ゲノム医療実装のためのヒト遺伝子関連検査の妥当性・有用性・倫理社会的問題の検討

2019 年度 実施状況報告書

• 研究課題/領域番号: 18K07411
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 小杉 眞司 京都大学, 医学研究科, 教授 (50252432)
• 研究期間 (年度): 2018-04-01 – 2021-03-31
• キーワード: 遺伝学的検査 / がん遺伝子パネル検査 / 次世代シークエンサー / 二次的所見 / 全エクソーム解析 / 精度管理 / ACCE

研究実績の概要

ゲノム医療の実装のために重要な臨床検査としてのヒト遺伝子関連検査を確立するために、次世代シーケンサーによる解析を含むヒト遺伝子関連検査の分析的妥当性、臨床的妥当性、臨床的有用性、倫理社会的問題について、下記の4つの領域に関する総合的検討を継続して実施した。①単一遺伝性疾患（希少難病等）などを対象に、単一あるいは少数の遺伝子をサンガー法など従来型解析法で調べるもの。②多因子疾患(Common Diseases)などの易罹患性をゲノムワイド相関解析などのデータ等に基づいて調べる遺伝学的検査。③次世代シークエンサー（NGS）を用い、多数の遺伝子を一度に調べるパネル検査、全エクソーム解析、全ゲノム解析など。④がん細胞における遺伝子の変化を調べ、がんの正確な診断や治療に役立てるがん遺伝子パネル検査。さらに、③④に関しては、検査の当初の目的外に見いだされるいわゆる二次的所見の題も重要であるので、その取扱について検討を実施した。具体的には、
（１）次世代シークエンサーを用いるがん遺伝子パネル検査および、遺伝性難病の網羅的
生殖細胞系列遺伝学的検査を実施する際の種々の問題点（二次的所見の取り扱いなど）を整理することができた。
（２）治療・予防に結びつ具体的な二次的所見の取扱いについて、遺伝子名を示して明らかとすることができた。
（３）がん遺伝子パネル検査を含めた次世代シークエンサーを用いた網羅的解析の際の二次的所見の取り扱いについて、遺伝医療専門家を対象とした質問紙調査を実施し、2014年に実施した際の状況との違いを明らかにできた。

現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

申請書に記載した目的が順調に達成されつつあるため。

今後の研究の推進方策

（１）二次的所見としてのACMG59遺伝子の我が国におけるactionabilityについて、多面的な評価を実施する。具体的にはClinGenで採用している4つの評価指標，すなわちSeverity, Likelihood, Effectiveness, Nature of interventionの4項目に加え，わが国の医療体制の現状を鑑みてaccessibilityも評価する方針とし，遺伝性腫瘍及び循環器疾患など、二次的所見が重要とされるものを中心に実施する。
（２）2020年度の診療報酬改定に伴って拡大された遺伝性難病に対する遺伝学的検査の実施状況について実地調査を行う。また、がんゲノム医療の本格実施に伴って遺伝性腫瘍原因遺伝子の遺伝学的検査が不可欠となっている状況の中で、これらの遺伝学的検査のACCEの状況について実地調査する。

次年度使用額が生じた理由

2019年度は、論文調査やインターネット上の調査、電子メールでの情報交換など、経費がかからない方法で、研究を実施することができたため。
(使用計画）本研究では、情報収集と整理が重要となるため、各種学会等での情報収集のための旅費・参加費および、学内での作業を依頼する研究協力者に対す
る謝金等が主体となる、そのほか、収集データの保存・活用のための電子媒体の購入費用、特定のデータべースの使用量などにも研究費を使用する。

