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2 段階細胞系譜追跡法では、2つの状態 (細胞種) を経験したことの目印をつけてその細胞の命運を追跡することで、生体内で多段階の分化系譜を規定できる。さらに、掛け合わせるドライバーマウスを替えることで、他の臓器の異なる現象にも応用可能だという意義がある。例えば、幹細胞あるいは前駆細胞を1段階目に、がん幹細胞を2段階目に標識・追跡することで、がんの起源細胞の同定につながる可能性がある。また、1段階目に幹細胞を、2段階目に前駆細胞マーカー候補陽性細胞を標識し、2つの標識を持つ細胞が終末分化細胞へと分化するかを調べることで、階層的な制御機構によって、器官が維持されているかを検証できる可能性がある。
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