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2016 年度 実績報告書

物理化学的理解に基づく蛋白質間相互作用プロセス制御剤の探索と設計

研究課題

研究課題/領域番号 16H02420
研究機関東京大学

研究代表者

津本 浩平  東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (90271866)

研究分担者 長門石 曉  東京大学, 医科学研究所, 特任准教授 (30550248)
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
キーワード創薬 / 蛋白質 / 低分子 / 抗体 / 物理化学
研究実績の概要

今年度は、モデルVHH, scFv抗体について、その抗原結合に関する複合体情報をX線結晶構造解析等を含めて収集すると共に、その分子間相互作用に関する物理化学的解析を実施した。特にP-cadherinに対する抗体に関しては、その抗原に対する機能阻害メカニズムの解明にも取り組んだ(Sci. Rep. 2017, 7: 39518)。抗P-cadherin抗体はscFvで調製し、抗原との相互作用に関して詳細な物理化学的相互作用解析を行った。その結果、抗P-cadherin抗体はエンタルピー駆動型、かつ低い解離速度定数で抗原と結合し、抗原ダイマーの終状態を阻害しているのではなく、抗原の中間体に作用して、平衡をモノマーに偏らせるというメカニズムであることが明らかとなった。この成果は、抗体-抗原間相互作用に関する物理化学的パラメータも精査することにより、効果的な抗体設計が可能であることを示唆している。またVHH抗体のファージディスプレイを実施するための基盤構築を実施した。特にモデルとなるVHHのCDR3ループに無作為に変異箇所を導入したライブラリーの設計とその構築を行った。
低分子においては、モデル蛋白質と低分子薬剤について、その相互作用に関する物理化学的解析を行った。またがん関連、病原性微生物関連など蛋白質―蛋白質間相互作用PPIに関する精密な相互作用解析を遂行し、これらに対する阻害剤スクリーニングを実施した。一方で、ミトコンドリア病に関連する新規な標的蛋白質に対して、新規低分子薬剤との物理化学的な相互作用解析を実施した。その結果、薬剤は弱いながらも(解離定数uMオーダー)in vitroにて結合していることが明らかとなった(J Am Soc Nephrol. 2016, 27, 1925)。この成果は、物理化学的解析による評価系が、標的分子に対した特異的に作用し、かつ低親和性にも関わらず細胞内で阻害活性を示す、リガンドの質を担保する有用なツールであることを示している。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

抗体においては各種標的蛋白質に対するファージディプレイの構築、低分子においても各種標的蛋白質に対するスクリーニングの構築を行った。探索・選抜へ向けた基盤構築は滞りなく進んでおり、おおむね研究計画は順調に進んでいる。

今後の研究の推進方策

<抗体の相互作用解析と探索>
ファージディスプレイを構築すると共に、それを活用して各種標的蛋白質に対する抗体(VHHやscFvなど)の取得を行う。得られた抗体に対しては、その特異性評価として、等温滴定型熱量計、表面プラズモン共鳴による熱力学・速度論解析を実施する。一方で既存のモデル抗原-抗体相互作用においては、引き続きアミノ酸レベルでの特異性創出メカニズムの解明を実施する。特に、遷移状態に関する物理化学パラメータを収集し、抗体の分子認識メカニズムと特性(特異性創出、阻害活性)に関する詳細な解析を試みる。
<低分子化合物の相互作用解析と探索>
各種標的蛋白質に愛する低分子化合物スクリーニングを実施し、ヒット化合物の探索・選抜を行う。さらにヒットバリデーションとして物理化学的パラメータを指標とした検証を行い、低分子のリガンドとしての質を精密に解析する。その際に、おそらくは高活性なヒット化合物は得られず、親和性の低い分子が選抜されると予想される。そのため、リガンドとしての質を担保するために、細胞アッセイをバリデーションツールの1つとして取り入れ、ヒット化合物のin vitro, in cell両方における特異性を見極める。

  • 研究成果

    (31件)

すべて 2017 2016

すべて 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 5件、 査読あり 9件) 学会発表 (20件) (うち国際学会 6件、 招待講演 4件)

  • [雑誌論文] Production and characterization of genetically modified human IL-11 variants.2017

    • 著者名/発表者名
      Sano E, Takei T, Ueda T, Tsumoto K.
    • 雑誌名

      Biochim Biophys Acta.

