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2021 年度 実績報告書

オートファジーシステムの構造学的解明

計画研究

研究領域マルチモードオートファジー:多彩な経路と選択性が織り成す自己分解系の理解
研究課題/領域番号 19H05707
研究機関北海道大学

研究代表者

野田 展生  北海道大学, 遺伝子病制御研究所, 教授 (40396297)

研究分担者 福田 善之  東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 特任講師 (60571099)
研究期間 (年度) 2019-06-28 – 2024-03-31
キーワードオートファジー / 構造生物学
研究実績の概要

脂質化Atg8は隔離膜に強く結合し、効率的なオートファゴソーム形成において重要な役割を担う。昨年度NMR法を用いることで同定した、膜との相互作用に関わるAtg8内の2つのフェニルアラニンについて変異体解析を行った結果、これらはin vitroにおいて巨大リポソーム膜の変形に重要な役割を担うこと、膜変形は脂質二重層の2つの層の間で面積差が生じることで引き起こされることを見出した。そしてこれらの残基は酵母および哺乳類における効率的なオートファジーに重要であることを明らかにし、Atg8が持つ膜摂動活性がオートファゴソーム形成に重要な役割を担うという新しいモデルを提唱した(Maruyama et al., Nat Struct Mol Biol 2021)。
これまでの研究で我々はAtg2が脂質輸送活性を持つこと、N末端領域に脂質を結合する疎水性ポケットを持つことを明らかにしてきたが、最近公開されたAtg2全長のAlphaFold2予測構造に基づき変異体解析を行なった結果、分子全体にわたって存在する疎水性ポアがAtg2の脂質輸送活性および酵母におけるオートファゴソーム形成に重要であることを明らかにした。
オートファゴソーム形成機構を理解するためには、実際にオートファジーが進行している細胞における膜形態を詳細に明らかにすることが重要である。ラパマイシン処理したAtg8-mNeonGreen発現酵母株を急速凍結したものを試料として、cryo-CLEMによる観察対象の局在の可視化、cryo-FIBで細胞のラメラ(薄片)作製を行った。cryo-TEMでラメラを観察したところ、一般的に知られている形状の隔離膜だけでなく、多層の膜構造を有する隔離膜と思われる構造が観察された。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

NMR解析情報に基づいた機能解析を進めることで、脂質化Atg8に膜摂動活性があること、それがオートファゴソーム形成に重要であることを明らかにした。Atg2に対するAlphaFold2予測構造を活用し、変異体解析によりAtg2分子全体に存在する疎水性ポアが脂質輸送およびオートファジー活性に重要であることを明らかにした。酵母内のオートファジー関連膜をクライオ電子顕微鏡で観察することに成功した。さらに領域内共同研究を推進し、哺乳類の選択的基質であるp62液滴に対する疾患関連変異の影響を解明し、マイトファジーを担う新規因子の新たな活性を発見するなど、研究は順調に進展している。

今後の研究の推進方策

隔離膜伸長に機能するAtg2-Atg9複合体の構造解析に取り組み、隔離膜伸長のメカニズム解明を進める。哺乳類オートファジー始動複合体の構造基盤の解明を進める。様々な選択的オートファジー受容体の構造研究を進める。膜透過型オートファジーを担う因子の構造解析を進める。昨年に引き続き細胞内における隔離膜の構造解析を進める。

  • 研究成果

    (12件)

すべて 2022 2021

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 7件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Update and nomenclature proposal for mammalian lysophospholipid acyltransferases, which create membrane phospholipid diversity2022

    • 著者名/発表者名
      Valentine William J.、Yanagida Keisuke、Kawana Hiroki、Kono Nozomu、Noda Nobuo N.、Aoki Junken、Shindou Hideo
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 298 ページ: 101470~101470

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2021.101470

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Phase-separated protein droplets of amyotrophic lateral sclerosis-associated p62/SQSTM1 mutants show reduced inner fluidity2021

    • 著者名/発表者名
      Faruk Mohammad Omar、Ichimura Yoshinobu、Kageyama Shun、Komatsu-Hirota Satoko、El-Gowily Afnan H.、Sou Yu-shin、Koike Masato、Noda Nobuo N.、Komatsu Masaaki
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 297 ページ: 101405~101405

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2021.101405

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A glutamine sensor that directly activates TORC12021

    • 著者名/発表者名
      Tanigawa Mirai、Yamamoto Katsuyoshi、Nagatoishi Satoru、Nagata Koji、Noshiro Daisuke、Noda Nobuo N.、Tsumoto Kouhei、Maeda Tatsuya
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 4 ページ: 1093

    • DOI

      10.1038/s42003-021-02625-w

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Membrane perturbation by lipidated Atg8 underlies autophagosome biogenesis2021

    • 著者名/発表者名
      Maruyama Tatsuro、Alam Jahangir Md.、Fukuda Tomoyuki、Kageyama Shun、Kirisako Hiromi、Ishii Yuki、Shimada Ichio、Ohsumi Yoshinori、Komatsu Masaaki、Kanki Tomotake、Nakatogawa Hitoshi、Noda Nobuo N.
    • 雑誌名

      Nature Structural & Molecular Biology

      巻: 28 ページ: 583~593

    • DOI

      10.1038/s41594-021-00614-5

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Atg12-Interacting Motif Is Crucial for E2?E3 Interaction in Plant Atg8 System2021

    • 著者名/発表者名
      Matoba Kazuaki、Noda Nobuo N.
    • 雑誌名

      Biological and Pharmaceutical Bulletin

      巻: 44 ページ: 1337~1343

    • DOI

      10.1248/bpb.b21-00439

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Delineating the lipidated Atg8 structure for unveiling its hidden activity in autophagy2021

    • 著者名/発表者名
      Maruyama Tatsuro、Noda Nobuo N.
    • 雑誌名

      Autophagy

      巻: 17 ページ: 3271~3272

    • DOI

      10.1080/15548627.2021.1961075

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Atg2 and Atg9: Intermembrane and interleaflet lipid transporters driving autophagy2021

    • 著者名/発表者名
      Noda Nobuo N.
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular and Cell Biology of Lipids

      巻: 1866 ページ: 158956~158956

    • DOI

      10.1016/j.bbalip.2021.158956

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 蛋白質の液-液相分離2021

    • 著者名/発表者名
      野田展生
    • 雑誌名

      細胞

      巻: 53 ページ: 529~532

  • [雑誌論文] 液-液相分離と選択的オートファジー2021

    • 著者名/発表者名
      能代大輔,野田展生
    • 雑誌名

      実験医学

      巻: 39 ページ: 2046~2051

  • [雑誌論文] 相分離で見直すオートファジー2021

    • 著者名/発表者名
      藤岡優子,野田展生
    • 雑誌名

      実験医学

      巻: 39 ページ: 172~177

  • [学会発表] 液-液相分離の視点で見直すオートファジー2021

    • 著者名/発表者名
      野田展生
    • 学会等名
      第423回CBI学会講演会
    • 招待講演
  • [学会発表] Cryo electron tomography of cellular specimens2021

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyuki Fukuda
    • 学会等名
      Korean Society for Biochemistry and Molecular Biology International Conference 2021
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2022-12-28  

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