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高深度プロテオミクスによるヒトプロテオーム完全解析

研究課題

研究課題/領域番号 26670015
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 物理系薬学
研究機関京都大学

研究代表者

石濱 泰  京都大学, 薬学研究科(研究院), 教授 (30439244)

連携研究者 杉山 直幸  京都大学, 大学院薬学研究科, 准教授 (50545704)
若林 真樹  京都大学, 大学院薬学研究科, 助教 (70552024)
研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2015年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2014年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
キーワードプロテオミクス / LC-MS / プロテオーム / 質量分析
研究成果の概要

ヒト試料中に発現しているタンパク質すべての同定・定量を可能にする高深度ヒトプロテオーム解析システムの開発を目指し、研究を行った。メートル長シリカモノリスカラムを用いる超高分離能LC-MSシステムに、メートル長HILICカラムを用いた超高分離能分画‐間引き法を組み合わせた高深度プロテオーム解析システムを開発した。その結果、間引き法を使った場合には、従来法に比べ、タンパク質同定数を46%増加させることに成功した。また、分画法を用いた場合には、従来法とほぼ同様に約10,000種のタンパク質同定が可能となり、従来法に比べ出発試料量を200分の1に、分析時間を6分の1に抑えることができた。

報告書

(3件)
  • 2015 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2014 実施状況報告書
  • 研究成果

    (8件)

すべて 2015 2014

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 1件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Systematic profiling of the bacterial phosphoproteome reveals bacterium-specific features of phosphorylation.2015

    • 著者名/発表者名
      Lin MH, Sugiyama N, Ishihama Y.
    • 雑誌名

      Sci Signal.

      巻: 8 号: 394

    • DOI

      10.1126/scisignal.aaa3117

    • NAID

      120005682544

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] ヒトショットガンプロテオーム解析のための高分離能二次元ナノLC2015

    • 著者名/発表者名
      鎌倉 健雄, 市原 駿, 若林 真樹, 杉山 直幸, 石濱 泰
    • 学会等名
      第26回クロマトグラフィー科学会議
    • 発表場所
      九州大学医系キャンパス(福岡)
    • 年月日
      2015-11-11
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Slicing the Human Proteome: Chromatographic Challenges Facing Complete Human Proteome & Phosphoproteome Analysis2015

    • 著者名/発表者名
      Y. Ishihama
    • 学会等名
      Keystone Symposia meeting on “The Human Proteome”
    • 発表場所
      Clarion Hotel Sign Stockholm (Sweden)
    • 年月日
      2015-04-24
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] メートル長C18モノリス型シリカカラムを用いた高分離能二次元ナノLCMSプロテオミクス2014

    • 著者名/発表者名
      鎌倉健雄、市原駿、堀江勘太、若林真樹、 杉山直幸、 石濱泰
    • 学会等名
      第25回クロマトグラフィー科学会議
    • 発表場所
      京都大学桂キャンパス(京都)
    • 年月日
      2014-12-07 – 2014-12-12
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] タンパク質のN末端大規模解析に向けた新規N末端ペプチド濃縮法の開発2014

    • 著者名/発表者名
      木村 迪子 , 橋本 貴行, 若林 真樹, 杉山 直幸, 石濱 泰
    • 学会等名
      日本分析化学会第63年会
    • 発表場所
      広島大学東広島キャンパス(広島)
    • 年月日
      2014-09-17 – 2014-09-19
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] ナローボアメートル長モノリス型シリカカラムを用いたプロテオミクスLC-MS高感度システムの構築2014

    • 著者名/発表者名
      市原 駿、鎌倉 健雄、堀江 勘太、若林 真樹、 杉山 直幸、石濱 泰
    • 学会等名
      第27回バイオメディカル分析科学シンポジウム
    • 発表場所
      帝京大学板橋キャンパス(東京)
    • 年月日
      2014-08-20 – 2014-08-21
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] メートル長モノリス型シリカカラムを用いたLC-MS/MSシステムによるヒトプロテオーム解析2014

    • 著者名/発表者名
      鎌倉健雄、市原駿、堀江勘太、若林真樹、 杉山直幸、 石濱泰
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2014年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城)
    • 年月日
      2014-07-17 – 2014-07-18
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] High Resolution HILIC for Proteomic LC-MS2014

    • 著者名/発表者名
      Kanta Horie, Takeo Kamakura, Suguru Ichihara, Masaki Wakabayashi, Nobuo Tanaka, Yasushi Ishihama
    • 学会等名
      62nd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics
    • 発表場所
      Baltimore Convention Center(Baltimore, MD, USA)
    • 年月日
      2014-06-15 – 2014-06-19
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2017-05-10  

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