研究成果

• [雑誌論文] Negative recollections regarding doctor?patient interactions among men receiving a prostate cancer diagnosis: a qualitative study of patient experiences in Japan (2020)
  • 著者名/発表者名: Torishima Masako、Urao Michiko、Nakayama Takeo、Kosugi Shinji
  • 雑誌名: BMJ Open 巻: 10 ページ: e032251～e032251
  • DOI: doi:10.1136/bmjopen-2019-032251
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Low back pain precedes the development of new knee pain in the elderly population; a novel predictive score from a longitudinal cohort study (2019)
  • 著者名/発表者名: Ito Hiromu、on behalf of the Nagahama Study group、Tominari Shinjiro、Tabara Yasuharu、Nakayama Takeo、Furu Moritoshi、Kawata Tomotoshi、Azukizawa Masayuki、Setoh Kazuya、Kawaguchi Takahisa、Matsuda Fumihiko、Matsuda Shuichi
  • 雑誌名: Arthritis Research & Therapy 巻: 21 ページ: 98～98
  • DOI: doi:10.1186/s13075-019-1884-0
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Genetic analysis of a case of Helicobacter pylori-uninfected intramucosal gastric cancer in a family with hereditary diffuse gastric cancer. (2019)
  • 著者名/発表者名: Taro Funakoshi, Shin'ichi Miyamoto, Nobuyuki Kakiuchi, Mitsuhiro Nikaido, Takeshi Setoyama, Akira Yokoyama, Takahiro Horimatsu, Atsushi Yamada, Masako Torishima, Shinji Kosugi, Hidetaka Yamada, Haruhiko Sugimura, Hironori Haga, Yoshiharu Sakai, Seishi Ogawa, Hiroshi Seno, Manabu Muto, Tsutomu Chiba.
  • 雑誌名: Gastric Cancer, 巻: 22 ページ: 892～898
  • DOI: doi:10.1007/s10120-018-00912-w
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] National survey of prevalence and prognosis of thanatophoric dysplasia in Japan (2019)
  • 著者名/発表者名: Sawai Hideaki、Oka Kaname、Ushioda Mariko、Nishimura Gen、Omori Takashi、Numabe Hironao、Kosugi Shinji
  • 雑誌名: Pediatrics International 巻: 61 ページ: 748～753
  • DOI: doi:10.1111/ped.13927
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Advanced Glycation End Product Accumulation Is Associated With Low Skeletal Muscle Mass, Weak Muscle Strength, and Reduced Bone Density: The Nagahama Study (2019)
  • 著者名/発表者名: Tabara Yasuharu、Ikezoe Tome、Yamanaka Mikihiro、Setoh Kazuya、Segawa Hiroaki、Kawaguchi Takahisa、Kosugi Shinji、Nakayama Takeo、Ichihashi Noriaki、Tsuboyama Tadao、Matsuda Fumihiko、The Nagahama Study Group
  • 雑誌名: The Journals of Gerontology: Series A 巻: 74 ページ: 1446～1453
