次世代シーケンサーを用いたヌーナン症候群類縁疾患の網羅的遺伝子診断システムの確立

• 研究課題/領域番号: 26461520
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 小児科学
• 研究機関: 東北大学
• 研究代表者: 新堀 哲也 東北大学, 医学系研究科, 准教授 (40436134)
• 研究分担者: 松原 洋一 国立研究開発法人国立成育医療研究センター, 所長室, 研究所長 (00209602) ; 青木 洋子 東北大学, 医学系研究科, 教授 (80332500)
• 研究協力者: 梅木 郁美
• 研究期間 (年度): 2014-04-01 – 2017-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2016年度)
• 配分額: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円); 2016年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円); 2015年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円); 2014年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
• キーワード: ヌーナン症候群 / コステロ症候群 / CFC症候群 / 遺伝子解析 / 次世代シークエンサー / NGS

研究成果の概要

ヌーナン症候群、コステロ症候群、CFC症候群の原因遺伝子解析は最近、デスクトップ型次世代シークエンサーにより、網羅的な解析が可能となっているが、価格および対象遺伝子のデザイン変更が困難である。そこで、これまでサンガー法に使用してきたプライマーを用いたMultiplex PCRにより増幅した配列をNGSで解析する系の確立を行った。陽性対照を含むのべ48検体で解析を行ったが、良好な結果を得た。今後もさらなる条件検討を行いながら運用していく予定である。

