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2007 年度 実績報告書

遺伝情報系と細胞シグナル系における超分子複合体の立体構造と機能

研究課題

研究課題/領域番号 15107002
研究機関東京大学

研究代表者

横山 茂之  東京大学, 大学院・理学系研究科, 教授 (00159229)

キーワードX線結晶構造解析 / 立体構造 / 翻訳 / tRNA / RNA修飾 / アミノアシルtRNA合成酵素 / LSD1
研究概要

Trm5とTYW1というtRNA37位に働く2種類のtRNA修飾酵素の立体構造を決定した。Trm5はクラス1メチル化酵素に属していることが立体構造の視点から明らかになり,tRNAの認識機構のモデルを立てることが出来た。TYW1は近年注目を浴びているラジカルサム酵素群に属しており,立体構造から一次配列たけでは予想できなかったFe-Sクラスターを見出した。また,56位の2'OHをメチル化するTrm56の立体構造の決定にも成功し,2量体として機能し,基質tRNAとしてはラムダ型よりもL型を好むことを生化学的な解析と併せて明らかにした。さらに,tRNA^lleの34位のリシジン生成を担うTilSとリジン,マグネシウムイオン,ATPの複合体の立体構造を決定し,反応機構を推定した。これらの結果を原著論文としてそれぞれ発表した。
近年エピジェネティックな制御による生体反応の理解が進んでいる。本研究ではヒストン脱メチル化を担う酵素の一つであるLSD1と阻害剤反応体との複合体の立体構造を決定し,阻害機構を明らかにした。
一部の古細菌に見られるtRNA依存的なシステイン合成を担う酵素の一つである,Sep-tRNA:Cys-tRNA合成酵素を決定し,その反応機構を推定した。
アラニルtRNA合成酵素の校正ドメインとホモロジーを持つAlaXの立体構造を決定し,N末端ドメインとC末端ドメインに分けられ,C末端ドメインの中に触媒部位が存在することを予想した。

  • 研究成果

    (8件)

すべて 2008 2007 その他

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 7件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Crystal structure of archaeal tRNA(m(1)G37)methyltransferase aTrm52008

    • 著者名/発表者名
      Goto-Ito, S.
    • 雑誌名

      Proteins In press

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Clystal structure and mutational study of a unique SpoU farnily archaeal methylase that forms2'-O-methylcytidine at position 56 of tRNA2008

    • 著者名/発表者名
      Kuratani, M.
    • 雑誌名

      J Mol Biol 375

      ページ: 1064-1075

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of histone demethylase LSDl and tranylcypromine at 2.25 A2008

    • 著者名/発表者名
      Mimasu, S.
    • 雑誌名

      Biochem Biophys Res Commun 366

      ページ: 15-22

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural insights into the second step of RNA-dependent cysteine biosynthesis in archaea: crystal structure of Sep-tRNA: Cys-tRNA synthase from Archaeoglobus fulgidus2007

    • 著者名/発表者名
      Fukunaga, R.
    • 雑誌名

      J Mol Biol 370

      ページ: 128-41

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure of the AlaX-M trans-editing enlyme from Pyrococcus horikoshii2007

    • 著者名/発表者名
      Fukunaga, R.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 63

      ページ: 390-400

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure of an archaeal TYWl, the enzyme catalyzing the second step of Wye-base biosynthesis2007

    • 著者名/発表者名
      Goto-Ito, S.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 63

      ページ: 1059-1068

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural basis of the initial bhlding of tRNA(lle) lysidine synthetase TilS with ATP and L-1ysine2007

    • 著者名/発表者名
      Kuratani, M.
    • 雑誌名

      Structure 15

      ページ: 1642-1653

    • 査読あり
  • [備考]

    • URL

      http://www.biochem.s.u-tokyo.ac.jp/yokoyama-lab/

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公開日: 2010-02-04   更新日: 2016-04-21  

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