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ゲノムのワードプロセシング技術の新展開-酵母染色体任意領域重複技術の開発

研究課題

研究課題/領域番号 24380048
研究種目

基盤研究(B)

配分区分一部基金
応募区分一般
研究分野 応用微生物学
研究機関大阪大学

研究代表者

原島 俊  大阪大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (70116086)

研究分担者 杉山 峰崇  大阪大学, 大学院工学研究科, 准教授 (80379130)
笹野 佑  大阪大学, 大学院工学研究科, 助教 (90640194)
金子 嘉信  大阪大学, 大学院工学研究科, 寄附講座教授 (90161182)
前川 裕美  大阪大学, 大学院工学研究科, 寄附講座准教授 (80399683)
研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2014年度: 5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)
2013年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円)
2012年度: 6,630千円 (直接経費: 5,100千円、間接経費: 1,530千円)
キーワード酵母 / ゲノム工学 / 染色体工学 / 異数体 / バイオテクノロジー / ゲノムの多様性創出工学 / 育種 / 染色体の部分重複
研究成果の概要

産業酵母の有用形質には染色体の部分異数性が重要であることが明らかになってきた。こうした部分異数性と有用表現型との関係を明らかにするため,任意領域の重複を自在に作り出すゲノム工学技術(PCDup法と命名)を開発した。PCDup法により、16本の染色体の全てについて,200kb 毎の重複(62領域)を作成することを試みた。その結果,53領域について重複株を得る事ができた。さらに53株について表現型を調べた。その結果、高温や酸に対して耐性が見られる株もあった。重複領域内の遺伝子の単独過剰発現ではそうした表現型は報告されていないので、それらの表現型は重複領域内複数遺伝子の同時重複によると考えられた。

報告書

(4件)
  • 2014 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 研究成果

    (50件)

すべて 2014 2013 2012 その他

すべて 雑誌論文 (12件) (うち査読あり 10件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (33件) (うち招待講演 2件) 図書 (3件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Cloning and functional analysis of HpFAD2 and HpFAD3 genes encoding Δ12- and Δ15-fatty acid desaturases in Hansenula polymorpha.2014

    • 著者名/発表者名
      Sangwallek, J., Kaneko, Y., Tsukamoto, T., Marui, M., Sugiyama, M., Ono, H., Bamba, T., Fukusaki, E., Harashima, S.
    • 雑誌名

      Gene

      巻: 533 号: 1 ページ: 110-118

    • DOI

      10.1016/j.gene.2013.09.115

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Suppression mechanism of the calcium sensitivity in Saccharomyces cerevisiae ptp2Δmsg5Δ double disruptant involves a novel HOG-independent function of Ssk2, transcription factor Msn2 and the protein kinase A component Bcy12014

    • 著者名/発表者名
      Lavina, W., Shahsavarani, H., Saidi, A., Sugiyama, M., Kaneko, Y., Harashima, S.
    • 雑誌名

      J. Biosci. Bioeng

      巻: 117 号: 2 ページ: 135-141

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2013.06.022

    • NAID

      110009804062

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nuclear localization of Haa1, which is linked to its phosphorylation status, mediates lactic acid tolerance in Saccharomyces cerevisiae.2014

    • 著者名/発表者名
      Sugiyama, M., Akase, SP., Nakanishi, R., Horie, H., Kaneko, Y., Harashima, S.
    • 雑誌名

      Appl. Environ. Microbiol

      巻: 80 号: 11 ページ: 3488-3495

    • DOI

      10.1128/aem.04241-13

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effects of deletion of different PP2C protein phosphatase genes on stress responses in Saccharomyces cerevisiae.2014

    • 著者名/発表者名
      Sharmin, D., Sasano, Y., Sugiyama, M., Harashima, S.
    • 雑誌名

      Yeast

      巻: 10 号: 10 ページ: 393-409

    • DOI

      10.1002/yea.3032

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genome-wide mapping of unexplored essential regions in the Saccharomyces cerevisiae genome: evidence for hidden synthetic lethal combinations in a genetic interaction network.2014

