータ集合に関わる木構造を比較したり統合したりする効率的なアルゴリズムを開発することであり、特に以下の3つのトピックに焦点があてられていた。(i)最小の上位木を構成する。(ii)合意木を構築する。(iii)2つの木様構造の類似度を測定する。
いくつかの新しい理論的なアルゴリズムがデザインかつ分析され、関連する計算複雑さへの結果が得られた。

報告書

(4件)
  • 2013 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2012 実施状況報告書
  • 2011 実施状況報告書
  • 研究成果

    (28件)

すべて 2014 2013 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (14件) (うち査読あり 10件) 学会発表 (8件) 備考 (6件)

  • [雑誌論文] Computing the Rooted Triplet Distance between Galled Trees by Counting Triangles2014

    • 著者名/発表者名
      J. Jansson and A. Lingas
    • 雑誌名

      Journal of Discrete Algorithms

      巻: Vol.25 ページ: 66-78

    • DOI

      10.1016/j.jda.2013.10.002

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Constructing the R* Consensus Tree of Two Trees in Subcubic Time2013

    • 著者名/発表者名
      J. Jansson and W.-K. Sung
    • 雑誌名

      Algorithmica

      巻: Vol.66, Number2 号: 2 ページ: 329-345

    • DOI

      10.1007/s00453-012-9639-1

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
  • [雑誌論文] An Optimal Algorithm for Building the Majority Rule Consensus Tree2013

    • 著者名/発表者名
      J. Jansson, C. Shen, and W.-K. Sung
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science (RECOMB 2013)

      巻: 7821 ページ: 88-99

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Algorithms for the Majority Rule (+) Consensus Tree and the Frequency Difference Consensus Tree2013

    • 著者名/発表者名
      J. Jansson, C. Shen, and W.-K. Sung
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science (WABI 2013)

      巻: 8126 ページ: 141-155

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Improved Algorithms for Constructing Consensus Trees.2013

    • 著者名/発表者名
      J. Jansson, C. Shen, and W.-K. Sung.
    • 雑誌名

      Proc. of SODA 2013

      巻: 2013 ページ: 1800-1813

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Faster Computation of the Robinson-Foulds Distance between Phylogenetic Networks2012

    • 著者名/発表者名
      Tetsuo Asano, Jesper Jansson, Kunihiko Sadakane, Ryuhei Uehara, Gabriel Valiente
    • 雑誌名

      Information Sciences

      巻: 197 ページ: 77-90

    • DOI

      10.1016/j.ins.2012.01.038

    • NAID

      120003184350

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Polynomial-Time Algorithms for Building a Consensus MUL-Tree2012

    • 著者名/発表者名
      Y. Cui, J. Jansson, and W.-K. Sung
    • 雑誌名

      Journal of Computational Biology

      巻: Vol.19, Number9 号: 9 ページ: 1073-1088

    • DOI

      10.1089/cmb.2012.0008

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Ultra-succinct representation of ordered trees with applications2012

    • 著者名/発表者名
      Jesper Jansson, Kunihiko Sadakane, Wing-Kin Sung
    • 雑誌名

      Journal of Computer and System Sciences

      巻: 78(2) 号: 2 ページ: 619-631

    • DOI

      10.1016/j.jcss.2011.09.002

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2011 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Complexity of Inferring a Minimally Resolved Phylogenetic Supertree2012

    • 著者名/発表者名
      J. Jansson, R. S. Lemence, and A. Lingas
    • 雑誌名

      SIAM Journal on Computing

      巻: Vol.41, Number1 号: 1 ページ: 272-291

    • DOI

      10.1137/100811489

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2011 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Faster computation of the Robinson-Foulds distance between phylogenetic networks.2012

    • 著者名/発表者名
      T. Asano, J. Jansson, K. Sadakane, R. Uehara, and G. Valiente.
    • 雑誌名

      Information Sciences

      巻: 197 ページ: 77-90

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Polynomial-Time Algorithms for Building a Consensus MUL-Tree.2012

    • 著者名/発表者名
      Y. Cui, J. Jansson, and W.-K. Sung.
    • 雑誌名

      Journal of Computational Biology

      巻: 19 ページ: 1073-1088

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Computing the Rooted Triplet Distance between Galled Trees by Counting Triangles.2012

