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2010 年度 研究成果報告書

生体内代謝産物をモニターする転写制御機構の構造基盤

研究課題

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研究課題/領域番号 18GS0316
研究種目

学術創成研究費

配分区分補助金
研究機関大阪大学

研究代表者

森川 耿右  大阪大学, 蛋白質研究所, 特任研究員(客員教授) (80012665)

研究分担者 村山 明子  筑波大学, 生命環境科学研究科, 講師 (50431656)
楯 真一  広島大学, 理学研究科, 教授 (20216998)
木村 圭志  筑波大学, 生命環境科学研究科, 准教授 (50332268)
大山 拓次  大阪大学, 蛋白質研究所, 特任研究員 (60423133)
白木 琢磨  東北大学, 医学系研究科, 助教 (10311747)
連携研究者 高尾 敏文  大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (10197048)
研究期間 (年度) 2006 – 2010
キーワードホメオスターシス / 核内受容体 / 脂質代謝物 / 蛋白質立体構造 / 転写調節因子
研究概要

セントラルドグマを基盤として、遺伝子発現や蛋白質立体構造、低分子代謝物を解析するオーム研究が進行している。生体はこれらの複雑なネットワークを巧妙に制御し、恒常性維持を達成しているが、我々は未だにその分子機構を理解できずにいる。我々は立体構造解析技術を駆使して、「生体恒常性維持の分子機構」という古典的テーマに取り組み、核内受容体を代表とする転写因子による「生体内代謝産物をモニターする転写制御機構の構造基盤」を解明した。

  • 研究成果

    (45件)

すべて 2011 2010 2009 2008 2007 2006

すべて 雑誌論文 (28件) (うち査読あり 27件) 学会発表 (12件) 図書 (4件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Design, Synthesis, and Structural analysis of phenylpropanoic acid-Type PPARy-selective agonists : discovery of reversed stereochemistry-activity relationship.2011

    • 著者名/発表者名
      Ohashi, M., Oyama, T., Nakagome, I., Satoh, M., Nishino, Y., Nobusada, H., Hirono, S., Morikawa, K., Hashimoto, Y., Miyachi, H.
    • 雑誌名

      JMed Chem 54

      ページ: 331-341

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Detecting structural similarity of ligand interactions in the lipid metabolic system including enzymes, lipid-binding proteins and nuclear receptors.2011

    • 著者名/発表者名
      Shionyu-Mitsuyama, C., Waku, T., Shiraki, T., Oyama, T., Shirai, T., Morikawa, K.
    • 雑誌名

      Protein Eng Des Sel 24

      ページ: 397-403

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Architecture of the DNA polymerase B-proliferating cell nuclear antigen (PCNA)-DNA ternary complex.2011

    • 著者名/発表者名
      Mayanagi, K., Kiyonari, S., Nishida, H., Saito, M., Kohda, D., Ishino, Y., Shirai, T., Morikawa, K.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci USA 108

      ページ: 1845-1849

    • 査読あり
  • [雑誌論文] RNA content in the nucleolus alters p53 acetylation via MYBBPIA.2011

    • 著者名/発表者名
      Kuroda, T, Murayama, A., Tatagiri, N., Ohta, Y., Fujita, E., Masumoto, H., Ema, M., Takahasi, S., Kimura, K., Yanagisawa, J.
    • 雑誌名

      EMBO J 30

      ページ: 1054-1066

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Critical role of the nucleolus in activation of the p53-dependent postmitotic checkpoint.2011

    • 著者名/発表者名
      Tsuchiya, M., Katagiri, N., Kuroda, T., Kishimoto, H., Nishimura, K., Kumazawa, T., Iwasaki, N., Kimura, K., Yanagisawa, J.
    • 雑誌名

      Biochem Biophys Res Commun 107

      ページ: 378-382

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Surface plasmon resonance study on functional significance of clustered organization of lectin-like oxidized LDL receptor (LOX-1).2011

    • 著者名/発表者名
      Ohki, I., Amida, H., Yamada, R., Sugihara, M., Ishigaki, T., Tate S.
    • 雑誌名

      Biochim Biophys Acta 1814

      ページ: 345-354

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The nuclear receptor PPARy individually responds to serotonin-and fatty acid-metabolites.2010

