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2022 年度 実績報告書

RNA修飾の変動と生命現象

研究課題

研究課題/領域番号 18H05272
研究機関東京大学

研究代表者

鈴木 勉  東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (20292782)

研究期間 (年度) 2018-06-11 – 2023-03-31
キーワードRNA修飾 / エピトランスクリプトミクス / タンパク質合成 / tRNA / リボソーム / ミトコンドリア病 / RNA修飾病
研究実績の概要

本研究では、RNA 修飾の変動と制御という新しい概念を確立し、エピトランスクリプトミクス研究におけるパラダイムシフトを目指す。本年度は、新規RNA修飾として、RNAの可逆的リン酸化修飾を報告した(Nature, 2022)。この成果は、RNA修飾によるエピトランスクリプトミックな遺伝子発現の調節機構の理解や、RNA修飾が担う生命の適応進化の理解に貢献するものである。RNA修飾の機能解析として、ヒト骨格筋の分化過程において、mRNA修飾と特殊翻訳の制御がセレン含有タンパク質の発現を制御する機構を見出した(Nature Commun., 2022)。また、RNA修飾酵素を用いたミトコンドリア脳筋症を治療する概念を提唱し、患者細胞を用いてそれを実証した(Nucleic Acids Res., 2023)。翻訳初期段階において、タンパク質合成の品質を管理する新しい機構を発見した(Nature Commun., 2023)。哺乳動物tRNAのQ修飾に糖(ガラクトースおよびマンノース)を付加する2種類の酵素、QTGALおよびQTMANを同定した(Cell., 2023)。糖付加Q修飾がtRNAの翻訳速度を調節すること、ゼブラフィッシュの正常な発育に必須であることを示した。一般にtRNA修飾は翻訳効率を高めることが知られているが、この研究はtRNA修飾が翻訳速度を制御することを示した初めての発見である。これらの修飾酵素を欠損するとタンパク質のフォールディング異常が生じ、統合的ストレス応答が誘起されることから、tRNA修飾による翻訳速度の適切な調節が健全なプロテオスタシスの維持と脊椎動物の正常な発育に必要であることを提唱した。さらに、CryoEMを用いて、tRNAのシチジン修飾がコドンを解読する様子をによる構造解析に成功し、AUAコドンを解読する分子基盤を解明した(NSMB, 2024)。

現在までの達成度 (段落)

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (67件)

すべて 2024 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (6件) 雑誌論文 (17件) (うち国際共著 3件、 査読あり 17件、 オープンアクセス 11件) 学会発表 (25件) (うち国際学会 15件、 招待講演 24件) 図書 (8件) 備考 (2件) 産業財産権 (7件) (うち外国 3件) 学会・シンポジウム開催 (2件)

  • [国際共同研究] Massachusetts Institute of Technology/Thomas Jefferson University/Harvard University(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      Massachusetts Institute of Technology/Thomas Jefferson University/Harvard University
    • 他の機関数
      1
  • [国際共同研究] UNIVERSITAT BONN(ドイツ)

    • 国名
      ドイツ
    • 外国機関名
      UNIVERSITAT BONN
  • [国際共同研究] University of Helsinki(フィンランド)

    • 国名
      フィンランド
    • 外国機関名
      University of Helsinki
  • [国際共同研究] Lodz University of Technology(ポーランド)

    • 国名
      ポーランド
    • 外国機関名
      Lodz University of Technology
  • [国際共同研究] University of Tartu(エストニア)

    • 国名
      エストニア
    • 外国機関名
      University of Tartu
  • [国際共同研究]

    • 他の国数
      2
  • [雑誌論文] Structural insights into the decoding capability of isoleucine tRNAs with lysidine and agmatidine2024

    • 著者名/発表者名
      Akiyama Naho、Ishiguro Kensuke、Yokoyama Takeshi、Miyauchi Kenjyo、Nagao Asuteka、Shirouzu Mikako、Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Nature Structural & Molecular Biology

      巻: in press ページ: in press

    • DOI

      10.1038/s41594-024-01238-1

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Transfer RNA modifications and cellular thermotolerance2024

