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2022 年度 実績報告書

ポリコム群による抑制ドメインの複製機構の解明

計画研究

研究領域多様かつ堅牢な細胞形質を支える非ゲノム情報複製機構
研究課題/領域番号 19H05745
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

古関 明彦  国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, チームリーダー (40225446)

研究分担者 遠藤 高帆  国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, 技師 (40384862)
研究期間 (年度) 2019-06-28 – 2024-03-31
キーワードポリコム群 / クロマチン複製 / DNA複製 / 細胞運命決定
研究実績の概要

ヌクレオソーム再構築メカニズム、ヴァリアントヒストン、及び、ポリコム群再構築過程の間の機能的なリンクがあるかという点について、Enhancer of Polycomb複合体とPCGF1-PRC1複合体に焦点を絞った研究を継続した。Enhancer of Polycomb複合体は、複製フォークにPCNAと結合しながら存在し、バリアントヒストンH2A.ZとそのシャペロンであるANP32E、娘DNA鎖のメチル化に関わるDNMT1とNP95(UHRF1)、ヒストンメチル化の関連因子であるポリコム群タンパク質(SUZ12, EZH2など)などを新生ヌクレオソームにロードし、複製直後のヌクレオソームの再構築に貢献する結果、ヘテロクロマチン領域とユークロマチン領域の境界を規定し、ポリコム群が機能する領域を保護している可能性を明らかにした。また、PCGF1-PRC1については、昨年度までに複製フォーク近傍に局在して作用している可能性を見出し、特に血球系前駆細胞においてPCGF1-PRC1が複製フォーク近傍へのクロマチンリモデリング因子SWI/SNF複合体の接近を阻害することで、複製フォーク通過直後のクロマチン複製を最適化し、ミエロイド関連遺伝子の異常発現を抑制する事で、血球前駆細胞の多分化能を維持する可能性を見出していたが、今年度は、このSWI/SNF複合体との競合作用が複製期に特異的なものであり他のフェーズでは起こらないこと、複製期に異常接近するSWI/SNF複合体を薬剤を用いて阻害すると、PCGF1-PRC1欠損時の複製フォーク通過直後のクロマチン複製の異常が部分的に回復する事を示し、複製フォーク近傍でのPCGF1-PRC1の機能とその生物学的意義について、より直接的な証拠を得、国際学術誌に採択されるに至った(Takano J et al. Nature Communications. 2022)。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

論文が一報受理されたが、もう一報採択される可能性があったため

今後の研究の推進方策

Enhancer of Polycomb複合体が、クロマチン複製に必須の因子であることは明らかになったが、これらがポリコム群による抑制ドメインの複製に寄与する機構は未知である。このギャップを埋めるものとして、DNMT1/NP95 (UHRF1)との相互作用ならびにクロマチン複製を介したゲノム三次元構造への影響の可能性を考え解析を進めている。実際、DNMT1/NP95 (UHRF1)は、複製フォーク上でDNAメチル化の維持に寄与するのみでなく、ヒストンにリンクする様々なクロマチン制御に寄与することを見出しており、また、Enhancer of Polycomb複合体の欠損によるクロマチン複製への影響はHiC解析で同定したA compartmentに最も強く現れる事を確認している。
そして、SWI/SNF複合体とポリコム群は文脈に応じて、競合あるいは協調することが知られているが、造血前駆細胞の複製フォーク近傍においてはPCGF1-PRC1複合体がSWI/SNF複合体と競合し、その結果クロマチン複製を制御している事を見出した。今後はこの複製フォーク近傍でのPRC1の標的因子との競合作用のモードについて造血系のみならず複数の細胞種で解析を進めていく予定である。特に、我々は、PRC1の酵素活性の作用点がクロマチン上のみではなく、標的タンパクそのものをポリユビキチン化し、プロテアソーム系に依存した分解を促すことを見出している。したがって、フォーク近傍のPRC1は標的因子のユビキチン化を介した分解促進作用により、競合因子の新生鎖上への過剰接近を防ぎ、複製後の非ゲノム情報の維持に寄与しているのではないかという仮説をユビキチロームなどの手法を用いて検証していく予定である。

  • 研究成果

    (15件)

すべて 2023 2022

すべて 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 3件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 8件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 2件、 招待講演 6件)

  • [雑誌論文] Polycomb repressive complexes 1 and 2 are each essential for maintenance of X inactivation in extra-embryonic lineages2023

    • 著者名/発表者名
      Masui Osamu、Corbel Catherine、Nagao Koji、Endo Takaho A.、Kezuka Fuyuko、Diabangouaya Patricia、Nakayama Manabu、Kumon Mami、Koseki Yoko、Obuse Chikashi、Koseki Haruhiko、Heard Edith
    • 雑誌名

      Nature Cell Biology

      巻: 25 ページ: 134~144

    • DOI

      10.1038/s41556-022-01047-y

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Polycomb group protein BMI1 protects neuroblastoma cells against DNA damage-induced apoptotic cell death2023

