• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2022 年度 研究成果報告書

単一細胞解析による覚醒制御機構の解明

研究課題

  • PDF
研究課題/領域番号 19K06891
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分46010:神経科学一般関連
研究機関長崎県立大学 (2022)
関西医科大学 (2019-2021)

研究代表者

田中 進  長崎県立大学, 看護栄養学部, 教授 (30399472)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2023-03-31
キーワード網羅的遺伝子発現解析 / ナノポアシークエンス
研究成果の概要

本研究は遺伝子改変マウスを用いた解析を主軸としていたが、COVID19の影響を受け、その飼育環境の制限により遂行が困難であった。
そのため、解析手法であるナノポアシークエンスの解析プラットフォームの開発に主眼を置き、マッピング用のminimap2をlong read用に調整、マッピング, FeatureCountsでリードカウント、補正後、edgeRで発現変動遺伝子(FDR<0.01)を抽出した。これにより予備検討として用いた培養細胞での各遺伝子座での処理群で変動するmRNAコピー数の変化ならびにExon-Intron構造の変化したスプライシングバリアント遺伝子を複数同定した。

自由記述の分野

分子生物学

研究成果の学術的意義や社会的意義

ナノポアシークエンスはRNAをRNAのまま配列決定することが可能なバイアスを抑えたシステムでありより生理的な状態の遺伝子発現変化を見るための優れた方法であるが、現在ナノポアシークエンス技術を用いたヒト組織を対象とする網羅的遺伝子発現解析は国内外を通じて29報しか報告されていない。これは解析パイプラインが整っていないこととコスト的な要因が大きいと考えられ、そのため我々は新規解析法を開発した。

URL: 

公開日: 2024-01-30  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi