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2023 年度 実績報告書

計算科学の利活用による未知生合成経路の解明と未踏天然物の創出

計画研究

研究領域生体反応の集積・予知・創出を基盤としたシステム生物合成科学
研究課題/領域番号 22H05125
研究機関東京大学

研究代表者

内山 真伸  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (00271916)

研究分担者 佐藤 玄  山梨大学, 大学院総合研究部, 特任助教 (80782648)
研究期間 (年度) 2022-06-16 – 2027-03-31
キーワード生合成経路理論解析
研究実績の概要

植物や微生物が作り出す『天然物』は人類社会を支えてきた。例えば、植物や菌類が生産するテルペン化合物は、医薬品・接着剤・電子材料などあらゆる分野に応用されている。これは、天然物が多種多様な構造と機能を提供してきたからに他ならない。言い換えれば、新奇天然物の発見は新材料・医薬品の開発に直結する。一方、天然からの新奇天然物の発見は年々困難となり、科学者に打開策が求められている。本研究では、理論計算によって得られた情報に基づき酵素・生合成経路を再設計・改変し、様々な実験グループとの共同研究を通して、天然には存在しない未踏天然物・非天然物の創出を目指している。本年度は引き続き、超連続反応である生合成経路解析のための理論解析手法の確立と、本手法を用いた生合成理論解析に取り組んだ。具体的には、いくつかのテルペン環化反応 などの酵素反応・生体反応について、反応経路の可視化に基づく、不安定中間体・遷移状態・軌道相互作用の系統的な探索を行い、Peniroquesine (JACS Au 2023)、 シクロプロパン環構築を触媒する生合成ラジカル反応メカニズム (J. Am. Chem. Soc. 2023)、脱炭酸転位反応を触媒する (Z)-Hinokiresinol 生合成メカニズム (J. Am. Chem. Soc. 2023)、シクロブタン環を足掛かりに立体選択的に官能基変換を行う生合成メカニズム (Angew. Chem. Int. Ed. 2023) などの未開目であった生合成経路/機構に関して、 既に全容解明に成功した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

本年度は学術変革研究の2年度目となり、高精度量子化学計算を用いた、複雑系生合成経路解析のための解析手法の確立を主な研究課題とした。解析手法の 確立は順調に進み、上記に示したように、本手法を用いた実際の生合成経路解析を行い、これまで未解明であったいくつかの生合成経路解析の全容解明に成功し化学系一般誌への論文発表も行っている。

今後の研究の推進方策

多種多様な天然物の骨格は、植物や微生物内に存在する種々の酵素内部での複雑な多段階連続反応によって、正確に、短時間で、効率的に生合成される。これら の酵素は、骨格構築酵素と修飾化酵素に分類することができる。これらの酵素群の機能を自在に設計・改変し、組み合わせることができれば、新たな骨格・構造 を持つ化学空間が開拓可能で、天然化合物ライブラリーの拡充が期待できる。そのためにも、酵素群の反応 制御機構の深い理解が必要である。 そこで、今後は 益々、本領域の生合成実験科学者と綿密に協力しながら理論研究を推進し、天然物の巧みな『ものづくり』の仕組みを解明し、有機化学・天然物化学における学 理・学術を提供するとともに、未踏天然物・非天然物の創出法を提供したい。

  • 研究成果

    (20件)

すべて 2024 2023 その他

すべて 雑誌論文 (18件) (うち査読あり 18件、 オープンアクセス 3件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Visible-Light-Induced trans-Hydroboration of Diaryl Alkynes Utilizing Excited State of Borate Complexes2024

    • 著者名/発表者名
      Komaki Takahiro、Sato Yu、Uchiyama Masanobu、Tanaka Ken、Nagashima Yuki
    • 雑誌名

      Organic Letters

      巻: 26 ページ: 2180~2185

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.4c00268

    • 査読あり
  • [雑誌論文] BN-Embedded Aromatic Hydrocarbon Synthesis via Nucleophilic Diboration Reactions2023

