| 研究課題/領域番号 |
25400195
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
数学基礎・応用数学
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
浜野 正浩 東京大学, 情報理工学(系)研究科, 研究員 (50313705)
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| 研究期間 (年度) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2015年度)
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| 配分額 *注記 |
3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
2015年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2014年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2013年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
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| キーワード | 確率プロセス計算 / rule based modelling / chemical master equation / stochastic modelling / steady state dynamics / Brownian ratchet / Michaelis-Menten / Boltzmann distribution / RNA polymerase / master equation / equilibrium kinetics / free energy / kappa 計算 / 化学マスター方程式 / 定常状態 / stochastic petri net / 化学反応ネットワーク |
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| 研究成果の概要 |
RNA 転写伸張のmechano-chemicalパスウェーを確率プロセス計算の一種であるrule based kappa 計算のsyntaxとsemanticsの両側面から分析した。離散確率モデルを伸張複合体のκ記述から導かれる化学マスター方程式によって構成し、定常状態の分析を詳細釣り合いをチェックするアルゴリズムを用いて行った。特にモデル抽象化と準定常状態近似の随伴性を示した。さらにこのパスウェーとMichaelis-Menten酵素反応との関連を介し自由エネルギーに基づく伸張の意味を与えた。
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