非コードRNAの発現ネットワーク解析に基づく消化器癌病態の解明と診断治療への応用

2022 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 19K08372
• 研究機関: 札幌医科大学
• 研究代表者: 井戸川 雅史 札幌医科大学, 医学部, 准教授 (00404749)
• 研究期間 (年度): 2019-04-01 – 2023-03-31
• キーワード: 非コードRNA / 癌 / non-coding RNA / ネットワーク解析 / RNA-seq

研究実績の概要

長鎖非コードRNA（long non-coding RNA, lncRNA）が，癌などの疾患病態においても重要な役割を果たしていることが明らかとなりつつある．そこでまず，The Cancer Genome Atlas （TCGA）の消化器癌RNA-seqデータを用いて，長鎖非コードRNA（lncRNA）を含む遺伝子転写産物の発現量を定量した．このデータを用いて，各消化器癌組織において正常と比較して腫瘍で統計学的に有意に発現が上昇しているlncRNAを抽出した．また各lncRNAについて，生存情報を用いてKaplan-Meier法による解析を行い，低発現群と比べて高発現群で有意に生存率が低下しているlncRNAを同定した．以上の解析から得られた情報を組み合わせて，癌進展に寄与する可能性のある複数のlncRNAの抽出を行った．次に，これらのlncRNAそれぞれに対して2種類のsiRNAの設計を行った，このsiRNAを消化器癌細胞株に導入したところ，lncRNA発現のノックダウンが確認された．この条件下において癌細胞の増殖を定量したところ，複数のlncRNAでそのノックダウンにより有意に増殖の抑制が認められた．更にcaspase-3活性の測定によりアポトーシスを定量したところ，これらのlncRNAのノックダウンによりアポトーシスの増強が認められた．これらのlncRNAの中で強く増殖抑制やアポトーシス増強が認められたものについて，ノックダウン時の網羅的な遺伝子発現変化をRNAシーケンスを用いて解析したところ，p53の転写標的であるアポトーシス関連遺伝子の発現が有意に変化しており，これらを介して癌細胞の増殖・進展に寄与していることが示唆された．

研究成果

• [雑誌論文] MYEOV overexpression induced by demethylation of its promoter contributes to pancreatic cancer progression via activation of the folate cycle/c-Myc/mTORC1 pathway (2023)
  • 著者名/発表者名: Tange Shoichiro、Hirano Tomomi、Idogawa Masashi、Hirata Eishu、Imoto Issei、Tokino Takashi
  • 雑誌名: BMC Cancer 巻: 23 ページ: 85
  • DOI: 10.1186/s12885-022-10433-6
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Anthrax toxin receptor 2 is a potential therapeutic target for non-small cell lung carcinoma with MET exon 14 skipping mutations (2022)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi Miki、Hirai Sachie、Idogawa Masashi、Uchida Hiroaki、Sakuma Yuji
  • 雑誌名: Experimental Cell Research 巻: 413 ページ: 113078～113078
  • DOI: 10.1016/j.yexcr.2022.113078
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Individualized circulating tumor <scp>DNA</scp> monitoring in head and neck squamous cell carcinoma (2022)
  • 著者名/発表者名: Kogo Ryunosuke、Manako Tomomi、Iwaya Takeshi、Nishizuka Satoshi、Hiraki Hayato、Sasaki Yasushi、Idogawa Masashi、Tokino Takashi、Koide Ayaka、Komune Noritaka、Yasumatsu Ryuji、Nakagawa Takashi
  • 雑誌名: Cancer Medicine 巻: 11 ページ: 3960～3968
  • DOI: 10.1002/cam4.4726
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Multiomics identifies the link between intratumor steatosis and the exhausted tumor immune microenvironment in hepatocellular carcinoma (2022)
  • 著者名/発表者名: Murai H,Kodama T,Maesaka K,Tange S,Motooka D,Suzuki Y,Shigematsu Y,Inamura K,Mise Y,Saiura A,Ono Y,Takahashi Y,Kawasaki Y,Iino S,Kobayashi S,Idogawa M,Tokino T, et al.
  • 雑誌名: Hepatology 巻: 77 ページ: 77～91
  • DOI: 10.1002/hep.32573
  • 査読あり
• [雑誌論文] Dual inhibition of BCL2L1 and MCL1 is highly effective against RET fusion-positive or MET exon 14 skipping mutation-positive lung adenocarcinoma cells (2022)
  • 著者名/発表者名: Hirai Sachie、Idogawa Masashi、Sumi Toshiyuki、Yamaguchi Miki、Niki Toshiro、Sakuma Yuji
  • 雑誌名: Biochemical and Biophysical Research Communications 巻: 630 ページ: 24～29
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2022.09.039
  • 査読あり
• [雑誌論文] Predictive value of an exosomal microRNA-based signature for tumor immunity in cervical cancer patients treated with chemoradiotherapy (2022)
  • 著者名/発表者名: Someya Masanori、Hasegawa Tomokazu、Tsuchiya Takaaki、Kitagawa Mio、Fukushima Yuki、Gocho Toshio、Mafune Shoh、Ikeuchi Yutaro、Kozuka Yoh、Idogawa Masashi、Hirohashi Yoshihiko、Torigoe Toshihiko、Iwasaki Masahiro、Matsuura Motoki、Saito Tsuyoshi、Sakata Koh-ichi
  • 雑誌名: Medical Molecular Morphology 巻: 56 ページ: 38～45
  • DOI: 10.1007/s00795-022-00338-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Downregulation of protein kinase C gamma reduces epithelial property and enhances malignant phenotypes in colorectal cancer cells (2022)
  • 著者名/発表者名: Satow Reiko、Suzuki Yudai、Asada Shinobu、Ota Sae、Idogawa Masashi、Kubota Shiori、Ikeo Noi、Yoneda Atsuko、Fukami Kiyoko
  • 雑誌名: iScience 巻: 25 ページ: 105501～105501
  • DOI: 10.1016/j.isci.2022.105501
  • 査読あり / オープンアクセス