全ゲノムシークエンスデータ解析に基づく解析困難領域の同定と遺伝的多様性の解析

• 研究課題/領域番号: 26430196
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: ゲノム医科学
• 研究機関: 京都大学 (2016); 国立研究開発法人理化学研究所 (2014-2015)
• 研究代表者: 藤本 明洋 京都大学, 医学研究科, 特定准教授 (30525853)
• 研究期間 (年度): 2014-04-01 – 2017-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2016年度)
• 配分額: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円); 2016年度: 260千円 (直接経費: 200千円、間接経費: 60千円); 2015年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円); 2014年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
• キーワード: 次世代シークエンサー / ヒトゲノム多様性 / 第３世代シークエンサー / 解析困難領域 / 全ゲノムシークエンス

研究成果の概要

申請者は、日本人の全ゲノムシークエンスデータを用いて、（１）第２世代シークエンサーでは解析が困難な領域の特徴を明らかにする。また、（２）それらの領域のゲノム配列を読み取り長の長い第3世代シークエンサーを用いて決定することにより、解析困難領域の遺伝的多様性を解明することを目的として研究を行った。申請者らは、既に日本人108人の全ゲノムシークエンスデータより、解析困難な領域を抽出した（解析困難な領域は、ヒト標準ゲノム配列に存在しない配列と多様性が極めて高い領域より選出した）。それらの配列を濃縮するためのアレイ（解析困難領域アレイ）を作成し、シークエンスを行うことで、解析困難領域の多様性を調査した。