      巻: 1861 ページ: 205-217

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2016.11.028

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Through-bond effects in the ternary complexes of thrombin sandwiched by two DNA aptamers.2017

    • 著者名/発表者名
      Pica A, Russo Krauss I, Parente V, Tateishi-Karimata H, Nagatoishi S, Tsumoto K, Sugimoto N, Sica F.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 45 ページ: 461-469

    • DOI

      10.1093/nar/gkw1113

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Mitochonic Acid 5 Binds Mitochondria and Ameliorates Renal Tubular and Cardiac Myocyte Damage.2016

    • 著者名/発表者名
      Suzuki T, Nagatoishi S, Tsumoto K, Abe T(他37名)
    • 雑誌名

      J Am Soc Nephrol.

      巻: 27 ページ: 1925-1932

    • DOI

      10.1681/ASN.2015060623

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Differential Effect of Membrane Composition on the Pore-Forming Ability of Four Different Sea Anemone Actinoporins.2016

    • 著者名/発表者名
      Garcia-Linares S, Rivera-de-Torre E, Morante K, Tsumoto K, Caaveiro JM, Gavilanes JG, Slotte JP, Marinez-Del-Pozo A.
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 55 ページ: 6630-6641

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.6b01007

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural basis for broad neutralization of HIV-1 through the molecular recognition of 10E8 helical epitope at the membrane interface.2016

    • 著者名/発表者名
      Rujas E, Caaveiro JM, Partida-Hanon A, Gulzar N, Morante K, Apellaniz B, Garcia-Porras M, Bruix M, Tsumoto K, Scott JK, Jimenez MA, Nieva JL.
    • 雑誌名

      Sci Rep.

      巻: 6 ページ: 38177

    • DOI

      10.1038/srep38177

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Adhesive Dimerization of Human P-Cadherin Catalyzed by a Chaperone-like Mechanism.2016

    • 著者名/発表者名
      Kudo S, Caaveiro JM, Tsumoto K.
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 24 ページ: 1523-1536

    • DOI

      10.1016/j.str.2016.07.002

    • 査読あり
  • [雑誌論文] In-Cell Enzymology To Probe His-Heme Ligation in Heme Oxygenase Catalysis.2016

    • 著者名/発表者名
      Sigala PA, Morante K, Tsumoto K, Caaveiro JM, Goldberg DE.
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 55 ページ: 4836-4849

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.6b00562

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Identification of a Membrane-bound Prepore Species Clarifies the Lytic Mechanism of Actinoporins.2016

    • 著者名/発表者名
      Morante K, Bellomio A, Gil-Carton D, Redondo-Morata L, Sot J, Scheuring S, Valle M, Gonzalez-Manas JM, Tsumoto K, Caaveiro JMM.
    • 雑誌名

      J Biol Chem.

      巻: 291 ページ: 19210-19219

    • DOI

      10.1074/jbc.M116.734053

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural basis for amino acid export by DMT superfamily transporter YddG.2016

    • 著者名/発表者名
      Tsuchiya H, Doki S, Takemoto M, Ikuta T, Higuchi T, Fukui K, Usuda Y, Tabuchi E, Nagatoishi S, Tsumoto K, Nishizawa T, Ito K, Dohmae N, Ishitani R, Nureki O.
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 534 ページ: 417-420

    • DOI

      10.1038/nature17991

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Quantitative phosphoproteomics-based molecular network description for high-resolution kinase-substrate interactome analysis.2016

    • 著者名/発表者名
      Narushima Y, Kozuka-Hata H, Tsumoto K, Inoue J, Oyama M.
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 32 ページ: :2083-2088

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btw164

  • [雑誌論文] Assessment of the Protein-Protein Interactions in a Highly Concentrated Antibody Solution by Using Raman Spectroscopy.2016

    • 著者名/発表者名
      Ota C, Noguchi S, Nagatoishi S, Tsumoto K.
    • 雑誌名

      Pharm Res.

      巻: 33 ページ: 956-969

    • DOI

      10.1007/s11095-015-1842-8

  • [学会発表] Development of SpyTag-based bispecific antibodies as two-step targeting agents2017

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Akiba ,Kyohei Yumura, Kensuke Takayanagi, Takao Hamakubo, Kouhei Tsumoto
    • 学会等名
      11th Annual Symposium on Nanobiotechnology 2017
  • [学会発表] Thermodynamic effects of intramolcular hydrogen bonds within peptide on the peptide-antibody interaction2017

    • 著者名/発表者名
      Kazuhiro Miyanabe, Hiroki Akiba, Jose Caaveiro, Makoto Nakakido, Daisuke Kuroda, Kouhei Tsumoto
    • 学会等名
      11th Annual Symposium on Nanobiotechnology 2017
  • [学会発表] 創薬研究におけるITCとサーマルシフトの活用2017

    • 著者名/発表者名
      長門石 曉
    • 学会等名
      :熱測定スプリングスクール2017(第78回熱測定講習会)
    • 招待講演
  • [学会発表] Specificity-determining structural elements of antibody against antigen2017