    • 著者名/発表者名
      Kaboli, S., Yamakawa, T., Sunada, K., Takagaki, T., Sasano, Y., Sugiyama, M., Kaneko, Y., Harashima, S.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res

      巻: 42 号: 15 ページ: 9838-9853

    • DOI

      10.1093/nar/gku576

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] 多様性創出ゲノム工学技術の開発と微生物育種への応用2014

    • 著者名/発表者名
      笹野 佑、Yeon-Hee Kim、杉山 峰崇、原島 俊
    • 雑誌名

      生物工学会誌

      巻: 92(11) ページ: 589-592

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 酵母ゲノム工学の最前線2013

    • 著者名/発表者名
      杉山 峰崇、笹野 佑、原島 俊
    • 雑誌名

      細胞工学

      巻: 32 ページ: 592-599

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [雑誌論文] Increased transcription of RPL40A and RPL40B is important for the improvement of RNA production in Saccharomyces cerevisiae.2013

    • 著者名/発表者名
      Khatun, F., Kurata, K., Chuwattanakul, V., Sugiyama, M., Kaneko, Y., Harashima, S.
    • 雑誌名

      J. Biosci. Bioeng.

      巻: 116(4) 号: 4 ページ: 423-432

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2013.04.006

    • NAID

      110009675454

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Increase in rRNA content in a Saccharomyces cerevisiae suppressor strain from rrn10 disruptant by rDNA cluster duplication.2013

    • 著者名/発表者名
      Khatun, F., Sasano, Y., Sugiyama, M., Kaneko, Y., Harashima, S.
    • 雑誌名

      Appl. Microbiol. Biotechnol.

      巻: 97(20) 号: 20 ページ: 9011-9019

    • DOI

      10.1007/s00253-013-5065-9

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 最新のゲノム編集技術が拓く新たな微生物育種への道2013

    • 著者名/発表者名
      笹野 佑
    • 雑誌名

      生物工学会誌

      巻: 91 ページ: 719-719

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [雑誌論文] Large-scale genome reorganization in Saccharomyces cerevisiae through combinatorial loss of mini-chromosomes2012

    • 著者名/発表者名
      Youji Ueda, Shigehito Ikushima, Minetaka Sugiyama, Ryo Matoba, Yoshinobu Kaneko, Kenichi Matsubara, Satoshi Harashima
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      巻: VOL. 113 号: 6 ページ: 675-682

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2012.01.013

    • NAID

      10031085641

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Creation af an ethariol-tolerant yeast strain by genome reconstruction based on chromosome splitting technology.2012

    • 著者名/発表者名
      Park, AH., Sugiyama, M , Harashima, S., Kim, YH.
    • 雑誌名

      J. Microbiol. Biotechnol.

      巻: 22(2) ページ: 184-9

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] CRISPR-PCS法による酵母染色体複数部位の同時分断2014

    • 著者名/発表者名
      笹野 佑、長澤宏器、Saeed Kaboli、杉山峰崇、原島 俊
    • 学会等名
      日本生物工学会第66回大会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(札幌市)
    • 年月日
      2014-09-09 – 2014-09-11
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] ゲノムエンジニアリングによる出芽酵母二倍体ゲノムの部分一倍体化と育種への応用2014

    • 著者名/発表者名
      砂田啓輔、Saeed Kaboli、宮本哲也、笹野 佑、杉山峰崇、原島 俊
    • 学会等名
      日本生物工学会第66回大会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(札幌市)
    • 年月日
      2014-09-09 – 2014-09-11
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] ゲノムシャフリングによる出芽酵母の高温耐性の改良と高温アルコール発酵2014

    • 著者名/発表者名
      杉山峰崇、呉 俊元、Badua Mark Anthony A.、笹野 佑、金子嘉信、原島 俊
    • 学会等名
      日本生物工学会第66回大会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(札幌市)
    • 年月日
      2014-09-09 – 2014-09-11
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 高温耐性出芽酵母C3723株におけるCDC19-C遺伝子による高温性獲得機構2014

