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2021 年度 実績報告書

RNA修飾の変動と生命現象

研究課題

研究課題/領域番号 18H05272
研究機関東京大学

研究代表者

鈴木 勉  東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (20292782)

研究期間 (年度) 2018-06-11 – 2023-03-31
キーワードRNA修飾 / エピトランスクリプトミクス / タンパク質合成
研究実績の概要

本研究では、RNA 修飾の変動と制御という新しい概念を確立し、エピトランスクリプトミクス研究におけるパラダイムシフトを目指す。本年度は主に以下の成果を得た。

U6 snRNAには、N6メチルアデノシン(m6A)が一か所存在するが機能は不明であった。分裂酵母を用いて、この修飾の機能を解析したところ、スプライソソームがmRNA前駆体を認識する際において、U6 snRNAのm6A修飾が特定の配列を持つイントロンとの結合を安定化することで、スプライシングの効率を上げることが判明した。この機構はU5 snRNAとエキソンの相互作用が弱い時に、特に重要である。ゲノム中に多数のイントロンを有する真核生物では、U6 snRNAのm6A修飾が5’スプライス部位におけるエキソン配列に自由度を与えることで、タンパク質のアミノ酸配列の多様性を許容する役割があると考えられる。本研究は、m6A修飾の役割を解明しただけでなく、スプライソソームの重要な構成因子であるU5 snRNAとU6 snRNAが協調的にmRNA前駆体を認識することの機能的な重要性を明らかにした(Nature Commun., 2021)。
セレン含有タンパク質であるSELENONは、セレンの高い還元作用を用いて、酸化ストレスから細胞を保護する役割がある。SELENONの発現制御は骨格筋の形成や機能に重要な役割を担っている。本研究により、SELENONが筋分化の過程において、RNA編集およびリコーディング制御の2つの転写後制御機構により、発現調節されていることが明らかとなった。リコーディング制御はこれまで報告されていない新規の現象であり、遺伝子発現制御の概念を大きく拡張させるものである(Nature Commun., 2022)。
RNAの可逆的なリン酸化修飾を発見した成果がNatureに掲載された(Nature, 2022)。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

RNA修飾の機能解析では予想以上の成果が得られた。特に、40年以上も機能が不明であったU6 snRNAのm6A修飾の機能を解析した成果は大きな反響があった。また、重篤な筋疾患の原因遺伝子として知られるSELENONが、筋分化の過程で精密に制御される発現調節機構を明らかにした。さらに、可逆的なRNAのリン酸化修飾を見出した成果はNature誌に掲載され、RNA業界だけでなく、生命科学全体で大きな反響があった。

今後の研究の推進方策

RNA修飾が生育環境や細胞内メタボライトによってダイナミックに変動する現象を引き続き探求する。特に嫌気環境におけるRNA修飾の変動と役割について集中した研究を行う予定である。新規RNA修飾については、現時点で、未発表のものを約20種類発見している。この中には、新規キャップ構造や欠損型塩基など、これまでに類の見ないタイプのものが含まれている。本研究では、新規RNA修飾の更なる探索を継続すると共に、新規修飾の化学構造の決定、生合成機構の解明、機能解析を行う予定である。

  • 研究成果

    (55件)

すべて 2022 2021 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (12件) (うち国際共著 2件、 査読あり 12件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (33件) (うち国際学会 2件、 招待講演 7件) 図書 (4件) 備考 (1件) 産業財産権 (2件) (うち外国 1件)

  • [国際共同研究] Universitatsklinikum Bonn(ドイツ)

    • 国名
      ドイツ
    • 外国機関名
      Universitatsklinikum Bonn
  • [国際共同研究] Medical Research Council (MRC)/Oxford Nanopore Technologies(英国)

    • 国名
      英国
    • 外国機関名
      Medical Research Council (MRC)/Oxford Nanopore Technologies
  • [国際共同研究] 浙江大学(中国)

    • 国名
      中国
    • 外国機関名
      浙江大学
  • [雑誌論文] Reversible RNA phosphorylation stabilizes tRNA for cellular thermotolerance2022

