RNA編集様式の亜種間差を利用したエネルギー代謝関連・量的形質遺伝子の探索

• 研究課題/領域番号: 25430097
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 実験動物学
• 研究機関: 国立遺伝学研究所
• 研究代表者: 高田 豊行 国立遺伝学研究所, 系統生物研究センター, 助教 (20356257)
• 研究協力者: 阿部 貴志 新潟大学, 自然科学系, 准教授 ; 矢坂 拓 新潟大学, 自然科学系, 学生
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2016-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2015年度)
• 配分額: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円); 2015年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2014年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2013年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
• キーワード: エネルギー代謝表現型 / 遺伝子発現 / RNA編集 / マウス亜種

研究成果の概要

本研究は、マウス亜種由来系統およびこれらから樹立されたコンソミック（染色体置換）系統群を利用した遺伝子発現解析を行い、生体エネルギー代謝に関わる表現型多様性に関与する「遺伝子発現量差」と「RNA編集塩基の亜種間差」の探索を行い、各種の解析を通してエネルギー代謝に関わる量的形質遺伝子多型の検出を行うことを目的とした。本研究により、マウス亜種系統間の遺伝子発現差およびRNA編集受容候補塩基の座標情報を得た。また、各種の情報解析から、エネルギー代謝調節などに関する遺伝子群に系統間差を観察した。表現型の差に関わる可能性のある複数の遺伝子多型については、各種の検証による関連性の調査を継続して行っている。

研究成果

• [雑誌論文] Heterozygous mutation of Ush1g/Sans in mice causes early-onset progressive hearing loss, which is recovered by reconstituting the strain-specific mutation in Cdh23 (2016)
  • 著者名/発表者名: Miyasaka Y, Shitara H, Suzuki S, Yoshimoto S, Seki Y, Ohshiba Y, Okumura K, Taya C, Tokano H, Kitamura K, Takada T, Hibino H, Shiroishi T, Kominami R, Yonekawa H, Kikkawa Y
  • 雑誌名: Hum. Mol. Genet. 巻: 印刷中 号: 10 ページ: 2045-2059
  • DOI: 10.1093/hmg/ddw078
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] NIG_MoG: a mouse genome navigator for exploring intersubspecific genetic polymorphisms. (2015)
  • 著者名/発表者名: Takada T, Yoshiki A, Obata Y, Yamazaki Y and Shiroishi T.
  • 雑誌名: Mamm. Genome. 巻: 26 号: 7-8 ページ: 331-337
  • DOI: 10.1007/s00335-015-9569-8
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Sparse principal component regression with adaptive loading. (2015)
  • 著者名/発表者名: Kawano S, Fujisawa H, Takada T and Shiroishi T
  • 雑誌名: Computational Statistics & Data Analysis 巻: 印刷中 ページ: 192-203
  • DOI: 10.1016/j.csda.2015.03.016
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evolutionarily Diverged Regulation of X-chromosomal Genes as a Primal Event in Mouse Reproductive Isolation. (2014)
  • 著者名/発表者名: 岡彩子、高田豊行、藤澤洋徳、城石俊彦
  • 雑誌名: PLoS Geneticsジャーナル 巻: 10 号: 4 ページ: e1004301-e1004301
  • DOI: 10.1371/journal.pgen.1004301
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Influence analysis in quantitative trait loci detection. (2014)
  • 著者名/発表者名: Dou X, Kuriki S, Maeno A, Takada T, Shiroishi T
  • 雑誌名: Biom J 巻: 56 号: 4 ページ: 697-719
  • DOI: 10.1002/bimj.201200178
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] 日本産マウス系統MSMとJF1のゲノム解読からみえてきた実験用マウスの起源 (2014)
  • 著者名/発表者名: 高田豊行、城石俊彦
  • 雑誌名: 医学のあゆみ 巻: 248 ページ: 171-173
• [雑誌論文] マウスのゲノムに遺る江戸時代の愛玩ねずみ (2014)
  • 著者名/発表者名: 高田豊行
  • 雑誌名: 生命の科学 遺伝 巻: 68 ページ: 7-10
  • NAID: 40019930234
• [雑誌論文] The ancestor of extant Japanese fancy mice contributed to the mosaic genomes of classical inbred strains. (2013)
  • 著者名/発表者名: Takada T, Ebata T, Noguchi H, Keane T, Adams D, et al.
  • 雑誌名: Genome Res. 巻: 23 号: 8 ページ: 1329-1338
  • DOI: 10.1101/gr.156497.113
  • 査読あり
• [雑誌論文] 実験用マウス系統の起源 日本産愛玩用マウスの貢献 (2013)
  • 著者名/発表者名: 高田豊行、城石俊彦
  • 雑誌名: 実験医学 巻: 31 ページ: 3107-3110
• [学会発表] マウスを用いたRNA編集様式の亜種間差探索に向けた遺伝子発現解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 矢坂拓，阿部貴志，城石俊彦，高田豊行
  • 学会等名: 第38回日本分子生物学会 第88回日本生化学大会 合同大会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2015-12-01
• [学会発表] Genome resequencing of wild-derived inbred strains originated from four Mus musculus subspecies (2015)
  • 著者名/発表者名: Toyoyuki Takada, Kentaro Fukuta, Hideki Noguchi, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama and Toshihiko Shiroishi
  • 学会等名: 29th International Mammalian Genome Conference
  • 発表場所: Yokohama
  • 年月日: 2015-11-08
  • 国際学会
• [学会発表] Natural history of Asian wild mice and origin of the laboratory inbred strains, inferred from whole-genome-resequencing (2015)
  • 著者名/発表者名: Toyoyuki Takada, Toshihiko Shiroishi
  • 学会等名: 5th International Wildlife Management Congress (IWMC)
  • 発表場所: Sapporo
  • 年月日: 2015-07-25
  • 国際学会
• [学会発表] マウス野生由来系統のゲノム情報を利用したアレル発現量解析. (2014)
  • 著者名/発表者名: 1.高田豊行、近藤伸二、阿部貴志、清澤秀孔、豊田 敦、藤山秋佐夫、城石俊彦
  • 学会等名: 日本遺伝学会第86回大会
  • 発表場所: 長浜バイオ大学（長浜市）
  • 年月日: 2014-09-17 – 2014-09-19
• [学会発表] NIG Mouse Functional Genomics Database. (2014)
  • 著者名/発表者名: Toyoyuki Takada
  • 学会等名: モロシヌス研究会
  • 発表場所: 修善寺総合会館（伊豆市）
  • 年月日: 2014-06-27 – 2014-06-28
• [学会発表] 日本産マウス由来系統のゲノム情報整備と多因子形質解析への応用 (2013)
  • 著者名/発表者名: 高田豊行
  • 学会等名: 第27回モロシヌス研究会
  • 発表場所: つくば
  • 招待講演
• [学会発表] ミシママウスでゲノム機能を探る (2013)
  • 著者名/発表者名: 高田豊行
  • 学会等名: 第60回日本実験動物学会総会
  • 発表場所: つくば
  • 招待講演
• [学会発表] マウス亜種間ゲノム多型を利用したアレル発現量解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 高田豊行, 近藤伸二, 阿部貴志, 清澤秀孔, 豊田 敦, 藤山秋佐夫, 城石俊彦.
  • 学会等名: 第60回日本実験動物学会総会
  • 発表場所: つくば
• [図書] 生命のビッグデータ利用の最前線 (監修：植田充美) (2014)
  • 著者名/発表者名: 高田豊行、城石俊彦
  • 総ページ数: 231
  • 出版者: シーエムシー出版