本研究は遺伝子改変マウスを用いた解析を主軸としていたが、COVID19の影響を受け、その飼育環境の制限により遂行が困難であった。 そのため、解析手法であるナノポアシークエンスの解析プラットフォームの開発に主眼を置き、マッピング用のminimap2をlong read用に調整、マッピング, FeatureCountsでリードカウント、補正後、edgeRで発現変動遺伝子(FDR<0.01)を抽出した。これにより予備検討として用いた培養細胞での各遺伝子座での処理群で変動するmRNAコピー数の変化ならびにExon-Intron構造の変化したスプライシングバリアント遺伝子を複数同定した。
|