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時分割シリアルフェムト秒構造解析法の開発と光化学系II複合体への適用

公募研究

研究領域動的構造生命科学を拓く新発想測定技術-タンパク質が動作する姿を活写する-
研究課題/領域番号 15H01642
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 複合領域
研究機関岡山大学

研究代表者

菅 倫寛  岡山大学, 異分野基礎科学研究所, 助教 (60634920)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
2016年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
2015年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
キーワード光化学系 / X線自由電子レーザー / 膜タンパク質 / 光合成 / X線結晶構造解析 / XFEL / 時分割 / 光化学系II / シリアルフェムト秒結晶学
研究実績の概要

光化学系IIは光駆動の水分子の酸化と酸素分子の発生を担う、分子量70万の巨大な膜タンパク質複合体である。この水分解・酸素発生の反応機構における原子基盤を明らかにすることは、生物の基本現象を明らかにするのみでなく、エネルギー問題や環境問題を解決する可能性があり、人工光合成研究にも大きく貢献することが期待される。
初年度より光化学系IIの水分解の反応の解明をめざし、反応中間体状態を解析可能なX線自由電子レーザーをもちいたシリアルフェムト秒結晶学の開発と光化学系IIのサンプルの条件検討を行ってきた。本年度はサンプルかの回折分解能を大幅に改善する事に成功した。その結果、X線自由電子レーザー施設SACLAを用いて、サイズが100um程度の非凍結の小さな結晶に対し室温にて閃光を二発照射してS3状態へと励起させた回折データを収集して、2.35A分解能で構造解析した。構造解析の結果、S1状態からS3状態への遷移にともない、Mn原子の動きと周辺の配位子の構造変化がみられた。さらにMnクラスターからの水分子を含む水素結合ネットワークが分断されるとともに、酸素発生する触媒部分に新たな水分子に相当する電子密度の挿入が確認された。これにより酸素が発生する直前の構造を明らかにし、この新たな水分子が基質となる反応機構を提唱した。またMnクラスターだけでなく、電子授与体側においても構造変化を確認した。これらの成果は論文発表した。

現在までの達成度 (段落)

28年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

28年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 研究成果

    (23件)

すべて 2017 2016 2015 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 3件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 3件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (16件) (うち国際学会 6件、 招待講演 13件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Light-induced structural changes and the site of O=O bond formation in PSII caught by XFEL.2017

    • 著者名/発表者名
      Suga, M.†, Akita, F.†, Sugahara, M.†, Kubo, M.†, Nakajima, Y.† et al. (†equal contribution)(38人中1番目)
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 543 号: 7643 ページ: 131-135

    • DOI

      10.1038/nature21400

    • NAID

      120006344935

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Large-scale QM/MM calculations of the CaMn4O5 cluster in the S3 state of the oxygen evolving complex of photosystem II. Comparison between water-inserted and no water-inserted structures.2017

    • 著者名/発表者名
      Shoji M, Isobe H, Nakajima T, Shigeta Y, Suga M, Akita F, Shen JR and *Yamazaki K.
    • 雑誌名

      Faraday Discussions

      巻: 198 ページ: 83-106

    • DOI

      10.1039/c6fd00230g

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Structural basis for energy transfer pathways in the plant PSI-LHCI supercomplex2015

    • 著者名/発表者名
      X. Qin, M. Suga, T. Kuang and J.R. Shen
    • 雑誌名

      Science

      巻: 348 号: 6238 ページ: 989-995

    • DOI

      10.1126/science.aab0214

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] PsbA3-D1 タンパク質を発現する光化学系II 複合体の結晶構造2015

    • 著者名/発表者名
      鵜飼奈津美、菅倫寛、杉浦美羽、岩井雅子、池内昌彦、沈建仁
    • 雑誌名

      光合成研究

      巻: 25 ページ: 22-27

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] X線自由電子レーザーで決定した光化学系II複合体の無損傷結晶構造と水分解反応機構2015

    • 著者名/発表者名
      菅倫寛、秋田総理、山本雅貴、吾郷日出夫、沈建仁
    • 雑誌名

      放射光学会誌

      巻: 28 ページ: 177-181

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 光合成蛋白質の構造と機能に関する結晶額的研究2017

    • 著者名/発表者名
      菅倫寛
    • 学会等名
      第58回日本植物生理学会授賞式
    • 発表場所
      鹿児島
    • 年月日
      2017-03-17
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Structure of an intermediate S-state of photosystem II reveled by XFELs2016

    • 著者名/発表者名
      Michi Suga
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば
    • 年月日
      2016-11-26
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Structural studies of photosystems2016

    • 著者名/発表者名
      Michi Suga
    • 学会等名
      Finnish-Japanese symposium 2016 Integration of photosynthesis with cellular metabolism: towards suitable biochemistry.
    • 発表場所
      Saariselkä, Finland
    • 年月日
      2016-09-05
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 高等植物光化学系I-光捕集アンテナI超複合体におけるエネルギー伝達経路の構造基盤2016

