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2020 年度 実績報告書

オートファジーシステムの構造学的解明

計画研究

研究領域マルチモードオートファジー:多彩な経路と選択性が織り成す自己分解系の理解
研究課題/領域番号 19H05707
研究機関公益財団法人微生物化学研究会

研究代表者

野田 展生  公益財団法人微生物化学研究会, 微生物化学研究所, 部長 (40396297)

研究分担者 福田 善之  東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 特任講師 (60571099)
研究期間 (年度) 2019-06-28 – 2024-03-31
キーワードオートファジー / 構造生物学
研究実績の概要

精製Atg9をリポソームに再構成して蛍光脂質を用いた解析と急速凍結・凍結割断レプリカ標識法を用いた解析を行うことで、Atg9が脂質スクランブル活性を有することを明らかにした。さらに昨年度決定したAtg9の立体構造に基づいた変異体解析を行うことで、脂質スクランブル活性にはAtg9が持つ2つの細孔が重要であること、脂質スクランブル活性はオートファゴソーム形成に必須であることを明らかにした(Matoba et al., Nat. Struct. Mol. Biol. 2020)。
昨年度決定したAtg8とERphagyに働く受容体Atg40との複合体構造に基づき相互作用解析を行い、両者の強い結合に重要な残基を同定した。さらに人為的に多量化させたAtg8とAtg40をin vitroで混合すると液-液相分離して液滴を形成することを見出し、ERphagyにおいてAtg8とAtg40が形成する高次会合体の形成モデルを提唱した(Mochida et al., Nat. Commun. 2020)。
NMR法を用いて脂質に結合したAtg8が脂質膜上で取るコンフォメーションを解析し、溶液中の状態と比べて構造の劇的な変化はないこと、Atg8の脂質膜上の配向はある程度固定されており、ユビキチンフォールド内に含まれる2つのフェニルアラニンが膜に接する配向を取ることを明らかにした。
新規マイトファジー因子について精製タンパク質を用いた機能解析を行うことで、この新規因子は膜チューブに結合すること、そして膜チューブを切断する活性を有することを明らかにした。さらに高速AFMおよびクライオ電子顕微鏡による観察を行うことで、この新規因子は高次会合体を形成して膜チューブに結合することを明らかにした。
細胞内でのオートファジー関連膜およびAtg因子の観察のために、Cryo-FIB-SEMを用いた急速凍結生物試料ラメラ作製法を確立した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

立体構造情報に基づいた機能解析を進めることで、Atg9に脂質スクランブル活性があること、それがオートファゴソーム形成に重要であることを明らかにした。さらに領域内共同研究によりERphagyやマイトファジーに重要な因子の解析が進むなど、順調に進展している。

今後の研究の推進方策

Atg9とともに隔離膜伸長に機能するAtg2の全長の構造解析を進め、隔離膜伸長のメカニズム解明を進める。オートファジー始動複合体の足場タンパク質Atg11やFIP200の構造基盤の解明を進める。様々な選択的オートファジー受容体の構造研究を進める。膜透過型オートファジーを担う因子の構造解析を進める。細胞内における隔離膜の構造解析を進める。

  • 研究成果

    (17件)

すべて 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 3件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 2件、 招待講演 5件)

  • [国際共同研究] Hannam University(韓国)

    • 国名
      韓国
    • 外国機関名
      Hannam University
  • [雑誌論文] p62/SQSTM1-droplet serves as a platform for autophagosome formation and anti-oxidative stress response2021

    • 著者名/発表者名
      Kageyama S, Gudmundsson SR, Sou YS, Ichimura Y, Tamura N, Kazuno S, Ueno T, Miura Y, Noshiro D, Abe M, Mizushima T, Miura N, Okuda S, Motohashi H, Lee JA, Sakimura K, Ohe T, Noda NN, Waguri S, Eskelinen EL, Komatsu M
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 ページ: 16

    • DOI

      10.1038/s41467-020-20185-1

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural catalog of core Atg proteins opens new era of autophagy research2021

    • 著者名/発表者名
      Matoba Kazuaki、Noda Nobuo N
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1093/jb/mvab017

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Biomolecular condensates in autophagy regulation2021