    • 著者名/発表者名
      Waku, T., Shiraki, T., Oyama, T., Maebara, K., Nakamori, R., Morikawa, K.
    • 雑誌名

      EMBO J 29

      ページ: 3395-3407

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mechanism of replication machinery assembly as revealed by the DNA ligase-PCNA-DNA complex architecture.2009

    • 著者名/発表者名
      Mayanagi, K., Kiyonari, S., Saito, M., Shirai, T., Ishino, Y., Morikawa, K.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci USA 106

      ページ: 4647-4652.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comprehensive secondary-structure analysis of disulfide variants of lysozyme by synchrotron-radiation vacuum-ultraviolet circular dichroism.2009

    • 著者名/発表者名
      Matsuo, K., Watanabe, H., Tate, S.I., Tachibana, H., Gekko, K.
    • 雑誌名

      Proteins 77

      ページ: 191-201

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structures of the Arabidopsis thaliana proliferating cell nuclear antigen 1 and 2 proteins complexed with the human p21 C-terminal segment.2009

    • 著者名/発表者名
      Strzalka, W., Oyama, T., Tori, K., Morikawa, K.
    • 雑誌名

      Protein Sci 18

      ページ: 1072-1080

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The ubiquitin ligase CHIP acts as an upstream regulator of oncogenic pathways.2009

    • 著者名/発表者名
      Kajiro, M., Hirota, R., Nakajima, Y.,? Kawanowa, K., So-ma, K., Ito, I., Yamaguchi, Y., Ohie, S., Kobayashi, Y., Seino, Y., Kawano, M., Kawabe, Y.I., Takei, H., Hayashi, S., Kurosumi, M., Muravama, A., Kimura, K., Yanagisawa, J.
    • 雑誌名

      Nature Cell Biol. 11

      ページ: 312-319

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Atomic structures and functional implications of the archaeal RecQ-like helicase Hjm.2009

    • 著者名/発表者名
      Oyama, T., Oka, H., Mayanagi, K., Shirai, T., Matoba, K., Fujikane, R., Ishino, Y., Morikawa, K.
    • 雑誌名

      BMC Struct.Biol. 9

      ページ: 2

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Atomic structure of mutant PPARγ LBD complexed with 15d-PGJ2: novel modulation mechanism of PPARy/RXRa function by covalently bound ligands.2009

    • 著者名/発表者名
      Waku, T., Shiraki, T., Oyama, T., Morikawa, K.
    • 雑誌名

      FEBS Lett. 583

      ページ: 320-324.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural insight into PPARy activation through covalent modification with endogenous fatty acids.2009

    • 著者名/発表者名
      Waku, T., Shiraki, T., Oyama, T., Fujimoto, Y., Maebara, K., Kamiya, N., Jingami, H., Morikawa, K.
    • 雑誌名

      J Mol Biol 385

      ページ: 188-199.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Determination of the critical amino acids involved in the peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) delta selectivity of phenylpropanoic acid-derived agonists.2008

    • 著者名/発表者名
      Kasuga, J., Oyama, T., Nakagome, I., Makishima, M., Hirono, S., Morikawa, K., Hashimoto, Y., Miyachi, H.
    • 雑誌名

      ChemMedChem 3

      ページ: 1662-1666.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Improvement of the transactivation activity of phenylpropanoic acid-type peroxisome proliferator-activated receptor pan agonists : effect of introduction of fluorine at the linker part.2008

    • 著者名/発表者名
      Kasuga, J., Oyama, T., Hirakawa, Y., Makishima, M., Morikawa, K., Hashimoto, Y., Miyachi, H.
    • 雑誌名

      Bioorg Med Chem Lett 18

      ページ: 4525-4528.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Visualization of intrinsically disordered regions of proteins by high-speed atomic force microscopy.2008

    • 著者名/発表者名
      Miyagi, A., Tsunaka, Y., Uchihashi, T., Mayanagi, K., Hirose, S., Morikawa, K., Ando, T.
    • 雑誌名

      Chemphyschem PDME 9

      ページ: 1859-1866.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] PPARy ligands suppress the feedback loop between E2172 and cyclin-E1.2008