    • 著者名/発表者名
      J. Jansson and A. Lingas.
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science

      巻: 7354 ページ: 385-398

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Upper and Lower Degree Bounded Graph Orientation with Minimum Penalty2012

    • 著者名/発表者名
      Y. Asahiro, J. Jansson, E. Miyano, H. Ono
    • 雑誌名

      Australian Computer Science Communications

      巻: 34

    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Algorithms for Building Consensus MUL-trees2011

    • 著者名/発表者名
      Y. Cui, J. Jansson, W.-K. Sung
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science

      巻: 7074 ページ: 744-753

    • DOI

      10.1007/978-3-642-25591-5_76

    • ISBN
      9783642255908, 9783642255915
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Algorithms for the Majority Rule (+) Consensus Tree and the Frequency Difference Consensus Tree2013

    • 著者名/発表者名
      J. Jansson, C. Shen, and W.-K. Sung
    • 学会等名
      Proceedings of the Thirteenth International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2013), Lecture Notes in Computer Science
    • 発表場所
      Nice, France(Vol.8126, pp.141-155, Springer-Verlag, 2013)
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] An Optimal Algorithm for Building the Majority Rule Consensus Tree2013

    • 著者名/発表者名
      J. Jansson, C. Shen, and W.-K. Sung
    • 学会等名
      Proceedings of the Seventeenth Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2013), Lecture Notes in Computer Science
    • 発表場所
      Beijing, China(Vol. 7821, pp. 88-99, Springer-Verlag, 2013)
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Improved Algorithms for Constructing Consensus Trees2013

    • 著者名/発表者名
      J. Jansson, C. Shen, and W.-K. Sung
    • 学会等名
      Proceedings of the Twenty-Fourth Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms (SODA 2013), Society for Industrial and Applied Mathematics (SIAM), 2013
    • 発表場所
      New Orleans, U.S.A.(pp. 1800-1813)
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Computing the Rooted Triplet Distance between Galled Trees by Counting Triangles2012

    • 著者名/発表者名
      J. Jansson and A. Lingas
    • 学会等名
      Proceedings of the Twenty-Third Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2012), Lecture Notes in Computer Science
    • 発表場所
      Helsinki, Finland(Vol. 7354, pp. 385-398,Springer-Verlag, 2012)
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Upper and Lower Degree Bounde d Graph Orientation with Minimum Penalty2012

    • 著者名/発表者名
      Y. Asahiro, J. Jansson, E. Miyano, and H. Ono
    • 学会等名
      Proceedings of Computing : the Eighteenth Australasian Theory Symposium (CATS 2012), Australian Computer Science Communications
    • 発表場所
      Melbourne, Australia(Vol.34, Number 8, pp. 139-146, Australian Computer Society Inc., 2012)
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Algorithms for Building Consensus MUL-trees2011

    • 著者名/発表者名
      Y. Cui, J. Jansson, and W.-K. Sung
    • 学会等名
      Proceedings of the Twenty-Second International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2011), Lecture Notes in Computer Science
    • 発表場所
      Yokohama, Japan(Vol. 7074, pp. 744-753, Springer-Verlag, 2011)
    • 年月日
      2011-12-05
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Algorithms for Building Consensus MUL-trees2011

    • 著者名/発表者名
      Jesper Jansson
    • 学会等名
      The Twenty-Second International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2011)
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] Algorithms for the Majority Rule (+) Consensus Tree and the Frequency Difference Consensus Tree

    • 著者名/発表者名
      J. Jansson
    • 学会等名
      Thirteenth International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2013)
    • 発表場所
      Nice, France
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://sunflower.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~jj/

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [備考] Jesper Jansson's webpage

    • URL

      http://sunflower.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~jj/

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [備考] FACT: Fast Algorithms for Consensus Trees

    • URL

      http://compbio.ddns.comp.nus.edu.sg/~consensus.tree/

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [備考] Jesper Jansson's webpage

    • URL

      http://sunflower.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~jj/

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [備考] FACT: Fast Algorithms for Consensus Trees

    • URL

      http://compbio.ddns.comp.nus.edu.sg/~consensus.tree/

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.cf.ocha.ac.jp/acpro/jj/

    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書

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公開日: 2011-08-05   更新日: 2019-07-29  

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