    • 著者名/発表者名
      Wang Kun、木村駿太、笹野 佑、杉山峰崇、原島 俊
    • 学会等名
      日本生物工学会第66回大会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(札幌市)
    • 年月日
      2014-09-09 – 2014-09-11
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 酵母を用いた真核生物遺伝子機能の解明とバイオテクノロジーへの応用2014

    • 著者名/発表者名
      原島 俊
    • 学会等名
      日本生物工学会第66回大会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(札幌市)
    • 年月日
      2014-09-09 – 2014-09-11
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 酵母バイオテクノロジーの発展とともに40年2014

    • 著者名/発表者名
      原島 俊
    • 学会等名
      第21回酵母合同シンポジウム
    • 発表場所
      東京大学 伊藤国際学術研究センター 伊藤謝恩ホール(東京都)
    • 年月日
      2014-09-03 – 2014-09-04
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ゲノム工学技術を用いた出芽酵母新規合成致死遺伝子の探索2014

    • 著者名/発表者名
      高垣太緒、Saeed Kaboli、砂田啓輔、山川卓也、笹野 佑、杉山峰崇、原島 俊
    • 学会等名
      酵母遺伝学フォーラム第47回研究報告会
    • 発表場所
      東京大学弥生会館(東京都)
    • 年月日
      2014-09-01 – 2014-09-02
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Segmental haploidization of diploid genome in Saccharomyces cerevisiae and its application to breeding2014

    • 著者名/発表者名
      Saeed Kaboli、Tetsuya Miyamoto、Keisuke Sunada、Yu Sasano、Minetaka Sugiyama、Satoshi Harashima
    • 学会等名
      酵母遺伝学フォーラム第47回研究報告会
    • 発表場所
      東京大学弥生会館(東京都)
    • 年月日
      2014-09-01 – 2014-09-02
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 出芽酵母におけるミニ染色体のワンステップ作成技術の開発2014

    • 著者名/発表者名
      長澤宏器、笹野 佑、Saeed Kaboli、杉山峰崇、原島 俊
    • 学会等名
      酵母遺伝学フォーラム第47回研究報告会
    • 発表場所
      東京大学弥生会館(東京都)
    • 年月日
      2014-09-01 – 2014-09-02
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 過剰発現で乳酸耐性を付与する出芽酵母転写活性化因子Haa1の機能解析2014

    • 著者名/発表者名
      中西良太、堀江仁志、松田祐典、笹野 佑、杉山峰崇、原島 俊
    • 学会等名
      酵母遺伝学フォーラム第47回研究報告会
    • 発表場所
      東京大学弥生会館(東京都)
    • 年月日
      2014-09-01 – 2014-09-02
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 高温耐性出芽酵母C3723株におけるCDC19-C遺伝子による高温耐性化2014

    • 著者名/発表者名
      木村駿太、王 琨、○笹野 佑、杉山峰崇、原島 俊
    • 学会等名
      酵母遺伝学フォーラム第47回研究報告会
    • 発表場所
      東京大学弥生会館(東京都)
    • 年月日
      2014-09-01 – 2014-09-02
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] ゲノムシャフリングによる出芽酵母高温耐性の改良と高温アルコール発酵2014

    • 著者名/発表者名
      杉山峰崇、呉 俊元、Badua Mark Anthony A.、中西良太、笹野 佑、金子嘉信、原島 俊
    • 学会等名
      酵母遺伝学フォーラム第47回研究報告会
    • 発表場所
      東京大学弥生会館(東京都)
    • 年月日
      2014-09-01 – 2014-09-02
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Recent advances in breeding technologies for microorganisms More than just a trend-2013

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Harashima
    • 学会等名
      JSPS-NRCT Young Scientist Seminar 2013
    • 発表場所
      大阪
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Genome-wide construction of a series of segmental aneuploids for genome analysis and breeding in Saccharomyces cerevisiae.2013