    • 著者名/発表者名
      Harada Mei、Fujioka Shota、Ansai Shoma、Wang Chao、Kamino Shinichiro、Hirano Keiichi、Uchiyama Masanobu
    • 雑誌名

      Organic Letters

      巻: 26 ページ: 247~251

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.3c03898

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Catalytic stereoselective synthesis of doubly, triply and quadruply twisted aromatic belts2023

    • 著者名/発表者名
      Nogami Juntaro、Hashizume Daisuke、Nagashima Yuki、Miyamoto Kazunori、Uchiyama Masanobu、Tanaka Ken
    • 雑誌名

      Nature Synthesis

      巻: 2 ページ: 888~897

    • DOI

      10.1038/s44160-023-00318-2

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dearomative triple elementalization of quinolines driven by visible light2023

    • 著者名/発表者名
      Ishigaki Shiho、Nagashima Yuki、Yukimori Daiki、Tanaka Jin、Matsumoto Takashi、Miyamoto Kazunori、Uchiyama Masanobu、Tanaka Ken
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 ページ: 652

    • DOI

      10.1038/s41467-023-36161-4

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] TEAD1 trapping by the Q353R?Lamin A/C causes dilated cardiomyopathy2023

    • 著者名/発表者名
      Yamada Shintaro、Ko Toshiyuki、Ito Masamichi、Sassa Tatsuro、Nomura Seitaro、Okuma Hiromichi、Sato Mayuko、Imasaki Tsuyoshi、Kikkawa Satoshi、Zhang Bo、Yamada Takanobu、Seki Yuka、Fujita Kanna、Katoh Manami、Uchiyama Masanobu、Nitta Ryo、Aburatani Hiroyuki、Komuro Issei
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 9 ページ: eade7047

    • DOI

      10.1126/sciadv.ade7047

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Revision of the Peniroquesine Biosynthetic Pathway by Retro-Biosynthetic Theoretical Analysis: Ring Strain Controls the Unique Carbocation Rearrangement Cascade2023

    • 著者名/発表者名
      Matsuyama Taro、Togashi Ko、Nakano Moe、Sato Hajime、Uchiyama Masanobu
    • 雑誌名

      JACS Au

      巻: 3 ページ: 1596~1603

    • DOI

      10.1021/jacsau.3c00039

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Mechanistic Analysis of Stereodivergent Nitroalkane Cyclopropanation Catalyzed by Nonheme Iron Enzymes2023

    • 著者名/発表者名
      Ushimaru Richiro、Cha Lide、Shimo Shotaro、Li Xiaojun、Paris Jared C.、Mori Takahiro、Miyamoto Kazunori、Coffer Lindsay、Uchiyama Masanobu、Guo Yisong、Chang Wei-chen、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 145 ページ: 24210~24217

    • DOI

      10.1021/jacs.3c08413

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural and Mechanistic Insights into the C?C Bond-Forming Rearrangement Reaction Catalyzed by Heterodimeric Hinokiresinol Synthase2023

    • 著者名/発表者名
      Ushimaru Richiro、Ding Yiling、Mori Takahiro、Miyamoto Kazunori、Uchiyama Masanobu、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 145 ページ: 21966~21973

    • DOI

      10.1021/jacs.3c06762

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Switchable Near‐Infrared‐Absorbing Dye Based on Redox‐Bistable Benzitetraazaporphyrin2023

    • 著者名/発表者名
      Yanagi Shunsuke、Matsumoto Akihisa、Toriumi Naoyuki、Tanaka Yusuke、Miyamoto Kazunori、Muranaka Atsuya、Uchiyama Masanobu
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 62 ページ: e202218358

    • DOI

      10.1002/anie.202218358

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Total Biosynthesis of Melleolides from Basidiomycota Fungi: Mechanistic Analysis of the Multifunctional GMC Oxidase Mld72023