  • DOI: doi:10.1093/gerona/gly233
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Attitudes of clinical geneticists and certified genetic counselors to genome editing and its clinical applications: A nation-wide questionnaire survey in Japan (2019)
  • 著者名/発表者名: Taguchi Iku、Yamada Takahiro、Akaishi Rina、Imoto Issei、Kurosawa Kenji、Nakatani Kaname、Nomura Fumio、Hamanoue Haruka、Hyodo Maki、Murakami Hiromi、Yoshihashi Hiroshi、Yotsumoto Junko、Kosugi Shinji
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 巻: 64 ページ: 945～954
  • DOI: doi:10.1038/s10038-019-0635-z
  • 査読あり
• [雑誌論文] Association between sleep disturbance and nocturnal blood pressure profiles by a linear mixed model analysis: the Nagahama study (2019)
  • 著者名/発表者名: Matsumoto Takeshi、Tabara Yasuharu、Murase Kimihiko、Setoh Kazuya、Kawaguchi Takahisa、Nagashima Shunsuke、Kosugi Shinji、Nakayama Takeo、Wakamura Tomoko、Hirai Toyohiro、Matsuda Fumihiko、Chin Kazuo
  • 雑誌名: Sleep Medicine 巻: 61 ページ: 104～109
  • DOI: doi:10.1016/j.sleep.2019.01.049
  • 査読あり
• [雑誌論文] Association of the spot urine sodium-to-potassium ratio with blood pressure is independent of urinary Na and K levels: The Nagahama study (2019)
  • 著者名/発表者名: Higo Yukiko、the Nagahama study group、Nagashima Shunsuke、Tabara Yasuharu、Setoh Kazuya、Kawaguchi Takahisa、Takahashi Yoshimitsu、Kosugi Shinji、Nakayama Takeo、Matsuda Fumihiko、Wakamura Tomoko
  • 雑誌名: Hypertension Research 巻: 42 ページ: 1624～1630
  • DOI: doi:10.1038/s41440-019-0276-9
  • 査読あり
• [雑誌論文] Association of weak hip abduction strength with nocturia in older women: The Nagahama study (2019)
  • 著者名/発表者名: Tabara Yasuharu、Ikezoe Tome、Matsumoto Takeshi、Murase Kimihiko、Setoh Kazuya、Funada Satoshi、Kawaguchi Takahisa、Nagashima Shunsuke、Kosugi Shinji、Hirai Toyohiro、Nakayama Takeo、Wakamura Tomoko、Chin Kazuo、Ichihashi Noriaki、Tsuboyama Tadao、Matsuda Fumihiko
  • 雑誌名: Geriatrics & Gerontology International 巻: 19 ページ: 1010～1016
  • DOI: doi:10.1111/ggi.13761
  • 査読あり
• [雑誌論文] Lifestyle habits associated with nocturnal urination frequency: The Nagahama study (2019)
  • 著者名/発表者名: Tabara Yasuharu、Matsumoto Takeshi、Murase Kimihiko、Setoh Kazuya、Kawaguchi Takahisa、Nagashima Shunsuke、Funada Satoshi、Kosugi Shinji、Hirai Toyohiro、Nakayama Takeo、Wakamura Tomoko、Chin Kazuo、Matsuda Fumihiko、the Nagahama study group
