ナノポアシーケンサーの解析を野外で可能にするクラウド型解析環境の構築と公開

2018 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 17K18045
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: ゲノム生物学; システムゲノム科学
• 研究機関: 東京農業大学
• 研究代表者: 志波 優 東京農業大学, 生命科学部, 助教 (00647753)
• 研究期間 (年度): 2017-04-01 – 2019-03-31
• キーワード: 微生物ゲノム / バイオインフォマティクス / ナノポアシーケンサー / MinION / Galaxy

研究成果の概要

Oxford Nanopore Technologies社のナノポアシーケンサーであるMinIONは、フィールドでのシーケンスを可能とするポータブルシーケンサーとして注目され、幅広い応用が期待されている。本研究計画では、バイオインフォマティクス解析の容易化・効率化を目指して、IlluminaとMinION用の各種ツールをGUIで使用できるように、WebアプリケーションのGalaxyを利用した解析環境を構築した。本ツールの利用方法はホームページ (https://github.com/youyuh48/pitanano-galaxy)から閲覧可能である。

自由記述の分野

バイオインフォマティクス

研究成果の学術的意義や社会的意義

実験研究者にとってシーケンスデータ取得後のバイオインフォマティクス解析は依然として敷居が高い。本研究では、WebアプリケーションのGalaxyをベースとしたMinION向けのクラウド型解析環境の構築を行った。本解析環境はコンテナ型環境のDocker上で動作し、ユーザはノートパソコン上でGalaxyサーバをDockerコンテナとして起動することで、Webブラウザを利用してグラフィカルな操作系でデータ解析が可能となり、バイオインフォマティクス解析の高度化に資すると期待される。