    • 著者名/発表者名
      Waranya Natesuntorn, Kotaro Iwami, Yuki Matsubara, Tetsuya Hayashi, Yu Sasano, Minetaka Sugiyama, Yoshinobu Kaneko, Satoshi Harashima
    • 学会等名
      JSPS-NRCT Young Scientist Seminar 2013
    • 発表場所
      大阪
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Genome-wide mapping for unexplored essential regions harboring synthetic lethal interactions in Saccharomyces cerevisiae.2013

    • 著者名/発表者名
      Saeed Kaboli, Takuya Yamakawa, Deasty Imara, Yu Sasano, Minetaka Sugiyama, Yoshinobu Kaneko, Satoshi Harashima
    • 学会等名
      JSPS-NRCT Young Scientist Seminar 2013
    • 発表場所
      大阪
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Molecular breeding of Saccharomyces cerevisiae strain producing high level of RNA.2013

    • 著者名/発表者名
      Yu Sasano, Fahmida Khatun, Shogo Usugi, Minetaka Sugiyama, Satoshi Harashima
    • 学会等名
      26th International Conference on Yeast Genetics and Molecular Biology
    • 発表場所
      Frankfurt, Germany
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] PCR-mediated chromosome duplication method generates a defined duplicated chromosome as a novel tool for breeding and genome analysis in Saccharomyces cerevisiae.2013

    • 著者名/発表者名
      Waranya Natesuntorn, Kotaro Iwami, Yuki Matsubara, Yu Sasano, Minetaka Sugiyama, Yoshinobu Kaneko, Satoshi Harashima
    • 学会等名
      26th International Conference on Yeast Genetics and Molecular Biology
    • 発表場所
      Frankfurt, Germany
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] CRISPR/Cas-PCSシステムを利用した染色体複数部位同時分断技術の開発2013

    • 著者名/発表者名
      笹野 佑、長澤宏器、杉山峰崇、原島 俊
    • 学会等名
      酵母遺伝学フォーラム第46回研究報告会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Novel landscape for genetic interactions in Saccharomyces cerevisiae.2013

    • 著者名/発表者名
      Saeed Kaboli, Takuya Yamakawa, Deasty Imara, Yu Sasano, Minetaka Sugiyama, Yoshinobu Kaneko, Satoshi Harashima
    • 学会等名
      YEAST GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY NEWS JAPAN No.46
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Genome-wide construction of a series of segmental aneuploids in Saccharomyces cerevisiae.2013

    • 著者名/発表者名
      Waranya Natesuntorn, Yuki Matsubara, Yu Sasano, Minetaka Sugiyama, Yoshinobu Kaneko, Satoshi Harashima
    • 学会等名
      YEAST GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY NEWS JAPAN No.46
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Systematic segmental duplication of chromosomes for genome analysis and breeding in Saccharomyces cerevisiae2013

    • 著者名/発表者名
      Waranya Natesuntorn, Yuki Matsubara, Yu Sasano, Minetaka Sugiyama, Satoshi Harashima
    • 学会等名
      日本生物工学会第65回大会
    • 発表場所
      広島
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 酵母rrn10遺伝子破壊抑圧変異株におけるrDNA領域の重複によるRNA量の増加2013

    • 著者名/発表者名
      Khatun Fahmida、笹野 佑、杉山峰崇、原島 俊
    • 学会等名
      日本生物工学会第65回大会
    • 発表場所
      広島
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] rDNA写活必須遺伝子RRN5の破壊抑圧変異株を利用したRNA高含有出芽酵母の分子育種2013

    • 著者名/発表者名
      宇杉祥吾、Khatun Fahmida、狩屋貴洋、笹野 佑、杉山峰崇、原島 俊
    • 学会等名
      日本生物工学会第65回大会
    • 発表場所
      広島
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 出芽酵母におけるゲノム網羅的な染色体部分重複と表現型解析2013