    • 著者名/発表者名
      Komatsu, Y., Ito, I., Wayama, M., Fujimura, A., Akaogi, K., Machida, H., Nakajima, Y., Kuroda, T., Ohmori, K., Muravama, A., Kimura, K., Yanagisawa, J.
    • 雑誌名

      Biochem Biophys Res Commun 370

      ページ: 145-148.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Epigenetic control of rDNA loci in response to intracellular energy status.2008

    • 著者名/発表者名
      Muravama, A., Ohmori, K., Fujimura, A., Minami, H., Yasuzawa-Tanaka, K., Kuroda, T., Oie, S., Daitoku, H., Okuwaki, M., Nagata, K., Fukamizu, A., Kimura, K., Shimizu, T., Yanagisawa, J.
    • 雑誌名

      Cell 133

      ページ: 627-629.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Functional significance of octameric RuvA for a branch migration complex from Thermus thermophilus.2008

    • 著者名/発表者名
      Fujiwara, Y., Mayanagi, K., Morikawa, K.
    • 雑誌名

      Biochem Biophys Res Commun 366

      ページ: 426-431.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Anisotropic Nuclear Spin Interactions for the Morphology Analysis of Proteins in Solution by NMR Spectroscopy.2008

    • 著者名/発表者名
      Tate, S.I.
    • 雑誌名

      Anal Sci 24

      ページ: 39-49

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Oxidized low-density lipoprotein receptor, LOX-1, on the endothelial cell-The receptor structure and functions of LOX-1 in atherogenesis.2007

    • 著者名/発表者名
      Tate, S.I.
    • 雑誌名

      J Biol Macromol 7

      ページ: 11-22.

  • [雑誌論文] Crystal structures of autoinhibitory PDZ domain of Tamalin : implications for metabotropic glutamate receptor trafficking regulation.2007

    • 著者名/発表者名
      Sugi, T., Oyama, T., Muto, T., Nakanishi, S., Morikawa, K., Jingami, H.
    • 雑誌名

      EMBO J 26

      ページ: 2192-2205.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Analysis of the role of Aurora B on the chromosomal targeting of condensin I.2007

    • 著者名/発表者名
      Takemoto, A., Muravama, A., Katano, M., Urano, T., Furukawa, K., Yokoyama, S., Yanagisawa, J., Hanaoka, F., Kimura, K.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res 35

      ページ: 2403-2412

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structures of the extracellular regions of the group 1I/I11 metabotropic glutamate receptors.2007

    • 著者名/発表者名
      Muto, T., Tsuchiya, D., Morikawa, K., Jingami, H.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci USA 104

      ページ: 3759-3764.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 1α,25(OH)_2D_3-Induced Transrepression by Vitamin D Receptor through E-Box-Type Elements in the Human Parathyroid Hormone Gene Promoter.2007

    • 著者名/発表者名
      Kim M., Fujiki, R., Muravama, A., Kitagawa, H., Yamaoka, K., Yamamoto, Y., Mihara, M., Takeyama, K., Kato, S.
    • 雑誌名

      Mol Endocrinol 21

      ページ: 334-342.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Turning off estrogen receptor beta-mediated transcription requires estrogen.2006

    • 著者名/発表者名
      Tateishi, Y., Sonoo, R., Sekiya, Y., Sunahara, N., Kawano, M., Wayama, M., Hirota, R., Kawabe, Y., Murayama, A., Kato, S., Kimura, K., Yanagisawa, J.
    • 雑誌名

      Mol Cell Biol 26

      ページ: 7966-7976

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The closed structure of an archaeal DNA ligase from Pyrococcus furiosus.2006

    • 著者名/発表者名
      Nishida, H., Kiyonari, S., Ishino, Y., Morikawa, K.
    • 雑誌名

      JMol Biol 360

      ページ: 956-967.

