代謝制御ネットワークにおける転写因子ＣＲＰのアセチル化の役割の解析

• 研究課題/領域番号: 24710214
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: ゲノム生物学
• 研究機関: 東京工業大学
• 研究代表者: 島田 友裕 東京工業大学, 資源化学研究所, 助教 (10535230)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2014年度)
• 配分額: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円); 2014年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円); 2013年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円); 2012年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
• キーワード: CRP / アセチル化 / RMF / 100Sリボソーム / Genomic SELEX / RNAポリメラーゼ / ゲノム転写制御 / 大腸菌 / 代謝制御 / 転写因子CRP

研究成果の概要

大腸菌を用いて、代謝状態や生育の変化における炭素源代謝グローバルレギュレーターCRPのアセチル化修飾状態の変化およびアセチル化が、CRP支配下遺伝子プロモーターの転写制御に与える影響を観察した。CRPおよび転写装置であるRNA polymeraseのゲノム上の結合領域の同定に成功し、ゲノム転写制御の分子機構を理解するための基盤を築いた。また、CRPがrmfを転写制御する事により、リボソームの100S形成が促進されることを明らかとした。この分子機構は代謝と翻訳の活性をリンクさせる分子機構となることを提案した。

研究成果

• [雑誌論文] Roles of cell division control factor SdiA: recognition of quorum sensing signals and modulation of transcription regulation targets (2014)
  • 著者名/発表者名: Tomohiro Shimada1,2,3, Kaori Shimada, Makoto Matsui, Yuichi Kitai, Jun Igarashi, Hiroaki Suga, Akira Ishihama
  • 雑誌名: Genes to Cells 巻: 19 号: 5 ページ: 405-418
  • DOI: 10.1111/gtc.12139
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Unprecedented high-resolution view of bacterial operon architecture revealed by RNA sequencing. (2014)
  • 著者名/発表者名: Conway T, Creecy JP, Maddox SM, Grissom JE, Conkle TL, Shadid TM, Teramoto J, San Miguel P, Shimada T, Ishihama A, Mori H, Wanner BL.
  • 雑誌名: MBio 巻: 5 号: 4
  • DOI: 10.1128/mbio.01442-14
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] The whole set of constitutive promoters recognized by RNA polymerase RpoD holoenzyme of Escherichia coli (2014)
  • 著者名/発表者名: Tomohiro Shimada, Yukiko Yamazaki, Kan Tanaka and Akira Ishihama
  • 雑誌名: PLos One 巻: 9 号: 3 ページ: e90447-e90447
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0090447
  • 査読あり
• [雑誌論文] Regulation of the rmf gene encoding ribosome modulation factor in Escherichia coli: Involvement of cAMP receptor protein. (2013)
  • 著者名/発表者名: Shimada, T., Yhoshida, H. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: Journal of Bacteriology 巻: 印刷中
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel regulator PgrR for switch control of peptideglycan recycling in Escherichia coli. (2012)
  • 著者名/発表者名: Shimada, T., Yamazaki, K. and Ishihama, A.
  • 雑誌名: Genes to Cells 巻: 18 号: 2 ページ: 123-134
  • DOI: 10.1111/gtc.12026
  • 査読あり
• [学会発表] 大腸菌におけるメタボリックスイッチ制御機構の解明 (2015)
  • 著者名/発表者名: 島田友裕、山梨智也、鮒信学、田中寛
  • 学会等名: 日本農芸化学会2015年度大会
  • 発表場所: 岡山大学津島キャンパス
  • 年月日: 2015-03-27
• [学会発表] 大腸菌RNAポリメラーゼRpoDホロ酵素によって認識されるConstitutive promotersの探索と解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 島田 友裕, 山崎 由紀子, 田中 寛, 石浜 明
  • 学会等名: ２０１４年日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 東京農業大学
• [学会発表] 大腸菌炭素源代謝グローバルレギュレーターCRPの新規機能 (2013)
  • 著者名/発表者名: 島田 友裕
  • 学会等名: 国立遺伝学研究所 2013年度研究集会
  • 発表場所: 国立遺伝学研究所
• [学会発表] The Whole Set of Constitutive Promoters Recognized by RNA polymerase RpoD Holoenzyme of Escherichia coli (2013)
  • 著者名/発表者名: Tomohiro Shimada, Yukiko Yamazaki, Kan Tanaka and Akira Ishihama
  • 学会等名: 第３６回日本分子生物学会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド
• [学会発表] 大腸菌ゲノムのサイレンシング機構 (2012)
  • 著者名/発表者名: 島田友裕、山崎由紀子、石浜 明
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場
• [学会発表] 大腸菌をモデル生物とした細胞の代謝・増殖制御機構の解明 (2012)
  • 著者名/発表者名: 島田友裕、斎藤菜摘、田中 寛
  • 学会等名: 第七回メタボロームシンポジウム
  • 発表場所: 慶応義塾大学
• [備考] 東京工業大学 資源化学研究所 田中・今村研究室ホームページ
  • URL: http://www.res.titech.ac.jp/~biores/index.html
• [備考] 東京工業大学資源化学研究所生物資源部門
  • URL: http://www.res.titech.ac.jp/~biores/index.html
• [備考] 東京工業大学資源化学研究所生物資源部門 発表成果
  • URL: http://www.res.titech.ac.jp/~biores/pg192.html