    • 著者名/発表者名
      Ohira Takayuki、Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Molecular Cell

      巻: 84 ページ: 94~106

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2023.11.041

    • 査読あり
  • [雑誌論文] An anticodon-sensing T-boxzyme generates the elongator nonproteinogenic aminoacyl-tRNA <i>in situ</i> of a custom-made translation system for incorporation2024

    • 著者名/発表者名
      Lu Wei、Terasaka Naohiro、Sakaguchi Yuriko、Suzuki Takeo、Suzuki Tsutomu、Suga Hiroaki
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 52 ページ: 3938~3949

    • DOI

      10.1093/nar/gkae151

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Substrate specificity of <i>Mycobacterium tuberculosis</i> tRNA terminal nucleotidyltransferase toxin MenT32024

    • 著者名/発表者名
      Liu Jun、Yashiro Yuka、Sakaguchi Yuriko、Suzuki Tsutomu、Tomita Kozo
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: in press ページ: in press

    • DOI

      10.1093/nar/gkae177

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] ICLAMP: a novel technique to explore adenosine deamination via inosine chemical labeling and affinity molecular purification2024

    • 著者名/発表者名
      Yang Yuxi、Nakayama Koki、Okada Shunpei、Sato Kazuki、Wada Takeshi、Sakaguchi Yuriko、Murayama Ayaka、Suzuki Tsutomu、Sakurai Masayuki
    • 雑誌名

      FEBS Letters

      巻: in press ページ: in press

    • DOI

      10.1002/1873-3468.14854

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Glycosylated queuosines in tRNAs optimize translational rate and post-embryonic growth2023

    • 著者名/発表者名
      Zhao Xuewei、Ma Ding、Ishiguro Kensuke、Saito Hironori、Akichika Shinichiro、Matsuzawa Ikuya、Mito Mari、Irie Toru、Ishibashi Kota、Wakabayashi Kimi、Sakaguchi Yuriko、Yokoyama Takeshi、Mishima Yuichiro、Shirouzu Mikako、Iwasaki Shintaro、Suzuki Takeo、Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Cell

      巻: 186 ページ: 5517~5535.e24

    • DOI

      10.1016/j.cell.2023.10.026

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Quality control of protein synthesis in the early elongation stage2023

    • 著者名/発表者名
      Nagao Asuteka、Nakanishi Yui、Yamaguchi Yutaro、Mishina Yoshifumi、Karoji Minami、Toya Takafumi、Fujita Tomoya、Iwasaki Shintaro、Miyauchi Kenjyo、Sakaguchi Yuriko、Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 ページ: 2704

    • DOI

      10.1038/s41467-023-38077-5

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Versatile strategy using vaccinia virus-capping enzyme to synthesize functional 5′ cap-modified mRNAs2023

    • 著者名/発表者名
      Ohno Hirohisa、Akamine Sae、Mochizuki Megumi、Hayashi Karin、Akichika Shinichiro、Suzuki Tsutomu、Saito Hirohide
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 51 ページ: e34~e34

    • DOI

      10.1093/nar/gkad019

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cryo-EM structure of the transposon-associated TnpB enzyme2023

    • 著者名/発表者名
      Nakagawa R.、Hirano H.、Omura S. N.、Nety S.、Kannan S.、Altae-Tran H.、Yao X.、Sakaguchi Y.、Ohira T.、Wu Wen Y.、Nakayama H.、Shuto Y.、Tanaka T.、Sano F. K.、Kusakizako T.、Kise Y.、Itoh Y.、Dohmae N.、van der Oost J.、Suzuki T.、Zhang F.、Nureki O.
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 616 ページ: 390~397

    • DOI

      10.1038/s41586-023-05933-9

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Wolf Prize in Chemistry 2023: A Celebration for Chemical Biology2023

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Tsutomu、Yi Chengqi、Song Jinghui
    • 雑誌名

      ACS Chemical Biology

      巻: 18 ページ: 671~673

    • DOI

      10.1021/acschembio.3c00145

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Restoration of mitochondrial function through activation of hypomodified tRNAs with pathogenic mutations associated with mitochondrial diseases2023