    • 著者名/発表者名
      菅 倫寛、Xiaochun Qin, Tingyun Kuang, 沈 建仁
    • 学会等名
      第7回日本光合成学会年会およびシンポジウム
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2016-05-27
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] X線結晶構造解析による光化学系の 構造機能研究のこれまでとこれから2016

    • 著者名/発表者名
      菅倫寛
    • 学会等名
      大阪大学蛋白質研究所セミナー 構造を基盤とする蛋白質科学における未解決問題
    • 発表場所
      東京都
    • 年月日
      2016-03-01
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Structural basis for energy transfer pathways in the plant PSI-LHCI supercomplex2016

    • 著者名/発表者名
      M. Suga
    • 学会等名
      Bridging the gap: from structure to fuctional dynamics of photosynthesis related protein complexes
    • 発表場所
      大阪府
    • 年月日
      2016-02-02
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Structural basis for energy transfer pathways in the plant PSI-LHCI supercomplex2015

    • 著者名/発表者名
      Suga M, Qin X, Kuang T and Shen JR
    • 学会等名
      The 13th Conference of the Asican Crystallographic Association (AsCA2015)
    • 発表場所
      Kolkata, India
    • 年月日
      2015-12-05
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Radiation damage free structure of photosystem II at 1.95 Å resolution revealed by XFEL pulses2015

    • 著者名/発表者名
      M. Suga
    • 学会等名
      The 13th Conference of the Asican Crystallographic Association (AsCA2015)
    • 発表場所
      Kolkata, India
    • 年月日
      2015-12-05
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Radiation damage free structure of photosystem II at 1.95 Å resolution revealed by XFEL pulses2015

    • 著者名/発表者名
      M. Suga
    • 学会等名
      Japan-Korea joint workshop on XFEL sciences
    • 発表場所
      Gyeongju, Korea
    • 年月日
      2015-10-22
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 高等植物光化学系I-集捕集アンテナI 超複合体におけるエネルギー伝達経路の構造基盤2015

    • 著者名/発表者名
      菅倫寛,Xiaochun Qin, Tingyun Kuang,沈建仁
    • 学会等名
      日本結晶学会2015年度年会
    • 発表場所
      大阪府
    • 年月日
      2015-10-17
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 酸素発生型光合成を司る光化学系II複合体と光化学系I複合体の結晶学的研究2015

    • 著者名/発表者名
      菅倫寛
    • 学会等名
      日本結晶学会進歩賞受賞講演
    • 発表場所
      大阪府
    • 年月日
      2015-10-17
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] X線自由電子レーザーによって明らかにされた光化学系II複合体の1.95Å分解能での無損傷構造2015

    • 著者名/発表者名
      菅倫寛,秋田総理,平田邦生,上野剛,村上博則,中島芳樹,清水哲哉,山下恵太郎,山本雅貴,吾郷日出夫,沈建仁
    • 学会等名
      日本生物物理学会若手招待講演
    • 発表場所
      石川県
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Radiation damage free structure of photosystem II at 1.95 Å resolution2015

    • 著者名/発表者名
      M. Suga, F. Akita, K. Hirata, G. Ueno, H. Murakami, Y. Nakajima, T. Shimizu, K.Yamashita, M. Yamamoto, H. Ago and J.-R. Shen
    • 学会等名
      37th International Free Electron Laser Conference (FEL2015)
    • 発表場所
      Daejeon, Korea
    • 年月日
      2015-08-23
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Radiation damage free structure of photosystem II in the S1 state at 1.95 Å resolution2015

    • 著者名/発表者名
      M. Suga, F. Akita, K. Hirata, G. Ueno, H. Murakami, Y. Nakajima, T. Shimizu, K.Yamashita, M. Yamamoto, H. Ago and J.-R. Shen
    • 学会等名
      Gordon Research Conference on Photosynthesis
    • 発表場所
      Boston, USA
    • 年月日
      2015-07-28
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] フェムト秒X線レーザーを用いた光化学系II複合体の1.95Å分解能での無損傷結晶構造解析2015

    • 著者名/発表者名
      菅倫寛,秋田総理,平田邦生,上野剛,村上博則,中島芳樹,清水哲哉,山下恵太郎,山本雅貴,吾郷日出夫,沈建仁
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会若手奨励賞シンポジウム
    • 発表場所
      徳島県
    • 年月日
      2015-06-24
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Radiation damage free structure of oxygen evolving photosystem II at 1.95Å resolution revealed by X-ray Free Electron Laser2015

    • 著者名/発表者名
      菅倫寛,秋田総理,平田邦生,上野剛,村上博則,中島芳樹,清水哲哉,山下恵太郎,山本雅貴,吾郷日出夫,沈建仁
    • 学会等名
      第6回日本光合成学会年会
    • 発表場所
      岡山県
    • 年月日
      2015-05-22
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [備考] 光化学系IIの構造解析についてプレス発表(日経,朝日,読売,毎日,山陽新聞などで紹介)

    • URL

      https://www.okayama-u.ac.jp/tp/release/release_id448.html

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [備考] 光合成光化学系I複合体の構造を解明~光エネルギーの高効率利用に前進

    • URL

      http://www.okayama-u.ac.jp/tp/release/release_id303.html

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書

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公開日: 2015-04-16   更新日: 2018-03-28  

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