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本研究では，自然淘汰の痕跡があった，もしくは浸透交雑を経験したミトコンドリアゲノムとミトコンドリア関連の核ゲノムの相互作用を見るため，日本淡水魚各種を対象に，核ゲノム解析（MIG-seqおよびRAD-seq，ゲノムリシーケンシングなど），全ゲノム決定を行った．
現在，ミトコンドリア関連遺伝子の抽出作業などは引き続き行っている最中であるが，本研究の中で，ヒナモロコの国内個体群における遺伝的撹乱による絶滅，ニゴイ類やナマズ類における地域個体群間での交雑，一部淡水魚での交雑による選択的な遺伝子流動の可能性が見いだされた．
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