    • 査読あり
  • [学会発表] The chromosomal association of condensin II by non-catalytic action of PP2A, MEXT Priority Research Project "Cell? Proliferation Control"2009

    • 著者名/発表者名
      木村圭志.
    • 学会等名
      International Symposium
    • 発表場所
      Nagoya, Japan
    • 年月日
      2009-02-27
  • [学会発表] Activation mechanism of PPARy by oxidized fatty acids. JST International Symposium2009

    • 著者名/発表者名
      白木琢磨., 森川取右.
    • 学会等名
      Molecular mechanism of environmental response to food and oxygen III
    • 発表場所
      Sendai, Japan
    • 年月日
      2009-02-10
  • [学会発表] 内在性リガンドによる核内受容体PPARγの活性化機構の解明と創薬への応用.2009

    • 著者名/発表者名
      白木琢磨、和久剛、森川取右
    • 学会等名
      転写情報DECODE・冬のワークショップ.
    • 発表場所
      越後湯沢.
    • 年月日
      2009-01-19
  • [学会発表] The molecular morphology analysis using the orientation induced Trosy shi changes.2008

    • 著者名/発表者名
      楯真一
    • 学会等名
      第47回NMR討論会.
    • 発表場所
      つくば
    • 年月日
      2008-11-13
  • [学会発表] PPARy activating process through covalent modification by endogenous fatty acids.2008

    • 著者名/発表者名
      白木琢磨.
    • 学会等名
      Lipid Peroxidation
    • 発表場所
      Karuizawa, Japan
    • 年月日
      2008-10-16
  • [学会発表] Structural view of PPAR7 activating process through covalent modification by endogenous fatty acids XXII Paulo Foundation2008

    • 著者名/発表者名
      森川取右.
    • 学会等名
      Symposium, INPEC
    • 発表場所
      Naantali Spa,Finland
    • 年月日
      2008-06-14
  • [学会発表] Differential chromosomal targeting of condensins by PP2A.2008

    • 著者名/発表者名
      木村圭志
    • 学会等名
      遺伝研国際シンポジウム.
    • 発表場所
      伊勢
    • 年月日
      2008-05-30
  • [学会発表] 新規核小体転写制御因子NucleomethylinによるDNAメチル化制御機構.2008

    • 著者名/発表者名
      村山明子
    • 学会等名
      08遺伝情報DECODE・冬のワークショップ.
    • 発表場所
      南魚沼郡.
    • 年月日
      2008-01-22
  • [学会発表] Visualization of intrinsically disordered regions of proteins by high-speedatomic fbrce microscopy.2007

    • 著者名/発表者名
      森川取右
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会.
    • 発表場所
      横浜.
    • 年月日
      2007-12-13
  • [学会発表] The identification and characterization of a novel nucleolar protein, Nucleomethylin.2007

    • 著者名/発表者名
      村山明子
    • 学会等名
      20th Wilhelm Bernhard Workshop
    • 発表場所
      St.Andrews, UK
    • 年月日
      2007-08-28
  • [学会発表] Structural View of the clamp-loading mechanism onto DNA.2007

    • 著者名/発表者名
      森川取右.
    • 学会等名
      Albany 2007: The 15th Conversation
    • 発表場所
      Albany, USA
    • 年月日
      2007-06-19
  • [学会発表] Structural View of metabotropic glutamate receptor activation.2007

    • 著者名/発表者名
      森川取右.
    • 学会等名
      INPEC meeting
    • 発表場所
      Jaca, Spain
    • 年月日
      2007-06-13
  • [図書] 分子生物学会編「なぜなぜ生物学」2010

    • 著者名/発表者名
      白木琢磨(共著)
    • 出版者
      東京化学同人
  • [図書] Functional and Structural Biology on the Lipo-network2006

    • 著者名/発表者名
      Editor-in-Chief : Kosuke Morikawa, Shin-ichi Tate
    • 総ページ数
      ISBN-81-7895-232-7
    • 出版者
      Transworld Research Network
  • [図書] 化学実験講座8NMR・ESR(15節核スピン系のダイナミクス)2006

    • 著者名/発表者名
      楯真一
    • 出版者
      日本化学会
  • [図書] 化学実験講座8NMR・ESR(3.2節異種核相関)2006

    • 著者名/発表者名
      楯真一
    • 出版者
      日本化学会
  • [産業財産権] 核内受容体に結合するリガンド2006

    • 発明者名
      白木琢磨
    • 権利者名
      大阪大学
    • 産業財産権番号
      特許,特願2006-117239,PCTIJP2007/056780
    • 出願年月日
      20060420,20070329

URL: 

公開日: 2012-01-26   更新日: 2016-04-21  

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