タンパク質フォールディングの大規模シミュレーションと大量軌道データ解析法の開発

2009 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 19300101
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 名古屋大学 (2008-2009); 東京工業大学 (2007)
• 研究代表者: 太田 元規 名古屋大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (40290895)
• 連携研究者: 池口 満徳 横浜市立大学, 大学院・生命ナノシステム科学研究科, 准教授 (60261955)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2009
• キーワード: 分子動力学 / シミュレーション / スーパーコンピュータ / 軌道解析技術

研究概要

コンピュータの性能は指数的に向上しており,少し前までは不可能だと思われていた大規模計算も数年たつと実現可能となっている.本研究ではタンパク質について大規模なフォールディングシミュレーションを実施した.その結果得られる大量データの処理についても新しい手法開発を行った.対象としたタンパク質はTrp-Cageとλリプレッサである.開発した手法は,マルチプル軌道アラインメント法,部分オーダ軌道アラインメント法,遍歴プロフィール法,などである

研究成果

• [雑誌論文] An enhanced partial order curve comparison algorithm and its application to analyzing protein folding trajectories. (2008)
  • 著者名/発表者名: H. Sun, H. Ferhatosmanoglu, M. Ota, Y. Wang
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 9 ページ: 344
  • 査読あり
• [雑誌論文] Enhanced partial order curve comparison over multiple protein folding trajectories. (2007)
  • 著者名/発表者名: H. Sun, H. Ferhatosmanoglu, M. Ota, Y. Wang
  • 雑誌名: Comput. Syst. Bioinformatics. Conf. 6 ページ: 299-310
  • 査読あり
• [雑誌論文] Unfolding pathways of goatα-lactalbumin as revealed in multiple alignment of molecular dynamics trajectories. (2007)
  • 著者名/発表者名: T. Oroguchi, M. Ikeguchi, M. Ota, K. Kuwajima, A. Kidera
  • 雑誌名: Mol. Biol. 371 ページ: 1354-64
  • 査読あり
• [学会発表] 大きなタンパク質のフォールディングシミュレーション (2009)
  • 著者名/発表者名: 太田元規
  • 学会等名: 2009年度「タンパク質・ゲノム構造」勉強会
  • 発表場所: 諏訪
  • 年月日: 20090900
• [学会発表] Annotating protein-folding funnel by landscape profile and network (2007)
  • 著者名/発表者名: M. Ota, M. Ikeguchi, A. Kidera
  • 学会等名: VII European Symposium of the Protein Society
  • 発表場所: Stockholm
  • 年月日: 20070500