    • 著者名/発表者名
      Tomoda Ena、Nagao Asuteka、Shirai Yuki、Asano Kana、Suzuki Takeo、Battersby Brendan?J、Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 51 ページ: 7563~7579

    • DOI

      10.1093/nar/gkad139

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Mitochondrial haplotype mutation alleviates respiratory defect of MELAS by restoring taurine modification in tRNA with 3243A?&amp;gt;?G mutation2023

    • 著者名/発表者名
      Ueda Saori、Yagi Mikako、Tomoda Ena、Matsumoto Shinya、Ueyanagi Yasushi、Do Yura、Setoyama Daiki、Matsushima Yuichi、Nagao Asuteka、Suzuki Tsutomu、Ide Tomomi、Mori Yusuke、Oyama Noriko、Kang Dongchon、Uchiumi Takeshi
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 51 ページ: 7480~7495

    • DOI

      10.1093/nar/gkad591

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] yaaJ, the tRNA-Specific Adenosine Deaminase, Is Dispensable in Bacillus subtilis2023

    • 著者名/発表者名
      Soma Akiko、Kubota Atsushi、Tomoe Daisuke、Ikeuchi Yoshiho、Kawamura Fujio、Arimoto Hijiri、Shiwa Yuh、Kanesaki Yu、Nanamiya Hideaki、Yoshikawa Hirofumi、Suzuki Tsutomu、Sekine Yasuhiko
    • 雑誌名

      Genes

      巻: 14 ページ: 1515~1515

    • DOI

      10.3390/genes14081515

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reversible RNA phosphorylation stabilizes tRNA for cellular thermotolerance2022

    • 著者名/発表者名
      Ohira Takayuki、Minowa Keiichi、Sugiyama Kei、Yamashita Seisuke、Sakaguchi Yuriko、Miyauchi Kenjyo、Noguchi Ryo、Kaneko Akira、Orita Izumi、Fukui Toshiaki、Tomita Kozo、Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 605 ページ: 372~379

    • DOI

      10.1038/s41586-022-04677-2

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Regulation of A-to-I RNA editing and stop codon recoding to control selenoprotein expression during skeletal myogenesis2022

    • 著者名/発表者名
      Noda Yuta、Okada Shunpei、Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 ページ: 2503

    • DOI

      10.1038/s41467-022-30181-2

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Glutamine deficiency in solid tumor cells confers resistance to ribosomal RNA synthesis inhibitors2022

    • 著者名/発表者名
      Pan Melvin、Zorbas Christiane、Sugaya Maki、Ishiguro Kensuke、Kato Miki、Nishida Miyuki、Zhang Hai-Feng、Candeias Marco M.、Okamoto Akimitsu、Ishikawa Takamasa、Soga Tomoyoshi、Aburatani Hiroyuki、Sakai Juro、Matsumura Yoshihiro、Suzuki Tsutomu、Proud Christopher G.、Lafontaine Denis L. J.、Osawa Tsuyoshi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 ページ: 3706

    • DOI

      10.1038/s41467-022-31418-w

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Mechanistic insights into tRNA cleavage by a contact-dependent growth inhibitor protein and translation factors2022

    • 著者名/発表者名
      Wang Jing、Yashiro Yuka、Sakaguchi Yuriko、Suzuki Tsutomu、Tomita Kozo
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 50 ページ: 4713~4731

    • DOI

      10.1093/nar/gkac228

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] RNA修飾によるエピトランスクリプトミクス制御と疾患2024

    • 著者名/発表者名
      鈴木 勉
    • 学会等名
      日本薬学会第144年会「外来性RNAに対する防御機構解明が切り拓くRNA創薬のニューフロンティア」
    • 招待講演
  • [学会発表] tRNA 修飾の機能と生合成、そして生理機能2024

    • 著者名/発表者名
      鈴木 勉
    • 学会等名
      遺伝研研究会「エピトランスクリプトーム制御の分子機構と生理機能」
    • 招待講演
  • [学会発表] 古くて新しいtRNA修飾の世界2023