    • 著者名/発表者名
      Fujioka Yuko、Noda Nobuo N.
    • 雑誌名

      Current Opinion in Cell Biology

      巻: 69 ページ: 23~29

    • DOI

      10.1016/j.ceb.2020.12.011

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural and dynamics analysis of intrinsically disordered proteins by high-speed atomic force microscopy2020

    • 著者名/発表者名
      Kodera Noriyuki、Noshiro Daisuke、Dora Sujit K.、Mori Tetsuya、Habchi Johnny、Blocquel David、Gruet Antoine、Dosnon Marion、Salladini Edoardo、Bignon Christophe、Fujioka Yuko、Oda Takashi、Noda Nobuo N.、Sato Mamoru、Lotti Marina、Mizuguchi Mineyuki、Longhi Sonia、Ando Toshio
    • 雑誌名

      Nature Nanotechnology

      巻: 16 ページ: 181~189

    • DOI

      10.1038/s41565-020-00798-9

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Secret of Atg9: lipid scramblase activity drives de novo autophagosome biogenesis2020

    • 著者名/発表者名
      Matoba Kazuaki、Noda Nobuo N.
    • 雑誌名

      Cell Death & Differentiation

      巻: 27 ページ: 3386~3388

    • DOI

      10.1038/s41418-020-00663-1

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Atg9 is a lipid scramblase that mediates autophagosomal membrane expansion2020

    • 著者名/発表者名
      Matoba Kazuaki、Kotani Tetsuya、Tsutsumi Akihisa、Tsuji Takuma、Mori Takaharu、Noshiro Daisuke、Sugita Yuji、Nomura Norimichi、Iwata So、Ohsumi Yoshinori、Fujimoto Toyoshi、Nakatogawa Hitoshi、Kikkawa Masahide、Noda Nobuo N.
    • 雑誌名

      Nature Structural & Molecular Biology

      巻: 27 ページ: 1185~1193

    • DOI

      10.1038/s41594-020-00518-w

    • 査読あり
  • [雑誌論文] In vitro reconstitution of autophagic processes2020

    • 著者名/発表者名
      Alam Jahangir Md.、Noda Nobuo N.
    • 雑誌名

      Biochemical Society Transactions

      巻: 48 ページ: 2003~2014

    • DOI

      10.1042/BST20200130

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Super-assembly of ER-phagy receptor Atg40 induces local ER remodeling at contacts with forming autophagosomal membranes2020

    • 著者名/発表者名
      Mochida Keisuke、Yamasaki Akinori、Matoba Kazuaki、Kirisako Hiromi、Noda Nobuo N.、Nakatogawa Hitoshi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 11 ページ: 3306

    • DOI

      10.1038/s41467-020-17163-y

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Liquid-liquid phase separation in autophagy2020

    • 著者名/発表者名
      Noda Nobuo N.、Wang Zheng、Zhang Hong
    • 雑誌名

      Journal of Cell Biology

      巻: 219 ページ: e202004062

    • DOI

      10.1083/jcb.202004062

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 天然変性タンパク質によるオートファジー始動液滴の形成2020

    • 著者名/発表者名
      藤岡優子、野田展生
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 60 ページ: 171-173

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 液-液相分離によるオートファゴソームの形成部位の構築2020

    • 著者名/発表者名
      藤岡優子、野田展生
    • 雑誌名

      実験医学

      巻: 38 ページ: 1354-1357

  • [学会発表] 多様な構造生物学を駆使したオートファジー研究2021

    • 著者名/発表者名
      野田展生
    • 学会等名
      基礎から学ぶ最新NMR 解析法 第2回ワークショップ
    • 招待講演
  • [学会発表] Workflow of cryo electron tomography2021

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyuki Fukuda
    • 学会等名
      Cryo-Electron Microscopy Course at OIST
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Autophagy regulation by liquid-liquid phase separation.2020

    • 著者名/発表者名
      Nobuo N. Noda
    • 学会等名
      4th NanoLSI Symposium
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 液-液相分離によるオートファジーの始動制御2020

    • 著者名/発表者名
      野田展生
    • 学会等名
      第72回 日本細胞生物学会大会
    • 招待講演
  • [学会発表] クライオFIB-SEMを用いたクライオ電子線トモグラフィー試料の作製2020

    • 著者名/発表者名
      福田善之、吉川雅英
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会 第76回学術講演会
    • 招待講演

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公開日: 2021-12-27  

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