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Akiba, Ryosuke Yoshida, Raiji Kawade, Jose M. Caaveiro, Kouhei Tsumoto
    • 学会等名
      日本化学会第97春季年会(2017)
  • [学会発表] 抗体によるリン酸基認識機構の結晶構造と熱力学的手法による解析2017

    • 著者名/発表者名
      河出来時、秋葉宏樹、カアベイロホセ、奥村繁、丸山俊昭、Kevin Entzminger , 津本浩平
    • 学会等名
      日本化学会第97春季年会(2017)
  • [学会発表] Thermodynamic analysis of the recognition of a flexible peptide by an antibody2017

    • 著者名/発表者名
      Kouichi Miyanabe, Hiroki Akiba, Jose M. Caaveiro, Disuke Kuroda, Kouhei Tsumoto
    • 学会等名
      日本化学会第97春季年会(2017)
  • [学会発表] LI-cadherinのホモダイマー形成の細胞アッセイ及び物理化学的手法による分析2017

    • 著者名/発表者名
      由井杏奈、菊池智佳、工藤翔太、秋葉宏樹、長門石曉、新井修、岩成宏子、浜窪隆雄、津本浩平
    • 学会等名
      日本化学会第97春季年会(2017)
  • [学会発表] 次世代の低分子創薬を拓く蛋白質-低分子間相互作用の物理化学的解析2017

    • 著者名/発表者名
      長門石 曉、カアベイロホセ、津本浩平
    • 学会等名
      日本薬学会第137年会
  • [学会発表] Biophysical approach to find the inhibitors of CapF and ERK2 enzyme in FBDD2016

    • 著者名/発表者名
      Satoru Nagatoishi, Kouhei Tsumoto
    • 学会等名
      JCUP VII
    • 国際学会
  • [学会発表] SPR and ITC-based small-molecule screening to find inhibitors of protein-protein interaction2016

    • 著者名/発表者名
      Satoru Nagatoishi, Kouhei Tsumoto
    • 学会等名
      DiPIA 2016
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Lipids as structural elements in pore formation2016

    • 著者名/発表者名
      Koldo Morante, Kouji Tanaka, Jose M. Caaveiro, Kouhei Tsumoto
    • 学会等名
      IMI translocation 2016 - Novel approaches to fight bacteria
    • 国際学会
  • [学会発表] Thermodynamic analysis of molecular recognition between tea catechins and human serum albumin2016

    • 著者名/発表者名
      Tomoya Takahashi, Sartoru Nagatoishi, Daisuke Kuroda, Kouhei Tsumoto
    • 学会等名
      CALCON2016
    • 国際学会
  • [学会発表] Thermodynamic analysis of molecular recognition between tea catechins and human serum albumin2016

    • 著者名/発表者名
      Sartoru Nagatoishi, Y. Tanabe, Kouhei Tsumoto
    • 学会等名
      CALCON2016
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] How we can improve affinity of antibodies for the targets towards therapeutics2016

    • 著者名/発表者名
      Kouhei Tsumoto
    • 学会等名
      CALCON2016
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 9F NMR and SPR Screening for the Development of an Inhibitor of the Tob1-CNOT7 Interaction2016

    • 著者名/発表者名
      Kouhei Soeda ,Satoru Nagatoishi, E. Kato, M. Yamamoto, Kouhei Tsumoto
    • 学会等名
      The 27th International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
  • [学会発表] Thermodynamics of the interaction between proteins and small compounds in drug discovery2016

    • 著者名/発表者名
      長門石曉、津本浩平
    • 学会等名
      分子研研究会
  • [学会発表] 次世代抗体開発を指向したin silicoとin vitroをつなぐ熱力学解析2016

    • 著者名/発表者名
      長門石曉、津本浩平
    • 学会等名
      バイオプロセス講演会
  • [学会発表] コラーゲン線維形成プロセスを制御する蛋白質Osteomodulinの制御機構解析2016

    • 著者名/発表者名
      田島卓実、長門石暁、カアベイロホセ、中木戸誠、相良洋、大沼信一、津本浩平
    • 学会等名
      第10回バイオ関連化学シンポジウム
  • [学会発表] 次世代薬剤設計を指向した蛋白質-低分子間相互作用のプロセス熱力学2016

    • 著者名/発表者名
      長門石曉、 山口奏、津本浩平
    • 学会等名
      第10回バイオ関連化学シンポジウム
  • [学会発表] 熱力学的解析を基盤とした茶カテキン-蛋白質間の分子認識機構の解明2016

    • 著者名/発表者名
      高橋知也、長門石曉、黒田大祐、津本浩平
    • 学会等名
      第21回日本フードファクター学会学術集会

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公開日: 2018-12-17  

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