    • 著者名/発表者名
      Fukaya Mitsunori、Nagamine Shota、Ozaki Taro、Liu Yaping、Ozeki Miina、Matsuyama Taro、Miyamoto Kazunori、Kawagishi Hirokazu、Uchiyama Masanobu、Oikawa Hideaki、Minami Atsushi
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 62 ページ: e202308881

    • DOI

      10.1002/anie.202308881

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nucleophile‐Triggered π‐Topological Transformation: A New Synthetic Approach to Near‐Infrared‐Emissive Rhodamines2023

    • 著者名/発表者名
      Harada Mei、Kutsuna Misa、Kitamura Taichi、Usui Yusuke、Ujiki Masayoshi、Nakamura Yuka、Obata Tohru、Tanioka Masaru、Uchiyama Masanobu、Sawada Daisuke、Kamino Shinichiro
    • 雑誌名

      Chemistry A European Journal

      巻: 29 ページ: e202301969

    • DOI

      10.1002/chem.202301969

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Visible-Light-Driven Silyl or Germyl Radical Generation via Si?C or Ge?C Bond Homolysis2023

    • 著者名/発表者名
      Li Bi-Xiao、Ishida Hiroshi、Wang Chao、Uchiyama Masanobu
    • 雑誌名

      Organic Letters

      巻: 25 ページ: 1765~1770

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.3c00503

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Lithium Aryltrifluoroborate as a Catalyst for Halogen Transfer2023

    • 著者名/発表者名
      Inoue Kengo、Hirano Keiichi、Fujioka Shota、Uchiyama Masanobu、Mori Atsunori、Okano Kentaro
    • 雑誌名

      ACS Catalysis

      巻: 13 ページ: 3788~3793

    • DOI

      10.1021/acscatal.2c06082

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mechanistic Investigation of the Degradation Pathways of α?β/α?α Bridged Epipolythiodioxopiperazines (ETPs)2023

    • 著者名/発表者名
      Kurita Daiki、Sato Hajime、Miyamoto Kazunori、Uchiyama Masanobu
    • 雑誌名

      The Journal of Organic Chemistry

      巻: 88 ページ: 12797~12801

    • DOI

      10.1021/acs.joc.3c01061

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Perfluoroalkoxylation reaction<i>via</i>dual concurrent catalysis2023

    • 著者名/発表者名
      Fujioka Shota、Hirano Keiichi、Hoshiya Naoyuki、Yamauchi Akiyoshi、Kishikawa Yosuke、Uchiyama Masanobu
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 59 ページ: 8290~8293

    • DOI

      10.1039/D3CC02485G

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Near-Infrared Fluorescence Enhancement by Deuteration of Phthalocyanine2023

    • 著者名/発表者名
      Toriumi Naoyuki、Muranaka Atsuya、Uchiyama Masanobu
    • 雑誌名

      Chemical and Pharmaceutical Bulletin

      巻: 71 ページ: 459~461

    • DOI

      10.1248/cpb.c23-00001

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Origin of Large Near-Infrared Solvatochromism of 18π-Electron Aromatic Monohydroxybenziphthalocyanine2023

    • 著者名/発表者名
      Toriumi Naoyuki、Muranaka Atsuya、Uchiyama Masanobu
    • 雑誌名

      Chemical and Pharmaceutical Bulletin

      巻: 71 ページ: 462~465

    • DOI

      10.1248/cpb.c23-00179

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Formation of a dinuclear zinc complex with open-ring hemiporphyrazine2023

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Yusuke、Ouyang Xingmei、Murayama Tomotaka、Muranaka Atsuya、Uchiyama Masanobu
    • 雑誌名

      Journal of Porphyrins and Phthalocyanines

      巻: 27 ページ: 184~189

    • DOI

      10.1142/S1088424622500791

    • 査読あり
  • [備考] 東京大学大学院薬学系研究科 基礎有機化学教室 研究業績

    • URL

      https://kisoyuki.f.u-tokyo.ac.jp/publication.html

  • [備考] 山梨大学工学部応用化学科 佐藤研究室 研究業績

    • URL

      https://hajimesato.work/publication.php

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公開日: 2024-12-25  

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