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2012 年度 実績報告書

ゲノムを支える非コードDNA領域の機能

総括班

研究領域ゲノムを支える非コードDNA領域の機能
研究課題/領域番号 23114001
研究機関国立遺伝学研究所

研究代表者

小林 武彦  国立遺伝学研究所, 細胞遺伝研究系, 教授 (40270475)

研究分担者 中山 潤一  名古屋市立大学, システム自然科学研究科, 准教授 (60373338)
太田 邦史  東京大学, 総合文化研究科, 教授 (90211789)
研究期間 (年度) 2011-04-01 – 2016-03-31
キーワード非コードDNA / インターメア / 反復配列 / クロマチン / 非コード機能配列 / ゲノム / 染色体 / 連携研究
研究実績の概要

真核細胞ゲノムの大半はタンパク質をコードしていない非コードDNA領域である。この領域は染色体を制御、維持する作用を担っていると考えられるが、その実体は不明な点がほとんどである。本研究領域では研究者間の強力な連携体制を築き、非コードDNA領域による染色体制御機構の全貌解明を目的とする。具体的には染色体“本体部”の非コード機能配列を“インターメア”と名付け、その実体を明らかにする。さらに他の非コード機能配列であるテロメア、セントロメアを含んだ3メア間のクロマチンネットワークによる染色体統御機構を解明する。
本総括班では、各研究者間の共同研究・情報交換の促進や、対外的な成果発表・情報発信、我が国の関連領域への波及効果促進などを目指す。

昨年度の活動報告:
8月に昨年度から新たに加わった公募班のメンバーと評価委員の先生方にも出席して頂き、第3回領域会議を行った。ニュースレターの第2号、第3号を出版し関係者に配布した。8月に領域主催の「次世代シーケンサー講習会」を東京大学で行った。研究集会の支援として、多くの班員が参加する「染色体ワークショプ、核ダイナミクス研究会」及び3R symposiumの後援をした。翌3月には総括班会議を行い、連携研究の進捗状況について報告、及び意見交換をおこなった。また夏に高校生向けの実習を国立遺伝学研究所で行った。それらの詳しい活動報告は当班のホームページに掲載している。http://www.nsc.nagoya-cu.ac.jp/~jnakayam/ncDNA.html

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初の計画通り2回の領域会議の開催、ニュースレターの発行、次世代シーケンサー講習会、高校生向けの実習を実施した。また総括班の中心的な役割である連携研究の推進については、ほぼ計画通り進行しており、領域としておおむね順調に進展している。

今後の研究の推進方策

現在のところ特段の問題はなく、共通機器である次世代シーケンサーも効率よく稼働しており連携研究も順調に進行している。今後は計画通り、年2回のペースで領域会議の開催、ニュースレターの発行をルーティンとして行い、加えて今年度は領域主催の国際シンポジウム「インターメアと進化」(8月18-19日葉山)と国内ワークショップ「インターメアによる染色体制御機構」(1月東京)を実施する予定である。

  • 研究成果

    (31件)

すべて 2013 2012 その他

すべて 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 11件) 学会発表 (11件) (うち招待講演 11件) 図書 (2件) 備考 (4件) 産業財産権 (3件)

  • [雑誌論文] Rtt109 prevents hyper-amplification of ribosomal RNA genes through histone modification in budding yeast.2013

    • 著者名/発表者名
      Ide, S., Saka, K., and Kobayashi, T.
    • 雑誌名

      PLoS Genet.

      巻: 9 ページ: e1003410.

