蛋白質内部の芳香環回転運動速度の核スピン緩和解析法の開発

• 研究課題/領域番号: 23770109
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 構造生物化学
• 研究機関: 名古屋大学
• 研究代表者: 武田 光広 名古屋大学, 理学研究科, 特任助教 (90508558)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• 研究課題ステータス: 完了 (2012年度)
• 配分額: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円); 2012年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円); 2011年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
• キーワード: NMR / SAIL / 構造生物学 / 蛋白質 / ダイナミクス

研究概要

蛋白質分子内のフェニルアラニン、チロシン残基芳香環の反転運動は蛋白質の稀に生じる大きな構造揺らぎと相関し、同揺らぎに関する唯一の情報源ともなる。本課題では、SAIL-NMR法とCPMG緩和分散法を組み合わせた芳香環反転速度の解析法の開発を行った。これにより、定量解析可能な反転速度の時間領域がミリ秒からマイクロ秒近くまで拡張され、環反転速度に基づいた構造揺らぎの研究が促進されることが期待される。

研究成果

• [雑誌論文] Molecular bases of multimodal regulation of a fungal transient receptor potential (TRP) channel (2013)
  • 著者名/発表者名: 伊原 誠
  • 雑誌名: Journal of Biologial Chemistry 巻: in press
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cell-Free Protein Synthesis Using E. coli Cell Extract for NMR Studies (2012)
  • 著者名/発表者名: 武田 光広
  • 雑誌名: Advances in Experimental Medicine and Biology 巻: 992 ページ: 167-177
  • DOI: 10.1007/978-94-007-4954-2_9
  • ISBN: 9789400749535, 9789400749542
• [雑誌論文] Cell-free protein production for NMR studies (2012)
  • 著者名/発表者名: 武田 光広
  • 雑誌名: Methods molecular biology 巻: 831 ページ: 71-84
  • DOI: 10.1007/978-1-61779-480-3_5
  • ISBN: 9781617794797, 9781617794803
• [雑誌論文] Conformational analysis by quantitative NOE measurements of the β-proton pairs across individual disulfide bonds in proteins (2012)
  • 著者名/発表者名: 武田 光広
  • 雑誌名: Journal of Biomolecular NMR 巻: 52 号: 2 ページ: 127-139
  • DOI: 10.1007/s10858-011-9587-0
  • 査読あり
• [雑誌論文] Stereo-array isotope labeling method for studying protein structure and dynamics (2012)
  • 著者名/発表者名: 宮ノ入 洋平
  • 雑誌名: Advances in Experimental Medicine and Biology 巻: 992 ページ: 83-93
  • DOI: 10.1007/978-94-007-4954-2_5
  • ISBN: 9789400749535, 9789400749542
• [雑誌論文] Hydrogen Exchange Study on the Hydroxyl Groups of Serine and Threonine Residues in Proteins and Structure Refinement Using NOE Restraints with Polar Side-Chain Groups (2011)
  • 著者名/発表者名: M.Takeda, J.-G.Jee, A.M.Ono, T.Terauchi, M.Kainosho
  • 雑誌名: J.Am.Chem.Soc. 巻: 133 号: 43 ページ: 17420-17427
  • DOI: 10.1021/ja206799v
  • 査読あり
• [雑誌論文] Alternative SAIL-Trp for robust aromatic signal assignment and determination of the X(2) conformation by intra-residue NOEs (2011)
  • 著者名/発表者名: Y.Miyanoiri, M.Takeda, J.-G.Jee, A.M.Ono, K.Okuma, T.Terauchi, M.Kainosho
  • 雑誌名: J.Biomol.NMR 巻: 51 号: 4 ページ: 425-435
  • DOI: 10.1007/s10858-011-9568-3
  • 査読あり
• [学会発表] SAIL-NMR法によるジスルフィド結合の立体配座決定と動態解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 武田光広、寺内勉、甲斐荘正恒
  • 学会等名: 第51回 NMR 討論会
  • 発表場所: ウィンク愛知 (愛知県)
• [学会発表] Analysis of Connectivities and Conformations of Disulfide bonds in Proteins by Quantitative NOE Measurements of the beta-Proton Pairs across the Bonds (2012)