    • 著者名/発表者名
      鈴木 勉
    • 学会等名
      第17回先端的バイオ計測法研究会
  • [学会発表] Glycosylation of queuosine in tRNAs contributes to optimal translation and post-embryonic growth in vertebrates2023

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      Keystone Symposia: RNA Modifications in Health and Disease
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] RNA修飾の機能と生命現象2023

    • 著者名/発表者名
      鈴木 勉
    • 学会等名
      第10回 mRNA薬検討会
    • 招待講演
  • [学会発表] RNA modifications in health and diseases2023

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      2023 Taiwan-Japan Bilateral RNA and Biofunction Meeting
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 生体内RNA修飾の同定および機能解析2023

    • 著者名/発表者名
      鈴木 勉
    • 学会等名
      住友化学現地指導
    • 招待講演
  • [学会発表] Molecular pathogenesis of mitochondrial disease caused by hypomodified tRNAs and its potential therapy2023

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      Korean Society for Mitochondrial Research and Medicine (KSMRM2023)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 骨格筋分化におけるセレン含有タンパク質の転写後制御2023

    • 著者名/発表者名
      鈴木 勉
    • 学会等名
      第9回日本筋学会学術集会
    • 招待講演
  • [学会発表] Molecular pathegenesis and potential theraphy for RNA modopathy2023

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      CSHAsia, The Now and Future of RNA Therapeutics 2023
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Nanopore sequencing of tRNA modifications2023

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      The 28th Annual Meeting of the RNA SOCIETY (RNA2023)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Nanopore sequencing of tRNA modifications2023

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      London Calling 2023
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] RNA修飾が司る生命現象と創薬2023

    • 著者名/発表者名
      鈴木 勉
    • 学会等名
      AAAP: RNA創薬セミナープログラム
    • 招待講演
  • [学会発表] Biological functions of tRNA modifications and human diseases2023

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      GRC RNA editing, Ventura
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ミトコンドリア病とtRNA修飾の欠損2023

    • 著者名/発表者名
      鈴木 勉
    • 学会等名
      第21回日本ミトコンドリア学会年会
    • 招待講演
  • [学会発表] RNA修飾と生命現象―エピトランスクリプトミクス研究における分析化学の重要性2023

    • 著者名/発表者名
      鈴木 勉
    • 学会等名
      第9回デジタルバイオ分析研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] Expanding world of RNA modification and its disease relevance2023

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      RNA biology and applications, Paris
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Expanding world of RNA modification and its disease relevance2023

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      BTMO2023
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Expanding world of RNA modification and its disease relevance2022

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      The 33rd Tokyo RNA Club
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Epitranscriptomic regulation by RNA modification and physiological relevance2022

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会(MBSJ2022)
    • 招待講演
  • [学会発表] Expanding world of tRNA modifications and disease relevance2022

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      VIENNA RNA CONFERENCE RNA MODIFICATION AND PROCESSING
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Expanding world of RNA modification and its disease relevance2022

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      The 1st ASIA RNA Club
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Expanding world of RNA modification and human disease2022

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      Summer Symposium 2022
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Expanding world of tRNA modifications2022

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      28th tRNA Conference
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Expanding world of tRNA modifications and human diseases2022

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      International NetRNA Meeting
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] 実験医学, カレントトピックス「tRNAの糖付加修飾はタンパク質合成速度をの調節し、により動物の正常な発育に必要である成育を導く」2024

    • 著者名/発表者名
      鈴木健夫、石黒健介、鈴木 勉
    • 総ページ数
      4
    • 出版者
      羊土社
  • [図書] 極限環境微生物の先端科学と社会実装最前線 「RNAリン酸化修飾がもたらす超好熱性生物の高温環境適応メカニズム」2023

    • 著者名/発表者名
      大平高之, 蓑輪恵一, 鈴木 勉
    • 総ページ数
      8
    • 出版者
      エヌ・ティー・エス
  • [図書] 生化学 「可逆的なリン酸化修飾によるtRNAの構造安定化と生物の耐熱化」2023