  • 雑誌名: Neurourology and Urodynamics 巻: 38 ページ: 2359～2367
  • DOI: doi:10.1002/nau.24156
  • 査読あり
• [雑誌論文] Frequent nocturnal urination in older men is associated with arterial stiffness: The Nagahama study (2019)
  • 著者名/発表者名: Tabara Yasuharu、and the Nagahama study group、Matsumoto Takeshi、Murase Kimihiko、Setoh Kazuya、Kawaguchi Takahisa、Nagashima Shunsuke、Kosugi Shinji、Hirai Toyohiro、Nakayama Takeo、Wakamura Tomoko、Chin Kazuo、Matsuda Fumihiko
  • 雑誌名: Hypertension Research 巻: 42 ページ: 1996～2001
  • DOI: doi:10.1038/s41440-019-0309-4
  • 査読あり
• [雑誌論文] Clinical significance of TP53 variants as possible secondary findings in tumor-only next-generation sequencing (2019)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto Yoshihiro、Kanai Masashi、Kou Tadayuki、Sugiyama Aiko、Nakamura Eijiro、Miyake Hidehiko、Yamada Takahiro、Nishigaki Masakazu、Kondo Tomohiro、Murakami Hiromi、Torishima Masako、Matsumoto Shigemi、Kosugi Shinji、Muto Manabu
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 巻: 65 ページ: 125～132
  • DOI: doi:10.1038/s10038-019-0681-6
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Association of ALPL variants with serum alkaline phosphatase and bone traits in the general Japanese population: The Nagahama Study (2019)
  • 著者名/発表者名: Nagata Miho、Setoh Kazuya、Takahashi Meiko、Higasa Koichiro、Kawaguchi Takahisa、Kawasaki Hidenori、Wada Takahito、Watanabe Atsushi、Sawai Hideaki、Tabara Yasuharu、Yamada Takahiro、Matsuda Fumihiko、Kosugi Shinji
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 巻: 65 ページ: 337～343
  • DOI: doi:10.1038/s10038-019-0712-3
  • 査読あり
• [雑誌論文] IRUDが医療にもたらした変革：IRUD拠点病院取り纏め機関として (2019)
  • 著者名/発表者名: 小杉眞司
  • 雑誌名: Medical Science Digest, 巻: 9 ページ: 32～39
• [雑誌論文] 未診断疾患イニシアチブがもたらした、希少疾患の遺伝診療へのインパクト (2019)
  • 著者名/発表者名: 小杉眞司
  • 雑誌名: Medical Science Digest, 巻: 45 ページ: 850～854
• [雑誌論文] 【研究者間、研究者-医療者間のリンケージ】MENコンソーシアム (2019)
  • 著者名/発表者名: 内野眞也, 櫻井晃洋, 鈴木眞一, 今井常夫, 小杉眞司, 岡本高宏
  • 雑誌名: 家族性腫瘍 巻: 19 ページ: 40～44
  • 査読あり
• [雑誌論文] 視察報告 : シエナ大学病院 (イタリア) とヒメネス・ディアス財団病院 (スペイン) における遺伝医療 (2019)
  • 著者名/発表者名: 中川奈保子, 鳥嶋雅子, 小杉眞司
  • 雑誌名: 日本遺伝カウンセリング学会誌 巻: 40 ページ: 195～201
  • 査読あり
• [雑誌論文] ゲノム検査と倫理社会的課題 (2019)
  • 著者名/発表者名: 小杉眞司
  • 雑誌名: 臨床病理 巻: 67 ページ: 6～6
• [学会発表] （ポスター）腸重積の発症を契機に診断された若年性ポリープの一例 (2019)
  • 著者名/発表者名: 川崎秀徳、玉置知子、服部健吾、四本由郁、伊倉義弘、山田崇弘、和田敬仁、小杉眞司
  • 学会等名: 第121回小児科学会学術集会