    • 著者名/発表者名
      Ohira Takayuki、Minowa Keiichi、Sugiyama Kei、Yamashita Seisuke、Sakaguchi Yuriko、Miyauchi Kenjyo、Noguchi Ryo、Kaneko Akira、Orita Izumi、Fukui Toshiaki、Tomita Kozo、Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 605 ページ: 372~379

    • DOI

      10.1038/s41586-022-04677-2

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Regulation of A-to-I RNA editing and stop codon recoding to control selenoprotein expression during skeletal myogenesis2022

    • 著者名/発表者名
      Noda Yuta、Okada Shunpei、Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 ページ: 2503

    • DOI

      10.1038/s41467-022-30181-2

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Glutamine deficiency in solid tumor cells confers resistance to ribosomal RNA synthesis inhibitors2022

    • 著者名/発表者名
      Pan Melvin、Zorbas Christiane、Sugaya Maki、Ishiguro Kensuke、Kato Miki、Nishida Miyuki、Zhang Hai-Feng、Candeias Marco M.、Okamoto Akimitsu、Ishikawa Takamasa、Soga Tomoyoshi、Aburatani Hiroyuki、Sakai Juro、Matsumura Yoshihiro、Suzuki Tsutomu、Proud Christopher G.、Lafontaine Denis L. J.、Osawa Tsuyoshi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 ページ: 3706

    • DOI

      10.1038/s41467-022-31418-w

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Mechanistic insights into tRNA cleavage by a contact-dependent growth inhibitor protein and translation factors2022

    • 著者名/発表者名
      Wang Jing、Yashiro Yuka、Sakaguchi Yuriko、Suzuki Tsutomu、Tomita Kozo
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 50 ページ: 4713~4731

    • DOI

      10.1093/nar/gkac228

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A single m6A modification in U6 snRNA diversifies exon sequence at the 5’ splice site2021

    • 著者名/発表者名
      Ishigami Yuma、Ohira Takayuki、Isokawa Yui、Suzuki Yutaka、Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 ページ: 6527

    • DOI

      10.1038/s41467-021-23457-6

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The expanding world of tRNA modifications and their disease relevance2021

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Nature Reviews Molecular Cell Biology

      巻: 22 ページ: 375~392

    • DOI

      10.1038/s41580-021-00342-0

    • 査読あり
  • [雑誌論文] m <sup>6</sup> A‐mediated alternative splicing coupled with nonsense‐mediated mRNA decay regulates SAM synthetase homeostasis2021

    • 著者名/発表者名
      Watabe Eichi、Togo‐Ohno Marina、Ishigami Yuma、Wani Shotaro、Hirota Keiko、Kimura‐Asami Mariko、Hasan Sharmin、Takei Satomi、Fukamizu Akiyoshi、Suzuki Yutaka、Suzuki Tsutomu、Kuroyanagi Hidehito
    • 雑誌名

      The EMBO Journal

      巻: 40 ページ: e106434

    • DOI

      10.15252/embj.2020106434

    • 査読あり
  • [雑誌論文] m <sup>6</sup> A modification of HSATIII lncRNAs regulates temperature‐dependent splicing2021

    • 著者名/発表者名
      Ninomiya Kensuke、Iwakiri Junichi、Aly Mahmoud Khamis、Sakaguchi Yuriko、Adachi Shungo、Natsume Tohru、Terai Goro、Asai Kiyoshi、Suzuki Tsutomu、Hirose Tetsuro
    • 雑誌名

      The EMBO Journal

      巻: 40 ページ: e107976

    • DOI

      10.15252/embj.2021107976

    • 査読あり
  • [雑誌論文] RelA-SpoT Homolog toxins pyrophosphorylate the CCA end of tRNA to inhibit protein synthesis2021

    • 著者名/発表者名
      Kurata Tatsuaki、Brodiazhenko Tetiana、Alves Oliveira Sofia Raquel、Roghanian Mohammad、Sakaguchi Yuriko、Turnbull Kathryn Jane、Bulvas Ond?ej、Takada Hiraku、Tamman Hedvig、Ainelo Andres、Pohl Radek、Rejman Dominik、Tenson Tanel、Suzuki Tsutomu、Garcia-Pino Abel、Atkinson Gemma Catherine、Hauryliuk Vasili
    • 雑誌名

      Molecular Cell

      巻: 81 ページ: 3160~3170.e9

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2021.06.005

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Mass spectrometric analysis of mRNA 5′ terminal modifications2021