研究成果

• [雑誌論文] Whole genome sequencing discriminates hepatocellular carcinoma with intrahepatic metastasis from multi-centric tumors (2017)
  • 著者名/発表者名: Furuta M, Ueno M, Fujimoto A, Hayami S, Yasukawa S, Kojima F, Arihiro K, Kawakami Y, Wardell CP, Shiraishi Y, Tanaka H, Nakano K, Maejima K, Sasaki-Oku A, Tokunaga N, Boroevich KA, Abe T, Aikata H, Ohdan H, Gotoh K, Kubo M, Tsunoda T, Miyano S, Chayama K, Yamaue H, Nakagawa H
  • 雑誌名: J Hepatol 巻: 66(2) 号: 2 ページ: 363-373
  • DOI: 10.1016/j.jhep.2016.09.021
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Mutational signatures associated with tobacco smoking in human cancer. (2016)
  • 著者名/発表者名: Alexandrov LB, Ju YS, Haase K, Van Loo P, Martincorena I, Nik-Zainal S, Totoki Y, Fujimoto A, Nakagawa H, Shibata T, Campbell PJ, Vineis P, Phillips DH, Stratton MR.
  • 雑誌名: Science 巻: 354 号: 6312 ページ: 618-622
  • DOI: 10.1126/science.aag0299
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Systematic analysis of mutation distribution in three dimensional protein structures identifies cancer driver genes (2016)
  • 著者名/発表者名: Fujimoto A, Okada Y, Boroevich KA, Tsunoda T, Taniguchi H, Nakagawa H
  • 雑誌名: Sci Rep 巻: 6 号: 1 ページ: 26483-26483
  • DOI: 10.1038/srep26483
  • NAID: 120005774574
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Whole genome mutational landscape and characterization of non-coding and structural mutations in liver cancer. (2016)
  • 著者名/発表者名: Fujimoto A et al.
  • 雑誌名: Nat Genet 巻: 48 号: 5 ページ: 500-509
  • DOI: 10.1038/ng.3547
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] A comprehensive assessment of somatic mutation detection in cancer using whole genome sequencing. (2015)
  • 著者名/発表者名: Alioto TS...,, Fujimoto et al
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 6 号: 1 ページ: 10001-10001
  • DOI: 10.1038/ncomms10001
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Circulating tumor DNA analysis for liver cancers and its usefulness as a liquid biopsy. (2015)
  • 著者名/発表者名: Ono A, Fujimoto A, Yamamoto Y, Akamatsu S, Nobuhiko H, Imamura M, Kawaoka T, Tsuge M, Abe H, Hayes CN, Miki D, Furuta M, Tsunoda T, Miyano S, Kubo M, Aikata H, Ochi H, Kawakami Y, Arihiro K, Ohdan H, Nakagawa H, Chayama K
  • 雑誌名: Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology 巻: 1 号: 5 ページ: 516-534
  • DOI: 10.1016/j.jcmgh.2015.06.009
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Exome Analyses of Long QT Syndrome Reveal Candidate Pathogenic Mutations in Calmodulin-Interacting Genes. (2015)
  • 著者名/発表者名: Shigemizu D, Aiba T, Nakagawa H, Ozaki K, Miya F, Satake W, Toda T, Miyamoto Y, Fujimoto A, Suzuki Y, Kubo M, Tsunoda T, Shimizu W, Tanaka T.
  • 雑誌名: PLoS One. 巻: 10 (7) 号: 7 ページ: e0130329-e0130329
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0130329
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Cancer whole-genome sequencing: present and future (2015)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa H, Wardell CP , Furuta M, Taniguchi H, Fujimoto A
  • 雑誌名: Oncogene 巻: AOP 号: 49 ページ: 1-8
  • DOI: 10.1038/onc.2015.90
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Whole-genome mutational landscape of liver cancers displaying biliary phenotype reveals hepatitis impact and molecular diversity (2015)
  • 著者名/発表者名: Fujimoto A, Furuta M, Shiraishi Y, Shigemizu D, Abe T, Boroevich KA, Nakano K, Yamamoto Y, Tanaka H, Shibuya T, Shibata T, Kubo M, Chayama K, Miyano S, Tsunoda T, Nakagawa H, 他
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 6 号: 1 ページ: 6120-6120
  • DOI: 10.1038/ncomms7120
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Integrated analysis of whole genome and transcriptome sequencing reveals diverse transcriptomic aberrations driven by somatic genomic changes in liver cancers (2014)
  • 著者名/発表者名: Shiraishi Y, Fujimoto A, Furuta M, Chayama K, Tsunoda T, Miyano S, and Nakagawa H, 他
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 9 号: 12 ページ: e114263-e114263
