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細菌の核様体構造を介した転写制御機構の解析

研究課題

研究課題/領域番号 26450090
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 応用微生物学
研究機関奈良先端科学技術大学院大学

研究代表者

大島 拓  奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 助教 (50346318)

連携研究者 山本 兼由  法政大学, 生命科学部, 教授 (40351580)
石川 周  奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 助教 (30359872)
研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2016年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2015年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2014年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワードChIP-seq / GeF-seq / 大腸菌 / 核様体 / H-NS / HU / Fis / IHF / AFM
研究成果の概要

大腸菌核様体タンパク質HU, IHF, H-NS, Fisのゲノム上の結合領域を詳細に解析した結果、HU, H-NSに関しては特定の結合配列を見いだせなかった一方、IHFとFisは、3000カ所以上の領域で、配列特異的にゲノムDNAと相互作用していることが明らかになった。同時に、遺伝学的、生化学的な解析によって、個々の核様体タンパク質は独立してゲノムDNAと結合するが、それぞれの結合が他の核様体タンパク質の機能に影響することが示唆された。

報告書

(4件)
  • 2016 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2015 実施状況報告書
  • 2014 実施状況報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2016 2015 2014

すべて 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 1件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 7件、 謝辞記載あり 6件) 学会発表 (8件) (うち招待講演 2件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Replication fork progression is paused in two large chromosomal zones flanking the DNA replication origin in Escherichia coli2016

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Tatsumi Akiyama, Taku Oshima, Onuma Chumsakul, Shu Ishikawa and Hisaji Mak
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 21 号: 8 ページ: 907-914

    • DOI

      10.1111/gtc.12388

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Chromosomal location of the DnaA-reactivating sequence DARS2 is important to regulate timely initiation of DNA replication in Escherichia coli2016

    • 著者名/発表者名
      Yukie Inoue, Hiroyuki Tanaka, Kazutoshi Kasho, Kazuyuki Fujimitsu, Taku Oshima, Tsutomu Katayama
    • 雑誌名

      Genes Cells

      巻: 21 号: 9 ページ: 1015-1023

    • DOI

      10.1111/gtc.12395

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Gene Activation through the Modulation of Nucleoid Structures by a Horizontally Transferred Regulator, Pch, in Enterohemorrhagic Escherichia coli2016

    • 著者名/発表者名
      Fukui N, Oshima T, Ueda T, Ogasawara N, Tobe T.
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 11 号: 2 ページ: e0149718-e0149718

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0149718

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] H-NS Facilitates Sequence Diversification of Horizontally Transferred DNAs during Their Integration in Host Chromosomes2016

    • 著者名/発表者名
      Higashi K., Tobe T., Kanai A., Uyar E., Ishikawa S., Suzuki Y., Ogasawara N., Kurokawa K., and Oshima T
    • 雑誌名

      PLoS genetics

      巻: 12 号: 1 ページ: e1005796-e1005796

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1005796

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Visualizing translocation dynamics and nascent transcript errors in paused RNA polymerases in vivo2015

    • 著者名/発表者名
      Imashimizu M., Takahashi H., Oshima T., McIntosh C., Bubunenko M., Court DL., and Kashlev M.
    • 雑誌名

      Genome Biology

      巻: 16 号: 1 ページ: 98-98

    • DOI

      10.1186/s13059-015-0666-5

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] The Role of YdeO regulator for Escherichia coli response to acidic and anaerobic stresses.2014

    • 著者名/発表者名
      Yamanaka, Y., Oshima, T., Ishihama, A. and Yamamoto, K.
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 9 号: 11 ページ: e111962-e111962

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0111962

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Timely binding of IHF and Fis to DARS2 regulates ATP-DnaA production and replication initiation2014

    • 著者名/発表者名
      Kazutoshi Kasho, Fujimitsu Kazuyuki, Toshihiro Matoba, Taku Oshima, Tsutomu Katayama
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 42 号: 21 ページ: 13134-13149

    • DOI

      10.1093/nar/gku1051

    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] H-NSが促す外来DNAの塩基配列の多様化2016

    • 著者名/発表者名
      大島 拓
    • 学会等名
      第88回日本遺伝学会
    • 発表場所
      日本大学国際関係学部(静岡県三島市)
    • 年月日
      2016-09-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌は、H-NSタンパク質の働きにより水平伝搬遺伝子の変異を許容する2016

    • 著者名/発表者名
      大島 拓
    • 学会等名
      第13回21世紀大腸菌研究会
    • 発表場所
      ホテルグリーンピア南阿蘇(熊本県阿蘇群南阿蘇村)
    • 年月日
      2016-06-02
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] RNAポリメラーゼの動きをゲノムワイドに解析する、(ワークショップ:バクテリア細胞増殖プロセス研究の最前線)2016

    • 著者名/発表者名
      大島 拓
    • 学会等名
      第89回日本細菌学会総会
    • 発表場所
      大阪国際交流センター (大阪府大阪市)
    • 年月日
      2016-03-23
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] H-NS による転写抑制を介した大腸菌ゲノムの多様性獲得機構2016

    • 著者名/発表者名
      東 光一、戸邉 亨、石川 周、鈴木 穣、小笠原 直毅、黒川 顕、大島 拓
    • 学会等名
      第10回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京工業大学 (東京都目黒区)
    • 年月日
      2016-03-04
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] Genome Footprinting (GeF-seq)により明らかにされたIhfAおよびIhaB特異的認識配列2015

    • 著者名/発表者名
      Onuma Chumsakul、中村 健介、石川 周、大島 拓
    • 学会等名
      第12回 21世紀大腸菌研究会
    • 発表場所
      琵琶湖グランドホテル (滋賀県大津市)
    • 年月日
      2015-06-04
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] 細菌ヒストン様タンパク質H-NSによるゲノム転写制御の機能解析2014

    • 著者名/発表者名
      山本 兼良、山中 幸、大島 拓、石浜 明
    • 学会等名
      第37回日本分子生物学会年回
    • 発表場所
      パシフィコ横浜 (神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2014-11-25 – 2014-11-27
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] High resolution mapping of nucleoid protein binding sites on E. coli chromosome using DNaseI footprinting followed by high-throughput sequencing2014

    • 著者名/発表者名
      Taku Oshima, Onuma Chumsakul, Shu Ishikawa
    • 学会等名
      The 9th Symposium
    • 発表場所
      御殿場高原ホテル (静岡県御殿場市)
    • 年月日
      2014-11-17 – 2014-11-21
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] GeF-seqによる大腸菌核様体タンパク質の結合配列のゲノムワイド解析2014

    • 著者名/発表者名
      大島 拓
    • 学会等名
      第11回 21世紀大腸菌研究会
    • 発表場所
      ホテル大観 (岩手県盛岡市)
    • 年月日
      2014-06-05 – 2014-06-06
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [図書] 高精度で結合領域を決定するGeF-seq、高精度で結合領域を決定するGeF-seq, 次世代シークエンス解析スタンダード:NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY2014

    • 著者名/発表者名
      大島 拓、石川 周、Chumsakul Onuma、中村 健介
    • 総ページ数
      401
    • 出版者
      羊土社
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2018-03-22  

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