    • 著者名/発表者名
      Akichika Shinichiro、Suzuki Takeo、Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Methods in Enzymology

      巻: 658 ページ: 407~418

    • DOI

      10.1016/bs.mie.2021.06.012

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamic changes in tRNA modifications and abundance during T cell activation2021

    • 著者名/発表者名
      Rak Roni、Polonsky Michal、Eizenberg-Magar Inbal、Mo Yufeng、Sakaguchi Yuriko、Mizrahi Orel、Nachshon Aharon、Reich-Zeliger Shlomit、Stern-Ginossar Noam、Dahan Orna、Suzuki Tsutomu、Friedman Nir、Pilpel Yitzhak
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 118 ページ: e2106556118

    • DOI

      10.1073/pnas.2106556118

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Molecular basis of glycyl-tRNAGly acetylation by TacT from Salmonella Typhimurium2021

    • 著者名/発表者名
      Yashiro Yuka、Zhang Chuqiao、Sakaguchi Yuriko、Suzuki Tsutomu、Tomita Kozo
    • 雑誌名

      Cell Reports

      巻: 37 ページ: 110130~110130

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2021.110130

    • 査読あり
  • [学会発表] RNA modifications in health and disease2021

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      Experimental Biology 2021 RNA modifications and disease symposium
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] RNA修飾によるエピトランスクリプトミクス制御と疾患2021

    • 著者名/発表者名
      鈴木 勉
    • 学会等名
      日本核酸医薬学会第6回年会
    • 招待講演
  • [学会発表] Single molecule analysis and profiling of tRNAs by direct nanopore sequencing2021

    • 著者名/発表者名
      Mai Maeda, Shunpei Okada, Miho Furuta, Ryo Yamamoto, Ayumi Nishi, Bhaskar Dasgupta, Ryo Noguchi, Asuteka Nagao, Yuriko Sakaguchi, Kenjyo Miyauchi, Hiroki Ueda, Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      第22回日本RNA学会年会
  • [学会発表] Mechanism of the selective aminoacyl-tRNA acetylation by TacT from Salmonella Typhimurium2021

    • 著者名/発表者名
      Yuka Yashiro, Yuriko Sakaguchi, Tsutomu Suzuki, Kozo Tomita
    • 学会等名
      第22回日本RNA学会年会
  • [学会発表] Mechanistic analysis of specific tRNA cleavage by the CdiA-CT toxin from enterohemorrhagic Escherichia coli cells2021

    • 著者名/発表者名
      Jing Wang, Yuka Yashiro, Yuriko Sakaguchi, Tsutomu Suzuki, Kozo Tomita
    • 学会等名
      第22回日本RNA学会年会
  • [学会発表] N6-methyladenosine (m6A) is an endogenous A3 adenosine receptor ligand2021

    • 著者名/発表者名
      Akiko Ogawa, Chisae Nagiri, Wataru Shihoya, Asuka Inoue, Junken Aoki, Takeo Suzuki, Tsutomu Suzuki, Toshihiro Inoue, Osamu Nureki, Kazuhito Tomizawa, and Fan-Yan Wei
    • 学会等名
      第22回日本RNA学会年会
  • [学会発表] Exploring biological significance of aminocarboxypropyluridine in bacterial and mammalian tRNAs2021

    • 著者名/発表者名
      Mayuko Takakura, Kensuke Ishiguro, Shinichiro Akichika, Kenjyo Miyauchi, Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      第22回日本RNA学会年会
  • [学会発表] Structural insights into the function of tRNA anticodon modifications during decoding2021

    • 著者名/発表者名
      Naho Akiyama, Kensuke Ishiguro, Takeshi Yokoyama, Kenjyo Miyauchi, Asuteka Nagao, Mikako Shirouzu, Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      第22回日本RNA学会年会
  • [学会発表] Translational regulation mediated by desulfuration of tRNA modification under oxidative stress conditions2021

    • 著者名/発表者名
      Yufeng Mo, Kenjyo Miyauchi , Yuriko Sakaguchi, Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      第22回日本RNA学会年会
  • [学会発表] Regulation of gene expression by the phosphorylated CTD interacting factor PCIF12021

