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ファットグラフを用いたクロマチンのループ構造の予測

研究課題

研究課題/領域番号 24651225
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 システムゲノム科学
研究機関東京大学

研究代表者

児玉 大樹  東京大学, 数理(科)学研究科(研究院), 特任准教授 (40466826)

研究分担者 井原 茂男  東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (30345136)
研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
2014年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2013年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2012年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
キーワードトポロジー / SO(3)-接続 / ファットグラフ / 生命生体情報学 / 国際研究者交流(オーストリア) / 国際研究者交流(デンマーク) / タンパク質 / カントール集合 / 蛋白質 / 核酸 / 国際情報交換(デンマーク) / 国際研究者交流(オーストリア) / 国際研究者交流(デンマーク)
研究成果の概要

ペプチドユニットを頂点とするグラフの辺に、ペプチドユニットの回転を表す回転行列を書き込んだものがタンパク質のSO(3)接続モデルである。我々はこのモデルを用いてタンパク質の立体構造の違いを視覚的に表示するシステムを構築した。クロマチンの折り返し構造を表現するカントール集合を用いたモデルを考案した。pHの変化によるタンパク質変性をタンパク質のグリッドモデルにより表現した。

報告書

(4件)
  • 2014 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2013 実施状況報告書
  • 2012 実施状況報告書
  • 研究成果

    (3件)

すべて 2014 2013

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (2件)

  • [雑誌論文] Minimal C^1 diffeomorphisms of the circle which admit measurable fundamental domains2013

    • 著者名/発表者名
      Hiroki KODAMA and Shigenori MATSUMOTO
    • 雑誌名

      Proceedings of the American Mathematical Society

      巻: 141 号: 6 ページ: 2061-2067

    • DOI

      10.1090/s0002-9939-2013-11472-3

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Minimal C^1-diffeomorphisms of the circle which admit measurable fundamental domains2014

    • 著者名/発表者名
      Hiroki KODAMA
    • 学会等名
      ICM 2014
    • 発表場所
      Coex, Seoul, Korea
    • 年月日
      2014-08-13 – 2014-08-21
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Minimal C^1-diffeomorphisms of the circle which admit measurable fundamental domains2013

    • 著者名/発表者名
      Hiroki KODAMA
    • 学会等名
      Geometry and topology of macromolecule folding
    • 発表場所
      オーフス大、オーフス、デンマーク
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書

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公開日: 2013-05-31   更新日: 2019-07-29  

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