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1003410

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Stress-induced lncRNAs evade nuclear degradation and enter the translational machinery.2013

    • 著者名/発表者名
      Galipon J, Miki A, Oda A, Inada T, Ohta K.
    • 雑誌名

      Genes Cells

      巻: 18 ページ: 353-368

    • DOI

      10.1111/gtc.12042

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Acetylated Histone H3K9 is associated with meiotic recombination hotspots, and plays a role in recombination redundantly with other factors including the H3K4 methylase Set1 in fission yeast.2013

    • 著者名/発表者名
      Yamada S
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res

      巻: 41 ページ: 3504-3517

    • DOI

      10.1093/nar/gkt049.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Spatiotemporal regulation of meiotic recombination by Liaisonin.2013

    • 著者名/発表者名
      Miyoshi T
    • 雑誌名

      Bioarchitecture

      巻: 3 ページ: 20-24

    • DOI

      10.4161/bioa.23966.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] RNA interference regulates the cell cycle checkpoint through the RNA export factor, Ptr1, in fission yeast.2012

    • 著者名/発表者名
      Iida T
    • 雑誌名

      BBRC

      巻: 12 ページ: 267-268

    • DOI

      10.1111/j.1567-1364.2012.00796.x.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A positive role for yeast extrachromosomal rDNA circles?2012

    • 著者名/発表者名
      Poole AM
    • 雑誌名

      Bioessays

      巻: 34 ページ: 725-729

    • DOI

      10.1002/bies.201200037.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Central Coupler for Recombination Initiation Linking Chromosome Architecture to S Phase Checkpoint.2012

    • 著者名/発表者名
      Miyoshi T
    • 雑誌名

      Mol. Cell

      巻: 47 ページ: 722-733

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2012.06.023.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A novel RNAi protein, Dsh1, assembles RNAi machinery on chromatin to amplify heterochromatic siRNA.2012

    • 著者名/発表者名
      Kawakami K
    • 雑誌名

      Genes Dev

      巻: 26 ページ: 1811-1824

    • DOI

      10.1101/gad.190272.112.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Intrinsic Nucleic Acid-Binding Activity of Chp1 Chromodomain Is Required for Heterochromatic Gene Silencing.2012

    • 著者名/発表者名
      Ishida M
    • 雑誌名

      Mol. Cell

      巻: 47 ページ: 228-241

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2012.05.017.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Two different replication factor C proteins, Ctf18 and RFC1, separately control PCNA-CRL4Cdt2-mediated Cdt1 proteolysis during S phase and following UV irradiation.2012

    • 著者名/発表者名
      Shiomi Y
    • 雑誌名

      Mol Cell Biol

      巻: 32 ページ: 2279-2288

    • DOI

      10.1128/MCB.06506-11

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Heterochromatin protein 1 homologue Swi6 acts in concert with Ers1 to regulate RNAi-directed heterochromatin assembly.2012

    • 著者名/発表者名
      Hayashi A
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci U S A.

      巻: 109 ページ: 6159-6164

    • DOI

      10.1073/pnas.1116972109.

    • 査読あり
  • [学会発表] 分裂酵母の遺伝子サイレンシングにおけるクロモドメインタンパク質の役割2012

    • 著者名/発表者名
      中山 潤一
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2012-12-14 – 2012-12-14
    • 招待講演
  • [学会発表] TAQingシステムを用いた酵母の大規模ゲノム改変2012

    • 著者名/発表者名
      太田邦史
    • 学会等名
      第183回酵母細胞研究会例
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2012-11-30 – 2012-11-30
    • 招待講演
  • [学会発表] rDNA instability and cellular senescence2012

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, Takehiko
    • 学会等名
      The 8th 3R Symposium
    • 発表場所
      Awaji, Japan
    • 年月日
      2012-11-25 – 2012-11-28
    • 招待講演
  • [学会発表] A novel mediator for meiotic recombination initiation that links chromosome architecture to S- phase checkpoint2012

    • 著者名/発表者名
      太田邦史
    • 学会等名
      The 8th 3R Symposium
    • 発表場所
      Awaji, Japan
    • 年月日
      2012-11-25 – 2012-11-28
    • 招待講演
  • [学会発表] いきものの寿命―ヒトは何歳まで生きられるか―2012

