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2017 年度 実施状況報告書

数理モデルによる生体ネットワーク制御手法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 16K00391
研究機関京都大学

研究代表者

田村 武幸  京都大学, 化学研究所, 准教授 (00437261)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
キーワードブーリアンネットワーク / 遺伝子制御ネットワーク / 代謝ネットワーク / アルゴリズム / NP完全 / 整数計画法 / 定常状態 / unification問題
研究実績の概要

ブーリアンモデルの代謝ネットワークにおいて、現在生成されてしまっている不必要化合物を生成できなくし、かつ、現在生成できていない必要化合物を生成できるようにする問題を考える。ホストネットワーク内において削除する反応の数と、ホストネットワーク外に追加する反応の数の和を最小化して、かつ上述の目的を達成する問題をブーリアン代謝ネットワークの最小修正問題という。本研究ではブーリアン代謝ネットワークの最小修正問題がNP完全問題であることを証明し、かつフィードバック頂点集合と整数計画問題に基づいて高速に解く手法を開発し、IEEE/ACM Transactions of Computational Biology and Bioinformatics 誌より出版した。
また、ブーリアンネットワークの2つの周期的定常状態の区別に必要な最小ノード集合に関する研究も行った。この研究では、観測できるノードが1つの時は周期的定常状態を区別することができないが、観測できるノードが2つの時は周期的定常状態を区別できることを中国剰余定理を用いて証明し、Automatica 誌より出版した。
さらに結合則と交換則が成り立つ際の木構造の unification 問題に対し、変数の数に関する固定パラメータアルゴリズムの設計可能性を各場合について証明し、Theoretical Computer Science 誌より出版した。
上記はいずれも2013年4月~2016年3月における研究課題「ブーリアンモデルによる生体ネットワークの統合的な数理モデル化と解析(25730005)」より継続して本課題においても実施された内容である。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

ブーリアンモデルの代謝ネットワークの最小修正問題に関しては、当初予定していた複数ネットワークに対してではないものの、1つの代謝ネットワークに対する整数計画法に基づく手法を開発し、IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 誌より論文を出版できた。
またブーリアンネットワークの定常状態は細胞の種類に対応すると考えられるため、Automatica 誌より出版した論文は、癌治療法の数理モデルの開発の基礎につながると考えられる。
以上より、おおむね順調に進展しているといえる。

今後の研究の推進方策

当初の計画では、平成30年度にはブーリアンネットワークによるiPS細胞の数理モデルの研究を予定していた。しかし平成29年度までに、流束均衡モデルによる代謝ネットワークの制御の研究の基礎が進展してきているので、平成30年度には代謝ネットワークによる有用物質生産の研究を行う予定である。

次年度使用額が生じた理由

平成29年度はワークステーションを2台買うなど、当初予定額を超えて支出したが、
平成28年度の残額がそれよりも大きかったため、次年度使用額がプラスとなった。

  • 研究成果

    (10件)

すべて 2017 その他

すべて 国際共同研究 (4件) 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 2件、 査読あり 3件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 1件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] Monash University(Australia)

    • 国名
      オーストラリア
    • 外国機関名
      Monash University
  • [国際共同研究] Xi'an Jiaotong University/Beijing Univ. of Chemical Technology(China)

    • 国名
      中国
    • 外国機関名
      Xi'an Jiaotong University/Beijing Univ. of Chemical Technology
  • [国際共同研究] The University of Hong Kong(Hong Kong)

    • 国名
      その他の国・地域
    • 外国機関名
      The University of Hong Kong
  • [国際共同研究] Hughes Hall(United Kingdom)

    • 国名
      英国
    • 外国機関名
      Hughes Hall
  • [雑誌論文] Computing Minimum Reaction Modifications in a Boolean Metabolic Network2017

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura, Wei Lu, Jiangning Song, Tatsuya Akutsu
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

    • DOI

      10.1109/TCBB.2017.2777456

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Discrimination of singleton and periodic attractors in Boolean networks2017

    • 著者名/発表者名
      Cheng Xiaoqing、Tamura Takeyuki、Ching Wai-Ki、Akutsu Tatsuya
    • 雑誌名

      Automatica

      巻: 84 ページ: 205~213

    • DOI

      https://doi.org/10.1016/j.automatica.2017.07.012

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] On the parameterized complexity of associative and commutative unification2017

    • 著者名/発表者名
      Akutsu Tatsuya、Jansson Jesper、Takasu Atsuhiro、Tamura Takeyuki
    • 雑誌名

      Theoretical Computer Science

      巻: 660 ページ: 57~74

    • DOI

      https://doi.org/10.1016/j.tcs.2016.11.026

    • 査読あり
  • [学会発表] 有用化合物を生産・増産する代謝ネットワークのデザインの計算2017

    • 著者名/発表者名
      田村武幸
    • 学会等名
      第117回京都大学化学研究所研究発表会
  • [学会発表] 有用化合物を生産・増産する代謝ネットワークのデザインの計算2017

    • 著者名/発表者名
      田村武幸
    • 学会等名
      2017年度大腸菌システム生物学研究会
    • 国際学会
  • [備考] 田村武幸のページ

    • URL

      http://sunflower.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~tamura/

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公開日: 2018-12-17   更新日: 2022-02-22  

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