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乾燥ストレスに対する植物の代謝アダプテーション機構の解明

公募研究

研究領域代謝アダプテーションのトランスオミクス解析
研究課題/領域番号 20H04852
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

平井 優美  国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, チームリーダー (90415274)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
10,140千円 (直接経費: 7,800千円、間接経費: 2,340千円)
2021年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2020年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
キーワードゲノムスケールモデル / トランスクリプトーム / メタボローム / 乾燥ストレス / 環境ストレス / トランスレートーム / シロイヌナズナ / フラックスバランス解析
研究開始時の研究の概要

シロイヌナズナのゲノムスケール代謝モデルを基に、乾燥条件下で取得するトランスクリプトームおよびトランスレートームデータの利用によって乾燥条件固有モデルを構築して、乾燥条件下でのフラックスを推定する。また、乾燥条件下で転写産物量の制御によってフラックスが決定される代謝反応、翻訳量の制御によって決定される代謝反応を明らかにするとともに、乾燥ストレスへの代謝アダプテーションを実現する鍵となる代謝反応
(酵素遺伝子)を同定する。

研究実績の概要

昨年度までに、メタボロームデータを用いて代謝アダプテーションを実現する鍵となる代謝産物を同定する機械学習の手法を確立することができた。そこで今年度は、ゲノムスケールの代謝モデルを構築するための新たな方法論の開発に取り組んだほか、ウェットな実験を他の植物種に展開して研究を発展させた。
乾燥ストレスに晒された植物では代謝アダプテーションが起こり、乾燥ストレス耐性を付与する代謝産物が蓄積する。そのような代謝産物の一つに、セリン由来の化合物がある。そこで、セリン生合成に関わる酵素遺伝子に着目し、基部陸上植物のモデルであるゼニゴケ(Marchantia polymorpha)を用いた研究を行った。セリン生合成リン酸化経路の鍵酵素である3-ホスホグリセリン酸デヒドロゲナーゼ(PGDH)をコードする遺伝子MpPGDHの発現をゲノム編集によって抑制した変異株を作出した。光条件やCO2濃度などを変化させたいくつかの異なる栽培条件において、成長・発生に関する表現型を肉眼および電子顕微鏡レベルで明らかにし、さらにメタボロームとリピドームのトランスオミクス解析を行って、当該酵素遺伝子の生理機能を明らかにした。成果をプレプリント誌にて公開し、査読有りの雑誌にも投稿した(Wang et al. under revision)。また、同変異株のトランスクリプトーム解析を現在実施中である。さらにゲノムスケールの代謝モデルについての論文を執筆中である。

現在までの達成度 (段落)

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて 2023 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 オープンアクセス 3件、 査読あり 2件) 学会発表 (3件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Functions of serine from the phosphorylated pathway on growth, male gametogenesis, and metabolism in Marchantia polymorpha2023

    • 著者名/発表者名
      Hirai Masami、Wang Mengyao、Tabeta Hiromitsu、Ohtaka Kinuka、Kuwahara Ayuko、Nishihama Ryuichi、Ishikawa Toshiki、Toyooka Kiminori、Sato Mayuko、Wakazaki Mayumi、Akashi Hiromichi、Tsugawa Hiroshi、Shoji Tsubasa、Okazaki Yozo、Yoshida Keisuke、Sato Ryoichi、Ferjani Ali、Kohchi Takayuki
    • 雑誌名

      Research Square

      巻: -

    • DOI

      10.21203/rs.3.rs-2663856/v1

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Assessment of Greenhouse Tomato Anthesis Rate Through Metabolomics Using LASSO Regularized Linear Regression Model2022

    • 著者名/発表者名
      Siriwach Ratklao、Matsuzaki Jun、Saito Takeshi、Nishimura Hiroshi、Isozaki Masahide、Isoyama Yosuke、Sato Muneo、Arita Masanori、Akaho Shotaro、Higashide Tadahisa、Yano Kentaro、Hirai Masami Yokota
    • 雑誌名

      Frontiers in Molecular Biosciences

      巻: 9 ページ: 839051-839051

    • DOI

      10.3389/fmolb.2022.839051

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Drought Stress Responses in Context-Specific Genome-Scale Metabolic Models of Arabidopsis thaliana2020

    • 著者名/発表者名
      Siriwach Ratklao、Matsuda Fumio、Yano Kentaro、Hirai Masami Yokota
    • 雑誌名

      Metabolites

      巻: 10 号: 4 ページ: 159-159

    • DOI

      10.3390/metabo10040159

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 代謝制御系の予測に向けた新規モデリング法の開発2021

    • 著者名/発表者名
      佐藤諒一、平井優美
    • 学会等名
      第62回日本植物生理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Genome-scale mathematical modeling for understanding of plant metabolism2020

    • 著者名/発表者名
      Ratklao Siriwach, Kentaro Yano, Masami Yokota Hirai
    • 学会等名
      日本植物学会第84回大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] オミクス技術がもたらした植物二次代謝研究の新展開2020

    • 著者名/発表者名
      平井優美
    • 学会等名
      生命科学研究所シンポジウム『植物機能化学:現在から未来へ』
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2023-12-25  

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