    • 著者名/発表者名
      小林武彦
    • 学会等名
      第12回学習院大学生命科学シンポジウム
    • 発表場所
      東京、目白
    • 年月日
      2012-11-10 – 2012-11-10
    • 招待講演
  • [学会発表] rDNA instability and cellular senescence.2012

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, Takehiko
    • 学会等名
      The 34th Japan Society for Biomedical Gerontology Symposium Micro-Nano Global COE
    • 発表場所
      Nagoya Japan
    • 年月日
      2012-10-16 – 2012-10-16
    • 招待講演
  • [学会発表] A novel mediator for meiotic recombination initiation links chromosome architecture to S- phase checkpoint2012

    • 著者名/発表者名
      太田邦史
    • 学会等名
      The 2012 CSHL Meeting on Dynamic Organization of Nuclear Function
    • 発表場所
      NY, USA
    • 年月日
      2012-09-27 – 2012-10-01
    • 招待講演
  • [学会発表] rDNA instability and cellular senescence.2012

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, Takehiko
    • 学会等名
      FASEB Yeast,Chromosome Structure, Replication Segregation
    • 発表場所
      Steamboat, Colorado USA
    • 年月日
      2012-07-15 – 2012-07-20
    • 招待講演
  • [学会発表] ADLibシステムを用いたシーズ抗体の開発2012

    • 著者名/発表者名
      太田邦史
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質化学
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2012-06-20 – 2012-06-22
    • 招待講演
  • [学会発表] rDNA recombination and cellular senescence.2012

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, Takehiko
    • 学会等名
      Embo Workshop Recombination Mechanisms and Genome Instability
    • 発表場所
      Jerez de la Frontera, Spain
    • 年月日
      2012-05-21 – 2012-05-25
    • 招待講演
  • [学会発表] Conditional induction of whole genome remodeling in plants and fungi2012

    • 著者名/発表者名
      太田邦史
    • 学会等名
      EMBO Genetic Stability and Change Workshop(
    • 発表場所
      フランス
    • 年月日
      2012-05-02 – 2012-05-05
    • 招待講演
  • [図書] Chimeric antibodies” In “Human Monoclonal Antibodies: Methods and Protocols2013

    • 著者名/発表者名
      黒澤恒平
    • 総ページ数
      未定
    • 出版者
      Springer
  • [図書] 岩波 生物学辞典 第5版2012

    • 著者名/発表者名
      巌佐庸
    • 総ページ数
      2171
    • 出版者
      岩波書店
  • [備考] ゲノムを支える非コードDNA領域の機能

    • URL

      http://www.nsc.nagoya-cu.ac.jp/~jnakayam/ncDNA.html

  • [備考] 小林研究室

    • URL

      http://www.nig.ac.jp/labs/CytoGen/index.html

  • [備考] 東京大学大学院総合文化研究科太田研究室

    • URL

      http://www.ohta- lab.c.u- tokyo.ac.jp/index.html

  • [備考] Nakayama lab

    • URL

      http://www.nsc.nagoya-cu.ac.jp/~jnakayam/

  • [産業財産権] 植物バイオマスの増産方法2013

    • 発明者名
      村本伸彦ら
    • 権利者名
      豊田中央研究 所、東京大学
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      特許、特願2013- 049689
    • 出願年月日
      2013-03-12
  • [産業財産権] 非誘導体型LPAに対して作製された抗LPA抗体2012

    • 発明者名
      太田邦史ら
    • 権利者名
      東京大学
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      特許、特願2012- 284612
    • 出願年月日
      2012-12-28
  • [産業財産権] タンパク質の迅速改良法2012

    • 発明者名
      黒澤恒平、太田 邦史、瀬尾秀宗
    • 権利者名
      東京大学、カイオ ム・バイオサイエ ンス
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      特許、特願2012- 138293
    • 出願年月日
      2012-06-20

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公開日: 2018-02-02  

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