    • 著者名/発表者名
      Ryoya Kano, Ai Sugita, Soichiro Kuruma, Shiori Toyama, Shiho Ito, Hiroyasu Ishiguro, Aki Tanaka, Shinichiro Akichika, Tsutomu Suzuki, Yoshiaki Tabuchi, Yoshiaki Ohkuma, Yutaka Hirose
    • 学会等名
      第22回日本RNA学会年会
  • [学会発表] Restoration of mitochondrial function through activation of hypomodified tRNAs with pathogenic mutations associated with mitochondrial diseases2021

    • 著者名/発表者名
      Ena Tomoda, Asuteka Nagao, Yuki Shirai, Brendan J. Battersby, Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      第22回日本RNA学会年会
  • [学会発表] Development of novel translational regulation mediated by ligand-induced tRNA activation2021

    • 著者名/発表者名
      Ren Nakazaki, Asuteka Nagao, Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      第22回日本RNA学会年会
  • [学会発表] High-throughput screening of chemical inhibitors for SARS-CoV-2 RNA methyltransferase2021

    • 著者名/発表者名
      Shinichiro Akichika, Hideto Hiraide, Riyo Imamura, Naphatsorn Kulsayumporn, Takayoshi Okabe, Hirotatsu Kojima, Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      第22回日本RNA学会年会
  • [学会発表] RNA修飾によるエピトランスクリプトミクス制御と疾患2021

    • 著者名/発表者名
      鈴木 勉
    • 学会等名
      レドックスR&D戦略委員会第1回企画シンポジウム「翻訳・アミノ酸代謝調節による生体機能制御」
    • 招待講演
  • [学会発表] Single molecule analysis and profiling of tRNAs by direct nanopore sequencing2021

    • 著者名/発表者名
      鈴木 勉
    • 学会等名
      Virtual Nanopore Day, Japan
    • 招待講演
  • [学会発表] Epitranscriptomic regulation mediated by RNA modification and its disease relevance2021

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      第94回日本生化学会年会
    • 招待講演
  • [学会発表] Biological dynamics mediated by RNA modification and epitranscriptomics2021

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
    • 招待講演
  • [学会発表] Exploring regulatory translation mediated by pre-tRNA capping in budding yeast2021

    • 著者名/発表者名
      Ittoku Kikuchi, Takayuki Ohira, Taichi Nakatsuka, Yuma Ishigami, Yuichi Shichino, Mari Mito, Shintaro Iwasaki, Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] Identification and characterization of novel tRNA methyltransferases in higher eukaryotes2021

    • 著者名/発表者名
      Akira Mineo, Shinichiro Akichika, Yuriko Sakaguchi, Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] Reference-based data mining for direct nanopore sequencing toward cellular tRNA profiling2021

    • 著者名/発表者名
      Ryo Noguchi, Mai Maeda, Bhaskar Dasgupta, Hiroki Ueda, Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] Internal RNA phosphorylation confers thermal stability to tRNAs and contributes to cellular thermotolerance2021

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Ohira, Keiichi Minowa, Kei Sugiyama, Seisuke Yamashita, Akira Kaneko, Kenjyo Miyauchi, Yuriko Sakaguchi, Izumi Orita, Toshiaki Fukui, Kozo Tomita, Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] Translational regulation mediated by desulfurated tRNA modification under oxidative stress condition2021

    • 著者名/発表者名
      Yufeng Mo, Kensuke Ishiguro, Kenjyo Miyauchi, Yuriko Sakaguchi, Naho Akiyama, Mikako Shirouzu, Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] Restoration of mitochondrial function through activation of hypomodified tRNAs with pathogenic mutations associated with mitochondrial diseases2021

    • 著者名/発表者名
      Ena Tomoda, Asuteka Nagao, Yuki Shirai, Brendan J. Battersby, Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] Exploring biological significance of aminocarboxypropyluridine in bacterial and mammalian tRNAs2021

    • 著者名/発表者名
      Mayuko Takakura, Kensuke Ishiguro, Shinichiro Akichika, Kenjyo Miyauchi, Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] High-throughput screening of chemical inhibitors for SARS-CoV-2 RNA methyltransferase2021

    • 著者名/発表者名
      Shinichiro Akichika, Hideto Hiraide, Riyo Imamura, Naphatsorn Kulsayumporn, Takayoshi Okabe, Hirotatsu Kojima, Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] Exploring decapping and regulation of pre-tRNA capping2021

