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2020 年度 実績報告書

RNA修飾の変動と生命現象

研究課題

研究課題/領域番号 18H05272
研究機関東京大学

研究代表者

鈴木 勉  東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (20292782)

研究期間 (年度) 2018-06-11 – 2023-03-31
キーワードRNA修飾 / エピトランスクリプトミクス / メタボライト / タンパク質合成
研究実績の概要

本研究では、RNA 修飾の変動と制御という新しい概念を確立し、エピトランスクリプトミクス研究におけるパラダイムシフトを目指す。特筆すべき成果として、ヒトミトコンドリアtRNA修飾の解析で大きな進展があった。
tRNAは最も複雑に修飾されたRNA分子であり、これまでに見つかっている約150種類のRNA修飾のうち、約8割がtRNAから発見されたものである。近年、様々なヒトtRNA修飾遺伝子の変異やそれに伴う修飾率の低下が疾患の原因となることが明らかとなりつつある。tRNA修飾病の発症機構を解明するには、個々のtRNAにおいて修飾の種類と位置をマッピングする必要がある。
本年度は、ヒトにおける全22種類のミトコンドリアtRNAを単離精製し、高精度RNA質量分析法 (RNA-MS)と、次世代シーケンス技術を駆使したシュードウリジン(Ψ)検出法(tRNA-Ψ-seq)を組み合わせることにより、ヒトミトコンドリアtRNAの全修飾部位を同定することに成功した。最終的に、ヒトミトコンドリアtRNA全22種類中に、18種類のRNA修飾が137ヶ所に存在することを明らかにした(Nature Commun., 2020)。本研究は、将来的にミトコンドリア関連疾患の発症機構の究明に大きく貢献することが期待される。
mRNA前駆体のスプライシングに必須な核内低分子RNAであるU6 snRNAには、N6メチルアデノシン(m6A)修飾が一か所存在することが知られていた。私たちは、mRNAスプライシングにおけるm6A修飾の機能を明らかにした(Nature Commun., 2021)。
また、Nature Reviews Molecular Cell Biology誌にヒトtRNA修飾と疾患に関する総説を執筆し、大きな反響があった。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

ヒトのミトコンドリアtRNA修飾の全体像を解明した成果は大きな反響があった。また、新規RNA修飾の同定とその機能解析でも順調にデータが蓄積しており、大きな成果が期待できる。

今後の研究の推進方策

RNA修飾が生育環境や細胞内メタボライトによってダイナミックに変動する現象を引き続き探求する。特にtRNAに見出されたリン酸化修飾や、嫌気環境におけるRNA修飾の変動と役割について集中した研究を行う。新規RNA修飾については、未発表のものを約20種類発見している。この中には、新規キャップ構造や欠損型塩基など、これまでに類の見ないタイプのものが含まれている。本研究では、新規RNA修飾の更なる探索を継続すると共に、規修飾の化学構造の決定、生合成機構の解明、機能解析を行う予定である。

  • 研究成果

    (23件)

すべて 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (4件) 雑誌論文 (14件) (うち国際共著 2件、 査読あり 14件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 2件、 招待講演 2件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] Universitatsklinikum Bonn(ドイツ)

    • 国名
      ドイツ
    • 外国機関名
      Universitatsklinikum Bonn
  • [国際共同研究] Medical Research Council (MRC)/Oxford Nanopore Technologies(英国)

    • 国名
      英国
    • 外国機関名
      Medical Research Council (MRC)/Oxford Nanopore Technologies
  • [国際共同研究] Lodz University of Technology(ポーランド)

    • 国名
      ポーランド
    • 外国機関名
      Lodz University of Technology
  • [国際共同研究] Zhejiang University(中国)

    • 国名
      中国
    • 外国機関名
      Zhejiang University
  • [雑誌論文] A single m6A modification in U6 snRNA diversifies exon sequence at the 5’ splice site2021

    • 著者名/発表者名
      Ishigami Yuma、Ohira Takayuki、Isokawa Yui、Suzuki Yutaka、Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 ページ: 6527

    • DOI

      10.1038/s41467-021-23457-6

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The expanding world of tRNA modifications and their disease relevance2021

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Nature Reviews Molecular Cell Biology

      巻: 22 ページ: 375~392

    • DOI

      10.1038/s41580-021-00342-0

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mass spectrometric analysis of mRNA 5′ terminal modifications2021

    • 著者名/発表者名
      Akichika Shinichiro、Suzuki Takeo、Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Methods in Enzymology

      巻: 658 ページ: 407~418

    • DOI

      10.1016/bs.mie.2021.06.012

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Effect of tRNA[Ser]Sec Isopentenylation on Selenoprotein Expression2021

    • 著者名/発表者名
      Fradejas-Villar Noelia、Bohleber Simon、Zhao Wenchao、Reuter Uschi、Kotter Annika、Helm Mark、Knoll Rainer、McFarland Robert、Taylor Robert W.、Mo Yufeng、Miyauchi Kenjyo、Sakaguchi Yuriko、Suzuki Tsutomu、Schweizer Ulrich
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 22 ページ: 11454~11454

    • DOI

      10.3390/ijms222111454

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] N6-methyladenosine (m6A) is an endogenous A3 adenosine receptor ligand2021

    • 著者名/発表者名
      Ogawa Akiko、Nagiri Chisae、Shihoya Wataru、Inoue Asuka、Kawakami Kouki、Hiratsuka Suzune、Aoki Junken、Ito Yasuhiro、Suzuki Takeo、Suzuki Tsutomu、Inoue Toshihiro、Nureki Osamu、Tanihara Hidenobu、Tomizawa Kazuhito、Wei Fan-Yan
    • 雑誌名

