| 研究課題/領域番号 |
26800228
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| 研究種目 |
若手研究(B)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 研究分野 |
生物物理・化学物理・ソフトマターの物理
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| 研究機関 | 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構 (2016-2017)
国立研究開発法人日本原子力研究開発機構 (2014-2015) |
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研究代表者 |
米谷 佳晃 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 高崎量子応用研究所 東海量子ビーム応用研究センター, 主幹研究員(定常) (80399419)
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2018-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2017年度)
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| 配分額 *注記 |
3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2016年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2015年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2014年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
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| キーワード | 分子動力学シミュレーション / 自由エネルギー / レアイベント / カイネティクス / レートコンスタント / 生体分子 / 分子カイネティクス / 自由エネルギー地形 / 反応座標 / 分子動力学法 / 自由エネルギー計算 / 遷移レート / DNA / 蛋白質 / 分子動力学計算 |
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| 研究成果の概要 |
分子動力学計算により、DNA配列探索中の蛋白質のカイネティクスについて研究を行った。ABFの方法を使って様々な方向にバイアスフォースを加えることで蛋白質の運動を調べた。結合サイトと蛋白質重心間のベクトル方向に力を加えていくと、蛋白質がDNAの溝に沿ってらせん状に動いていく様子が見られた。これは、DNA配列探索中の蛋白質がらせん運動していることを示唆する結果である。自由エネルギー計算の結果からは、蛋白質がいったんDNAに結合すると、解離方向よりもスライド方向に移動しやすいことが分かった。自由エネルギー地形から遷移状態理論をもとに遷移レートを計算するための理論的背景について検証を行った。
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