    • 著者名/発表者名
      Akita Nobuhiro、Okada Ryu、Mukae Kyosuke、Sugino Ryuichi P.、Takenobu Hisanori、Chikaraishi Koji、Ochiai Hidemasa、Yamaguchi Yohko、Ohira Miki、Koseki Haruhiko、Kamijo Takehiko
    • 雑誌名

      Experimental Cell Research

      巻: 422 ページ: 113412~113412

    • DOI

      10.1016/j.yexcr.2022.113412

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Establishment of mouse stem cells that can recapitulate the developmental potential of primitive endoderm2022

    • 著者名/発表者名
      Ohinata Yasuhide、Endo Takaho A.、Sugishita Hiroki、Watanabe Takashi、Iizuka Yusuke、Kawamoto Yurie、Saraya Atsunori、Kumon Mami、Koseki Yoko、Kondo Takashi、Ohara Osamu、Koseki Haruhiko
    • 雑誌名

      Science

      巻: 375 ページ: 574~578

    • DOI

      10.1126/science.aay3325

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Bivalent-histone-marked immediate-early gene regulation is vital for VEGF-responsive angiogenesis2022

    • 著者名/発表者名
      Kanki Yasuharu、Muramatsu Masashi、Miyamura Yuri、Kikuchi Kenta、Higashijima Yoshiki、Nakaki Ryo、Suehiro Jun-ichi、Sasaki Yuji、Kubota Yoshiaki、Koseki Haruhiko、Morioka Hiroshi、Kodama Tatsuhiko、Nakao Mitsuyoshi、Kurotaki Daisuke、Aburatani Hiroyuki、Minami Takashi
    • 雑誌名

      Cell Reports

      巻: 38 ページ: 110332~110332

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2022.110332

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] PRC1-mediated epigenetic programming is required to generate the ovarian reserve2022

    • 著者名/発表者名
      Hu Mengwen、Yeh Yu-Han、Munakata Yasuhisa、Abe Hironori、Sakashita Akihiko、Maezawa So、Vidal Miguel、Koseki Haruhiko、Hunter Neil、Schultz Richard M.、Namekawa Satoshi H.
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 ページ: -

    • DOI

      10.1038/s41467-022-31759-6

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Genetic, Genomic, and Imaging Approaches to Dissect the Role of Polycomb Group Epigenetic Regulators in Mice2022

    • 著者名/発表者名
      Yakushiji-Kaminatsui Nayuta、Kondo Takashi、Ohinata Yasuhide、Takano Junichiro、Koseki Haruhiko
    • 雑誌名

      Methods Mol Biol.

      巻: 2529 ページ: 207~228

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-2481-4_10

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] PCGF1-PRC1 links chromatin repression with DNA replication during hematopoietic cell lineage commitment2022

    • 著者名/発表者名
      Takano Junichiro、Ito Shinsuke、Dong Yixing、Sharif Jafar、Nakajima-Takagi Yaeko、Umeyama Taichi、Han Yong-Woon、Isono Kyoichi、Kondo Takashi、Iizuka Yusuke、Miyai Tomohiro、Koseki Yoko、Ikegaya Mika、Sakihara Mizuki、Nakayama Manabu、Ohara Osamu、、・・・、、Koseki Haruhiko、Ikawa Tomokatsu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 ページ: -

    • DOI

      10.1038/s41467-022-34856-8

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Factors and Mechanisms That Influence Chromatin-Mediated Enhancer/Promoter Interactions and Transcriptional Regulation2022

    • 著者名/発表者名
      Ito Shinsuke、Das Nando Dulal、Umehara Takashi、Koseki Haruhiko
    • 雑誌名

      Cancers

      巻: 14 ページ: 5404~5404

    • DOI

      10.3390/cancers14215404

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] SKP1A links Polycomb-repressed genes with proteasome2023

    • 著者名/発表者名
      Haruhiko Koseki
    • 学会等名
      IMSGC2023
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The role for variant PRC1 during transcriptional phase transition2022

    • 著者名/発表者名
      Haruhiko Koseki
    • 学会等名
      University of Oxfordセミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] The role for variant PRC1 during transcriptional phase transition2022

    • 著者名/発表者名
      Haruhiko Koseki
    • 学会等名
      Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research (FMI)セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] The role for variant PRC1 during transcriptional phase transition2022

    • 著者名/発表者名
      Haruhiko Koseki
    • 学会等名
      University of Copenhagen セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] Polycombing development2022

    • 著者名/発表者名
      Haruhiko Koseki
    • 学会等名
      Tianjin Medical Universityセミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] SKP1A links Polycomb-repressed genes with proteasome2022

    • 著者名/発表者名
      Haruhiko Koseki
    • 学会等名
      沖縄科学技術大学院大学(OIST)セミナー
  • [学会発表] PCGF1-PRC1 links chromatin repression with DNA replication during hematopoietic cell lineage commitment2022

    • 著者名/発表者名
      Haruhiko Koseki
    • 学会等名
      The 5th Tsinghua -RIKEN Joint Workshop on Recent Progress in Immunology
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2023-12-25  

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