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無限要素を持つノンパラメトリックベイズモデルによる生命情報予測アルゴリズム研究

研究課題

研究課題/領域番号 23700274
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 感性情報学・ソフトコンピューティング
研究機関青山学院大学 (2013)
学習院大学 (2011-2012)

研究代表者

鏑木 崇史  青山学院大学, 理工学部, 助教 (10468861)

研究期間 (年度) 2011 – 2012
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
2012年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2011年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワードバイオインフォマティクス / ベイズ学習 / 隠れマルコフモデル / ベイジアンネットワーク / ノンパラメトリックベイズモデル / タンパク質機能予測 / 遺伝子発現データ / 時系列データ解析 / 機械学習 / ベイジアン年ットワークモデル / ベイジアンネットワークモデル
研究概要

本研究の目的は、無限要素を持つノンパラメトリックベイズモデルを適用して、タンパク質機能予測問題と遺伝子制御ネットワーク構造予測問題へ適用することを目標とした。タンパク質機能予測には隠れマルコフモデル(HMM)とベイジアンネットワーク(BN)の複合数理モデルを無限混合拡張したアルゴリズムを、遺伝子発現ネットワークのモデル設計にノンパラメトリックモデルとダイナミックベイジアンネットワークを用いて構築されたベイズ的枠組みを,リバーシブルジャンプマルコフ連鎖モンテカルロ法 (RJMCMC 法) を用いることで推定する手法をそれぞれ提案した。

報告書

(4件)
  • 2013 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2012 実施状況報告書
  • 2011 実施状況報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2013 2012 2011

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (11件)

  • [雑誌論文] Development of a Non-Contact Sensing Method for Scratching Activity Measurement2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Kurihara, T. Kaburagi, K. Watanabe
    • 雑誌名

      IEEE Sensors Journal

      巻: 13(9) 号: 9 ページ: 3325-3330

    • DOI

      10.1109/jsen.2013.2264283

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] PreGO : A Protein Function Prediction Algorithm Based on an Infinite Mixture of Hidden Markov and Bayesian Network Models2013

    • 著者名/発表者名
      T. Kaburagi, Y. Koizumi, K. Oota, T. Matsumoto
    • 学会等名
      International Conference on Bioinformatics and Computational Biology 2013
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Nonparametric Bayes-based heterogeneous Drosophila melanogaster gene regulatory network inference : T-Process regression2013

    • 著者名/発表者名
      H. Miyashita, T. Nakamura, Y. Ida, T. Kaburagi, T. Matsumoto
    • 学会等名
      The 12th International Association of Science and Technology for Development (IASTED) International Conference on Artificial Intelligence and Applications
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] NONPARAMETRIC BAYES-BASED HETEROGENEOUS “Drosophila Melanogaster” GENE REGULATORY NETWORK INFERENCE: T-PROCESS REGRESSION2013

    • 著者名/発表者名
      H.Miyashita, T.Nakamura, Y.Ida, T.Matsumoto and T.Kaburagi
    • 学会等名
      12th IASTED International Conference on Artificial Intelligence and Applications
    • 発表場所
      Innsbruck, Austria
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] PreGO: A Protein Function Prediction Algorithm Based on an Infinite Mixture of Hidden Markov and Bayesian Network Models2013

    • 著者名/発表者名
      Takashi Kaburagi, Yukihiro Koizumi, Kousuke Oota, Takashi Matsumoto
    • 学会等名
      5th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology
    • 発表場所
      Honolulu, Hawaii, USA
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] ノンパラメトリックベイジアンT過程アルゴリズムを用いた時間的構造変化を考慮した遺伝子発現ネットワーク推定2012

    • 著者名/発表者名
      宮下弘樹, 中村拓磨, 井田安俊, 鏑木崇史, 松本隆
    • 学会等名
      情報処理学会, 第91回数理モデル化と問題解決・第32回バイオ情報学合同研究会
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Protein Function Prediction Algorithm Based on Infinite State Hidden Markov Model and Bayesian Network Model2012

    • 著者名/発表者名
      T. Kaburagi, Y. Koizumi, G. Kobayashi, T. Matsumoto
    • 学会等名
      International Conference Intelligent Systems for Molecular Biology 2012
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Infinite Mixture Model Approach for Protein Function Prediction Algorithm Utilizing Hidden Markov Model and Bayesian Network Model with Dirichlet Process Prior2012

    • 著者名/発表者名
      T. Kaburagi, Y. Koizumi, G. Kobayashi, K. Oota, Y. Nakada, T. Matsumoto
    • 学会等名
      International Conference Intelligent Systems for Molecular Biology 2011
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] ノンパラメトリックベイジアンT過程アルゴリズムによる時間的構造変化を考慮した遺伝子発現ネットワーク推定2012

    • 著者名/発表者名
      宮下弘樹,鈴木知彦,中村拓磨,井田安俊,松本 隆,鏑木崇史
    • 学会等名
      情報処理学会 第91回MPS・第32回BIO合同研究発表会
    • 発表場所
      京都大学桂キャンパス 船井交流センター 国際連携ホール
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] Protein Function Prediction Algorithm Based on Infinite State Hidden Markov Model and Bayesian Network Model2012

    • 著者名/発表者名
      Takashi Kaburagi, Yukihiro Koizumi, Kosuke Oota, Go Kobayashi, Takashi Matsumoto
    • 学会等名
      20th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology
    • 発表場所
      Long Beach CA, USA
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] Infinite Mixture Model Approach for Protein Function Prediction Algorithm Utilizing Hidden Markov Model and Bayesian Network Model with Dirichlet Process Prior2011

    • 著者名/発表者名
      Takashi Kaburagi, Yukihiro Koizumi, Go Kobayashi, Kousuke Oota, Yohei Nakada, Takashi Matsumoto
    • 学会等名
      19th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 10th European Conference on Computational Biology
    • 発表場所
      オーストリア
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書
  • [学会発表] ダイナミック・ガウス過程遺伝子発現ネットワーク予測:MCMC実装2011

    • 著者名/発表者名
      菊地貴彰、鈴木知彦、中田洋平、鏑木崇史、松本隆、君和田友美、和田圭司
    • 学会等名
      情報処理学会 第25回バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      沖縄
    • 関連する報告書
      2011 実施状況報告書

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公開日: 2011-08-05   更新日: 2019-07-29  

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