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0114263
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Correspondence: Human genetic research, race, ethnicity and the labeling of populations: recommendations based on an interdisciplinary workshop in Japan (2014)
  • 著者名/発表者名: Takezawa, Y., Kato, K., Oota. H., Caulfield, T., Fujimoto, A., Honda, F., Kamatani, N., Kawamura, S., Kawashima, K., Kimura, R., Matsumae, H., Saito, A., Savage, P. E., Seguchi, N., Shimizu, K., Terao, S., Yamaguchi-Kabata, Y., Yasukouchi, A., Yoneda, M. and Tokunaga, K.
  • 雑誌名: BMC Medical Ethics 巻: 15 号: 1 ページ: 33-33
  • DOI: 10.1186/1472-6939-15-33
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] 肝癌のゲノム解析と発癌メカニズムの解明 (2014)
  • 著者名/発表者名: 藤本明洋, 中川 英刀
  • 雑誌名: Medical Science Digest 巻: 11月号
• [雑誌論文] がんのゲノム解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 藤本明洋
  • 雑誌名: 血管医学 巻: 9月号
• [雑誌論文] 肝がんの網羅的ゲノム解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 藤本明洋, 角田達彦, 中川英刀
  • 雑誌名: 医学のあゆみ 巻: 6月7日号
• [雑誌論文] 全ゲノムシークエンス (2014)
  • 著者名/発表者名: 藤本明洋
  • 雑誌名: 医学のあゆみ 巻: 5月3日号
• [雑誌論文] 毛髪の太さと関連するEDAR遺伝子多型――集団間分化と毛髪形態の進化史 (2014)
  • 著者名/発表者名: 藤本明洋
  • 雑誌名: 医学のあゆみ 巻: 4月26日号
• [雑誌論文] 次世代シークエンサーを用いた遺伝的多様性の包括的解析とゲノム人類学への応用 (2014)
  • 著者名/発表者名: 藤本明洋
  • 雑誌名: 医学のあゆみ 巻: 3月22日号
• [雑誌論文] 肝腫瘍の全ゲノム解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 藤本明洋, 角田達彦, 中川英刀
  • 雑誌名: 肝胆膵 巻: 2014年3月号
• [学会発表] Whole-genome mutational landscape and characterization of noncoding and structural mutations in liver cancer (2016)
  • 著者名/発表者名: 藤本明洋
  • 学会等名: 66th Annual ASHG Meeting
  • 発表場所: カナダ バンクーバー
  • 年月日: 2016-10-06
  • 国際学会
• [学会発表] Whole-genome mutational landscape and characterization of noncoding and structural mutations in liver cancer (2016)
  • 著者名/発表者名: 藤本明洋
  • 学会等名: 第75回日本癌学会
  • 発表場所: 神奈川県横浜市
  • 年月日: 2016-10-06
  • 招待講演
• [学会発表] Whole-genome mutational landscape and characterization of noncoding and structural mutations in liver cancer (2016)
  • 著者名/発表者名: 藤本明洋
  • 学会等名: 第39回日本分子生物学会
  • 発表場所: 神奈川県横浜市
  • 招待講演
• [学会発表] Whole-genome mutational landscape and characterization of noncoding and structural mutations in liver cancer (2016)
  • 著者名/発表者名: 藤本明洋
  • 学会等名: 群馬大学 第三回未来先端研究機構国際シンポジウム
  • 発表場所: 群馬県 高崎市
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Whole-genome mutational landscape and characterization of noncoding and structural mutations in liver cancer (2016)
  • 著者名/発表者名: 藤本明洋
  • 学会等名: National Cheng Kung University Taiwan International Conference
  • 発表場所: 台湾台南市
• [学会発表] 次世代シークエンサーの情報解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 藤本明洋
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会 第60回大会
  • 発表場所: 京王プラザホテル（東京都新宿区）
  • 年月日: 2015-10-17
  • 招待講演
• [学会発表] Systematic analysis of mutation distribution in three dimensional protein structures identifies cancer driver genes. (2015)
  • 著者名/発表者名: 藤本明洋
  • 学会等名: ASHG 2016 Annual Meeting
  • 発表場所: Baltimore, USA
  • 年月日: 2015-10-10
  • 国際学会
• [学会発表] 次世代シークエンスデータの解析によるマイクロサテライト変異の検出 (2014)
  • 著者名/発表者名: 藤本明洋、松原長秀、佐々木亜弥、古田繭子、阿部哲雄、角田逹彦、冨田尚裕、中川英刀
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会
  • 発表場所: タワーホール船堀（東京都）
  • 年月日: 2014-11-22
• [学会発表] Whole genome sequence analysis of liver cancers reveals driver events and impact of chronic inflammation (2014)
  • 著者名/発表者名: Akihiro Fujimoto, Mayuko Furuta, Yuichi Shiraishi, Kunihito Gotoh, Masakazu Yamamoto, Toru Nakamura, Hiroki Yamaue, Kazuaki Chayama, Satoru Miyano, Tatsuhiko Tsunoda, Hidewaki Nakagawa
  • 学会等名: 日本癌学会
  • 発表場所: パシフィコ横浜（横浜市）
  • 年月日: 2014-09-25
  • 招待講演
• [学会発表] 次世代シークエンスデータの解析によるマイクロサテライト変異の検出 (2014)
  • 著者名/発表者名: 藤本明洋、松原長秀、佐々木亜弥、古田繭子、阿部哲雄、角田逹彦、冨田尚裕、中川英刀
  • 学会等名: 日本遺伝学会
  • 発表場所: 長浜バイオ大学（滋賀県）
  • 年月日: 2014-09-18
• [備考] 藤本明洋のページ 発表論文
  • URL: https://sites.google.com/site/fujimotoakihironopeji/home/fa-biao-lun-wen
• [備考] 慢性肝炎や肝硬変は肝内胆管がんのゲノム異常と発生に強く関与
  • URL: http://www.riken.jp/pr/press/2015/20150130_3/