  • 著者名/発表者名: Takeda M, Terauchi T, Kainosho M
  • 学会等名: International Conference of Magnetic Resonance in Biological System
  • 発表場所: The Lyon Convention Center(Lyon) France
• [学会発表] Analysis of Connectivities and Conformations of Disulfide bonds in Proteins by Quantitative NOE Measurements of the beta-Proton Pairs across the Bonds (2012)
  • 著者名/発表者名: 武田 光広
  • 学会等名: International Conference of Magnetic Resonance in Biological System
  • 発表場所: The Lyon Convention centre (リヨン) フランス
• [学会発表] SAIL-NMR法によるジスルフィド結合の立体配座決定と動態解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 武田 光広
  • 学会等名: 第51回NMR討論会
  • 発表場所: ウィンクあいち (愛知県）
• [学会発表] Applications of the SAIL method for studying protein structures and dynamics in solution (2012)
  • 著者名/発表者名: Mitsuhiro Takeda, Yohei Miyanoiri, Masatsune Kainosho
  • 学会等名: International Workshop: from Structure to Dynamics: for Our Understanding of Protein-Protein Interactions
  • 発表場所: 名古屋
• [学会発表] SAIL-NMR 法により広がるタンパク質の NMR 研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 武田光広
  • 学会等名: 第6回構造生物学に関する先端技術講演会-NMR、AFM、EM 解析のトピックスー生体防御医学研究所共同利用研究集会
  • 発表場所: 九州大学(福岡県)
  • 年月日: 2011-09-02
• [学会発表] Construction and performance of a sample tube with slot-shaped sample cavity fabricated from magnetic susceptibility-matched glass (2011)
  • 著者名/発表者名: Takeda M, Hallenga K, Shigezane M, Waelchli MR, Markley JL, Kainosho M
  • 学会等名: ISNMR
  • 発表場所: 大さん橋ホール (神奈川県)
• [学会発表] SAIL-NMR 法によるタンパク質動態構造の研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 武田光広、甲斐荘正恒
  • 学会等名: 第49回生物物理学会
  • 発表場所: 兵庫県立大学(兵庫県)
• [学会発表] 隣接炭素科学シフトへの重水素同位体効果を利用したタンパク質側鎖 OH/SH 基の新しい NMR 研究手法 (2011)
  • 著者名/発表者名: 武田光広、Chun-Jing Yang、JunGoo Jee、小野明、寺内勉、甲斐荘正恒
  • 学会等名: 第49回生物物理学会
  • 発表場所: 兵庫県立大学(兵庫県)
• [学会発表] Recent progress in a Stereo-Array Isotope Labeling(SAIL) method for NMR structure determination (2011)
  • 著者名/発表者名: Mitsuhiro Takeda, Akira M Ono, Tsutomu Terauchi, JunGoo Jee, Masatsune Kainosho
  • 学会等名: PDB40 symposium
  • 発表場所: New York
• [学会発表] Construction and performance of a sample tube with slot-shaped sample cavity fabricated from magnetic susceptibility-matched glass (2011)
  • 著者名/発表者名: Mitsuhiro Takeda, Klass Hallenga, Masahiro Shigezane, Markus R.Waelchli, John L. Markley and Masatsune Kainosho
  • 学会等名: ISNMR
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] SAIL-NMR法によるタンパク質動態構造の研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 武田光広、甲斐荘正恒
  • 学会等名: 第49回生物物理学会
  • 発表場所: 姫路
• [学会発表] SAIL-NMR法により広がるタンパク質のNMR研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 武田光広
  • 学会等名: 第６回構造生物学に関する先端技術講演会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] 隣接炭素科学シフトへの重水素同位体効果を利用したタンパク質側鎖OH/SH基の新しいNMR研究手法 (2011)
  • 著者名/発表者名: 武田光広、Chun-Jing Yang、JunGoo Jee、小野明、寺内勉、甲斐荘正恒
  • 学会等名: 第49回生物物理学会
  • 発表場所: 姫路
• [備考]
  • URL: http://str.bio.nagoya-u.ac.jp:8080/Plone/753265908358
• [備考] 名古屋大学理学研究科構造生物学研究センター 甲斐荘グループ
  • URL: http://str.bio.nagoya-u.ac.jp:8080/Plone/753265908358