基本転写因子TFIIEと相互作用する因子としてクロマチン構造変換複合体であるSWI/SNF複合体を同定した。細胞内でTFIIEはSWI/SNF複合体と相互作用し、TFIIHが関わる可能性が示された。SWI/SNF複合体は構成サブユニットによりBAF複合体とPBAF複合体に分けられる。TFIIEは主にPABF複合体と相互作用することが示された。TFIIE は転写開始および開始から伸長への移行段階で TFIIH と協調的に機能する。このことからもTFIIE-TFIIH と SWI/SNF 複合体の相互作用は、転写初期の2つの段階で協調的に機能して転写開始の活性化に寄与すると考えられる。
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