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マイマイカブリのゲノム塩基配列と適応形態遺伝子

公募研究

研究領域複合適応形質進化の遺伝子基盤解明
研究課題/領域番号 25128707
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関京都大学

研究代表者

曽田 貞滋  京都大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (00192625)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
20,410千円 (直接経費: 15,700千円、間接経費: 4,710千円)
2014年度: 10,270千円 (直接経費: 7,900千円、間接経費: 2,370千円)
2013年度: 10,140千円 (直接経費: 7,800千円、間接経費: 2,340千円)
キーワード貝食性オサムシ / 採餌形態 / 適応遺伝子 / 全ゲノム配列 / QTLマッピング / トランスクリプトーム / 適応的形態分化 / 全ゲノム塩基配列 / マイマイカブリ / 原因遺伝子 / 連鎖地図
研究実績の概要

本研究の目的は,マイマイカブリをはじめとする陸貝食オサムシ亜族の形態分化に関わる適応遺伝子を解明するために,マイマイカブリの全ゲノム配列を解読し,リシーケンス,QTL解析,トランスクリプトーム解析,RADシーケンス解析を行って,多角的に適応遺伝子の解明を行うことである.今年度はマイマイカブリのゲノム配列のアセンブルの精度をあげるとともに,巨頭型亜種サドマイマイカブリと狭頭型亜種アオマイマイカブリのトランスクリプトーム比較による発現変動遺伝子の検出,RADシーケンスによる連鎖地図作成とQTL解析による亜種間形態変異の責任領域の特定とその領域に含まれる発現変動遺伝子のリストアップを行った.また,巨頭・狭頭亜種各6個体のゲノムDNAペアエンドライブラリーをイルミナHiSeq1500によってシーケンスした.このデータにより,亜種間のSNPの分布を調べ,亜種分化に大きな影響を持つゲノム上の領域を特定するとともに,巨頭・狭頭分化に関与するQTL領域における原因塩基配列の探索を行う予定である,マイマイカブリに近縁な陸貝食オサムシ亜族の系統分化と形態分化の対応を調べるために,巨頭型・狭頭型を含む複数の種について,全ゲノム配列のペアエンドシーケンス(9種10個体)と,RADシーケンス(44種47個体)を行った.これらのデータを用いて,系統樹作成を行うとともに,種間のSNP探索によって,形態多様化に関連するゲノム上の領域を特定する予定である.

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2014 実績報告書
  • 2013 実績報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2015 2014 2013

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (1件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Morphological integration and pleiotropy in the adaptive body shape of the snail-feeding carabid beetle Damaster blaptoides.2014

    • 著者名/発表者名
      Konuma, J., S. Yamamoto & T. Sota
    • 雑誌名

      Molecular Ecology

      巻: 23 号: 23 ページ: 5843-5854

    • DOI

      10.1111/mec.12976

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] 陸貝食オサムシの巨頭型と狭頭型:適応的形態分化はどのように起こるのか? ゲノムで進化の謎を解く!第10回2014

    • 著者名/発表者名
      曽田貞滋・小沼順二・藤澤知親
    • 雑誌名

      細胞工学

      巻: 33 ページ: 1080-1084

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [雑誌論文] A maladaptive intermediate form: a strong trade-off revealed by hybrids between two forms of a snail-feeding beetle2013

    • 著者名/発表者名
      Junji Konuma, Teiji Sota, Satoshi Chiba
    • 雑誌名

      Ecology

      巻: 94 号: 11 ページ: 2638-2644

    • DOI

      10.1890/12-2041.1

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Genome sequence and genetic basis of morphological divergence in a snail feeding carabid beetle2015

    • 著者名/発表者名
      Junji Konuma, Tomochika Fujisawa, Teiji Sota
    • 学会等名
      International Symposium on Genome Science 2015. Expanding Frontiers of genome Science II
    • 発表場所
      Tokyo: Hitotsubashi Hall
    • 年月日
      2015-01-20 – 2015-01-21
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [図書] 新オサムシ学―生態から進化まで―2013

    • 著者名/発表者名
      曽田貞滋編著 池田紘士・奥崎穣・小沼順二・雀部政毅・高見泰興・長太伸章
    • 総ページ数
      2011
    • 出版者
      北隆館
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書

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公開日: 2013-05-15   更新日: 2019-07-29  

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