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スギ木部形成関連遺伝子データベースの構築に向けたEST単離と網羅的発現解析

研究課題

研究課題/領域番号 24380098
研究種目

基盤研究(B)

配分区分一部基金
応募区分一般
研究分野 木質科学
研究機関独立行政法人森林総合研究所

研究代表者

藤原 健  独立行政法人森林総合研究所, 木材特性研究領域, 室長 (00353839)

研究分担者 渡辺 敦史  九州大学, 農学研究院, 准教授 (10360471)
能勢 美峰  森林総合研究所, 林木育種センター, 研究員 (20582753)
栗田 学  森林総合研究所, 林木育種センター, 室長 (40370829)
井城 泰一  森林総合研究所, 林木育種センター, 主任研究員 (40370845)
織部 雄一朗  森林総合研究所, 東北育種場, 課長 (40370853)
山下 香菜  森林総合研究所, 木材特性研究領域, 主任研究員 (60353900)
黒田 克志 (黒田 克史)  森林総合研究所, 木材特性研究領域, 主任研究員 (90399379)
研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
17,680千円 (直接経費: 13,600千円、間接経費: 4,080千円)
2014年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円)
2013年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
2012年度: 7,150千円 (直接経費: 5,500千円、間接経費: 1,650千円)
キーワードスギ / EST / マイクロアレイ / 木部形成 / 材形成 / 遺伝子発現 / データベース
研究成果の概要

スギ精英樹クローンを用いて成長期及び休眠期を通して定期的に試料を採取し、形成層帯及び分化帯で発現する遺伝子の末端塩基配列(EST)を55,051配列収集した。さらに、得られた配列のうち高発現していると考えられる14,616 isotigに、ForestGenの材関連データベースの既存配列を加えた18,082 probeのマイクロアレイを設計し、成長期を通じた遺伝子発現を網羅的に解析した。その結果、18,082遺伝子中10,380遺伝子が材形成期間に有意な発現挙動を見せ、木部形成が活発な時期に発現が上昇する4,019遺伝子 とそれ以降から成長停止期に発現が上昇する6,361遺伝子とに区分された。

報告書

(4件)
  • 2014 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 研究成果

    (20件)

すべて 2015 2014 2013 2012

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (17件)

  • [雑誌論文] 発現遺伝子による材関連遺伝子マーカー開発の可能性2014

    • 著者名/発表者名
      三嶋賢太郎、藤原健、井城泰一、黒田克志、山下香菜、田村美帆、藤澤義武、渡辺敦史
    • 雑誌名

      森林遺伝育種

      巻: 3 ページ: 167-172

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Transcriptome sequencing and profiling of expressed genes in cambial zone and differentiating xylem of Japanese cedar (Cryptomeria japonica)2014

    • 著者名/発表者名
      Kentaro Mishima, Takeshi Fujiwara, Taiichi Iki, Katsushi Kuroda, Kana Yamashita, Miho Tamura, Yoshitake Fujisawa, Atsushi Watanabe
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 15 号: 1 ページ: 219-219

    • DOI

      10.1186/1471-2164-15-219

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cryo-TOF-SIMS/SEM System for analysis of the chemical distribution in freeze-fixed Cryptomeria japonica wood2012

    • 著者名/発表者名
      Katsushi Kuroda
    • 雑誌名

      Surface and Interface Analysis

      巻: (in press) 号: 1 ページ: 215-219

    • DOI

      10.1002/sia.4979

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] スギの材質・成長形質に関するQTL解析2015

    • 著者名/発表者名
      三嶋賢太郎、平尾知士、田村美帆、井城泰一、平岡裕一郎、能勢美峰、坪村美代子、花岡創、藤原健、黒田克志、栗田学、高橋誠、渡辺敦史
    • 学会等名
      第126回日本森林学会大会
    • 発表場所
      北海道大学(北海道札幌市)
    • 年月日
      2015-03-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] スギ連鎖地図作成と材質形質に関するQTLマッピング2015

    • 著者名/発表者名
      三嶋賢太郎、平尾知士、井城泰一、平岡裕一郎、坪村美代子、能勢美峰、花岡創、栗田学、高橋誠、黒田克志、藤原健、田村美帆、渡辺敦史
    • 学会等名
      第65回日本木材学会大会
    • 発表場所
      タワーホール船堀(東京都江戸川区)
    • 年月日
      2015-03-17
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 形成層活動期における材関連遺伝子の発現パターンのクローン間差2014