研究成果

• [雑誌論文] A patient with a novel purine-rich element binding protein A (PURA) mutation. (2017)
  • 著者名/発表者名: Okamoto N, Nakao H, Niihori T, Aoki Y.
  • 雑誌名: Congenit Anom (Kyoto) 巻: 印刷中 号: 6 ページ: 201-204
  • DOI: 10.1111/cga.12214
  • 査読あり
• [雑誌論文] Human genetic variation database, a reference database of genetic variations in the Japanese population. (2016)
  • 著者名/発表者名: Higasa K, Miyake N, Yoshimura J, Okamura K, Niihori T, Saitsu H, Doi K, Shimizu M, Nakabayashi K, Aoki Y, Tsurusaki Y, Morishita S, Kawaguchi T, Migita O, (中略), Matsumoto N, Matsuda F.
  • 雑誌名: J Hum Genet. 巻: advance online publication 号: 6 ページ: 547-553
  • DOI: 10.1038/jhg.2016.12
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Spectrum of mutations and genotype-phenotype analysis in Noonan syndrome patients with RIT1 mutations. (2016)
  • 著者名/発表者名: Yaoita M, Niihori T, Mizuno S, Okamoto N, Hayashi S, Watanabe A, Yokozawa M, Suzumura H, Nakahara A, Nakano Y, Hokosaki T, Ohmori A, Sawada H, Migita O, Mima A, Lapunzina P, Santos-Simarro F, García-Miñaúr S, Ogata T, Kawame H, Kurosawa K, Ohashi H, Inoue S, Matsubara Y, Kure S, Aoki Y.
  • 雑誌名: Hum Genet. 巻: 135 号: 2 ページ: 209-222
  • DOI: 10.1007/s00439-015-1627-5
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Recent advances in RASopathies. (2016)
  • 著者名/発表者名: Aoki Y, Niihori T, Inoue S, Matsubara Y.
  • 雑誌名: J Hum Genet. 巻: 61 号: 1 ページ: 33-39
  • DOI: 10.1038/jhg.2015.114
  • NAID: 40020859216
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mutations in MECOM, Encoding Oncoprotein EVI1, Cause Radioulnar Synostosis with Amegakaryocytic Thrombocytopenia. (2015)
  • 著者名/発表者名: Niihori T, Ouchi-Uchiyama M, Sasahara Y, Kaneko T, Hashii Y, Irie M, Sato A, Saito-Nanjo Y, Funayama R, Nagashima T, Inoue S, Nakayama K, Ozono K, Kure S, Matsubara Y, Imaizumi M, Aoki Y.
  • 雑誌名: Am J Hum Genet. 巻: 97 号: 6 ページ: 848-854
  • DOI: 10.1016/j.ajhg.2015.10.010
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Adult mice expressing a Braf Q241R mutation on an ICR/CD-1 background exhibit a cardio-facio-cutaneous syndrome phenotype. (2015)
  • 著者名/発表者名: Moriya M, Inoue S, Miyagawa-Tomita S, Nakashima Y, Oba D, Niihori T, Hashi M, Ohnishi H, Kure S, Matsubara Y, Aoki Y.
  • 雑誌名: Hum Mol Genet. 巻: 24 号: 25 ページ: 7349-7360
  • DOI: 10.1093/hmg/ddv435
  • 査読あり
• [雑誌論文] Somatic BRAF c.1799T>A p.V600E Mosaicism syndrome characterized by a linear syringocystadenoma papilliferum, anaplastic astrocytoma, and ocular abnormalities. (2015)
  • 著者名/発表者名: Watanabe Y, Shido K, Niihori T, Niizuma H, Katata Y, Iizuka C, Oba D, Moriya K, Saito-Nanjo Y, Onuma M, Rikiishi T, Sasahara Y, Watanabe M, Aiba S, Saito R, Sonoda Y, Tominaga T, Aoki Y, Kure S.
  • 雑誌名: Am J Med Genet A. 巻: 170 号: 1 ページ: 189-194
  • DOI: 10.1002/ajmg.a.37376
  • 査読あり
• [雑誌論文] A postzygotic NRAS mutation in a patient with Schimmelpenning syndrome. (2015)
  • 著者名/発表者名: Kuroda Y, Ohashi I, Enomoto Y, Naruto T, Baba N, Tanaka Y, Aida N, Okamoto N, Niihori T, Aoki Y, Kurosawa K.
  • 雑誌名: Am J Med Genet A. 巻: 167A 号: 9 ページ: 2223-2225
  • DOI: 10.1002/ajmg.a.37135
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genomic analysis identifies candidate pathogenic variants in 9 of 18 patients with unexplained West syndrome. (2015)
  • 著者名/発表者名: Hino-Fukuyo N, Kikuchi A, Arai-Ichinoi N, Niihori T, Sato R, Suzuki T, Kudo H, Sato Y, Nakayama T, Kakisaka Y, Kubota Y, Kobayashi T, Funayama R, Nakayama K, Uematsu M, Aoki Y, Haginoya K, Kure S.
  • 雑誌名: Hum Genet. 巻: 134 号: 6 ページ: 649-658
  • DOI: 10.1007/s00439-015-1553-6
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Mutations in PIGL in a patient with Mabry syndrome. (2015)
  • 著者名/発表者名: Fujiwara I, Murakami Y, Niihori T, Kanno J, Hakoda A, Sakamoto O, Okamoto N, Funayama R, Nagashima T, Nakayama K, Kinoshita T, Kure S, Matsubara Y, Aoki Y.
  • 雑誌名: Am J Med Genet A. 巻: in press 号: 4 ページ: 777-785
  • DOI: 10.1002/ajmg.a.36987
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Targeted Next-Generation Sequencing Effectively Analyzed the Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator Gene in Pancreatitis. (2015)
  • 著者名/発表者名: Nakano E, Masamune A, Niihori T, Kume K, Hamada S, Aoki Y, Matsubara Y, Shimosegawa T.
  • 雑誌名: Dig Dis Sci. 巻: - 号: 5 ページ: 1297-1307
  • DOI: 10.1007/s10620-014-3476-9
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel heterozygous MAP2K1 mutation in a patient with Noonan syndrome with multiple lentigines. (2015)
  • 著者名/発表者名: Nishi E, Mizuno S, Nanjo Y, Niihori T, Fukushima Y, Matsubara Y, Aoki Y, Kosho T.
  • 雑誌名: Am J Med Genet A. 巻: 167 号: 2 ページ: 407-411
  • DOI: 10.1002/ajmg.a.36842
  • 査読あり
• [雑誌論文] GNE myopathy associated with congenital thrombocytopenia: a report of two siblings. (2014)
  • 著者名/発表者名: Izumi R, Niihori T, Suzuki N, Sasahara Y, Nishiyama A, Nishiyama S, Endo K, Kato M, Warita H, Konno H, Tateyama M, Nagashima T, Funayama R, Nakayama K, Kure S, Matsubara Y, Aoki Y, Aoki M.
  • 雑誌名: Neuromuscul. Disord. 巻: 24(12) 号: 12 ページ: 1068-1072
  • DOI: 10.1016/j.nmd.2014.07.008
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] New BRAF knockin mice provide a pathogenetic mechanism of developmental defects and a therapeutic approach in cardio-facio-cutaneous syndrome. (2014)
  • 著者名/発表者名: Inoue S. I. et al.
  • 雑誌名: Hum. Mol. Genet. 巻: 23 号: 24 ページ: 6553-6566
  • DOI: 10.1093/hmg/ddu376
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [学会発表] Mutations in MECOM, encoding oncoprotein EVI1, cause radioulnar synostosis with amegakaryocytic thrombocytopenia (2016)
  • 著者名/発表者名: Niihori T, Ouchi-Uchiyama M, Sasahara Y, Kaneko T, Hashii Y, Irie M, Sato A, Saito-Nanjo Y, Funayama R, Nagashima T, Inoue S, Nakayama K, Ozono K, Kure S, Matsubara Y, Imaizumi M, Aoki Y
  • 学会等名: 13th ICHG
  • 発表場所: 国立京都国際会館（京都市）
  • 年月日: 2016-04-03
  • 国際学会
• [学会発表] 次世代シークエンサーを用いた希少遺伝性難病病因遺伝子の探索 (2014)
  • 著者名/発表者名: 新堀哲也、井泉瑠美子、西山亜由美、矢尾板全子、大場大樹、守谷充司、井上晋一、舟山亮、城田松之、中山啓子、松原洋一、青木洋子
  • 学会等名: 第３回生命医薬情報学連合大会
  • 発表場所: 仙台国際センター（仙台市）
  • 年月日: 2014-10-02 – 2014-10-04