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2016 年度 実施状況報告書

B型胸腺腫を合併する重症筋無力症(MG)におけるMG発症機序の解明

研究課題

研究課題/領域番号 16K10684
研究機関徳島大学

研究代表者

近藤 和也  徳島大学, 大学院医歯薬学研究部(医学系), 教授 (10263815)

研究分担者 滝沢 宏光  徳島大学, 大学院医歯薬学研究部(医学系), 准教授 (90332816)
梶浦 耕一郎  徳島大学, 大学院医歯薬学研究部(医学系), 助教 (60596253)
松井 尚子  徳島大学, 病院, 特任講師 (10547954)
中川 英刀  国立研究開発法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, チームリーダー (50361621)
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
キーワード重症筋無力症 / 胸腺腫 / 次世代シークエンサー / 胸腺上皮細胞
研究実績の概要

切除材料(凍結標本)胸腺癌7例、重症筋無力症(MG)非合併胸腺腫7例(B2:5例, B3:1例, AB:1例)、MG合併胸腺腫8例(B2:4例, B3:3例, B1:1例)の腫瘍部と正常部(胸腺組織)からDNAとRNAを抽出した。DNAの断片化後にNGSアダプターの付加を行った。全ゲノム上でのタンパク質をコードする全エクソン(37~51Mb)を標的にしてhybridizationでのcaptureをAgilent 社SureSelectまたはIllumina社NexteraRapid Captureにて行い、エクソンの配列の濃縮を行った。Illumina NGS次世代シークエンサーHiSeq2500を用いて、腫瘍や正常部胸腺DNAについてはx100以上、血液に関してはx70のdepth (深度)を目標にシークエンスを行った。産出された大量のデータは、東大医科研のスーパーコンピューターシステム上にて、理研にて構築されたアルゴリズムによってシークエンスデータ解析を迅速に行い、全エクソンレベルでの腫瘍の体細胞ポイント変異、コピー数異常を検出した。BRWD3、OGFOD1、PTEN、SETD2、SOD3、VPS13D、WDR64遺伝子のmutationをより悪性である胸腺癌において認めた。正常胸腺組織に対して、EpCAM抗体を使用し、cell sortingを行い、上皮細胞を単離できた。リンパ球の混在するタイプB1胸腺腫にも適応し、上皮細胞のみ次世代シークエンサーで解析する。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

胸腺癌7例、MG合併胸腺腫8例、MG非合併胸腺腫7例の腫瘍部と正常部のDNAに対して、Illumina NGS次世代シークエンサーHiSeq2500を用いて、にシークエンスを終了している。計画通りである。現在、東大医科研のスーパーコンピューターシステム上にて、理研にて構築されたアルゴリズムによってシークエンスデータ解析を行っている。胸腺癌 vs 胸腺腫は、結果が出たが、MG合併胸腺腫 vs MG非合併胸腺腫は、現在解析中である。現在、正常胸腺組織でsortingを行い、胸腺上皮を分けることが可能になっている。リンパ球の多いタイプB1は、cell sortingを行い、腫瘍成分を分け、シークエンスを行う予定である。

今後の研究の推進方策

胸腺癌 vs 胸腺腫およびMG合併胸腺腫 vs MG非合併胸腺腫の統計解析で選択された遺伝子に関しては、症例を増やし、validation groupを作成し、RNA-sequencingにてmutationを検討する。EpCAM抗体を使用したcell sortingにて、タイプB1胸腺腫の上皮細胞のみを単離し、次世代シークエンサーを行う。

次年度使用額が生じた理由

消耗品を購入するとき、残額は少額で購入するものがなかったため、そのままとした。

次年度使用額の使用計画

残額は、試薬購入に使用予定。

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公開日: 2018-01-16  

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