    • 著者名/発表者名
      杉山峰崇、Waranya Natesuntorn、松原裕樹、林 達也、原島 俊
    • 学会等名
      日本生物工学会第65回大会
    • 発表場所
      広島
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 出芽酵母におけるゲノム網羅的な染色体部分重複と表現型解析2013

    • 著者名/発表者名
      杉山峰崇、Waranya Natesuntorn、松原裕樹、林 達也、原島 俊
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Random Walks on Chromosomal Regions Reveal Hidden Lethal Relationships among Non-essential Genes in the Genome of Saccharomyces cerevisiae2013

    • 著者名/発表者名
      Saeed Kaboli, Takuya Yamakawa, Minetaka Sugiyama, Yoshinobu Kaneko, Satoshi Harashima
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 酵母の育種理論と育種技術の発展とともに35年2012

    • 著者名/発表者名
      原鳥俊
    • 学会等名
      第19回日本生物工学会九州支部福岡大会特別講演
    • 発表場所
      別府大学(招待講演)
    • 年月日
      2012-12-01
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] ウイルス学におけるdual use 「ゲノムの多様性創出工学と生命科学・生命工学におけるデュアルユース問題」2012

    • 著者名/発表者名
      原島俊
    • 学会等名
      第60回日本ウィルス学会学術集会特別シンポジウム
    • 発表場所
      グランキューブ大阪(招待講演)
    • 年月日
      2012-11-14
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Exploitation of PCDup technology for breeding and genome analysis in Saccharonyces cerevisiae2012

    • 著者名/発表者名
      W. Natesuntorn. Y. Matsubara, T. Hayasbi. M. Sugiyama, Y. Kaleko, S. Harashima
    • 学会等名
      日本生物工学会第64回大会
    • 発表場所
      神戸国際会議場
    • 年月日
      2012-10-25
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Exploitation of PCDup technology for breeding and genome analysis in Saccharonyces cerevisiae.2012

    • 著者名/発表者名
      W. Natesuatorn, Y. Matsubara, T. Hayashi, M. Sugiyama, Y. Kaneko, S. Harashima
    • 学会等名
      YEAST GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY NEWS JAPAN No. 45
    • 発表場所
      京都大学宇治キャンパス
    • 年月日
      2012-09-06
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Recent Advances on New Breeding Technologies in Microorganisns -More than lust a Trend-2012

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Harashima
    • 学会等名
      International Symposium & Annual Meeting A New Era of Biotechnology and Bioeconomy
    • 発表場所
      Busan, Korea(招待講演)
    • 年月日
      2012-06-28
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 酵母におけるゲノム工学技術の開発とゲノム機能の解明・育種への応用

    • 著者名/発表者名
      原島 俊
    • 学会等名
      大阪大学大学院工学研究科 核酸制御(陽進堂)共同研究講座設立記念シンポジウム
    • 発表場所
      大阪
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 多様性創出ゲノム工学技術の開発と微生物育種への応用

    • 著者名/発表者名
      原島 俊
    • 学会等名
      2013年度JBA新資源生物変換研究会シンポジウム
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [図書] Microbial production -From genome design to cell engineering-, Microbial Production2014

    • 著者名/発表者名
      Sasano Y, Sugiyama M. Harashima S.
    • 総ページ数
      550
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [図書] 微生物を活用した新世代の有用物質生産技術2012

    • 著者名/発表者名
      原島俊・Yeon-Hee Kim・西沢正文
    • 出版者
      (株)シーエムシー出版
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [図書] 合成生物工学の隆起-有用物質の新たな生産法構築をめざして-2012

    • 著者名/発表者名
      原島俊・西沢正文
    • 出版者
      (株)シーエムシー出版
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [備考] 大阪大学工学研究科ゲノム機能工学研究室(原島研究室)

    • URL

      http://www.bio.eng.osaka-u.ac.jp/mg/

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [備考] 大阪大学・原島研究室

    • URL

      http://www.bio.eng.osaka-u.ac.jp/mg/

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書

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公開日: 2012-04-24   更新日: 2019-07-29  

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