• [学会発表] An Integrative Platform for Rare Diseases Research of Japan. (2019)
  • 著者名/発表者名: Yoshihiko Furusawa, Izumi Yamaguchi, Naoko Yagishita, Kazumasa Tanzawa, Yoichiro Kamatani, Minami Matsukawa, Yuji Takahashi, Shinji Kosugi, Yoshihisa Yamano, Fumihiko Matsuda
  • 学会等名: 第60回日本神経学会大会
• [学会発表] The mortality and morbidity of very low birth weight (VLBW) infants with trisomies in Japan. (2019)
  • 著者名/発表者名: Hidenori Kawasaki, Takahiro Yamada, Masatomo Oomiya，Yoshimitsu Takahashi, Takeo Nakayama, Takahito Wada, Shinji Kosugi.
  • 学会等名: 第59回日本先天異常学会学術集会
• [学会発表] 網羅的ゲノム解析におけるgenomic counselingと遺伝専門職に求められるもの（総括） (2019)
  • 著者名/発表者名: 小杉眞司, 松川愛未
  • 学会等名: 臨床遺伝2019inSappro(第26回日本遺伝子診療学会大会・第43回日本遺伝カウンセリング学会学術集会合同学術集会)
• [学会発表] 造血幹細胞移植が根治療法であるX連鎖性疾患における、ドナー候補となる未成年同胞と家族が直面する倫理的・心理社会的課題 (2019)
  • 著者名/発表者名: 本田明夏, 小池佳菜子, 永田美保, 村上裕美, 横山淳史, 吉田健司, 井澤和司, 和田敬仁, 小杉眞司
  • 学会等名: 臨床遺伝2019inSappro(第26回日本遺伝子診療学会大会・第43回日本遺伝カウンセリング学会学術集会合同学術集会)
• [学会発表] Charcot-Marie-Tooth病患者から子どもへの情報伝達に対する遺伝カウンセリングの検討 (2019)
  • 著者名/発表者名: 馬場遥香, 十川麗美, 永田美保, 松川愛未, 本田明夏, 鳥嶋雅子, 山田崇弘, 和田敬仁, 中川正法, 小杉眞司
  • 学会等名: 臨床遺伝2019inSappro(第26回日本遺伝子診療学会大会・第43回日本遺伝カウンセリング学会学術集会合同学術集会)
• [学会発表] 日本における18トリソミーあるいは13トリソミーを合併した極低出生体重児の予後 (2019)
  • 著者名/発表者名: 川崎秀徳, 山田崇弘, 和田敬仁, 小杉眞司
  • 学会等名: 臨床遺伝2019inSappro(第26回日本遺伝子診療学会大会・第43回日本遺伝カウンセリング学会学術集会合同学術集会)
• [学会発表] がんゲノム医療に対する一般市民のリテラシー向上を目的としたまんが教材開発 (2019)
  • 著者名/発表者名: 十川麗美, 和田敬仁, 金井雅史, 近藤知大, 本田明夏, 永田美保, 馬場遥香, 山田崇弘, 平沢晃, 武藤学, 小杉眞司
  • 学会等名: 臨床遺伝2019inSappro(第26回日本遺伝子診療学会大会・第43回日本遺伝カウンセリング学会学術集会合同学術集会)
• [学会発表] 一般地域住民で検出された低ホスファターゼ症原因遺伝子のバリアントと骨形質との関連：ながはまスタディ (2019)
  • 著者名/発表者名: 永田美保, 山田崇弘, 和田敬仁, 川崎秀徳, 澤井秀明, 瀬藤和也, 川口喬久, 日笠幸一郎, 田原康玄, 松田文彦, 中山健夫, 小杉眞司
  • 学会等名: 臨床遺伝2019inSappro(第26回日本遺伝子診療学会大会・第43回日本遺伝カウンセリング学会学術集会合同学術集会)
• [学会発表] クライエントの背景に関わらずコミュニケーションが満足につながった-当院の出生前遺伝カウンセリングより- (2019)
  • 著者名/発表者名: 佐藤智佳, 吉田晶子, 玉置知子, 稲葉慧, 笠松敦, 吉田彩, 黒田優美, 矢内洋次, 村上裕美, 鳥嶋雅子, 山田崇弘, 小杉眞司, 岡田英孝
  • 学会等名: 臨床遺伝2019inSappro(第26回日本遺伝子診療学会大会・第43回日本遺伝カウンセリング学会学術集会合同学術集会)
• [学会発表] 国内外の多発性内分泌腫瘍Ⅰ型(MEN1)患者データベースを用いたMEN1の遺伝子型－表現型相関についての文献調査 (2019)
  • 著者名/発表者名: 幅野愛理, 小池佳菜子, 洪本加奈, 横田恵梨, 川崎秀徳, 山田崇弘, 和田敬仁, 小杉眞司
  • 学会等名: 臨床遺伝2019inSappro(第26回日本遺伝子診療学会大会・第43回日本遺伝カウンセリング学会学術集会合同学術集会)
• [学会発表] Memorial Sloan Kettering Cancer Centerにおけるがんゲノム医療と遺伝カウンセリング (2019)
  • 著者名/発表者名: 平岡弓枝, 松川愛未, 高嶺恵理子, 小杉眞司