    • 著者名/発表者名
      Yuka Suzuki, Takayuki Ohira, Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] RNA modification, a chemical diversity for biological function2021

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      Paficichem2021, Frontiers in Macromolecule Epigenetic Modifications: Chemical tools, Biochemical mechanisms, function annotation/modulation/perturbation
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Yufeng Mo, Kensuke Ishiguro, Kenjyo Miyauchi, Yuriko Sakaguchi, Naho Akiyama, Mikako Shirouzu, Tsutomu Suzuki2021

    • 著者名/発表者名
      Translational regulation mediated by desulfurated tRNA modification under oxidative stress condition
    • 学会等名
      RNAフロンティアミーティング2021
  • [学会発表] Structural insights into the decoding capability of tRNA with cytidine modifications2021

    • 著者名/発表者名
      Naho Akiyama, Kensuke Ishiguro, Takeshi Yokoyama, Kenjyo Miyauchi, Asuteka Nagao, Mikako Shirouzu, Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      RNAフロンティアミーティング2021
  • [学会発表] Development of novel translational regulation mediated by ligand-induced tRNA activation2021

    • 著者名/発表者名
      Ren Nakazaki, Asuteka Nagao, Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      RNAフロンティアミーティング2021
  • [学会発表] Detection of tRNA modifications by signal-based clustering of Nanopore sequencing data2021

    • 著者名/発表者名
      Ryo Noguchi, Mai Maeda, Bhaskar Dasgupta, Hiroki Ueda, Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      RNAフロンティアミーティング2021
  • [学会発表] Exploring regulatory translation mediated by pre-tRNA capping in budding yeast2021

    • 著者名/発表者名
      Ittoku Kikuchi, Takayuki Ohira, Taichi Nakatsuka, Yuma Ishigami, Yuichi Shichino, Mari Mito, Shintaro Iwasaki, Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      RNAフロンティアミーティング2021
  • [学会発表] Restoration of mitochondrial function through activation of hypomodified tRNAs with pathogenic mutations associated with mitochondrial diseases2021

    • 著者名/発表者名
      Ena Tomoda, Asuteka Nagao, Yuki Shirai, Brendan J. Battersby, Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      RNAフロンティアミーティング2021
  • [図書] RNA修飾によるエピトランスクリプトミクス制御と疾患ー疾患原因遺伝子・タンパク質の解析技術と創薬/診断技術への応用2022

    • 著者名/発表者名
      鈴木勉
    • 総ページ数
      23
    • 出版者
      技術情報協会
  • [図書] 総論エピトランスクリプトミクス-RNA修飾の世界, -月刊 細胞(特集 エピトランスクリプトミクス)2021

    • 著者名/発表者名
      鈴木勉
    • 総ページ数
      2
    • 出版者
      北隆館/ニュー・サイエンス社
  • [図書] m6A修飾の機能と生物学的意義, -月刊 細胞(特集 エピトランスクリプトミクス),2021

    • 著者名/発表者名
      穐近慎一郎, 鈴木勉
    • 総ページ数
      4
    • 出版者
      北隆館/ニュー・サイエンス社
  • [図書] RNA修飾と疾患, -月刊 細胞(特集 エピトランスクリプトミクス)2021

    • 著者名/発表者名
      鈴木健夫, 鈴木勉
    • 総ページ数
      4
    • 出版者
      北隆館/ニュー・サイエンス社
  • [備考] Suzuki lab

    • URL

      http://rna.chem.t.u-tokyo.ac.jp/en/index.html

  • [産業財産権] Reversible RNA phosphorylation stabilizes tRNA molecule2022

    • 発明者名
      Tsutomu Suzuki et al.
    • 権利者名
      Tsutomu Suzuki et al.
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      63/328,775
    • 外国
  • [産業財産権] tm5U修飾の低下又は欠損に起因する疾患を治療又は予防するための医 薬組成物2021

    • 発明者名
      鈴木 勉、友田 愛奈、鈴木 健夫、長尾 翌手可
    • 権利者名
      鈴木 勉、友田 愛奈、鈴木 健夫、長尾 翌手可
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      特願2021-111955

URL: 

公開日: 2023-12-25  

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