    • 著者名/発表者名
      大平高之、蓑輪恵一、鈴木 勉
    • 総ページ数
      5
    • 出版者
      日本生化学会
  • [図書] 実験医学、増刊ミトコンドリア疾患治療の新時代「ミトコンドリアRNA修飾異常による疾患と治療」2023

    • 著者名/発表者名
      鈴木 勉、友田愛奈、鈴木健夫、長尾翌手可
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      羊土社
  • [図書] 月刊 化学、「RNAがリン酸化修飾を受けるーRNA創薬へつながる新展開」2023

    • 著者名/発表者名
      鈴木 勉、蓑輪恵一、大平高之
    • 総ページ数
      2
    • 出版者
      化学同人
  • [図書] Natureダイジェスト「RNAの可逆的なリン酸化修飾を発見」2022

    • 著者名/発表者名
      鈴木 勉
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      Nature
  • [図書] 化学と工業「拡がるRNAの世界」2022

    • 著者名/発表者名
      鈴木 勉
    • 総ページ数
      11
    • 出版者
      日本化学会
  • [図書] 実験医学、増刊セントラルドクマの新常識 「RNA修飾によるエピトランスクリプトミクス制御と生命現象」2022

    • 著者名/発表者名
      大平高之, 蓑輪恵一, 鈴木 勉
    • 総ページ数
      8
    • 出版者
      羊土社
  • [備考] Suzuki lab.

    • URL

      http://rna.chem.t.u-tokyo.ac.jp/index.html

  • [備考] JST-ERATO鈴木RNA修飾生命機能プロジェクト

    • URL

      https://www.jst.go.jp/erato/suzuki/

  • [産業財産権] τm5U修飾の低下又は欠損に起因する疾患を治療又は予防するための医薬組成物2023

    • 発明者名
      鈴木 勉、友田 愛奈、鈴木 健夫、長尾 翌手可
    • 権利者名
      鈴木 勉、友田 愛奈、鈴木 健夫、長尾 翌手可
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2023-533174
  • [産業財産権] τm5U修飾の低下又は欠損に起因する疾患を治療又は予防するための医薬組成物2023

    • 発明者名
      鈴木 勉、友田 愛奈、鈴木 健夫、長尾 翌手可
    • 権利者名
      鈴木 勉、友田 愛奈、鈴木 健夫、長尾 翌手可
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      US18/575515
    • 外国
  • [産業財産権] RNAの2’水酸基をリン酸化する酵素2023

    • 発明者名
      Suzuki T., Minowa K., Ohira T.
    • 権利者名
      Suzuki T., Minowa K., Ohira T.
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      JP2023/014605
  • [産業財産権] シグナルベース法による分子の修飾分析2023

    • 発明者名
      鈴木 勉、野口 亮
    • 権利者名
      鈴木 勉、野口 亮
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2023-089095
  • [産業財産権] Identification of tRNA queuosine glycosyltransferases and their biological roles2023

    • 発明者名
      Suzuki T., Minowa K., Ohira T.
    • 権利者名
      Suzuki T., Minowa K., Ohira T.
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      63/591,810
    • 外国
  • [産業財産権] Reversible RNA phosphorylation stabilizes tRNA molecule2022

    • 発明者名
      Suzuki T., Minowa K., Ohira T.
    • 権利者名
      Suzuki T., Minowa K., Ohira T.
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      US63/328775
    • 外国
  • [産業財産権] τm5U修飾の低下又は欠損に起因する疾患を治療又は予防するための医薬組成物2022

    • 発明者名
      鈴木 勉、友田 愛奈、鈴木 健夫、長尾 翌手可
    • 権利者名
      鈴木 勉、友田 愛奈、鈴木 健夫、長尾 翌手可
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      JP2022/026887
  • [学会・シンポジウム開催] The 35th Meeting, Tokyo RNA Club2023

  • [学会・シンポジウム開催] The 30th Meeting, Tokyo RNA Club2022

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公開日: 2024-12-25  

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