  • 学会等名: 臨床遺伝2019inSappro(第26回日本遺伝子診療学会大会・第43回日本遺伝カウンセリング学会学術集会合同学術集会)
• [学会発表] X連鎖性知的障害症候群患者の母親が考える娘への保因者リスク伝達 (2019)
  • 著者名/発表者名: 佐藤優, 和田敬仁, 鳥嶋雅子, 小杉眞司
  • 学会等名: 臨床遺伝2019inSappro(第26回日本遺伝子診療学会大会・第43回日本遺伝カウンセリング学会学術集会合同学術集会)
• [学会発表] 遺伝性網膜変性疾患の遺伝子解析を受けた患者の経験と考え：質的調査 (2019)
  • 著者名/発表者名: 稲葉慧, 吉田晶子, 前田亜希子, 河合加奈子, 平見恭彦, 栗本康夫, 小杉眞司, 高橋政代
  • 学会等名: 臨床遺伝2019inSappro(第26回日本遺伝子診療学会大会・第43回日本遺伝カウンセリング学会学術集会合同学術集会)
• [学会発表] 遺伝性疾患の当事者または保因者の生殖意思決定の遺伝形式による相違点・類似点 (2019)
  • 著者名/発表者名: 洪本加奈, 小池佳菜子, 幅野愛理, 横田恵梨, 川崎秀徳, 山田崇弘, 和田敬仁, 小杉眞司
  • 学会等名: 臨床遺伝2019inSappro(第26回日本遺伝子診療学会大会・第43回日本遺伝カウンセリング学会学術集会合同学術集会)
• [学会発表] Genomic Counselorに求められる役割とは？：システマティックレビュー (2019)
  • 著者名/発表者名: 松川愛未, 小杉眞司
  • 学会等名: 臨床遺伝2019inSappro(第26回日本遺伝子診療学会大会・第43回日本遺伝カウンセリング学会学術集会合同学術集会)
• [学会発表] 若年心臓突然死者に対する遺伝学的剖検により明らかになる遺伝性不整脈の頻度：系統的レビュー (2019)
  • 著者名/発表者名: 小池佳菜子, 幅野愛理, 洪本加奈, 横田恵梨, 川崎秀徳, 山田崇弘, 和田敬仁, 小杉眞司
  • 学会等名: 臨床遺伝2019inSappro(第26回日本遺伝子診療学会大会・第43回日本遺伝カウンセリング学会学術集会合同学術集会)
• [学会発表] 遺伝カウンセラー養成課程における医療的ケアを必要とする児の診療陪席実習の実践 (2019)
  • 著者名/発表者名: 四本由郁, 玉置知子, 長坂美和子, 小杉眞司
  • 学会等名: 臨床遺伝2019inSappro(第26回日本遺伝子診療学会大会・第43回日本遺伝カウンセリング学会学術集会合同学術集会)
• [学会発表] 2019世界希少疾患の日イベント視察報告：米国デラウェア州Nemours子ども病院が開催する高校生の希少疾患研究イベントの取り組み (2019)
  • 著者名/発表者名: 中川奈保子, 小杉眞司
  • 学会等名: 臨床遺伝2019inSappro(第26回日本遺伝子診療学会大会・第43回日本遺伝カウンセリング学会学術集会合同学術集会)
• [学会発表] 腫瘍細胞がん遺伝子パネル検査でCDH1の病的バリアントが検出され生殖細胞系列遺伝学的検査を希望したびまん性胃がん患者の1例 (2019)
  • 著者名/発表者名: 幅野愛理, 西垣昌和, 山田崇弘, 松原淳一, 武藤学, 小杉眞司
  • 学会等名: 第64回日本人類遺伝学会
• [学会発表] （ポスター）重症呼吸器感染症を繰り返した低ガンマグロブリン血症を伴うJeune症候群の男児例 (2019)
  • 著者名/発表者名: 甲良謙伍, 井手見名子, 加藤竹雄, 和田敬仁, 中川奈保子, 小杉眞
  • 学会等名: 第64回日本人類遺伝学会
• [学会発表] （ポスター）羊水染色体検査で経験した真性モザイク型トリソミーの2例（9トリソミー、20トリソミー） (2019)
  • 著者名/発表者名: 井田憲蔵, 清水喜一, 宮本勝則, 孫田信一, 鈴森薫, 川崎秀徳, 山田崇弘, 小杉眞司
  • 学会等名: 第64回日本人類遺伝学会
• [学会発表] （ポスター）遺伝性疾患の当事者または保因者の生殖意思決定に関わる因子：促進・抑制に働く影響に着目して (2019)
  • 著者名/発表者名: 洪本加奈, 山田崇弘, 小杉眞司
  • 学会等名: 第64回日本人類遺伝学会
• [学会発表] （ポスター）日本における21トリソミーを合併した極低出生体重児の予後 (2019)
  • 著者名/発表者名: 川崎秀徳, 山田崇弘, 和田敬仁, 小杉眞司
  • 学会等名: 第64回日本人類遺伝学会
• [学会発表] （ポスター）遺伝学的検査の結果が患者（クライエント）に与える心理的影響に関する文献レビュー-疾患の特性に着目した一考察- (2019)
  • 著者名/発表者名: 横田恵梨, 小杉眞司
  • 学会等名: 第64回日本人類遺伝学会
• [学会発表] （ポスター）遺伝性乳がん卵巣がん症候群に対するリスク低減卵巣卵管切除の後方視的検討 (2019)
  • 著者名/発表者名: 山口健, 本田明夏, 山村幸, 堀江昭文, 山田崇弘, 北村幸子, 千草義継, 堀川直城, 濱西潤三, 小杉眞司, 万代昌紀
  • 学会等名: 第64回日本人類遺伝学会
• [学会発表] ゲノム医療における情報伝達プロセスに関する提言 (2019)
  • 著者名/発表者名: 小杉 眞司
  • 学会等名: 第64回日本人類遺伝学会