      Molecular Cell

      巻: 81 ページ: 659~674.e7

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2020.12.038

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Loss of Ftsj1 perturbs codon-specific translation efficiency in the brain and is associated with X-linked intellectual disability2021

    • 著者名/発表者名
      Nagayoshi Y.、Chujo T.、Hirata S.、Nakatsuka H.、Chen C.-W.、Takakura M.、Miyauchi K.、Ikeuchi Y.、Carlyle B. C.、Kitchen R. R.、Suzuki T.、Katsuoka F.、Yamamoto M.、Goto Y.、Tanaka M.、Natsume K.、Nairn A. C.、Suzuki T.、Tomizawa K.、Wei F.-Y.
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 7 ページ: eabf3072

    • DOI

      10.1126/sciadv.abf3072

    • 査読あり
  • [雑誌論文] In vitro yeast reconstituted translation system reveals function of eIF5A for synthesis of long polypeptide2020

    • 著者名/発表者名
      Abe Taisho、Nagai Riku、Shimazaki Shunta、Kondo Shunta、Nishimura Satoshi、Sakaguchi Yuriko、Suzuki Tsutomu、Imataka Hiroaki、Tomita Kozo、Takeuchi-Tomita Nono
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 167 ページ: 451~462

    • DOI

      10.1093/jb/mvaa022

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Substrate specificities of Escherichia coli ItaT that acetylates aminoacyl-tRNAs2020

    • 著者名/発表者名
      Zhang Chuqiao、Yashiro Yuka、Sakaguchi Yuriko、Suzuki Tsutomu、Tomita Kozo
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 48 ページ: 7532-7544

    • DOI

      10.1093/nar/gkaa487

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Epigenetic loss of the transfer RNA-modifying enzyme TYW2 induces ribosome frameshifts in colon cancer2020

    • 著者名/発表者名
      Rossello-Tortella Margalida、Llinas-Arias Pere、Sakaguchi Yuriko、Miyauchi Kenjyo、Davalos Veronica、Setien Fernando、Calleja-Cervantes Maria E.、Pineyro David、Martinez-Gomez Jesus、Guil Sonia、Joshi Ricky、Villanueva Alberto、Suzuki Tsutomu、Esteller Manel
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 117 ページ: 20785~20793

    • DOI

      10.1073/pnas.2003358117

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Complete chemical structures of human mitochondrial tRNAs2020

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Takeo、Yashiro Yuka、Kikuchi Ittoku、Ishigami Yuma、Saito Hironori、Matsuzawa Ikuya、Okada Shunpei、Mito Mari、Iwasaki Shintaro、Ma Ding、Zhao Xuewei、Asano Kana、Lin Huan、Kirino Yohei、Sakaguchi Yuriko、Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 11 ページ: 4269

    • DOI

      10.1038/s41467-020-18068-6

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The tRNA pseudouridine synthase TruB1 regulates the maturation of let‐7 miRNA2020

    • 著者名/発表者名
      Kurimoto Ryota、Chiba Tomoki、Ito Yoshiaki、Matsushima Takahide、Yano Yuki、Miyata Kohei、Yashiro Yuka、Suzuki Tsutomu、Tomita Kozo、Asahara Hiroshi
    • 雑誌名

      The EMBO Journal

      巻: 39 ページ: e104708

    • DOI

      10.15252/embj.2020104708

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mechanism of aminoacyl-tRNA acetylation by an aminoacyl-tRNA acetyltransferase AtaT from enterohemorrhagic E. coli2020

    • 著者名/発表者名
      Yashiro Yuka、Sakaguchi Yuriko、Suzuki Tsutomu、Tomita Kozo
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 11 ページ: 5438

    • DOI

      10.1038/s41467-020-19281-z

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Mass Spectrometric Analysis of Mitochondrial RNA Modifications2020

    • 著者名/発表者名
      Ishigami Yuma、Suzuki Tsutomu、Suzuki Takeo
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 2192 ページ: 89~101

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-0834-0_8

    • 査読あり
  • [雑誌論文] RNA修飾と生命現象2020

    • 著者名/発表者名
      鈴木 勉
    • 雑誌名

      生化学

      巻: 92 ページ: 431~446

    • DOI

      10.14952/SEIKAGAKU.2020.920431

    • 査読あり
  • [学会発表] Biogenesis and functions of aminocarboxypropyluridine in tRNA2020

    • 著者名/発表者名
      Takakura M., Ishiguro, K., Akichika, S., Miyauchi K. and Suzuki T.
    • 学会等名
      25th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2020)
    • 国際学会
  • [学会発表] Post-transcriptional regulation of SEPN1 expression mediated by A-to-I RNA editing and stop codon recoding during skeletal myogenesis2020

    • 著者名/発表者名
      Yuta Noda
    • 学会等名
      第2回RNAJオンラインミーティング
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] mRNA医薬品の高機能化を志向した最適なRNA修飾の探索2020

    • 著者名/発表者名
      津村 健斗 、 穐近 慎一郎 、石神 宥真 、鈴木 勉
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] Landscape of tRNA modifications in human2020

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学会年会
    • 招待講演
  • [備考] Suzuki lab

    • URL

      http://rna.chem.t.u-tokyo.ac.jp/en/index.html

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公開日: 2023-12-25  

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