    • 著者名/発表者名
      三嶋賢太郎、藤原健、井城泰一、高島有哉、黒田克志、栗田学、渡辺敦史
    • 学会等名
      第3回森林遺伝育種学会大会
    • 発表場所
      東京大学(東京都文京区)
    • 年月日
      2014-11-07
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] スギ材質形質に関するQTLマッピング2014

    • 著者名/発表者名
      三嶋賢太郎、井城泰一、平尾知士、藤澤義武、藤原健、田村美帆、渡辺敦史
    • 学会等名
      第64回日本木材学会大会
    • 発表場所
      松山
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 発現遺伝子解析による材関連遺伝子マーカー開発の可能性2014

    • 著者名/発表者名
      三嶋賢太郎
    • 学会等名
      第125回日本森林学会大会
    • 発表場所
      大宮
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] スギの温度に伴う日周性の変化2014

    • 著者名/発表者名
      能勢美峰、田村美帆、三嶋賢太郎、井城泰一、坪村美代子、栗田学、渡辺敦史
    • 学会等名
      第55回日本植物生理学会年会
    • 発表場所
      富山
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] スギ次世代育種に向けたDNAマーカーの開発とその適用2014

    • 著者名/発表者名
      平尾知士、三嶋賢太郎、田村美帆、渡辺敦史
    • 学会等名
      第125回日本森林学会大会
    • 発表場所
      大宮
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] スギ次世代検定林におけるゲノムワイドマーカーを用いた形質予想2014

    • 著者名/発表者名
      内山憲太郎、岩田洋佳、木村恵、伊原徳子、上野真義、森口喜成、坪村美代子、三嶋賢太郎、井城泰一、高橋誠、渡辺敦史、二村典宏、篠原健司、津村義彦
    • 学会等名
      日本育種学会第125回講演会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] スギ器官別ESTの基盤整備2014

    • 著者名/発表者名
      田村美穂、手島康一、三嶋賢太郎、井城泰一、能勢美峰、坪村美代子、栗田学、渡辺敦史
    • 学会等名
      第125回日本森林学会大会
    • 発表場所
      大宮
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] スギの育種形質に対するゲノムワイド関連解析および形質予測2014

    • 著者名/発表者名
      内山憲太郎、岩田洋佳、伊原徳子、上野真義、森口喜成、坪村美代子、三嶋賢太郎、井城泰一、高橋誠、渡辺敦史、二村典宏、篠原健司、津村義彦
    • 学会等名
      第125回日本森林学会大会
    • 発表場所
      大宮
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] The continuity of cell division and the resumption of xylem differentiation of new cambial derivatives after the cambial reactivation induced by localizedstem heating in temperate zone trees2014

    • 著者名/発表者名
      Y. Oribe
    • 学会等名
      9th International Conference on Dendrochronology
    • 発表場所
      メルボルン市、オーストラリア
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 圧縮あて材の細胞間隙形成過程に関する研究2013

    • 著者名/発表者名
      平井阿佐美
    • 学会等名
      木材学会
    • 発表場所
      盛岡市民文化ホール(岩手県盛岡市)
    • 年月日
      2013-03-28
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] スギ材形成に関与する遺伝子群の探索(7) : スギ形成層帯における通年の時系列発現プロフファイル2013

    • 著者名/発表者名
      三嶋賢太郎
    • 学会等名
      木材学会
    • 発表場所
      盛岡市民文化ホール(岩手県盛岡市)
    • 年月日
      2013-03-28
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 形成層帯の休眠打破期の前後に局部加温処理を施した冷温帯に生育する常緑針葉樹(スギ)の樹幹部における木部形成2013

    • 著者名/発表者名
      織部雄一朗
    • 学会等名
      木材学会
    • 発表場所
      盛岡市民文化ホール(岩手県盛岡市)
    • 年月日
      2013-03-28
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] ヒノキ、カラマツ、トドマツ心材形成過程における木部の水分布変化のCryo-SEM解析2013

    • 著者名/発表者名
      黒田克史
    • 学会等名
      木材学会
    • 発表場所
      岩手大学(盛岡市盛岡市)
    • 年月日
      2013-03-27
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] スギ早期選抜にむけたEST情報の収集と網羅的発現解析2013

    • 著者名/発表者名
      三嶋賢太郎
    • 学会等名
      森林学会
    • 発表場所
      岩手大学(盛岡市盛岡市)
    • 年月日
      2013-03-26
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] New Approach of Chemical Distribution in a Frozen-Hydrated Wood Sample Using the Cryo-TOF-SIMS/SEM System2012

    • 著者名/発表者名
      Katsushi Kuroda
    • 学会等名
      IUFRO Division 5
    • 発表場所
      ポルトガル
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書

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公開日: 2012-04-24   更新日: 2019-07-29  

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